现在，奥军已经停战，接下来对付的便只有英国，可是对于英国的海上霸主地位，拿破仑又显得无能无力。3月，在埃及的亚力山大举，英国舰队再次击败法国，终于使拿破仑向东方扩张的美梦有所醒悟。他想到，与其在对外方面屡屡不顺，还不如暂时先放下，赶紧把混乱的国内治理一番，毕竞从开始执政到现在，自己的统治地位还是非常地不稳固。
一直以来，许多人都对拿破仑的专横执政颇为不满。一派是以保皇党人为代表，他们活动猖狂，极力盼望波旁王朝的复辟，甚至在西北不断地发起叛乱，拿破仑不得不一次次地派军队无情地镇压。而在1800年9月，拿破仑还给普罗旺斯伯爵（前波旁王朝国王的弟弟）写了一封信，内容是：
你不必考虑返回法国。否则，你的道路将异常坎坷，因为你不得不从十万死尸上踏过！
同时，为了赢取更多的民心，拿破仑还主动向被革命党人、甚至也是被他自己所不喜的罗马天主教会示好，因为它可以左右民众的感情。于是，在1801年7月，拿破仑与新上任的教皇庇护七世缔结了“政教协议”。教会归政府控制，天主教成为法国人的信仰宗教。
另一方面，共和派和雅各宾派也对拿破仑的统治异常愤慨，尤其是“政教协议”的签订，更是激怒了他们。就在1800年圣诞节，拿破仑乘车去剧院的途中，有人试图用炸弹谋杀他后，虽然查出是保皇党人干的勾当，但他还是佯装不知，并以此为借口，放逐了一批雅各宾人士。可想而知，双方的关系已是水火两重天。
拿破仑当然明白他的处境，他坚信大多数法国人是支持他的。于是，他在行政与财政上进行了多项改革，缓解了法国几乎停滞的经济，使人民对拿破仑的执政充满信心。在外交方面，拿破仑也没闲着，经过与英国政府长期的谈判，双方终于在1802年3月25日签订了“亚眠合约”，英法战争重新归于平静。
之后的5月19日，拿破仑在军政方面也作出改革——废除旧的封爵制度，设立荣誉军团。虽然在当时引起了许多反对派的批评，但直到现在，法国还在沿用这一奖赏制度。另外，拿破仑还建立了国民教育制度，对科学研究予以支持和保护，并提出科学研究要有实用性。这所有的一切将拿破仑的声望提到了一个新的高度，人们惊叹地说：拿破仑解决内政的效率并不亚于他指挥作战！拿破仑乘此时机，又做出一个大胆的决定，他断然取消了法国地方政府的自治制度，改为中央直辖制。而酷爱自由的法国人出奇平静地接受了拿破仑的中央集权制。因为他们对民主自由之类引起的内乱已经厌烦了。拿破仑洞察民情，以秩序和****取代了民主和自由，是顺乎民心的，并于此后不久，即3月21日，颁布了《民法典》。
在当时，资产阶级意识到要想保证自己的利益，就必须保证拿破仑的地位，因为流亡在外的波帝王朝随时都有复辟的可能。于是，1804年4月18日，法国国民议会决定授予第一执政拿破仑·波拿巴以法国世袭皇帝的称号。
这时，拿破仑要做皇帝引起了一个女人的不安，她就是约瑟芬。本来约瑟芬对于成为皇后应该感到高兴，但是她已经不能生育，为法兰西生育一个法定继承人的伟大而光荣的任务她已经无法完成，于是，她对自己的婚姻毫无安全感。
拿破仑称帝没几天，授予了他麾下的18名军官为帝国元帅，其中现役14名，另有4名是年事已高的退役老将。拿破仑还对自己的一家人给了封赏，妻子约瑟芬被封为皇后，母亲莱蒂齐娅、妹妹艾丽莎和卡罗利娜被封称殿下，约瑟夫成了大选帝侯。
