一、进入剑桥大学
17世纪60年代的剑桥大学城距离“学术乌托邦”的纯真还很遥远，它既是个学术落后，又是个居住危险的地方。房屋沿着脏乱的街道挤成一堆，入夜之后没有街灯，白天的市街充斥着商贩、乞丐、嬉戏的儿童和穿着长袍的学生。一位不知名的游客曾经如此形容剑桥大学城：即使冬天里融雪时的老街、大雨过后的巴多罗买节大集市，那令人嫌恶的肮脏，都不如这个著名的大学城的泥泞街道更叫清道夫受不了。那些街道之狭窄，可以在两辆独轮车相会时显露无疑，即使在最宽敞的部分会车，都足以使整条街的交通堵塞，必须花半小时才能挪出空隙让行人通过。城里大部分的房子又小又低，看来像侏儒住的小茅屋，称不上是一般居民的住房。剑桥占地略大于1平方公里，人口大约8000人，其中约3000人是大学里的学生、研究生和教职员。学生很容易就发现他们的四周充满危险：他们的灵魂所受到的危险来自娼妓和小旅店店主联手演出的假意体贴，他们的身体则受到遍地的盗贼和杀人犯的威胁。
一位名叫约翰·斯特赖普的大学部一年级学生，有一封给母亲的家书，是在1664年间写的，信中把城里的社会面貌如图画似的描述如下：我们这里有最令人无法忍受的劫案，从来没有看到过那么多。我听说在前两三天，附近就发生了六七起抢劫，还造成两三人被杀。就发生在上一个安息日，在城外2公里处，一个男人的头部遭重击。最近，住在彼得宾馆内的一位学者，他的两只耳朵被强盗割掉了，因为他按照强盗的命令把身上的钱交出来之后，还向他们发誓说，如果他身上还有钱的话，就随他们怎么惩罚都可以。结果强盗搜他的身，不幸又找到大概20先令，于是强盗就按照他所承诺的，处以说谎者应受的酷刑。事故的不断发生不能单纯归因于学生看起来比较有钱，也不能说学生是较易侵犯的对象。100多年来剑桥的居民之所以无法与学生相处，有其内在的原因：尽管城里的居民人数超过学生很多，居民的生活却要受到贵族化的大学行政当局干预。大学的行政机构一向是腐败和营私的，城里大多数商家都要依赖大学维生，但很多商人受不了大学校长对他们的专制和苛求。校长的权力范围绝对不限于校园之内，也不是只管理学生团体，他虽然名头不符，但其实是个不折不扣的封建领主。他控制城内所有形式的商业，监理全部法律与财务。在1600年颁布的英王宪章中规定，剑桥市可以有自己的市长、市政官吏和国会议员等，官吏也拥有代表自己权力的图章，但是宪章的最后一段中指明：“本宪章的条文不得对大学的校长、教授和学者的权益与自由，含有歧视或妨碍的内容。”
在牛顿进入剑桥大学之前一年多时，当地的市长显然在某些事上冒犯了大学校长的权威，因而他不但被校长羞辱，还被要求写信道歉。市长在他的悔过书中，不得不明白地表示出究竟谁才是真正的头：我，爱德华·查普曼，剑桥市的市长，于1660年2月26日错误地许可陶尔布斯监狱释放威廉·兰德、约翰·迪伏尔和詹姆士·狄拉莫三名犯人。这三人是以前由大学校长弗恩博士判罪入狱的。因此，为了求得大学当局的谅解，我在此承认错误，并且承诺今后在我使用权力之时，绝不会侵犯我所知的所有属于大学的自主和权力。在上帝见证之下，1660年3月2日。这种情形直到维多利亚（1837~1901）后期都没有多少改变，那是很难以令人置信的事。20世纪开始以后，剑桥大学当局对于市政的干预和对学生自由上的限制逐渐减少。然而，自牛顿当学生时开始，一直延续到英国博物学家达尔文（1809~1882）于19世纪20年代后期成为剑桥学生之时，学生的活动都受到大学警察和学监的监视。学生不得与商人交往，不得到酒店喝酒，不能召妓，不能违反宵禁等等。虽然这些规定常被破坏，而且学监执法也不严格，但还是偶尔有些倒霉的学生被捉。
尽管剑桥外面的世界——全英格兰都起了不少变化，并且还在持续变化中，却看不到大学当局有什么反应，大学中讲授的老旧课程依然不变。1660年王室的和平复辟带给全国新的气象，克伦威尔的新教共和政治在1658年他去世之后已随之瓦解。虽然全国人民仍旧怀疑斯图亚特王朝倾向于天主教，不过1661年牛顿进入剑桥时，英国也已步入一个宗教宽容和政治安定的新时代。
这种宽容和安定使英国社会的特质起了巨大的变化，大学中因宗教而受迫害的学者都恢复了原职（虽然过去同情圆颅党的人还是属于被排斥之列），但大学当局依旧将中世纪以来一成不变的权力紧握不放。自从亨利八世主政以后，国王拥有法定权力可关闭国内的任何大学并占为己有，故而大学一向忠于王室。作为一个皇家机构，它被植入代表昔日荣耀的传统和观念。
