胡适是民国六年（1917）5月22号考完美国哥伦比亚大学的博士考试的。考完博士后四十九天，他已在上海登岸。9月里，正式应聘为北大教授，但这位洋博士所教的，却不是洋学问，而是中国哲学史。当时的情形，顾颉刚在《古史辨》自序里，曾有一段有趣的回忆：
哲学系中讲中国哲学史一课的，第一年是陈伯弢先生（汉章）。他是一个极博洽的学者，供给我们无数材料，使得我们的眼光日益开拓，知道研究一种学问应该参考的书是多至不可计的。他从伏羲讲起：讲了一年，只到得商朝的“洪范”。我虽是早受了《孔子改制考》的暗示，知道这些材料大都是靠不住的，但到底爱敬他的渊博，不忍有所非议。
第二年，改请胡适之先生来教。“他是一个美国新回来的留学生，如何能到北京大学里来讲中国的东西？”许多同学都这样怀疑，我也未能免俗。他来了，他不管以前的课业，重编讲义，辟头一章是《中国哲学结胎的时代》，用《诗经》做时代的说明，丢开唐虞夏商，经从周宣王以后讲起。这一改把我们一班人充满着三皇五帝的脑筋骤然做一个重大的打击，骇得一堂中舌挢而不能下。许多同学都不以为然：只因班中没有激烈分子，还没有闹风潮。我听了几堂，听出一个道理来了，对同学说：“他虽没有伯弢先生读书多，但在裁断上，是足以自立的。”那时傅孟真先生（斯年）正和我同住在一间屋内，他是最敢放言高论的，从他的言论中常常增加我批评的勇气，我对他说：“胡先生讲得的确不差，他有眼光、有胆量、有断制，确是一个有能力的历史家。他的议论处处合于我的理性，都是我想说而不知道怎么说才好的。你虽不是哲学系，何妨去听一听呢？”他去旁听了，也是满意，从此以后，我们对于适之先生非常信服。
这段史料反证了两个事实：一、胡适在中国哲学史上，有他的卓见：二、蔡元培在胡适还没上讲堂以前，就具有卓见来欣赏胡适的卓见，然后加以援引和推服，进而使一个年轻的思想家不被埋没。这种眼光和气魄，自蔡元培以后，实在看不到第二人。
胡适在北大刚一年，就完成了他的名著《中国哲学史大纲》上卷（当年叫《中国古代哲学史大纲》）。书成之日，他请最能赏识他的蔡校长写篇序，序是民国七年（1918）8月3号写成的，里面除提出“证明的方法”“扼要的手段”“平等的眼光”和“系统的研究”四大特长外，还特别有这样的介绍：
现在治过“汉学”的人虽还不少，但总是没有治过西洋哲学史的。留学西洋的学生，治哲学的本没有几人，这几人中能兼治“汉学”的更少了。适之先生生于世传“汉学”的绩溪胡氏，禀有“汉学”遗传性；虽自幼进新式的学校，还能自修“汉学”，至今不辍；又在美国留学的时候，兼治文学、哲学，于西洋哲学史是很有心得的。所以编《中国古代哲学史》的难处，一到先生手里，就比较的容易多了。
蔡元培这些介绍，严格说来，是推荐得有点出入的。例如他说胡适“禀有‘汉学’遗传性”［又在八年（1919）3月18号《致〈公言报〉并答林琴南书》里，提到胡适，说他“家世汉学”］等话，都是没有根据的。理由是：一、“汉学”怎么“遗传”法？这当然不是科学的说明；二、绩溪诸胡在学风上，以胡朴斋（匡衷）到胡竹村（培翚）一支为主流，这一支世居绩溪城里，远祖姓胡，跟胡适的一支并无关系，胡适的一支世居绩溪北乡的上庄，远祖却姓李。中外学者不察，多所误会，例如日人诸桥辙次竟说胡适是“胡培翚之子”！杨家骆竟说胡适是“胡培翚之后”！都是不对的。究其原始，恐怕蔡元培的文字要负一些责任。
在五四运动以前，蔡元培领导下的北大是新文化运动的尾闾，胡适当时是这个运动的中坚人物，他鼓吹白话文学，深受蔡元培的支持。蔡元培曾在《论国文的趋势及国文与外国语及科学之关系》［九年（1920）新潮社《蔡孑民先生言行录》］的演说里，肯定白话文的价值，他说：
