在亚历山大，拿破仑用阿拉伯文向当地居民发布了一份不寻常的告示。他声称法国人不是来打埃及人，而只是来打压迫他们的马穆鲁克统治者，他还宣称法国人才是真穆斯林，因而要求所有埃及人都应帮助法国人驱逐马穆鲁克。拿破仑还向当地的教长和阿訇授了三色勋章。又过一星期后，拿破仑的部队和物资都上岸了。此时，法军便开始向开罗进军。行前拿破仑留下克莱贝尔留守亚历山大，并任总督。梅努奉命占领罗塞塔后也任总督。
按照拿破仑的命令，杜高师沿尼罗河的两面支流溯河而上，保护由船只运送的辎重、弹药和文职人员；佩里上校的炮舰负责护航。拿破仑自己则率德塞、雷尼埃、邦和维埃的4个师抄近路，走沙漠，向尼罗河上的拉曼尼亚进军。
这段沙漠虽只有52英里，但法军是在最炎热的7月进军的，沙漠里没有水；法军又连水壶都没带，结果部队干渴难熬，一路上还要谨防阿拉伯人的袭击，跟不上队的掉队者会遭到贝督因人的凌辱和肢解。部队因而不敢歇息，一气走到了尼罗河边，在那里又暴食西瓜，许多士兵都腹泻了，部队士气都很低落。
尽管部队进军未得到好休息，拿破仑还是命令继续向前进军，他想趁马穆鲁克惊魂未定时打个措手不及。在拉马尼亚，杜高师与拿破仑的沙漠纵队汇合了。拿破仑率领5个师的兵力来到舒卜拉基特，在这里他连夜创造性地布置了一个大方阵，等待着马穆鲁克的骑兵来冲锋。因为此前他已获悉马穆鲁克的前卫已抵达这里。
7月13日上午，马穆鲁克的12万名骑兵果然出现了。这些骑兵策马到法军的方阵试探一阵后，即发起了猛烈的冲锋。法军用滑膛枪和霰弹迎头痛击，这一万多骑兵反复冲杀，却始终未能破法军方阵。在法军的左翼，由佩里指挥的炮舰和驳船这时也遇到了麻烦，马穆鲁克的大艘炮舰咬住了他，幸亏佩里炮舰上发射的一发炮弹命中了马穆鲁克旗舰的弹药舱，舰上的人全被炸死，其余的炮舰才慌忙撤走。
在舒卜拉基特的会战中，拿破仑运用步兵方阵取得胜利。这种方阵对付骑兵进攻十分有效。此后过了10天，拿破仑又用同样的方阵在因巴拜击败了马穆鲁克的骑兵。因巴拜已距开罗不远，此地远远望去，金字塔又赫然耸现。马穆鲁克其时尚有17万部队守着因巴拜，但拿破仑的兵力有25万人，经过2个小时游战后，损失了七八百人的马穆鲁克，不得不弃阵而逃了，法军乘胜进占了开罗。
拿破仑在陆地上的进军取得了胜利，但他在海上的舰队不久却遭到了大厄运。
原来，他留在亚历山大的舰队是由布律埃斯将军指挥的，但拿破仑走时未对其下一步行动路线作明确指示。布律埃斯把他的13艘舰队和4艘快速炮帆船停泊在阿布基尔湾，舰队一字摆开，距海岸约一英里半。到8月1月下午，英军纳尔逊的14艘战舰突然驶进阿布基尔湾，双方舰队不期而遇，于是一场激烈的海战发生了。战斗中，法舰两侧都受到近距离炮火的扫射。布律埃斯虽然指挥士兵进行了英勇的抗击，但最后都被击败，法军旗舰“东方号”起火爆炸，布律埃斯将军当晚战死。整个法军舰队，仅剩下了亚历山大港的两艘快速炮帆船和几艘传递公文的船只。
阿布基尔的海战发生后，拿破仑征服埃及的形势就不太妙了。尽管他曾击败过马穆鲁克，但并没有消灭他们。到了9月2日，即离此次海战一月后，土耳其也向法国正式宣战。
