14至16世纪的文艺复兴，把人从天国拉到了人间，使人性重新从上帝回归到人本身。但那时的“人性”主要是指人的自然情欲、意志和人格等方面，还没有达到人的理性自觉的程度。人文主义所追求的主要还是人的自然情欲的满足，并从理论上说明追求现世幸福和物质利益的合理性。这种历史局限与当时科学发展的水平有很大的关系，因为一切真正的科学知识都与人的理性相联系而与超自然的信仰相对立。没有科学的发展，就没有真正的理性的自由和思想的独立。到了17世纪，科学发展异常迅速，涌现了哥白尼、刻卜勒、伽利略乃至笛卡尔之后的牛顿等伟大的科学家。这些以机械力学为中心的实验科学，用科学实验的方法不断地揭示出自然界的本质联系、因果关系和客观规律，这些通过实验可以重复再现的客观事实，不断地推翻宗教的教条和教义。科学家们抛开政治和宗教的纷争，在实验室里、书斋里或小范围知识圈里，搞实验、探讨各种问题，并通过显微镜或望远镜发现人的肉眼以外的种种自然奇观，在大量的资料和数据中总结出井然有序、数量准确的定律、定理。既然自然界有自己确定的运动秩序和规律，上帝的存在或对自然的干预就成了多余。自然理性和“无神论宗教”思想发展起来，他们要求恢复的不仅仅只是人的自然本性，而是要恢复和提高人之为人的理性本质。
早在笛卡尔以前，法国思想家蒙田（1533—1592年）就以《随笔》的形式对禁欲主义和教条主义进行了抨击，他在思考自我和人的理性时，却对人的理性产生了怀疑。他承认人类心灵在确切了解任何事物时都可能犯错误，为此，他的注意力不再关注认识是什么，而是关注“我知道什么呢”。他反复自问：“假如我们连我们自己都不知道，我们还能知道什么呢？”蒙田的设问把人的注意力从上帝那儿拉到了人自身，使人们开始注意到人的理性认知能力。在蒙田看来，既然人的理性如此有限，那么人的理解力是否应该真正涉足于宗教领域。他认为只要我们认识到信仰不依赖于理性，并且一个人的推理能力不能获得超自然的和神的智慧，那么运用理性来捍卫信仰就没有任何错误。蒙田认为，真正的宗教必须建立在信仰之上；但是有了信仰，理性可以用来强化信仰。人对宗教不能接近也不能干涉，只能谦逊地承受。谈到死亡，他认为：死亡是人生的尽头，而不是人生的目标。他认为：“世界上最伟大的事情即是去学知我们怎样依归自己。”这就告诉我们，人有今生没有来世，人要努力为今生今世而生活，而不要把自己皈依于上帝或来世，人应该学会对人自身的归依，这些观点明显是与基督教的教义相悖的。既然人的理性认知都值得怀疑，那么，就不应该“因一个人的意见而火烤他”，他主张宗教宽容。
蒙田的思想对笛卡尔影响很大，他一方面指出蒙田怀疑的不彻底性，另一方面又通过自己的理性推演来协调理性和信仰、科学和宗教的矛盾。在笛卡尔看来，中世纪的禁欲主义和教条主义是不可取的，但这并不意味着要彻底否定宗教，他对自己自小就信奉的宗教还是很虔诚的，即便在他的一生目睹或亲自经历了许多宗教战争和宗教迫害，但他仍不改自己儿时的信仰，当他第三次从荷兰返回法国后，他的朋友们亲眼目睹了这样一位伟大的思想家每天到教堂祷告、忏悔，他进行这些宗教仪式时是那样地自然和虔诚，看不出任何异样和做作。对上帝的信仰，不仅合乎他的理性规则，而且也是他生活的基本原则，上帝在他的理论里，既是万物存在的根据，也是人的理性认知能力和真理的发源地。如笛卡尔曾以几何学方式论证上帝的存在，就把逻辑的必然性和必然的、实在的存在混淆了。笛卡尔对上帝的怀疑和论证都在客观上起到了消解的作用。正如阿尔诺神父在辩论中给笛卡尔提出的忠告：“怕的是今天有些倾向于不信神的人能够利用他的话来反对信仰和我们信之不疑的真理。”其实，对笛卡尔来说，用理性来论证信仰本身就是隐含着强调理性作用的意义，当上帝需要用理性的论证才能确证时，上帝本身就成了理性推理的产物，如果我们怀疑人的理性时，也就怀疑了上帝。