距今1200多年前，日本始有经朝廷组织编写的《古事记》和《日本书纪》等史书。它们记载有不少神话传说，其中有日本“创世”的故事，跟中国“盘古开天地”、“女娲补天”的神话相似。在遥远的过去，那时有称为“高天原”的天，有像水上的油一样的地，像生长在沼泽岸边的芦苇发芽那样长出了两个神——男神和女神，即伊奘诺尊和冉尊兄妹。他们是日本最早的创世神。兄妹俩站在天浮桥上，将手里的天沼矛往海水里一搅，矛尖落下来的水滴聚集而成一个小岛，名为“淡路岛”。然后又如法炮制，先造出“四国”岛，再是“隐岐”、“筑紫”（九州）、“壹岐”、“佐渡”、“对马”等岛，最后造出了一个最大的“本州”岛。因加起来共有8个岛，故日本有“大八洲国”之称。
伊奘诺尊、伊奘冉尊兄妹还培植了岛上的山川草木，生育了众多治理国土的神。天照大神是这些神中的最高统帅，她治理着高天原，并派子女开发其他疆土。天照大神的弟弟素栈鸣尊，因胡作非为引起众神愤怒，被驱逐出高天原。他降临到出云地方（今岛根县境内），斩杀了身长横跨7个山峰的大蛇，并从其腹中取得“天丛云剑”，后又禅让给其儿子大国主神统治。是时，天照大神要派自己的孙子琼琼杵尊去统治，并给他玉、镜、剑三件宝器，这就成为历代天皇标榜正统的“三神器”。琼琼杵尊死后，由彦火火出见尊治理国土，被奉为日本开国之王，称“神武天皇”。他率军从日向地方经海路东征，征服大和地方后，于公元前660年元旦在檀原宫即位，被认为是日本历史上的第一位天皇。虽然这纯属虚构，但对了解日本古代历史却可资参考。
（第三节） 部落小国时代
根据大量考古发掘证明：距今数万年至十余万年前，日本民族的祖先就已劳动、繁衍在日本的土地上。
20世纪30年代初，在兵库县明石市发现了一片男性腰骨化石，称“明石猿人”；50年代在标木县葛生町发现的下颚骨、大腿骨等遗骨化石，称“葛生猿人”；后又在爱知县牛川町发现了人的上腕骨等化石，称“牛川人”；在静冈县三日町发现了人的不同部位的头骨，称“三日人”。20世纪60年代以后，在大分县圣岳洞穴、冲绳县港川、静冈县浜北等遗址中，发现了人体不同部位的遗骨化石多种。上述人类遗骨化石，反映了原始日本人不同阶段的发展轨迹：明石人与中国的蓝田猿人、北京猿人同处于第二冰河期；葛生人、牛川人、三日人、圣岳人等分别属于更新世中期至晚期，其中圣岳人、三日人与中国的山顶洞人相近似。
旧石器时代原始日本人生活的遗址，几乎遍布全日本。当时日本和亚洲大陆连成一体，因受地近海洋暖流之惠，植物繁茂、动物成群。原始日本人进行着群体的狩猎、采集活动，过着“冬则宿穴、夏则住巢”的流动生活。他们把制作石器作为生活中的第一件大事。制作技术也日趋成熟，如剥离石刃的技巧，出现了多种不同的方法，形成以濑户内、北海道、北九州等为中心的区域性特点，且与东亚其他地区的石刃技术有关联。
原始日本人在旧石器后期，已能用火烤熟食物（考古挖掘中发现过多处炉迹）。他们通过火的应用，能熟食、御寒、防敌，有益于增强体质、丰富智慧，提高了与自然界作斗争的能力。
距今约七八千年前，日本开始进入新石器时代，反映其文化的代表文物是具有绳纹式花纹的陶器，故称为“绳纹式文化”，它延续了几千年，直到公元前3世纪末，遗迹遍布日本各地，出土陶俑多为女性，因此绳纹时代是日本母系氏族公社的繁荣时期。
公元前3世纪末，随着秦汉帝国相继兴起，中国的金属文化和农业技术通过朝鲜传到日本，从此日本进入金石并用时代。这个时代的陶器是用陶轮生产形式简洁的素纹陶器，因最先在东京弥生町发现，故称之为“弥生式文化”，这是一种以种植水稻为基础的农业文化，男子在生产中的主导地位，使得父权制氏族公社取代了母权制氏族公社。
弥生时代的农业发展和铁器的广泛应用，引起了社会重大变化：不仅出现了以部落共同体为基础的村落，而且有了贫富的差别。在北部九州一些弥生后期的坟墓遗址中，挖掘出非常珍贵的铜镜、铜剑、玉器等；而大多数瓮棺墓葬则毫无殉葬品。这说明当时已出现了阶级。