拿破仑在新近获悉叙利亚的土耳其总督杰查正在阿克附近集结一支土耳其军队准备入侵埃及的消息后，决定先发制人。他计划进军阿克，击败杰查，然后率领新召募的5万大军，逼苏丹言和，进而协助他进军印度。11月19日，拿破仑向杰查下了最后通牒：“如果你继续在埃及边界为易卜拉欣提供避难所，我将视之为战争行为并将向阿克进军。”
没有得到对方答复，拿破仑便照计划开始入侵了。他组织了由4个师汇集的远征队，自己亲自带兵出征。1799年2月10日，拿破仑从开罗出发。17日到达阿里什。此时雷尼埃师和克莱贝尔师久攻土耳其的要塞未克。拿破仑在出发时曾将所有的攻城重炮装船海运，准备在阿克卸载供他使用。此时没有重炮，他便集中所有野战炮对敌要塞猛轰。土耳其守军终于动摇投降，900名士兵当了战俘。法军乘胜前进。24日，未遇抵抗便进入加沙；3月3日，法军来到雅法城下，受到守军的顽强抵抗，3月7日，法军在城墙炸开缺口，攻陷了此城。法军入城后大肆奸淫掳掠。拿破仑在此还下令屠杀了二千多名战俘，成了他的生平及其人格上的一个污点。
3月17日，拿破仑率兵到达海法并在卡梅尔山设立了司令部。由此向北望去，隔海就是杰查的老巢阿克要塞。这座要塞以前是一个古堡，它三面环海，地理位置十分重要。驻守要塞的守将是一个土耳其人，他有250门炮，此外还有英军史密斯准将率领的2艘战列舰和12艘炮舰的支持。在史密斯的炮舰上，还有一位英军上校菲利波，以前他曾是法国炮兵军官，并与拿破仑在巴黎时是同班同学，但两人一向关系并不和睦。
当拿破仑到达卡梅尔山的时候，运载其攻城炮的船只也到了阿克港外，不幸这些运载船由于雾大，正好落入英国海军舰队的怀抱。因此拿破仑攻城时不仅没用上这些重炮，反而倒遭了这些重炮的轰击，但拿破仑并不气馁，经过十余天的布置，3月28日，开始了第一次强攻，此次没有成功。4月1日又一次实施进攻，结果也伤亡惨重没有成功。此时，史密斯又派3800名陆战队员增援土耳其守军，法军一时难以攻克。在围城战的最后一周，那位菲利波上校却由于瘟疫而病死了。在拿破仑久攻不克时，大马士革的帕夏又派出了一支土耳其大军从后方攻击围城的法军，克莱贝尔率领的一个2000人支队在阿东南厄斯德累伊伦平原的塔波尔山遭到了攻击。经过了长达10小时的英勇抗击，法军眼看支撑不住了，千钧一发之际，拿破仑亲率邦师赶到，及时击退了这股土耳其人。当晚，拿破仑在一个修道院过夜，后来的5周，拿破仑不顾伤亡，仍然组织部队向要塞强攻，结果都没成功，而且总工程师加法雷利将军也战死了。眼看无法攻克，伤亡又越来越增大，拿破仑只得放弃了攻城计划。
接着，法军开始撤退。5月24日，法军到达雅法。6月14日回到开罗。一星期后，他命令海军将军冈托姆在亚历山大港准备两艘快速炮帆船准备出港。
7月14日，拿破仑获得情报，一支土耳其舰队已抵亚历山大港并准备登陆。他立即率一个纵队沿尼罗河而下至拉曼尼亚，在此才获悉，由史密斯海军中队护送的土耳其运兵船队已在阿布基尔湾登陆38万人，并俘虏了据守该要塞的法军。这支土耳其部队此时尚集结在滩头掘豪自守。拿破仑立刻集结了一万余人，于7月25日拂晓向土军发起进攻。缪拉准将率一个骑兵旅冲破了士军防线，他还亲手砍伤并俘虏了土军司令。无路可走的大军被撵进大海，有数千人战死或被淹死。
