元之前的各朝代，虽然也有一定的伏羲祭祀，但一般多为民间自发的活动，没有人号召，没有过大的场面，没有统一的组织形式。但到了元代，皇帝除在京城举行帝王祭祀活动外，还命令各州郡县建庙修殿，进行祭祀，礼部还颁布了统一的祭祀乐章。从此时开始，全国形成了有组织而且统一的祭祀活动。也从此时开始，天水建起了伏羲庙，并形成了有组织的祭祀风气。随之也出现了不同形式的祭祀乐章。大概那时的祭祀同现在的差不多，在祭祀之外，也有文艺节目，诸如吹奏鼓乐、艺术表演等，而为艺术表演撰写的歌辞，就成为祭祀乐章。天水现存祭祀乐章的文字部分，完全是诗歌的表现形式，文字优美，语言生动，有韵律，有节奏，具有较浓的说唱色彩。
我们见到较早的乐章是唐代元结的《太吴庙乐歌》：
吾人苦兮水深深，
网罟设兮水不深。
吾人居兮山幽幽，
网罟设兮山不幽。
这首诗只表达一个意思，就是伏羲造网罟之后，以前老百姓所苦的山水已不再遥远，不难跋涉了。此诗以其独特的外在表现形式，使人爱不释手。可以想象，这首诗如反复吟唱，再配之以音乐，其感人程度远远超过其他任何文字表现形式。
接下来是元代元贞元年（公元1295年）皇帝通令祭祀三皇后，礼部颁布的祭祀乐章。这个乐章没有直接指明是秦州伏羲庙专用乐章，而只命名为“太昊宓羲氏位奏阙之曲”，并规定用南吕宫调。其辞云：
五德之首，巍巍圣神。
八卦有作，诞开我人。
物无能称，玄酒是尊。
韵监在兹，惟德是亲。
这个乐章的意义首先是说伏羲是五德之首的木德，这和曹植写伏羲“木德风姓，八卦创焉”是相同的。其次，乐章还说了一系列伏羲的好处。
如果说元代礼部只是笼统地为全国各州郡县颁布了祭祀伏羲乐曲的话，那么到了明代，礼部则专门为秦州伏羲庙祭祀颁布了一篇祭文。祭文写道：
“维年月日，秦州某官某，钦奉上命，致祭于太昊伏羲氏：于维圣皇，继天立极，功在万世，道启百王，顾兹成纪之乡，实维毓圣之地。爰承明命，建此所祠，用妥在天之灵，并慰斯灵之望。明维仲春（或秋）祀事式陈，神之格思，永言无休。”
这段文字告诉我们，伏羲诞生地就在秦州。可见秦州即羲皇故里，这个观点在元明时代已基本成为共识。
祭祀规模的扩大，促进了乐章的发展。常见的是张鹏和胡缵宗两个人的。
嘉靖年间，待御张鹏按行到秦州，参拜了伏羲塑像，问及祭祀活动，因令当时的秦州知州黄仕隆“召乐工制器乐”，按照八音、八佾的标准，制作了乐曲，编排了舞蹈动作，同时他自己为伏羲庙自撰了两套迎神曲。这两套迎神曲全用骚体形式写成。
其一云：
山矗矗兮水悠悠，
风瑟瑟兮云倏倏。
殿阒冥兮鸟声柔，
天元冥兮树色幽。
谐鼓吹兮陈肴馐，
纷拜舞兮恭献酬。
神之来兮灵色周，
驾玉龙兮乘苍虬。
銮锵锵兮旆皓皓，
宛在清虚烟上头。
其二云：
日欲瞑兮月将晖，
雾霭霭兮烟霏霏。
湛佳醑兮天熹微，
陈琼筵兮神依稀。
钟鼓间兮琴瑟稀，
凤吹导兮鸾舆归。
神犹眷兮□欲挥，
鸣苍珮兮垂丹（户衣）。
来何从兮去何适？
松柏穆兮鸟雀飞。
山，巍峨地高耸，水，默默地流向东去。瑟瑟的风吹向寂清的孤云，阔大的殿字内只听见一声声鸟的啾啾。于是鼓乐四起，舞姿翩然，俎豆既设，佳醑渐陈。在这热烈的气氛中，伏羲驾着玉龙，乘着苍虬，鸣珮垂（户衣），从天而降。这两首诗，人与神合体，情与景交融，虚实结合，神纪缥缈，写出了一幅壮阔的祭祀场面，具有离骚的风味。
同这两首诗相比，胡缵宗的一套自撰乐曲则显得公式概念化，没有特色，不过我们可以从这套乐曲中看到明代的整个祭祀过程和规范化程度。兹将这套乐曲六段全录于后，并作简要说明。
迎神
天生羲圣，广大变通。
立极垂易，列圣攸宗。
天子致礼，仪文式崇。
神之鉴之，昭格雍雍。
初献
牺牲既洁，俎豆载馨。
鼓琴鼓瑟，惟圣惟灵。
文敷八卦，道衍六经。
报功报德，惟格惟歆。
亚献
洁帛既陈，清酤复献。
