1920年7月，从上海回到湖南之后，毛泽东发表了一系列的文章：《湖南建设问题的根本问题——湖南共和国》、《打破没有基础的大中国建设许多的中国从湖南做起》、《绝对赞成“湖南们罗主义”》、《湖南受中国之累以历史及现状证明之》、《“湖南自治运动”应该发起了》、《反对统一》等十多篇。这些文章所提出的解决问题的方案，显然都不是切实可行的，可是作者对当时存在的问题，却是看得清楚而深刻的。在这些文章中所包含的正确的和错误的意见，有价值的和无价值的意见中，我们不知道究竟在何种程度上反映了陈独秀的意见，但可以断言，它们必定在某种程度上反映了陈独秀的意见，这从陈独秀当时发表的文章中可以得到证实。
陈独秀于1919年6~9月被捕坐牢，他一出狱，于1920年就写了《欢迎湖南人底精神》文章。陈独秀从毛泽东组织新民学会、创办《湘江评论》、组织赴法勤工俭学、领导驱张运动和湖南自治运动等一系列活动中，看到了毛泽东非凡的革命精神、领导才华和组织能力，对毛泽东十分赞赏。他赞美毛泽东的驱张斗争。并表达了对毛泽东、蔡和森这些湖南青年的印象。文章一开头就说：“我们安徽人在湖南地方造的罪孽太多了，我也是安徽人之一，所以对着湖南人非常地惭愧。”这显然是对湖南驱张运动（驱逐湖南督军张敬尧）的响应，叫湖南人遭灾受罪的张敬尧是安徽霍丘人。
“湖南人底精神是什么？‘若道中华国果亡，除非湖南人尽死。’……湖南人这种奋斗精神，却不是杨度说大话，确实可以拿历史作证明的。二百几十年前底王船山先生，是何等艰苦奋斗的学者！几十年前底曾国藩、罗则南等一班人，是何等‘扎硬寨’、‘打死战’的书生！黄克强历尽艰难，带一旅湖南兵，在汉阳抵挡清军大队人马；蔡松坡带着病亲领子弹不足的两千云南兵，和十万袁军打死战；他们是何等坚毅不拔的军人！”
在赞颂了历史上一些湖南志士的奋斗精神后，陈独秀继续写道：“我曾坐在黑暗室中，忽然想到湖南人死气沉沉的景况，不觉说道：湖南人底精神哪里去了？仿佛有一种微细而悲壮的声音，从无穷深的地下答道：我们奋斗不息的精神，已渐渐在一班可爱可敬的青年身上复活了。我听了这类声音，欢喜极了，几乎落下泪来！后来我出了暗室，虽然听说湖南人精神复活底消息，但是我盼望有许多事实，可以证明他们真实的复活，不仅仅是一个复活底消息，不使我的欢喜是一场空梦。”
抗战时期的陈独秀（1937年冬）。
陈独秀说，他们奋斗不息的精神，“已渐渐在一班可爱可敬的青年身上复活了”。这班“可爱可敬的青年”显然是指毛泽东等一批新民学会的青年。陈独秀不仅赞赏他们的革命精神，还对他们寄予很深的期望，并委以重任。
1920年春末夏初，驱张运动取得胜利后，毛泽东在上海和陈独秀谈到组织类似工读互助团“改造湖南联盟”的计划和在湖南创办文化书社等，陈独秀答应为毛泽东周转资金，并建议毛泽东读一点马克思的书。毛泽东回忆说：“陈独秀对于我在这方面的兴趣也是很有帮助的……陈独秀谈他自己信仰的话，在我一生中可能是关键性的一个时期，对我产生了深刻的印象。”
1920年8月，上海共产主义小组成立后，陈独秀即给毛泽东写信，请毛泽东负责湖南发起组，并给毛泽东寄去了《共产党》月刊和青年团团章。
10月，中国社会主义青年团在上海正式成立，同一个月，毛泽东接到团的章程后，湖南就随即成立了团的组织，在新民学会的成员和第一师范等校进步青年中，是较容易物色到团员的。毛泽东领导的长沙共产主义小组，被陈独秀看作是最得力的地方组织之一。
毛泽东在1921年1月21日致蔡和森的信中说：“党一层，陈仲甫（陈独秀）先生等已在进行组织。出版物一层，上海出的《共产党》，你处谅可得到，颇不愧‘旗帜鲜明’四字（宣言即陈仲甫所为）。”