此战结束之后，拿破仑从一份报纸中获悉，法国国内局势正急转直下，法军在意大利和德国分别被奥军和俄军击败。法国民众惊惶不安，“祖国处于危险之中！”拿破仑立刻想到了一个好借口。于是决定返回法国。他声称要赴埃及视察，于18日悄悄离开了开罗，走时带了一批精选的人才。22日来到亚历山大港，当晚即登上早已备好的快速炮帆船。凌晨，这艘炮舰驶至港口。走前，他给克莱贝尔留了一封信，命令他暂时代理东方军团司令。
三、雾月政变
早在拿破仑回来之前，各种媒介就已在政府的号令下大力颂扬拿破仑的功绩了，这更加加深了民众对他的期望。政府要员们的不安战胜了虚假的伪装，如果再不进行反面宣传，恐怕他们就失去了在法国的立足之地了。
拿破仑没有督政府的批准，本无权返回法国。政府要员们抓住这个把柄，攻击拿破仑：“他竟然撤离战场，该当何罪？”民众对拿破仑的擅自归来，却没有政府要员的那些花花肠子。拿破仑归来，正是众望所归。
有人不怀好意地说：“召开军事法庭，审判拿破仑。”甚至有极端仇视拿破仑的人主张：“马上枪毙拿破仑！”但却无人响应。民众们认为这些都是无稽之谈！10月18日，拿破仑在亲随的陪同下拜见了督政官。双方各怀心事，会见在虚假的热烈气氛中进行。只有面对民众时，拿破仑才会发自内心的热烈。那些督政官们，他们根本就在其位不谋其职，有何颜面面对民众。自然，政府要员们，包括督政官巴勒也不敢对拿破仑轻举妄动，更谈不上召开军事法庭和枪毙之类的事了。但是拿破仑却不可不小心防范。他肩上担的可是法国的前途与命运啊！会上的形势几乎无法控制，到了差不多吵翻的地步，督政府指责他在1797年到1798年任意大利军司令期间利用职权中饱私囊，换句话说他被指控对法国政府有诈骗行为。
拿破仑怒气冲天--从来没有任何人当面骂他是个窃贼，今后也不会有任何人敢于再这样骂他了。可以肯定地说，拿破仑财富的骤增是人人有目共睹的。吕西安新近在韦特大道上购置了豪华的宅第。拿破仑自己则耗费成千上万的法郎将约瑟芬在凯旋街的宅第装饰一新，她的首饰盒里装满了从意大利抢来的宝石；接着在1799年，她又购置了马尔梅松庄园。约瑟夫也购置了地产和豪华的巴黎住宅。拿破仑对此并不否认：他的家族的确发了财，但他愤怒地抗辩道，他从来没有从军费开支中动用过一分钱；实际上，这些都是从意大利劫获来的战利品！每一个高级军官，甚至中下级军官都发了战争财，这是当时的传统，无可厚非；如果说拿破仑得到的财富比别人多，那是因为他作为总司令，自然有权这样做。
但是，绝没有偷窃法国政府的财富！激烈的会议最后圆满结束，拿破仑又一次被证明无罪。但是他和督政府之间又增加了一道新的裂痕。督政府为了驾驭这个野心勃勃的拿破仑，给他提供了一个新的军事指挥官的职务，但遭到拿破仑的拒绝。
从表面上看，督政府这次试图使拿破仑名誉扫地的企图未能奏效。实际上，拿破仑在私下和巴拉斯保持着密切的联系，巴拉斯的政治影响对他极为重要，特别是巴拉斯和塔列朗、罗德雷的那层关系。拿破仑意识到，巴拉斯是自己计划取得成功的一个关键人物。
看来一场没有硝烟的战争在所难免，唯其无形，才更需仔细筹划，秘密进行，而且滴水不漏。没有有力的支持者，单靠拿破仑自己是无法发动政变的。现在警察局长富歇已经公开表示支持拿破仑的政变计划，并频繁地出入凯旋街拿破仑的宅第，与常来常往的贝尔蒂埃、布律克斯、巴黎警署行政长官雷亚尔、沃尔内和罗德雷过从甚密。另外，为了争取军界元老的支持，拿破仑与握有军权的塞巴斯蒂尼和缪勒进行了秘谈，得到了二人的同意。缪勒是骑兵指挥官，在紧要关头会发挥大作用。什么人承担何种举措，拿破仑都作了精细的分工。看来，计划已在逐步实现了。
