叶淇的“折色制”让晋商颇不情愿地切出了“半壁江山”，不过他们很快又在另外一个领域中形成了垄断的优势。
1570年（隆庆四年），与明朝长期对峙的蒙古政权发生了内讧，蒙古俺答汗的孙子把那汉吉率部弃蒙投明，边关之患为之一松。当时，在北京的朝堂发生了一场激烈的政策争论，大多数朝臣主张杀死把那汉吉，利用蒙古内部的矛盾发动决定性的攻击，从此征服蒙古。而少数官员则建议用和平的办法解决，晋商集团的实际领袖、当时正担任宣大总督一职的王崇古向朝廷提出了“封俺答、定朝贡、通互市”的“朝贡八议”，建议开放边关贸易。他的动议受到了首辅张居正、他的外甥、时任内阁大臣张四维等人的极力鼎助。
这是明朝国际政策的一个重大转折点，同时又是山西商人基于新的政治局势下的一次商业布局。
在张居正、张四维以及晋商人士的朝野推动下，王崇古的“朝贡八议”获得准许，明政府封俺答为顺义王，并宣布开放北方的边市，在其后的六年里，在长城沿线的张家口到大同一带共开设13处贸易市场，此外在辽东开放与女真人交易的东马市，在西域开设与西番人交易的西茶市，拉开了大规模的边疆贸易的序幕。也是从此之后，历时三百余年的汉蒙对抗彻底平息，其和平相处一直维持到二十世纪初期的清朝末年，清末思想家魏源曾评价说，王崇古的和议政策“为我朝（指清朝）开二百年之太平。”
而在十五处边贸市场中，拥有地理、资本和官府背景三大优势的晋商无疑又成了最大的受益者。据《明史》记载，在开放边市的前十二年，仅马匹交易就增长了七倍之多，晋商相继渗透进入粮食业、棉布业、茶业、颜料业、烟草业及药材干果等行业，成为最重要和最活跃的边贸经营者，他们在盐业中失去的利益又从边贸中夺了回来。
在明代经济史的研究中，一直有人在争议，晋商与徽商到底谁更富有。
一种被普遍接受的观点是：在最具暴利性的盐业，徽商后来居上，所以在扬州的商人群体中，以徽商最富、山西和陕西商人次之――“以新安最，关西、山右次之”。而就全国财富而言，则仍然以晋商最有实力。
明代学者谢肇淛就说：“就富豪而言，南方以徽商最富，北方则是晋商。徽商靠贩盐为主业，有累积白银超过百万两的，至于拥有二、三十万两的仅是中等富豪。晋商则从事贩盐、丝绸、远途贸易及粮食仓储等多项产业，其财富之巨更大于徽商。”【谢肇淛，《五杂俎》：“富室之称雄者，江南则推新安，江北则推山右。新安大贾，鱼盐为业，藏镪有至百万者，其他二三十万，则中贾耳。山右或盐、或丝、或转贩、或窖粟，其富甚于新安。”】
明代进入中期之后，也就是十六世纪以降，日渐由一个倡导俭朴、以农为本的社会转而崇尚经商、奢靡放纵。
此时的明帝国，是一个看上去没有任何危机的国度：北方的蒙古之患终于告解，外患似乎已全部排除，而在南方，“片木不得下海”的政策让帝国与外部世界从此隔海相望。在国境之内，男耕女织的社会理想正在变成现实，士人、商人各得其所，一切都歌舞升平。到了嘉靖（1522年－1566年）之后，朱元璋建国时所规定的“庶民庐舍，不过三间五架”早已不被遵循，徽州商人“盛宫室、美衣服、侈饮食、拥赵女”，奢靡得一塌糊涂，人们追求世俗财富的热情远远高于之前的任何朝代。顾炎武在《天下郡国利病书》中说，商贾之利可三倍于农事，所以从商者趋之如骛。【顾炎武：“农事之获利倍而劳最，愚懦之民为之；工之获利二而劳多，雕巧之民为之；商贾之获利三而劳轻，心计之民为之。”】明人何良俊曾统计说，现在放弃务农而从事商业的人比之前多了三倍，天下百姓之中，十分之六、七都不再务农。【明·何良俊，《四友斋丛说》：“今去农而改业为工商者，三倍于前矣。昔日原无游手之人，今去农而游手趁食者，又十之二三矣，大抵以十分百姓而言，已六七分去农。”】