二、不平的待遇
伊萨克·牛顿这个乡下孩子，以前从未到过比格兰萨姆大的城市，在他看来剑桥犹如爱佛伦岛般巨大。他在1661年6月2日或3日离开伍尔索普，出发前往80公里外的一个城市，这个城市就成为后来他居住35年、几乎未曾离开过的家。他沿大北路前进，第一个休息站是苏士屯，那儿有他继父史密斯在遗嘱中指定给他的一片农地，在牛顿过了21岁生日之后，这片土地上的收入就归他所有，这是牛顿首次有机会去看望属于他的财产。然后第二站在接近大沼泽区的史提尔顿停歇，从那儿只要再坐一天车就可以抵达剑桥。
据斯蒂克利说，斯托克斯校长在牛顿行将离开他的照顾时，骄傲地让这个杰出的学生与他一起站在全校师生面前，眼中充溢着泪水发表演说赞美这个学生，并且鼓励大家以他为榜样，取得像他那样的学业成绩。很显然，学生们都和校长一样深受感动。斯蒂克利也承认，庄园里的庄稼汉及仆人也很高兴看到牛顿离家上学，这一点描述更是容易让人相信，因为“他们很快乐地与他分手，都说他做什么都不合适，还不如由他去‘玩四年’吧！”
然而，汉娜可没有轻易放过，她要确使她的儿子不能完全摆脱“现实生活”中的俗物纠缠，要他别以为自己已经逃离了困苦的日子。
当牛顿于1661年6月5日在剑桥大学三一学院注册为学生时，他只能排在社会阶级中的最低层，以准减费生的资格入学（上课一个月之后变成减费生），准减费生和减费生都只比仆人好一点点，他们要为特权学生收拾房间、清洗便器以贴补学费。所谓特权学一生包括资优生、公费生、全自费生、贵族子弟和富商子弟等等。
牛顿的工作是属于哪一类的减费生一直都不很清楚，传统上，减费生要服侍非减费生，但有时候也有专门替一个研究员工作的情形，而这位研究员必须是他的指导老师。后人一向以为牛顿的减费生工作是属于前一类，这或许是对的，不过另外也有证据显示他事实上是为巴宾顿工作。巴宾顿是格兰萨姆药剂师克拉克先生的妻舅，在三一学院担任研究员。
牛顿甚至可能该感谢巴宾顿安排他做私人仆役，他才得以进入三一学院。巴宾顿同情王室，因此在共和政治时期的清教徒清洗运动中被剥夺了研究员的职位，到王室复辟之后才得以恢复。多年之后当牛顿已不在人世，艾斯库家族所持的传统说法是“某一位邻居绅士给予了金钱上的援助”，帮助牛顿到剑桥大学读书。
牛顿如果真的是替巴宾顿工作的减费生，他的工作可能十分轻松，因为他的主人每年留在学校的时间只有几个星期，所以很少需要他服务的时候。另外有一件事情可以明显想像得到，那就是几位认定伊萨克具有学术潜力的赞助者与伊萨克的母亲之间，仍然在金钱上存有不同看法，因为当时汉娜很不情愿地答应巴宾顿、艾斯库和斯托克斯等人的要求，让伊萨克去大学读书。牛顿的学费每年大约是10~15英镑，另外加上零用钱10英镑，这两项费用汉娜都答应提供，似乎她已经尽力而为。但是，如果考虑到她每年的收入约达700英镑之巨，足够舒适地安排生活，那么很显然她是有意使她的儿子在剑桥过点艰苦的日子。
对于一个负担不起全费的学生，必须作为减费生才能读大学，那是很委屈的事情，所以减费生的退学率远高于相对享有特权的商人子弟、公费生和全自费生。此外，对牛顿而言，为富有的同学清洗便器所感受到的羞耻，或为老师跑腿当差所体验到的污辱，无疑是太沉重了。
纵然牛顿的工作比大多数其他减费生轻松得多，在大学当局和同学们的眼中，他还是属于学校里社会阶级最下层的学生，于是社会地位高的学生以轻蔑的态度对待他，将学校当做娱乐场的富家子弟也不把他放在眼里。那类学生只是在大学里待上几年，然后就到上层社会找个不怎么重要的工作。
这些新加给牛顿的屈辱，对一个年轻人的性格培养没有什么正面的帮助，除了使他更加坚定地决心要出人头地、让别人看得起之外。那些不公平待遇对他长久以来的不安全感如同火上浇油，导致他一心一意要切断他那不甚光彩的门楣关系，然后抓住每一个机会努力改善自己的社会地位。如果汉娜曾经想过，通过让她儿子在学校里吃点苦，能够让他因为受不r而放弃学术生涯，乖乖回家做一个农夫，那么，她显然完全不了解自己的儿子。因此，若是她的一番作为对伊萨克有任何正面影响的话，那就是令他深信必须要远离伍尔索普了，他必须更加依赖自己的努力，在学术上超越别人。
三、孤独封闭的一年
