骨干结核一般好发于短管状骨，常见于5岁以下儿童的掌骨、跖骨、指骨或趾骨，是儿童骨结核中相当常见的类型。此时期短管状骨富于松质骨，利于结核病灶的产生。此类型结核常为多发，也可单发。长骨骨干结核则很少见。影像学有以下表现：
早期X线表现是海绵骨的骨质稀疏，继而吸收消失，在骨内形成囊样改变，由内向皮质侵蚀，因幼儿骨膜再生能力强，故使骨干呈膨胀现象，称为“骨气臌”。
有时在其周围可产生相当广泛的平行层状骨膜反应，使病骨更为增粗，形如纺锤，同时病骨周围的软组织亦有明显肿胀。
长骨骨干结核很少见，病变破坏的范围通常不如化脓性骨髓炎广泛，破坏腔内的死骨亦多被吸收，故死骨少见。病变破坏区周围亦无明显硬化现象。如病变侵及骨皮质，则可产生轻度骨膜反应，不同于干骺端结核不产生骨膜反应。