1921年11月，陈独秀起草的中央局通告，要求长沙、上海、北京、广州、武汉5个区，在近年内各发展组织到30人，以便成立地方委员会。由于毛泽东的得力领导和湖南有较好的革命基础，湖南党的组织很快发展到40多人，并在衡阳、常德、岳阳等地建立了党的小组。1922年5月，正式成立了湘区委员会，到党的二大召开，全国121名党员，湖南就占了三分之一，工人运动更是蓬勃发展起来。陈独秀多次表扬湖南的工作做得好。党的三大报告中，陈独秀高度赞扬了湖南党的工作，认为比其他地区都做得好，特别是工人运动发展得好，所有工会“都在党控制之下”。毛泽东于三次大会上被选为中央委员，于1923年5月奉调到上海，任党中央的秘书，同陈独秀一同签署中央的文件，一同召开中央的会议。
然而，这期间和不久以后，陈独秀和毛泽东的分歧却在日益显现出来。
日渐出现分歧
1922年1月16日，黄爱、庞人铨因组织长沙纺织工人罢工，遭军阀赵恒惕逮捕，次日晨被绑赴浏阳门外秘密杀害。牺牲前，黄爱被砍三刀后仍用力高喊：“大牺牲，大成功”。
黄、庞遇难后，毛泽东立即联合长沙各界在船山学社两次召开追悼大会，发行纪念特刊。为冲破赵恒惕对舆论的封锁，毛泽东将李立三从安源调回，指示他去常德动员黄爱六十岁的父亲同去上海，向各界控诉赵的罪行。随后，毛泽东也借机赴上海，组织反赵运动，出席上海追悼黄、庞大会。一时间，全国各地掀起了追悼黄、庞，抗议赵恒惕摧残工运罪行的浪潮。与毛泽东的态度相背的是，陈独秀似乎把罪责归于了组织罢工的黄爱、庞人铨本人。陈独秀在给共产国际写的报告中特别说道：“因反对太平洋会议，鼓吹承认苏维埃俄罗斯的示威游行及参加纱厂罢工，青年团团员黄爱、庞人铨二人被督军所杀。”
毛泽东后来同陈独秀的分歧，又表现在大革命时期对待农民问题上。
1923年夏天，陈独秀发表《中国农民问题》，提出中国农民“不容易发生社会革命的运动”。陈独秀对农民问题的冷淡，在毛泽东心目中留下了阴影。
国民党“一大”后，毛泽东和陈独秀在三届二中会议关于国共合作问题上发生了分歧。毛泽东不同意陈独秀避免国共不必要冲突的主张。10年后的1936年，毛泽东对斯诺说：“大致在这个时候，我开始不同意陈独秀的右倾机会主义政策。我们逐渐地分道扬镳了，虽然我们之间的斗争直到1927年才达到高潮。”
“八七”会议上，毛泽东说：“……广大的党内党外的群众要革命，党的指导却不革命，实在有点反革命的嫌疑。”
毛泽东和陈独秀在对待中国革命的前途、对国民党的估计、武装斗争等问题上，分歧扩大。毛泽东曾告诫人们说，革命不是绘画绣花，不是做文章，革命是一个阶级推翻另一个阶级的暴烈行动。他们的分歧日益扩大，直到党的五次大会，陈独秀压制了毛泽东的正确意见。
1927年大革命失败之后，毛泽东对陈独秀的评价当然是完全变了，在许多文章中都谈到“陈独秀右倾机会主义错误”。
由于毛泽东与陈独秀两人产生了比较严重的分歧，所以毛泽东也受到了一些不公正的待遇。比如在中共五大上，他的正确意见受到压制；在选举时，他只当选为候补中委，五大后他的中央农委书记也撤了。1927年毛泽东在“八七”会议上讲了一句意味深长的话，他说，他过去以为领导者的话都是对的，这说明他对陈独秀已经不那么敬佩了。他还谈到了党内有家长制，实际上也是说的陈独秀。
1929年11月15日，中央作出开除陈独秀党籍的决定，而毛泽东认为陈独秀对大革命的失败应负最大的责任。毛泽东在《矛盾论》中，把陈独秀作为非对抗形式转化为对抗性矛盾的一个例子。在抗日战争中，毛泽东多次谈到陈独秀，说“他跑到反革命那里去了”，陈独秀右倾机会主义“是第一次大革命失败的主观原因”。
