1789年，富兰克林的病情愈发严重了，他在病痛中又度过了一年。这年4月，联邦政府选举团一致选举乔治·华盛顿为实行总统制的美利坚合众国的首任总统。听到这一消息后，躺在病床上的富兰克林兴奋得难以入眠，他挣扎着站起来，艰难地给华盛顿写了一封信。
对于自己走过的一生，谦逊幽默的富兰克林曾这样写道：关于我自己，眼下过得十分惬意，感谢仁慈的上帝，我的身体还可以。我读书多，骑马少，做别人的事多，做自己的事少，一有闲暇就想休息，高兴时就愿意找朋友聊聊，年复一年，仅此而已。最终的时刻将会来临，到那时我但愿听到这样的话“这个人活着对大家有益”，而不是“这个人死时很富有”。
富兰克林生命中的最后一个冬天是在病床上度过的。当胆结石症开始恶化时，疼痛难忍，不得不服用大剂量的鸦片。但富兰克林的记忆力依然很强，他的幽默与乐观与早年不相上下。他晚年的唯一安慰，就是每天与前来看望他的亲朋好友聊天神侃，但他的脑力所及却再也无法达到思维的边疆。
富兰克林逝世前6天开始发烧，一度处于失去知觉的弥留状态之中。几天之后高烧才退，并出现了回光返照的迹象。
1790年4月17日，富兰克林忽然起了床，请人们帮他整理一下床铺，以便让他死得像样些。萨拉·富兰克林听了悲上心来，告诉他说，她要他好起来，再活许多年。富兰克林平静地说，“我不希望这样。”他已经看到了最后时刻的来临。夜里11点，这位伟人溘然逝去。那时，他的孙子谭波尔和本杰明正陪在他的身边。
4月21日，费城人民为他举行了葬礼，两万人参加了出殡队伍。码头上船下半旗，教堂钟楼里哀钟长鸣，向他最后致敬作别的礼炮声听起来也那么沉重。
4月22日，詹姆斯·麦迪逊在参议院动议为富兰克林的逝世服丧一个月以示哀悼，被不经讨论地通过；6月11日，在巴黎的国民议会中，米拉波动议各国应为富兰克林先生之逝世哀悼3天，拉法耶特、拉·罗其福考尔德附议，议员鼓掌通过；第二年3月1日，富兰克林原来的敌人威廉·史密斯在美洲哲学学会前向路德派教堂发去一篇赞美词，赞美逝去的富兰克林。
而按照富兰克林生前的意愿，他的墓碑上只刻着这样一行字：“印刷工富兰克林”。伟大的富兰克林直到最后，仍然是那么谦虚，那么朴实无华，这大概就是伟人的品格吧。