其实，拿破仑的这个政变计划，不光有其个人野心的因素，也有政治环境的因素。试想，如果拿破仑不发动政变，那些督政官们会让拿破仑有好日子过吗？况且，政治上的你争我夺本是天经地义之事，没有孰对孰错之分。政变已如箭在弦上，不得不发。如果拿破仑政变取得成功，就能取得以下两方面效果：一方面是拿破仑可以得到属于自己的荣耀。二，民众也会过上强于从前的生活。拿破仑的政变似乎是顺乎天意了。
为了给哥哥拿破仑提供一定的帮助，11月初，吕西安特别宴请了西哀士到他家来共进晚餐。这是吕西安的聪明之处，他认为必须拉拢一个督政府的重要成员才能表示其新政府的合法性。他们在书房密谈到次日凌晨，他们的谋划已经成熟，将要发生政变：《共和三年宪法》将被新的宪法所取代，督政府、元老院和五百人团将被统统取消，挖法兰西共和国墙角的腐败势力残余将被彻底清除干净。前来吕西安家赴宴时，两人还相互有所提防，离开时已经是志同道合的朋友了：西哀士答应将尽其所能赢得议会的支持，拿破仑则尽可能争取高级军事将领的同情。至于政变的细节，他们将另找时间商议。
随着拿破仑和西哀士的关系得到确定，为了计划不提前暴露，他们私下几乎没有接触的机会。罗德雷继续充当他们之间的传声筒，同时，欧仁·博阿尔内则通过军中的熟人控制巴拉斯。警察局长富歇两面讨好，通过雷亚尔为拿破仑工作，同时秘密地向巴拉斯透露有关推翻他和督政府的政变的计划。但是，巴拉斯并没有表明立场，显然是感到自己没有力量和拿破仑抗衡，但是出于对戈耶和穆兰的反感，他也自然不愿意向他们透露拿破仑的秘密计划。
推翻政府的政变计划已经日趋成熟。富歇宣布坚定地站在拿破仑这一边。当日，拿破仑同莱茵战线的指挥官莫罗将军一起参加了两议院在卢森堡宫举行的盛大招待会。实际上这是由吕西安精心安排的，旨在使两院与拿破仑的计划能够协调一致。按照布列纳的说法，这是一个“古怪的宴会”，会上大家都悄声说话，颇多保留，会上“没有自由……没有公开的言论……没有欢乐……人人相互提防，很少说话”。虽然来客平时都是两院的议员，可是在宴会上却没有同志式的亲密。大家都噤若寒蝉，不知道拿破仑的葫芦里卖的什么药。这使拿破仑很生气，他匆匆用过餐，在贝尔蒂埃的陪同下向二百五十名贵客一一致意之后，便突然穿上大衣离去了。
尽管如此，这次宴会还是达到了它的目的，至少使大部分议员不再像以前那样害怕接近拿破仑了，这在很大程度上要感谢西哀士近来的工作。在军界，只有三个人拒绝和拿破仑合作，他们是儒尔当将军、奥热罗将军，还有一个当然就是贝纳多特将军了。
贝纳多特始终对拿破仑和西哀士存有戒心，他与拿破仑有着非常特殊的关系：他是拿破仑哥哥约瑟夫·波拿巴的连襟，又是拿破仑先前恋人的丈夫。而西哀士曾经在夏天解除了他陆军部长的职务。贝纳多特这个人个性强烈，不知道是出于他对自己妻子的抛弃还是拿破仑确实惹怒了他，在拿破仑从埃及回来之后，他就曾经建议立即逮捕“这伙擅离埃及战场的逃兵”，并交付军事法庭审判。但是通过约瑟夫的努力，拿破仑和贝纳多特的关系表面上有了改善。因此贝纳多特一家也为拿破仑召开了一个盛大的宴会，同时请来的还有莫罗将军和他的妻子、罗德雷和他的妻子、塔列朗和沃尔内。