后来的事实表明了达尔文的担忧。他的7个孩子中，除了四女儿伊丽莎白终生未嫁之外，竟有3个孩子绝了后，这是否是近亲结婚所造成的后果呢？
达尔文在试验地周围走了一圈又一圈，他前思后想，心神不宁。
事实上，还有一个问题终身让达尔文痛苦，这便是他身上的“神秘疾病”。这病让他“放下了工作研究”，或“妨碍他出席会议”，或“使他卧床不起”，达尔文到底患得是什么病？
原来，达尔文的叔祖父和叔父都长期患有一种医生无法诊断的“神秘疾病”；到了达尔文这一代也有十分明显的迹象。他的大姐玛丽安妮在二十八九岁结婚以前一直是一个健康的女子，后来被一种无法确诊的胃病折磨得十分痛苦。
达尔文从中年起也得了一种“神秘疾病”，这种病折磨了他42年。有人推断，达尔文家族中可能有一种忧悒症在遗传蔓延，这种病是一种遗传性的精神病。这种病在达尔文的子女身上又得到了进一步的证明。
达尔文的二儿子乔治、三儿子弗朗西斯、五儿子贺拉斯后来都成了著名的科学家，当选为皇家学会会员并被封为爵士，可他们兄弟三人和女儿伊丽莎白都患有程度不同的精神病。
女儿埃蒂童年时代病最少，成年后，对饮食特别挑剔，老说某些食物里含有细菌，能致她生病，她还极害怕感冒。她设计了一个特制的“吸入器”，每逢感到周围有细菌时，便把它罩在鼻子上。婚后，她把自己那可怜而倒霉的丈夫当做一株娇嫩的热带植物，百般呵护，甚至在仲夏时节也逼他披上披巾。
儿子威廉本来很健康，后来打猎时发生事故失去了一条腿。他对饮食也是挑肥拣瘦，对穿堂风怕得要命。据说在他父亲的葬礼上，他坐在那里，自始至终都用他那双黑手套捂住脑袋，因为他的秃头受不了过堂风！
乔治有些神经质，他的胃也不好。他喜欢披披巾，他喜欢得到宠爱。他具备忧郁症患者的一个特征，即特别喜欢谈论别人的病痛。这实际上只不过是一种病态的好奇心而已。
伊丽莎白的确是个可怜的人。达尔文并不像宠爱小安妮一样宠她。小时候她佯装生病以获得父母的宠爱，但总是不成功，后来她养成了习惯，变成一个臃肿、无精打采、相当蠢笨的女人。大家都说她有点精神病。
弗朗西斯被父亲称作“忧郁的小伙子”。他在年近30岁时患上了严重的精神抑郁症。开始家人以为是因丧妻引起，后来他变成了妄想症。这是典型的忧悒症，经常让弗朗西斯处于绝望的境地。大家对他这种病无能为力，就像他的一位朋友说的那样：“弗兰克好像以郁郁不乐为极大的乐趣。”
伦纳德是达尔文子女中最活跃、最淘气的一个。在军队中服役不到20年，他突然以健康欠佳为理由退役，可军医们却没发现他有什么毛病。进入政界不久，又因身体不好而脱离政界。40岁以后的他被认为是一个病态的自疑患者。后来，他担任了皇家地质学会主席，他居然活到了93岁！
贺拉斯小时候非常娇弱、发育迟缓，家里人都很溺爱他。长大后一度喜欢文学，后来改学机械学。他总是说自己有病，他常住在唐恩庄园，在母亲的照顾下过着“半”病人的生活。1893年他42岁时，查出他患有慢性盲肠炎，做了手术后，他也就不再多病了。他成了一位了不起的工程师。
如果认为达尔文一家确实有忧悒症这个遗传病，那么达尔文本人的“神秘疾病”也就有了一个合理的解释。
事实上，据后来的研究者分析，达尔文全家对疾病的态度非常不对头，他们甚至认为健康欠佳是正常的。问题的关键在于埃玛。她对丈夫和孩子们的健康十分重视。在她的信中，她连篇累牍地大讲丈夫的疾病，可达尔文自己却极少提到自己的病。加之达尔文的病是在结婚后才变得“神秘”起来，关于他的“神秘疾病”极有可能是女主人埃玛的想象。
夕阳西下，鸟雀归林。达尔文还在试验地边考虑下一年用哪些植物来进行自花传粉和异花传粉的对照试验。看来，他想用更多的实验证明“自然厌恶近亲受精”这一真理，以便造福后人。问题是，这一理论是否适合人类，他还缺少更充分的论据。他想，如果能进行一次人口普查那就太好了，不过，这要得到政府的支持才行，一个人的力量太小了。
1870年，达尔文听说英国户口调查条例草拟出来了，并且将提交下议院讨论通过。达尔文感到这是实现他多年愿望的机会，可以了解人口状况了。他提笔给拉卜克爵士写信：
“听说户口调查条例将在明天提交下议院，因此，我写这封信是为了说明，把一些有关近亲通婚的问题插在户口调查条例中是值得一做的……正像您所知道的一样，我已经花了几年的时间在这个问题上做了一些试验；我确实相信，现在已经有充分的证据可以证明，一个伟大的生理法则是存在的，这使得一个有关人类的调查有了极大的重要性。在英国和欧洲的许多地方，人们是根据假想和有害后果来反对堂兄妹、表兄妹通婚的；但是这种信念并不是用直接证据做基础的。所以，我们或是推翻这种信念，或是证实这种信念，这显然是值得一做的。如果我们证实了这种信念，那么就可以阻止堂兄妹、表兄妹通婚。”