虽然笛卡尔一再申明他这只是理性证明的顺序，并不是事实的顺序，但这个理性思维的顺序对上帝存在的冲击力也是不可估量的，因为它毕竟教给了人们怎么想的方法。笛卡尔对上帝启示的真理也不是很放心，认为启示的真理也要接受理性的考验。至于与宗教有关的问题，笛卡尔认为有些可以用理性来证明，有些不能用理性来证明，对于那些不能证明的东西，只能靠信仰。可是对于这些信仰的宗教内容，笛卡尔一般采取的是回避的态度，他不愿对此做明确地回答，这在他与教会人士的辩论中表现的非常明显。对他们提出的有关的信仰问题，笛卡尔认为，上帝的问题只能让上帝去回答，我们人是回答不了这些问题的。尽管如此，在诸如宗教的问题上，笛卡尔已经最大限度地用理性来限制信仰。
对待宗教问题，笛卡尔有时也采取抽象承认具体否认的方法。也就是说在一般的情况下是承认有关宗教的基本信条的，但一旦到了具体的科学研究中，他就比较尊重实验结果和客观事实。当科学发现与宗教发生冲突时，他在二者不可调和的情况下，一般是尊重科学事实的。
他的“身心二元论”，把灵魂和肉体对立起来，认为人体是机器，人的灵魂如何与肉体联系，笛卡尔第一次提出反射心理学理论，即外界对象经由感官而达到大脑的松果腺，再由大脑返回，经由神经和筋肉组织而返回到感官。他的这一思想直接启发了俄国生理心理学家巴甫洛夫，为心理学研究开辟了道路。更重要的是，笛卡尔在人的精神方面坚持了元神论的思想。尽管他在身心关系上总是纠缠不清，而且后来也不得不承认这是人们根本不可能搞清的问题，但他毕竟把这个问题的研究交给了科学而不是神学。
在自然哲学方面，笛卡尔用机械力学原理去说明自然界的一切现象，不给宗教和神学留下任何可乘之机。他在《哲学原理》的后半部分，提出世界上的万事万物都具有广延性，并且都在进行着机械运动。从而坚持了世界统一性的原则。他说：“世界的广袤是无定限的……天上和地下的物质都是一样的，而且世界不是多元的……地和天是由同一物质做成的，而且纵然有无数世界，他们也都是由这种物质做成的。”在笛卡尔看来，物质的本质属性就是它的广延性，即长、宽、高三个量向。物质与空间范围是统一的，因而物质使得任何地方的空间都必然存在一个实体，世界上根本就不存在一个绝对的虚空。物质世界无论在宏观还是微观都是无限的。
关于世界的生成演化，笛卡尔用“涡旋理论”来解释天体演化和万物生成，他认为原初物质在混沌状态下做涡旋运动，万物就在这种旋风式的运动中分化、结合而生产万事万物，他第一次用机械力学的原则解释天体演化，这种理论后来虽被牛顿所否定，但他毕竟坚持了机械唯物主义自然观。这是他对上帝创世说的直接挑战。
应该说，在自然观上，笛卡尔坚持了机械唯物主义的基本原则，在许多方面还具有辩证法的性质，如运动与静止、有限与无限、统一性和多样性等。他曾豪迈地向世人宣称：给我物质和运动，我将为你们构造出世界来。这是何等的胸怀和气魄！
不过，我们还应该看到，笛卡尔所说的世界、宇宙主要指的是自然界，他所说的物质统一性也不是完整意义上的统一性，他并没有包含上帝和人的灵魂，他把这些不可解说的东西都一概留给了信仰。笛卡尔希望科学与信仰在人们的生活中能够和谐相处、相互促进，以有益于人类的幸福和进步。
笛卡尔没像“自然神论”者那样把上帝塞进物质里，也没像康德那样把上帝赶到彼岸世界，他更没向尼采那样大喊：“上帝死了，上帝已经死了！”笛卡尔并不这样，他不愿、也不敢抛弃上帝，他需要借助上帝的“绝对力量”和他至善完满的本性来保证有“一个超验的世界秩序的根基”，保证形而上学的善与可信性的成立，就保证了我思与真理之间的联系。