公元1世纪，受大陆文化影响较早的北九州地区社会发展较快，出现了百余国（部落或部落联盟）。《汉书·地理志》中记载：“夫乐浪海中有倭人，分为百余国。”说明日本境内出现了许多部落小国。“汉委奴国王”金印的出土，证明倭奴国已遣使通汉朝。国家的产生直到3世纪，此后，部落小国通过兼并和联合，逐渐形成规模较大的部落国家，“旧百余国，汉时有朝见者，今使译所通三十国”。在《三国志·魏志·倭人传》中，记有30余国的国名，并对其中的邪玛台国叙述得特别详细。
当时九州有个大国邪玛台国，其女王卑弥呼曾向北魏进贡，得到了“亲魏倭王”的封号和金印。邪玛台国已有严格的等级差别，有大人、下户、奴婢等不同阶级。国王是国中的最高权威。在卑弥呼为国王时，中央一级设有大倭、大率、大夫等职，官吏分别管辖贸易、地方监察、外交事务。为巩固统治和社会秩序，已有不成文的法律和刑罚，一人犯罪，波及亲属。社会经济以农业为主，种禾稻、苎麻。手工业也相当发达，酿酒很普遍，纺织品有丝织物、麻织物，并掌握了染色技术；冶炼技术也相当进步，已出现了铸造工房。尚有贸易集市，南北市籴。在外交事务方面，积极沟通与中国的关系。公元238年，卑弥呼遣使曹魏，魏明帝授予她“亲魏倭王”称号及其金印紫授。至247年的近l0年间，两国互派使者往来有7次。如此频繁的交往，在古代中日关系史上实属罕见。
（第四节） 大和民族的统一
3世纪前后，以京都为中心的地区的发展开始超过北九州，部落国家大量出现。与邪玛台国同时，在近畿地区（今京都、大阪、奈良一带）也有不少国家存在。在今大阪府界市有一座规模巨大的皇陵——仁德陵，以及应仁陵、履中陵、景仁陵、崇神陵等。这种陵墓也称为“古坟”，是大和国统治者权威的象征。
经过长期的征战，到3世纪中叶以后，在大和（奈良）平原兴起的大和国逐渐强盛，开始走向统一的过程。4世纪时它已经征服九州和本州的大部分地区，控制了西至九州，东至关东的广大地区，初步完成了日本的统一。它还把势力扩张到朝鲜半岛南部，占领任那，以此为据点，不断侵掠朝鲜半岛。到5世纪，统一过程基本完成。当时中国正经历“五胡十六国”，纷乱后趋向统一。公元420年，刘裕代晋建立宋朝。次年大和国即遣使刘宋，表示通好。相继与宋通好的有赞、弥、济、兴、武等五个大王。他们有的获宋所承认的“安东将军、倭国王”称号。
大和国在征服各地氏族、部落时，除把一部分壮劳力和美女当作奴隶带回大和外，一般不破坏当地的氏族组织，使其仍居住在原地，以“部”的形式集体地隶属于王室或贵族，部民在氏族长的统率下进行生产劳动，向所属主人缴纳年贡，并服劳役，农业生产者编为田部，手工业生产者按专业分别编部，如土师部（陶工）、织锦部（织工）等。这种部民制社会，迅速提高了生产力技术水平，为大和政权的统一和统治全国奠定了物质基础。
部民主要在朝廷和贵族的领地里耕作，他们的来源和地位比较复杂，总的来看，他们近似奴隶。他们没有人身自由，不能随意迁徙，主人对部民可任意转让，全部剩余产品被主人剥夺，除了主人给他们一点产品作为生活资料外，几乎一无所有，因此，部民实际上是一种“日本式奴隶”，大和国家实质上是奴隶制国家。
大和国的最高首脑为大王（后改称天皇），是世袭的专制君主，但他没有天皇那样的绝对权力，实际上是氏族贵族联合政权的共主。中央朝廷由几个最有势力的氏族族长、大王的亲信来分掌政务，大伴氏、物部氏掌军事，苏我氏掌财政。地方设国造、县主、稻置等各级官职，都由地方有势力的氏族长充任。中央和地方各级官职是世袭的，并由大王授予特殊的姓，如臣、连、造（表示中央贵族）、君、直（表示地方贵族）等，这些具有世袭尊姓和世袭官位特权的氏族豪强，也称为氏姓贵族（古代日本只有贵族才能有氏、有姓，平民只有名而无姓。氏表示家族血缘关系，姓表示门第尊卑），大和国家就是以大王为首的氏姓贵族统治的奴隶主专制国家。