在拿破仑称帝加冕前，拿破仑还要求妹妹卡罗利娜等人为皇后约瑟芬托裙子，并要黛丝蕾在约瑟芬身后托手帕，还要她穿上蓝色夜礼服。
当卡罗利娜把这个消息告诉黛丝蕾后，黛丝蕾却沉入了痛苦的回忆。黛丝蕾依稀记得，在巴黎的那个雨夜，她就是身着一件蓝色晚礼服，闯进约瑟芬家里，把酒杯摔在了她的脚下并冲出屋门的。
她干涩地笑了几声，对卡罗利娜说道：“别人都穿粉红色的，我穿蓝色的合适吗？”
卡罗利娜诡诈地挤挤眼说道：“波拿巴说穿蓝色衣服时的你最美。这是他悄悄对我说的，他一直不能忘记你。”
晚上，黛丝蕾一夜未眠。她知道拿破仑可以对一万个人残忍暴虐，对她则除了不能娶她外，再也不会有其他的伤害。她知道自己忘不了拿破仑，而拿破仑同样在心底给她留下了一块绿洲。
事实也证明，在这之后尽管做了皇帝的拿破仑在生活中拥有了许多女性，但黛丝蕾的位置是没人能替代的，这除了黛丝蕾是他的初恋情人外，更重要的是黛丝蕾不计前嫌、一如既往地帮助他。因此她得到了拿破仑的敬重，同时拿破仑也给了她极大的恩惠。这恩惠除了金钱外，对她丈夫的诸多违旨行为，拿破仑也采取了宽容的态度，并且亲封贝尔纳多特为汉诺威总督，圆了贝尔纳多特想自己拥有一片国土的梦。
加冕典礼定于12月2日举行。加冕仪式务必灿烂辉煌、堂皇富丽。人们从欧洲的四面八方而来，出席观看如此盛况空前、无与伦比的非凡表演，人人争相一饱眼福。
在加冕大典举行的前夜，拿破仑正处于百感交集、心潮澎湃的时刻。约瑟芬则难以控制内心的激动，喜形于色，眉飞色舞。拿破仑皇帝亲手为她试戴皇后的皇冠，明天，她将面对法兰西接受加冕。吕西安因为自己的婚姻未能得到拿破仑的认可一气之下远走意大利，而母亲莱蒂齐娅则坚持站在吕西安一边，因此他们不会来参加加冕大典。
母亲没有出席加冕典礼使拿破仑感到非常尴尬，他一面要人们把她忘记，一面又命令在他的加冕礼仪名册上给母亲标出显赫地位。
1804年12月2日，这天拿破仑到8点钟才起床。仆人给他穿衣：镶金白丝袜，白丝套裤，白丝绒上衣，金丝绒刺绣的紫红丝绒礼服上绣有月桂花纹，布满蜜蜂花饰，镶嵌有钻石领扣的紫红短披风，嵌着摄政王钻石，高插白羽饰的黑色天鹅绒帽子。
这身服装十分奇特而又华贵，拿破仑穿在身上觉得不自在，他咒骂献华服的人道：“瞧这多美呀，混蛋先生。”接着，他又掐了掐仆人的耳朵，说：“不过，我们将来得看看账单。”
早晨9点，教皇也起了圣驾去大教堂，他的一位随从穿着绣有十字架的高跟拖鞋，举着一个大十字架，令人见了好笑。过了两小时后，拿破仑和约瑟芬才登上金銮驾。
这是一辆四轮豪华马车，镶金镀银，光亮如镜。上面铺有白天鵝软垫，顶上雕有戴皇冠的帝国之鹰。盛大的护驾仪仗队紧跟着前往圣母院。沿途街道由士兵筑成了人墙，一路上钟鼓齐鸣，礼炮不绝，50万名观众的欢呼声不绝于耳，拿破仑享受着无上的荣光。
在圣母院里，人们拥挤着，却又害怕紧张地小声议论着，等看到拿破仑等人进来时，众人似乎都屏住了呼吸。为了让更多民众承认他的合法地位，拿破仑还把教皇庇护七世请了过来，此刻，他正双手抱胸坐于椅子上，一脸严肃。而拿破仑也没有像以前的皇帝那样跪在教皇面前，让他为自己戴上皇冠，而是自己伸手拿起就戴在了头上。约瑟芬见势，赶忙优雅地跪下，拿破仑又为其戴上皇冠，至此，拿破仑便正式成为法国皇帝，号称“拿破仑一世”。