笛卡尔的愿望是良好的，但他的理性在科学的支持下早已突破了宗教的樊篱，为人类开创了一条崭新的道路。达朗贝尔在总结这个时代时，情不自禁地说：“在17世纪中叶，由于笛卡尔哲学的胜利，人们对整个世界的看法发生了根本转变。”我们步入了一个新时代！
六、笛卡尔的伦理思想
笛卡尔是位伟大的思想家，他的价值是他的思想。但笛卡尔也是一个现实的人，他在思考的同时也要生活，因而也就必然要与社会环境及各种人打交道。研究笛卡尔的伦理思想，把笛卡尔的为人处世的基本原则和他的成功之道结合起来，对我们今天的人们或许也有所裨益。
笛卡尔一生致力于学术研究，正如他所坚持的“清晰明白”的真理标准那样，他对自己有清醒的认识，并始终把自己的思想和行动分得很清。在思想方面，他在不触犯教会利益的前提下，尽量使理性自由、自主地发挥，从而实现了一次又一次思想革命。但在现实生活中，他又是一个小心谨慎、狡黠圆滑的人，他首先不与社会对立，尽量适应社会的各种规则，躲避人世间的种种烦扰，过一种清静安逸的生活，他说谁隐得好，即活得好。他不喜欢过多的参与社会活动，更不愿成为人们关注的焦点，他不愿意当演员，而只愿意成为社会的观众，以一种欣赏的心态来观赏众生百态。他喜欢独自思考，在兴趣和爱好支使下做一些有价值的、创造性的工作，而且能够持之以恒地做下去。
像他那个时代的思想家一样，笛卡尔也是非常重视伦理学的。他认为人有天赋的理智能力，只要获得正确的求真方法，就能够拥有科学和智慧，在理性指导下过一种清醒明白的生活就是人的最大的幸福。笛卡尔在这里是把人类的幸福和形而上学的求真方法结合在一起的，这也体现了方法与目的的统一。
笛卡尔认为，中世纪的伦理学虽然有着崇高的道德，但它却没有非常清晰明白的道德价值标准，因而它就不能成为真正意义上的科学让人们去遵循。他在《方法谈》一书中指出：“我将古代异教徒的伦理著作比喻为仅仅是建在泥沙之上的豪华与光辉的宫殿：他们赞美德性，并且很正当地使它们看起来比世上任何其他东西都更为可取；但他们却没有给出关于德性的充分标准。”笛卡尔在《哲学原理》一书中曾把全部哲学比作一棵树，而伦理学就是这树枝上的最高智慧。“我所谓道德科学乃是一种最高尚、最完全的科学，它以我们关于别的科学的完备知识为其先决条件，因此，它就是最高度的智慧。”哲学是伦理学的根，为其提供营养，而伦理论学则是哲学结出的最美的果实。
在人们还未掌握科学的理性方法，正在寻求真理的时候，人们仍需要生活，这就如同盖房子，当你将所有的旧房拆除后，总还得建设一些临时性的住房，以建房过程中的临时住房。这种房子虽然不很完善，但仍然不失为过渡时期完全幸福的保障。笛卡尔把这些临时的房子就比作他的“暂时伦理学”。当然，这些暂时的伦理规则，“只是供尚未知道更好原理的人暂时应用的”。目的是为了“使行动继续”，从而获得永久的伦理规则和幸福生活。为此，笛卡尔特地为自己制定了四条规则。我们应从两个方面理解这些规则：一是要把规则的内容与笛卡尔的行动加以比较，二是要通过笛卡尔的规则制定来看笛卡尔本人的伦理学理念。关于各条的基本内容，我们在前边已经介绍过，在此不再赘述，我们着重谈谈其他方面。
第一条的主要内容是守法、敬神。在阐述这一条的合理性时，笛卡尔做出以下几个方面的区别。
第一，他把思想和行动加以区别。在笛卡尔看来，思想和行动是有区别的。一个人的思想可以是独立自由的，但一个的行动却不能随心所欲。因为人的行为的发生是要与周围的环境和他人发生关系，一个人要想在思想上探求真理，就必须有一个安逸的环境，所以为了那个最终的目标，人必须首先学会适应环境，遵守当地的法律、风俗习惯，包括自己的信仰，要学会与人和谐相处。笛卡尔一生到过很多地方，无论是默默无闻的时候，还是名声显赫的时候，他在生活上都是一个循规蹈矩的人，与后来的康德很相像。他一生所有的冲突大都是由思想的斗争引起的。