剑桥大学的教学方式早在1571年由伊丽莎白女王颁发的敕令中，即已作了规定，不但规范教职员及学生的服饰和行为，还规定了课程的结构。凡要取得文学士学位的学生，必须留在学校里至少学习12个学期（亦即至少4年），以及参加所有由学校教授讲授的公开演讲。真正说来，教授的课程只有一门，比如一年级是修辞学，教授口头辩论和作文技巧，其中又包括古典历史、地理、艺术、《圣经》和文学等。此外，在第一学年结束时，学生应该娴熟地掌握拉丁文、希腊文和希伯来文。
牛顿后来确实是一个专心用功的学生，但一开始的时候他既不出色也引不起教授的注意；他可以说是默默无闻，因为他和其他同学一样都得不到老师的指导。牛顿到学校之后，就被指定由一位叫做普林的教授担任他的导师兼代理监护人。这位普林教授没有详细资料可查，只知道他于1650年以减费生的身份进入三一学院，后来升格至希腊文的钦定讲座教授，占据这一职位达12年。普林教授是这所学术贡献乏善可陈的学院中一位典型的马虎老师，他是个著名的“学生饿兽”，这绰号的意思是尽量多收指导学生，以补贴他那微薄的薪俸。他几乎完全没有指导过牛顿，因为他要同时兼顾超过50个大学部学生，牛顿不过是其中之一。
在学校几个星期之后，牛顿就把自己和别的减费生隔离起来，重新回到格兰萨姆学校时的那种生活，所以他一年级那一年是非常孤独的，没有一个同学给我们留下有关他在学校早期的逸事，也没有记录显示牛顿与任何同学有过什么深厚的交情。我们只能推断他恨透了他的室友，这是从那本“菲茨威廉笔记簿”中所记下的两条“忏悔”中察知的。第一条“忏悔”是“用了威尔福德的毛巾却把自己的省下不用”；第二条是他自认为有罪，他说“我欺骗了我的室友，假装我不知道他是个酒鬼”。第一条“忏悔”给出了他那位室友的名字，我们在别处没听说过他，但从剑桥校友录里我们查到威尔福德是一个全自费生，和牛顿同一天进入剑桥。显然牛顿连这位倒霉的威尔福德都不愿接近，无怪乎他的第一年是寂寞的。
除了母亲在财务上令他不便之外，进入大学的初期牛顿还有另外方面的困难。第一是他的年龄所引起的问题。入学时，他已经将近19岁了，比同年入学的学生平均要大2岁。虽然有人认为年龄较长有助他专心于学业，但却免不了在与同学交往上产生障碍。第二个问题可能比较严重，就是他的清教徒宗教信仰，并且在他整个学术生涯中都影响着他。当时英国的大学是奉英国国教为圭臬的，即使王室复辟后，昭示容忍宗教的多元性——这是英国社会的主流思想一贯主张的，但大学生还是被要求至少在形式上服膺于英国国教，牛顿不得不把他的清教徒信仰藏在心中。
牛顿的宗教倾向固然带给他不知多少的潜在问题，让他与同学（那些正统派）之间树立下多重藩篱，但也由于这清教徒的道德，激励了他学习的决心，令他心无旁骛地全力学习。幼年时代被母亲遗弃，使他深受伤害以致情感无能，清教徒主义的节欲世界赐予他一个极好的借口，作为他对自己无心恋爱的解释。因为在清教徒的世界里，只有上帝和知识两根精神支柱，而追求知识又是上帝赋予他的神圣使命。这两根支柱可以取代其他一切需要，以清教徒主义和渴求知识的天性为引导，他至少可以躲避性欲的需要，没有结婚或成家的心理压力，更抑制他对物质的欲望。
念大一的时候，牛顿内心充斥着罪恶感，又很少参加宗教仪式，所以非常苦恼。他在那年年底特意买了一个笔记簿，专门为他过去和当时做的错事记述下他的忏悔。虽然日后他念研究所时心情较为放松，偶然也喜欢去小酒店喝喝酒和玩玩牌，可是刚入学的头几个月里，他除了上课之外，就是极度孤单地一个人待着，寂寞又彷徨，面临一个陌生的世界，他很想进去体会，却总是不得其门而入。
四、逐渐扩展人际关系
牛顿不是那种属于政治上极端主义的清教徒（虽然那时查理一世已被弑杀，内战后的英国仍然有许多极端主义者），也不同于在维多利亚时代讽刺书中受嘲笑的那一类。后者道貌岸然，对他人的所作所为都认定为淫荡和罪恶而加以挞伐。牛顿是属于以刻苦工作为重，以专心致志学习作为人类的最高道德标准的那类。他认为要荣耀上帝，应该获取知识和发现自然的真相。可是，与他同时代的人很可能把这种表现看成是一个不愿与人交往的信号。
如果他对每一个同学都抱以一种似乎冷漠的态度，反过来他的同学更显然会对他表现出排斥的样子，可是他不在乎这些，事实上他并不理会别人对他作何想法，这种傲慢的态度可以用一封他给同学的信为例，那是1661年给一位生病同学写的信：亲爱的朋友：