1788年夏天，富兰克林开始写遗嘱了（7月17日公证、署名）。对他的身后之物，除了个人遗产外，他还将他的书籍、手稿、科学仪器和乐器在他的亲戚、朋友、图书馆公司、美洲哲学学会、波士顿艺术科学院中做了分配。他免费赠给波士顿学校校董会丨00英镑，用来每年颁发银质奖章。
富兰克林银质奖章从1793年首次发起，到1922年，奖章数字已达4000枚左右。
1789年6月23日，富兰克林对他的遗嘱作了增补：把金头手杖赠给华盛顿；用未动用的州长薪水赠给波士顿和费城各1000英镑，用于发放给25岁以下、完成学徒合同条款的已婚青年的贷款，年息为5%，每年偿还十分之一本金。所得利息再借给其他具备类似条件的青年。到100年时可得13.1万万英镑，将其中10万用于公共工程，其余的再用于上述条件的贷款100年。第二阶段可以得到406.1万万英镑，其中106.1万万英镑用于两城居民，300万用于该州政府。
富兰克林的家产到1789年约为20万美元，因而他从美洲返回费城之时起就心怀此志：将钱财用于帮助像当年的他一样勤勉、上进但无人资助的学徒青年。富兰克林的这两笔基金在费城，1907年达172350英镑，其中133076英镑转往富1兰克林学院，余下的到1936年达132660万英镑；在波士顿，第100年达39.1万英镑，一部分用于公共工程，在安德鲁·卡涅吉的帮助下，创办了富兰克林技术学校，其余的在1891年再投资，到1935年达59.3万英镑。
服务于公众一辈子的富兰克林直到老、病缠身才回到家中，但由于联邦政府中阿瑟·李、理查德·亨利·李的敌意，他希望早日结清公费账目和要求一小块西部土地作为服务于国外的报酬的两项愿望都没有能够实现。他只能在自我安慰、自我解嘲中排遣愁怀。
现在，富兰克林彻底闲下来了，他开始续写自传。他在1786年丨1月26日开始，以后几次中断；1788年10月22日起又写到12月9日结石病重为止。至此，富兰克林不能再执笔写作了。那以后，他只能口述，由外孙笔录。
退出政坛的富兰克林仍关注国内政治。1784年9月16日，他给华盛顿写了信；1790年3月1日，他在写给耶鲁大学校长坎兹拉·斯蒂尔斯的信中还谈到宗教宽容的问题。