“如果插进去的问题是恰当的话，得到的答案将会指出，在调查户口的那天晚上，实行堂兄妹、表兄妹通婚的这些家庭的孩子，是否和夫妇之间没有亲属关系的那些家庭的孩子一样多；如果孩子的数目比较少，那么我们就完全可以推论出，不是亲代的能育性减小了，就是后代的生活力减小了，而后者是更为可能的。”
“另外，人们常重复地说，近亲通婚会导致聋、哑、瞎等毛病，人们非常希望探究这一断言的真实性，而通过这一次户口调查所得到的答案就可以容易地验证这一切断言。”
可以看出，达尔文在这封信中，还抱着一丝希望，希望那些近亲通婚的断言会被实际的人口普查所否定。
拉卜克爵士接到达尔文的信，对他的看法表示同意。当下议院讨论户口调查条例的时候，拉卜克和化学家雷菲尔博士积极地提出达尔文的建议。可惜，下议院的议员们并不像科学家一样关心人口素质，只知沽名钓誉，拉卜克的提议被否决了。
后来，达尔文的表弟、优生学家和统计学家高尔敦首次创立了优生学。尤其是20世纪以后，由于遗传学和分子生物学的发展，人们找到了遗传物质，弄清了人类遗传性病痛的原因，确定了近亲不能结婚的科学道理。
四、离开人世
让人感到有意思的是，达尔文在自己一生的最后10年，他的健康状况比以前大有好转：他已能像从前那样不间歇地工作，已不觉得他通常所感到的那种午前的疲倦或不适。也许，是因为他的自然选择理论已经被大家广泛承认接受并作为研究的原理，也许是因为他已写出了重要的著作不再像以前那样焦虑，也许是他把研究工作都放在了他感兴趣的对象上，或者他像所有的老人一样已经不再担心，以一种看开的态度面对现实……他在他所喜欢和能使他感到朝气蓬勃的医生恩德留·克拉克的看护下，度过他人生的最后岁月。
但是，任何人都能看得出来，他的体力在下降。他在给自己朋友的一些信中抱怨，他已无法开始进行预计要用整整几年时间才能完成的新的考察。这些考察是惟一使他感到快乐的事情，感到自己并没有虚度光阴。
1879年2月12日，达尔文整整70岁。他坐在客厅的沙发上，纤细而略带波形的胡须已经苍白，前额和眼梢布满了粗细不等的皱纹，但他的气色看起来不错。
孩子们都回到唐恩庄园，全家欢聚在一起，庆祝他的70岁生日。
提倡进化论的《宇宙杂志》，在这一天出版了专刊来纪念达尔文70大寿。其中，德国生理学家波瑞耶尔教授撰文介绍达尔文的生平传略和他的重要著述；德国植物学家克劳斯博士也撰写了一篇关于达尔文祖父的科学成就的论文，文中高度赞扬了他们祖孙两人在生物学上了不起的成就。
科学界的老朋友们也纷纷来信祝贺。
这一切都使达尔文感到高兴。但他的内心深处，却有一股难以自禁的颓丧心情。他一直在内心想，无论是达尔文家系或者是韦奇伍德家系中的先辈，除了自己的母亲苏珊娜等少数人例外，不少人都活到了80岁甚至90岁的高龄。可是到了自己，刚进入古稀之年，却犹如将枯之油灯，常常有不久人世之感。
达尔文有这种心态也很正常，一方面他确实到了老年，肯定会产生很快死去的念头；一方面是因为他在撰写最后第二部著作的过程中，接二连三地生病，他又不肯向疾病屈服。当然，还有一个很重要的原因，他前不久给林耐学会写了一篇关于攀缘植物的论文，受到了虎克的批评。虎克认为这篇文章解释不清楚，有些地方缺少连贯性。其实，这都是因为疾病使他时断时续地写作，造成的这样的结果。达尔文是一个自尊心很强的人，决心写一本好书来挽回影响。这样，他就在最困难的情况下坚持写作，以致几次患了精神抑郁症。
达尔文又一次叹息，“我的科学工作使我感到的疲倦超过了通常的程度，但是我没有其他的事情好做。不论一个人的精力是早一两年耗尽，还是晚一两年耗尽，这都是无关紧要的”。
《植物运动的能力》一书完成后，得到了学界的好评，可是达尔文却衰老了。他感到自己疲倦不堪，身体虚弱，又一次预感自己将不久于人世了。
“我父亲活到83岁，他的思想还是那样清楚，动作一点也不迟钝，我真希望在我的思想还没有糊涂的时候就死去。”他懊丧地对埃玛说。“可是，这里还有这么多的工作，我真希望能够把它们都完成。不过，看来肯定有很多事情是来不及完成了。”达尔文悲哀地说。
埃玛心里十分难过，她极力克制住自己的感情，不让自己哭出来。她尽量安慰达尔文，达尔文仍然唉声叹气；她跟他讨论事业上急需解决的问题，他仍然提不起精神；她给他弹钢琴，可他心不在焉，郁郁寡欢。埃玛还能有什么办法呢？她只能抱怨自己：我比丈夫还大一岁，仍旧这么健康。上帝呀，你为什么这样不公平，为什么不让查理比我更健康一些呢！埃玛祈祷着。
埃玛做了最大的努力，终于说服达尔文到格拉斯米尔去作短暂旅行，埃玛知道，只有大自然才能给达尔文心灵以慰藉。