受到这种社会风气的影响，知识阶层对财富的理解也发生了悄然而重大的变化，值得记叙的事实有两个，一是对传统的国用专营制度的反思，二是对“农本商末”思想的修正，前者以丘浚的思想最为先进，后者则以王阳明和顾宪成的言论为标志。
在明代学者中，出现了一些对国有经济体系有过认真和理性思考的人，丘浚(1420――1495年)是最杰出的一位。
他是明代中叶的理学名臣，弘治年间官至太子太保、户部尚书、武英殿大学士，主管过一国财政。与宋代的司马光、苏轼等人相比，丘浚也反对国家过多干预经济，不过他从体制的角度思考得更为深刻。在传世的《大学衍义补》一书中，丘浚有几段非常精彩的论述，他写道：
自从桑弘羊变法开始，国有专营体制的弊端就存在了，而后世的人在才干上无法与桑弘羊相比，所以执行起来怎么可能有成效呢？一般而言，老百姓从事自由买卖，商品的优劣、价格的高低，都可以通过公平、透明的交易来取舍，到了政府与老百姓做买卖，东西要好的，价格却又是定死的，再加上执行者参杂私心，而要能够公平顺畅，实在是太难了。执政者还不如不要做这些的事情为好。【明·丘浚，《大学衍义补》：“弘羊自立法而自行之犹有其弊，况后世之人不及弘羊而又付之庸庸之辈，使之奉行乎？大抵民自为市，则物之良恶，钱之多少，易以通融准折取舍，官与民为市，物必以其良，价必有定数，又有私心诡计百出其间，而欲行之有利而无弊，难矣。政不若不为之为愈也。”】
进而，丘浚明确反对官府经商，他说，经营商业活动，是商人们的事情，作为政府，只需要制订便利人民的法律，让民众自由贸易，何必要官办什么企业呢？【丘浚：“市者，商贾之事······大抵立法以便民为本，苟民自便，何必官为。”】
中国的经典儒家一直以“抑商”为基本的治国理念，特别是对富商大贾，从来主张坚决打压。丘浚则认为，富家巨室，是平民的生计所仰赖的，是国家藏富于民的一个标志。因此，他提出了“安富”的思想，“那种把富人的钱财夺走、均分给贫穷人的治国之策，是没有什么道理的。”【丘浚：“富家巨室，小民所赖，国家所以藏富于民者也······乃欲夺富以与贫以为天下，焉有是理哉！”】
有人认为官营商业可以使“商贾无所牟利”，而所到的利益就归之于国家了，丘浚也反对这种观点，他反驳说，“如果商人没有办法获得利润，而由至高无上的皇帝来获取商人之利，这样可以吗？政府经营商业，就是以君王的身份去做商人的事情，这是极其丢脸的。”【丘浚：“商贾且不可牟利，乃以万乘之尊而牟商贾之利，可乎？······是以人君而为商贾之为矣。以人君而争商贾之利，可丑之甚也”】
从上述言论，我们可以从中看出丘浚反对政府干预市场的坚决态度，与司马光、苏轼等人相比，丘浚的思想更接近商人阶层的立场，前者看到了王安石变法之弊，不过仍然陷在经典儒家的善恶道德评判中，没有进行制度性的思考，丘浚则不然，他明确地将政府职能与工商规律进行了分辨。
丘浚所提出的“安富”之说，显然不是无本之源，它是社会思潮转变的一个生动体现。据当代新儒学的代表人物余英时的考据，明代社会变迁的一个重大表现正是“士”与“商”的界限变得模糊起来。约在16世纪开始，在晋商、徽商和江浙商帮云集的地方，流行一种“弃儒就贾”的趋势，而且渐渐地，这种风气愈来愈明显。
在唐宋年间，一个家族中的青年子弟投笔经商，是迫不得已、而且颇为耻辱的事情，不过进入十六世纪之后，人们不再这样认为，商人阶层首次得到知识阶层的认可，“工商为末”的社会价值观出现瓦解迹象，士商互动成为常态，甚至发生了“儒贾合流”的现象。
