1789年，法国的局势变得动荡起来。法国大革命使巴黎接二连三地发生了震撼全国的大事件。三级会议、第三等级奋起反抗君主政体、攻占巴士底狱，搅得人心激荡。此时，拿破仑十分关心科西嘉的前途。9月份乘****之际，他向上司请了6个月的长假，便匆匆返回阿雅克修。
一回到科西嘉，拿破仑便立刻投身于当地的政治活动中，并效仿法国各地所做的，成立了国民自卫军，并起草了一份上呈巴黎国民议会的请愿书。11月30日，法国国民议会迫于社会压力的影响，通过了一项决议：允许1768年以来流亡在外的科西嘉岛的爱国志士们回到家乡并全面享受公民权利。这项措施并不能满足科西嘉人的民族意愿，结果，反对势力一哄而起。1790年4月，拿破仑假期已满，便又以身体不适为由续假到了10月份。这期间，他与其兄参加了召回老民族领袖——保利的群众运动。流亡在英国二十年的保利终于又回到科西嘉并掌握了岛上的军政大权。保利回来后，拿破仑拜访了他。
由于科西嘉一直处于****中，拿破仑又深陷当地的政治活动，所以直到1791年2月，他才带着弟弟路易回到了奥松团部。而之所以带着弟弟并承担对他的教育，完全是为了减轻母亲的负担。很快，在一场关于战术改革的革命中拿破仑提出了自己的军事想法，他力主在两军对垒之际，集中优势兵力对敌人发起猛烈突然的袭击。将军肯定和赞誉了拿破仑这一军事思想，很快他被破格提升为中尉。
为了和科西嘉保持联系，拿破仑又给保利写了一封信，信中请求保利帮他提供一些材料，以便使他完成那部关于科西嘉的著作。但保利回信拒绝了，他说没有时间打开箱子，也没有时间寻找文件资料，并告诫拿破仑：“历史不是在青年时代写成的。”保利的回信激怒了拿破仑，他将那部手稿藏在了箱底，但最终也没有完成它。
1791年秋，心系故土的拿破仑决定为科西嘉的独立而战斗，他费尽周折地请到三个月带薪长假，立刻带着弟弟回到了家乡，一直到1792年5月。在此期间，他成功地在岛上的国民自卫军里当上了中校。然而，因为成功冲昏了头脑，导致他干了一些蠢事。4月8日复活节那天，拿破仑企图让自己所辖的国民自卫军占领阿雅克修城堡，但驻军顶住不干，当地居民也反对拿破仑这样干，可枪也开了，血也流了，保利派出代表强行使对方停火。拿破仑受到大多数岛民的谴责，保利也根本不承认他的官衔。紧接着，4月20日，法国立法会议向奥地利宣战，不久又向撒丁宣战。4月底，法军首次与奥地利军队交锋便一败涂地。法国政府这才意识到由于军队长期管理松散所造成的军官奇缺的严重局面。拿破仑确认这是一次难得的升迁机会，于是，急忙返回法国。到了巴黎之后，他加紧在各军事部门活动，消除了阿雅克修事件对他的不利影响；更为侥幸的是，就算他曾明目张胆地超假，官方也没有追究他的行为，于7月10日，把他派到第4炮兵团服役，并提升为上尉，晋升日期填为2月6日，全饷也从这天算起。而在当时，他还领着科西嘉自卫军中校的薪水呢！
在巴黎，拿破仑又碰上空前的大动荡。他亲眼在6月20日目睹了群众造反的场面。那一天，大约五六千个乱民涌进杜伊勒里宫，他看到国王路易十六出现在王宫的一扇窗前，面对造反的暴民无所适从。路易十六想以其基督教的宽容对待造反的暴民，这在拿破仑看来是极愚蠢的举动。此时他情不自禁地大嚷道：“笨蛋，怎么不用大炮轰倒五六百人，其余的不就跑光了吗！”
拿破仑在巴黎观望徘徊，想寻求机会进取，但他的内心仍挂着阿雅克修。恰巧，一件家务事为他请假提供了借口。十五岁的妹妹艾丽莎此前一直在圣西尔专为淑女办的女子学校受教育，但该校现在已经关闭，再加上局势很不安全，他要把她送回科西嘉。于是9月15日拿破仑又回到了阿雅克修，并继续担任自卫军中校一职。
1793年1月21日，路易十六被处死。拿破仑与心目中的英雄保利在政治上发生了严重分歧。保利主张把科西嘉从法国占领下完全解放出来，并把英国政体的模式移植到科西嘉来；拿破仑则支持法国制宪议会的决议，拥护法国的民主政体。在保利回岛后，拿破仑还专程去拜访了他。两人发生了更加激烈的言语冲突。
这时，驻在科西嘉岛的法国志愿军与岛上的国民自卫军正准备联合进攻撒丁岛。拿破仑一回来，就受命指挥一营兵力配合攻岛战斗。但此次作战，由于指挥官科洛纳·塞沙里指挥失当和“拉福韦特”号军舰的海军不执行命令而失败。这次出征，对于保利也很不利。国民公会委派的特派员萨利塞蒂正要组织科西嘉的防御，以对付英国舰队的袭击。后来他们发现，保利已经成了反叛者。他长期在伦敦居住，会不会与英国人有勾结还不能肯定。这时，拿破仑的弟弟吕西安·波拿巴在土伦俱乐部告发了保利，揭露他是暴君和叛徒。俱乐部当即致函公会，公会马上发出对保利的逮捕令。
不明真相的农民手持武器誓死保卫保利。波拿巴一家对吕西安的疯狂举动惊慌失措。
吕西安却洋洋自得地写信给兄弟们：“我给我的敌人以致命的一击……你们是想象不到的！”波拿巴一家估计到保利人多势众，会来报复。果然，在拿破仑去巴斯提亚找萨利塞蒂商议问题时，半路上被一帮保利分子包围住，他费了九牛二虎之力才连夜逃脱。当天晚上，他坐上一条小船逃跑，沿海岸绕了一段，然后上岸，骑马跑到巴斯提亚通知他母亲：“你们准备走吧，这地方不是我们的安身之地。”莱蒂齐娅逃走的第二天，她在阿雅克修的房屋就被洗劫一空，烧为废墟。科尔特的议事大会声明波拿巴一家为卑鄙无耻之徒，宣布把他们永远驱逐出境。
从此，拿破仑和保利彻底决裂了。拿破仑说服萨利塞蒂带领四百多步兵和二十多名炮手，突袭阿雅克修，准备占领该城，但没有成功。最后，他不得不放弃故乡的事业，带着全家离开了科西嘉，登船逃往土伦，从此，与法国革命共前途同命运。