中国文言同拉丁文一样，所以我们不能不改用白话……虽现在白话的组织不完全，可是我们绝不可错了这个趋势。
但蔡元培本人对白话文的看法，并不像胡适那样急进，所以他在认清大趋势以后，还对文言文稍留余地，这在民国八年（1919）11月17号《国文之将来》（新潮社《蔡孑民先生言行录》）的演说中，可以看出端倪：
我敢断定白话派一定占优胜……将来应用文一定全用白话：但美术文或者有一部分仍用文言。
在白话运动成功以后，蔡元培又曾写过一篇《三十五年来中国之新文化》［二十九年（1940）9月商务《最近三十五年之中国教育》］，来特别称道胡适的功绩：
……至民国七年（1918），胡适、陈独秀、钱玄同、周作人等，始排斥文言的文学，而以白话文为正宗的文学。其中尤以胡适为最猛进，作《白话文学史》以证明白话的身价，于是白话散文遂有凌驾古文的趋势。
在上面所说的聘请胡适、肯定胡适研究中国哲学史的成绩和推行白话文的成绩以外，蔡元培对胡适的“协助”，还有更“精彩”的，这就是民国八年（1919）与林纾的一幕论战。在这幕论战里，蔡元培挺身出来，为卫护胡适等人，向守旧势力做了坚定的反驳。当时文坛的守旧势力，以林纾为首领，他在3月间写信质问蔡元培，盼他“以守常为是”，不要大事兴革。蔡元培答书中，曾有这样一段：
公谓：“水浒、红楼作者，均博极群书之人，总之非读破万卷，不能为古文，亦并不能为白话。”诚然，诚然。北京大学教员中，喜作白话文者，为胡适之、钱玄同、周启孟诸君。公何以证知为非博极群书，非能作古文，而仅以白话文藏拙者？胡君家世汉学，其旧作古文，虽不多见，然即其所作中国哲学史大纲言之，其了解古书之眼光，不让清代乾嘉学者。钱君所作之文字学讲义、学术交通论，皆古雅之古文。周君所译之域外小说，则文笔之古奥，非浅学者所能解。然则公何宽于水浒、红楼之作者，而苛于同时之胡、钱、周诸君耶？
这是很精彩的辩护文字。当时确使林纾哑口无言。但在事实上，林纾并没就此死心，他自己反倒变得慢慢不能“以守常为是”了，他除了在《新申报》上写了好几篇小说影射诽谤外，竟还想运动安福部的武人政客来压制异己。刘半农在《初期白话诗稿》的序里，曾为这种一连几年酝酿不停的文字狱做了素描：
……黄侃先生还只空口闹闹而已，卫道的林纾先生却要于作文反对之外借助于实力——就是他的“荆生将军”，而我们称为小徐的徐树铮。这样，文字之狱的黑影，就渐渐的向我们头上压迫而来，而我们就无日不在慄慄危惧中过活。
在这种阴暗的文风下，蔡元培站在第一线，为他的小兄弟们做守护神，这种功德，实在是值得歌颂的。守旧势力当然也不放过他，据胡适回忆：“他们又想运动安福部的国会出来弹劾教育总长和北京大学校长，后来也失败了。”［十二年（1923）申报馆《最近之五十年》中《五十年来中国之文学》］
在新旧势力的斗争下，蔡元培虽然自己支持新派，但他的休休有容，使他对旧派的人物，也保有相当的尊重。在《我在北京大学的经历》一文里，他把这种兼容并包的态度，说得很清楚：
我素信学术上的派别是相对的，不是绝对的；所以每一种学科的教员，即使主张不同，若是“言之成理，持之有故”的，就让他们并存，令学生有自由选择的余地。最明白的，是胡适之君与钱玄同君等，绝对的提倡白话文学，而刘申叔、黄季刚诸君，仍极端维护文言的文学：那时候就让他们并存。我相信为应用起见，白话文必要盛行，我也常常作白话文，也替白话文鼓吹；然而我也声明：作美术文用白话也好，用文言也好。
蔡元培这种态度是伟大的，也是后继者赶不上的，蔡元培离开北大以后，北大就逐渐变得有点清一色了。