这种景象的诱发，倒未必是人的意识有了先天的进步与觉悟，而是首先与人口增长有关。苏州名士文徵明在《三学上陆冢宰书》中曾经做过一个统计：苏州一郡共有八个州县，三年之中，参加科举考试的有1500人，考上贡生或秀才的，不过50人而已，成功率只有三十分之一。
在科举上没有收获的年轻人便只有务农或经商两条路可走了。因此，民间便流传一句谚语曰，“士而成功也十分之一，贾而成功也十分之九。”余英时推断说，“弃儒就贾”在16、17世纪表现得最为活跃，商人的人数也许在这个时期曾大量地上升。
那么多读书人奔上经商之路，自然引发知识界的“思想地震”，于是，为商人正名的言论便开始涌现。
1525年，当世大儒王阳明（1472-1529）为一位名叫方麟的江苏商人写了一个墓志铭《节庵方公墓表》，他写道：江苏昆山的方麟开始是一个儒生，还考上了举人，后来放弃科举，跟从他的妻家朱氏做生意。友人问他，“你为什么不当儒生而去当一个商人？”方麟笑着说，“你怎么知道儒生不能从商，而商人又不可能是一个儒生呢？”继而，王阳明亮出了自己的观点：“古代的贤哲提出四民分业，遵循同一道理，不同的职业都各尽其心，是没有高下的。”【《节庵方公墓表》：“苏之昆山有节庵公麟者，始为士，业举子，已而弃去，从其妻朱氏居。朱故业商，其友曰：“子乃去士而从商乎？”翁笑曰：“子乌知士之不为商，而商之不为士乎？······古者四民异业而同道，其尽心焉一也。士以修治，农以具养，工以利器，商以通货，各就其资之所近，力之所及者而业焉，以求尽其心。”】
王阳明是有明一代最显赫的儒学重镇，以“知行合一”和“致良知”为学理基础开创了涤荡明清两代的“阳明心学”，以他的宗师身份为商人写墓表并且提出“四民异业而同道”的观点，如果放到汉唐或者宋元，这都是一件不可思议的事情。这篇文章是宋明理学思想史的重要文献，是商人阶层的社会价值第一次得到明确的肯定。
为商人写墓志铭，王阳明大抵是开先河的“第一人”。稍晚于王阳明的大儒学家唐顺之在一封《答王遵岩》的信中写过这样一段话：“宇宙间有一二事，人人见惯而绝可笑者。其屠沽细人，有一碗饭吃，其死后则必有一篇墓志······此事非特三代以上所无，虽唐汉以前亦绝无此事。”“屠沽细人”者，中小商人也，按唐顺之的看法，给商人写墓志铭是前代从未发生过的事情，从言辞可见，他对王阳明之举显然不以为然。
到了万历年间，继王阳明之后的又一位文人领袖顾宪成（1550－1612）再出惊人之举，他也为一位名叫倪景南的江南大商人写了一篇洋洋洒洒的墓志铭。
顾宪成在当时的文名之盛，无出其右，“风声雨声读书声，声声入耳，家事国事天下事，事事关心”，即出自其手。顾宪成本人就出生于一个小商贩之家，父亲在无锡的一个小镇上开了一间豆腐作坊，他是进士出身，曾任吏部员外郎，因上疏冒犯龙颜而遭被罢官。回到无锡老家后，主持东林书院，被尊称为“东林先生”，他与高攀龙――也是商人之子，其祖父和父亲都是经营高利贷的――以及众多弟子们讽议朝政，朝野应合，声势浩大，时称“东林党人”，连阉党都对之畏惧三分。在这篇墓志铭中，顾宪成对司马迁的《货殖列传》大加嘉许，认为是“千古绝调”，他直言道，“世间之人都不太愿意谈论财富，而这又什么可以忌讳的呢？”进而，他对“利义之辩”进行了一番自己的解读：“以义佐利，以利佐义，合而相成，通为一脉。人睹其离，翁睹其合。”【顾宪成，《明处士景南倪公墓志铭》：“昔司马子长著《货殖列传》，谈文者以为千古绝调，予特嘉其取善之周，不择巨细。乃世人卒讳言富······夫此何足讳也。”】