惟祀雍容，惟灵缱绻。
八卦初传，斯文式宪。
神其来临，歆此亚饭。
终献
律吕既翕，仪度复祥。
在天上帝，在地羲皇。
河图垂宪，龙马回翔。
惟神昭格，眷此帝乡。
彻馔
神之来兮，见龙在田。
神之去兮，飞龙在天。
牺牲斯报，琴瑟斯宣。
神其眷注，鉴此衷虔。
送神
龙乘秘殿，云复行官。
卦台斯格，纪邑攸同。
太羹金注，元酒玉溶。
赡依犹初，陟降曷从。
这段乐章描绘的场面是
这样的：5月13日（或者正月十六日），秦州各地川流不息的人群向伏羲庙汇集涌来。这天，万千人流把古木参天，浓荫蔽地的伏羲庙挤得满满当当。伏羲端坐在坛座上，手托八卦，身披树叶，跣足赤膊，两目炯炯有神，等待着祭祀的开始。转眼功夫，香烟袅袅，蜡光煌煌，法鼓声声，风铃叮当，礼宾司排列在月台上，主唱第一段乐章，即迎神曲：“天生羲圣，广大变通。……”此时唢呐琴瑟一齐吹奏，激越震耳。前来祭祀的人们在主持引导下，三叩九拜，虔诚之情无以复加。然后贡上三牲俎豆，初献曲又悠悠唱起：“牺牲既洁，俎豆载馨。……”接着，一匹匹洁白的布帛端上来，一盅盅清酒洒祭到伏羲像前，送神曲把整个祭祀活动推向高潮。最后，一边唱乐，一边撤馔，人们陆陆续续散去。之后，只留得一庙残香，四散烟尘，与无尽的幽思。
祭祀乐章虽然数量不多，但它给我们描绘的情景是具体的，形象的，似乎没有比这更为逼真的历史画卷了。所以，这是几首非常珍贵的诗篇，不可多得的文学史料。
杨玉峰先生同时认为，历代歌颂伏羲的诗歌，是前人留给我们的一笔宝贵文化遗产，成为我们研究古代政治、经济、文化、文学艺术、地方风物、民俗民情的重要文献资料：历史上歌颂伏羲的诗歌，因时代局限，自然有不尽如人意之处。它似乎像一条山间小路，不断又断；断又不断；没有流派，没有作家群，没有更多的作品。这些诗从总体上来看，多有记叙，少有描写，多为郊庙颂诗，少为朴实清新之作，不过沙中见金，还是有许多优秀作品，咀嚼之余，仍有一番滋味。
作为文学作品的一部分，歌颂伏羲的诗歌给予我们许多启示和教益，我们有必要去研究它，继承它，特别是去发展它，以剔其糟粕，取其精华，为我们今天的经济和文化建设事业服务。
除伏羲庙外，在天水卦台山、甘谷大像山、秦安泰山庙伏羲殿民间也有各具特色的祭祀活动，这说明了羲皇故里人民对始祖的缅怀。另外，天水伏羲庙祭祀伏羲的活动历史悠久，规模较大，仪程严肃，在全国有一定的影响。
在天水一带，人们对女娲的祭祀活动也是普遍的，陇城女娲庙，秦安女娲神母官，玉钟峡的女娲祠以及与伏羲纪念场所巾供奉的女娲神像前，都是人们纪念女娲的地方，民间纪念活动丰富，女娲的香火旺盛，表达了人们对圣母的无限怀念之情。
天水刘雁翔先生对伏羲文化研究成果不俗，特别是对伏羲庙的历史研究精细，写成《伏羲庙志》，其中对伏羲庙祭祀伏羲的礼仪记录也详，是值得一读的。
从庙官的介绍中，我们还知道，农历五月十三日，传说是龙的生日。1988年龙年，天水市举办了规模盛大的伏羲祭祀典礼，天水市政府、市人大、市政协领导和特邀代表、各界群众代表以及在天水旅游的港澳同胞、外国友人参加祭奠活动。自1989年始，天水市政府正式将五月十三日的祭奠活动确定为伏羲文化节，一年一度，每次活动为三天。2000年开始，伏羲文化节改为伏羲文化旅游节。至今，已成功举办15届节庆活动。每次节口开幕，先由政府主持公祭，然后群众自行祭祀，礼乐具备，隆重热烈。每年都有许多港澳台同胞、东南亚华人前来拜祭，寻根问祖，还有国际友人来旅游观摩。祭奠活动和文化交流、商贸活动同时进行，为发展伏羲文化和天水经济都起到了积极的作用。
他说，伏羲庙的祭祀仪是一个不断改革的活动，也是伏羲文化的一部分，是值得了解和研究的，但要在继承的基础上，创造出一套适应新形势需要的新仪式是必要的，要让祭祀伏羲的活动为人民造福。