倭五王统治的半个多世纪，是大和国经济繁荣、政治稳定、外交活跃的时期。他们重视农业，进行水利建设，在开垦田地和兴修水利基础上，建立了许多直属中央的屯田、屯仓，并实行氏姓制度和部民制。氏即以家庭为基础的血缘集团，由大王根据其功绩、地位授姓；有姓的氏才能担任中央和地方的官职。授有臣、君、连、直等姓的氏，与王族有血缘关系，可担任中央要职；授予造、直、史等姓的氏，担任地方官职。将社会财富的创造者即基本劳动群众——部民，按技术特长和贵族生活需要，分别编成“部”。遍布全国和所有生产领域的部，作为社会生产的基层组织。从事农业生产的部称“田部”；从事手工业生产的部称“品部”；担任侍奉、卫护的部为“杂部”。经过倭五王的精心治理，大和国政治、经济和国际关系都有明显的发展。
在倭五王统治期间，由于“大和朝廷”积极推动与中国大陆和朝鲜半岛的交流，因此诸多大陆和半岛的人登陆列岛，并因此传入了灌溉等农业技术、打制铁制品等工业技术，为日本列岛的生产活动作出了重大贡献。
专题：日本人的原始宗教崇拜
从已出土的考古发掘来看，远古时期的日本人已具有“万物有灵”思想。在距今5000—6000年前的石川县真肋遗址，曾集中出土了数百块海豚的头骨，它们呈放射状排列。与海豚头骨同时出土的，还有一块长205厘米、直径45厘米的栗木柱，其正面有雕刻。从海豚头骨的人为有序排列和雕刻木柱的存在来看，在这里可能举行过某种仪式。民俗学的调查表明，日本的阿伊努族和东西伯利亚的一些少数民族，都曾有为猎获物举行“送灵”仪式，他们认为，将猎获物的精灵送回“精灵世界”，这些动物会重返世间，还会成为新的猎获物，以维持人们的生存。有学者推测，上述遗址举行的仪式，或许就是为海豚举行的“送灵”仪式。
当时的日本人的祖先，认为自然界的万物的背后，都有精灵。日月星辰，电闪雷鸣，山河湖泊，草木虫兽，无不如此。它们既会给人们带来恩惠，也会给人们带来危害。于是，当时的日本人便祈求这些精灵不断给他们带来恩惠，并试图驱避那些给他们带来危害的恶灵。在日本各地均出土过1万年前至3000年前制造的土偶（陶俑）。初期制造的土偶，只是在陶板上雕刻着人眼和肚脐等。此后又有具象或抽象表现人体的。这些陶俑的特征是均为女性，而且是非写实的。乳房、腹部或生殖器部分被夸张、强调。有的陶俑则明显表现妊娠状态；另一个特征是，它们都有缺损，而且显然是在被有意毁损后，分散丢弃在各处。有的学者认为，这些陶俑及其处置方法，反映了当时日本人的“死与再生”的观点。表现乳房、生殖器和妊娠状态的女性陶俑，实际是不断孕育新生命的象征，毁弃这些陶俑即象征死。但当时的日本人或许相信，这些作为孕育生命之象征的母性陶俑死去后，又有新生命再生。这不仅是祈求人们的生命的新生，也是祈求作为其维生食物的动、植物的新生，祈求自然赋予人们更丰饶的恩惠。在青森县龟冈出土的、制成时间较晚的一个陶俑，则很独特。它的眼睛被夸张，其眼眶比现在人们所带的遮光墨镜还要大，眼眶中有一条细长的眯着的眼缝，透露出威慑与蔑视的神色。有的学者认为，这一陶俑可能是个护符，有咒术作用，可以驱避恶灵。
当时的日本人自然也相信人死后是有灵魂的。然而在最初，死者的灵魂与其说是可接近的存在，不如说是被恐惧的对象。从死尸的埋葬方式便能窥知这一状况。较早的埋葬方式是屈体葬，上下肢弯曲，似乎被捆缚过。还有所谓“抱石葬”，把石头压在死尸的胸腹或腰部。还有的死尸的头部被套上陶瓮。这些做法仿佛是要镇压住死者的灵魂，防止死者再生而重返人世。在被发现的这一时代的数千座墓葬中，虽有的尸体旁边散落着玉、石、陶制的装饰品，但很少有为其死后生活准备的陪葬品，也没有后人供奉死者的遗迹。怀着敬爱之情供奉祖先，乃至形成祖先崇拜，恐怕是较晚的进入农耕社会以后的事。