不过，很多学者指出，陈独秀的错误主要来自共产国际，他不过是一个替罪羊而已。陈修良就曾说：“真正导致中国大革命失败的，不是别人，正是以斯大林为首的共产国际——也即是苏联共产党中央的头头儿斯大林。陈独秀不过是一个替罪羊而已。”当时中国共产党作为共产国际的一个支部，必须执行共产国际指示，而中国共产党又处在幼年、缺乏经验的情况下，陈独秀的错误似乎在所难免。陈独秀本人对共产国际和斯大林的一些主张是进行了一番抵制的。例如，他从一开始就反对进行党内合作，因为党内合作会束缚自己的活动，使自己失去独立性。当国共两党发生磨擦后，他又主张退出国民党，改为党外合作。后来他在辞职书中还提到这个问题，说“国际一面要我们执行自己的政策，一面又不许我们退出国民党，实在没有出路，我实在不能继续工作”。如果中国共产党当时按照他的主张退出国民党，改为党外合作，就不会有后来的“清党”和惨败。又例如被看作陈独秀严重右倾错误标志的对国民党二大、中山舰事件、整理党务案等问题上的让步，即所谓“三次大退让”，有的学者已经指出，在上述几个关键问题上，陈独秀开始并不主张妥协，提出过不同意见，结果都被共产国际否定了。而陈独秀的错误，主要是执行了斯大林和共产国际的错误指示，其错误的实质是教条主义。
“吾爱吾师，亦爱真理”
虽然毛泽东曾经明确了陈独秀的右倾机会主义错误，但他还是没有忘记陈独秀的功绩的，始终对陈独秀保持了他青年时代的感情。例如，1942年3月30日，毛泽东在中共中央学习组作《如何研究中共党史》讲话时说：“陈独秀是五四运动的总司令。现在还不是我们宣传陈独秀历史的时候，将来我们修中国历史，要讲一讲他的功劳。”
1945年4月21日，毛泽东在《中国共产党第七次全国代表大会的工作方针》报告中说：“关于陈独秀这个人，我们今天可以讲一讲，他是有过功劳的。他是五四运动时期的总司令……”“我说陈独秀在某几点上，好像俄国的普列汉诺夫，做了启蒙运动的工作，创造了党，但他在思想上不如普列汉诺夫。普列汉诺夫在俄国做过很好的马克思主义的宣传。陈独秀则不然，甚至有些很不正确的言论，但是他创造了党，有功劳……斯大林在一篇演说中把列宁、普列汉诺夫放在一起，联共党史也说到他。关于陈独秀，将来修党史的时候，还是要讲到他。”
新中国成立以后，毛泽东视察安庆时说：“陈独秀早期对传播马列主义是有贡献的，后期犯了错误，类似俄国的普列汉诺夫。”
与普列汉诺夫相提并论，可见毛泽东在看到陈独秀错误的同时，仍看到他的历史功绩的。
毛泽东对陈独秀的历史功绩的评价是党内最高的，而且是一贯的。他一分为二地对待陈独秀。而王明等人批判陈独秀，则是一棍子打死，一笔抹煞。
全国解放后，毛泽东对陈独秀的后代很关心，亲自指示政府给予补贴，就是在“文革”中也没有断过。
陈独秀的悲剧，在于他的“书生”气过重。正如他的好友朱蕴山最后赠诗所云：“僵死到头终不变，盖棺论定老书生。”毛泽东与他相比，有诗人气度，文人风采，却又完全是一个成熟的政治家。毛泽东懂得怎样处理感情与政治、个人意见与党的主张的关系，当两者发生矛盾时，前者必须服从后者。毛泽东对陈独秀的感情虽然比较深，但他却不可能把自己的意见写到党的决议里。从毛泽东对待陈独秀的情感和处理方式来看，可以用一句话来概括：“吾爱吾师，亦爱真理”。
许多时候，我们也会面临毛泽东和陈独秀那样的关系。我们不能因为某个人在某个阶段曾经在思想上和实际上帮助过自己，因不好意思而避而不谈他的错误，结果影响了整个团队以后的工作。因为，对于错误如果不敢批评，真正的正确就不会彻底树立起来。另一方面，我们也不可因为某个曾经帮助过自己的重要人物犯了严重的错误而将其一棍子打死，这样就会有忘恩负义的嫌疑，即使自己再正确，也会让许多人感到心寒。不管于公还是于私，对待一个人都要一分为二地对待。
撰文表示拥护孙中山及同盟会的纲领
——读《民立报》
在他的影响下，毛泽东激动异常，第一次发表政见。
在他的影响下，毛泽东开始“从嘲笑‘假洋鬼子’的假发辫进步到要求普遍地剪发”。
孙中山。
在他的影响下，毛泽东投笔从戎，“决心加入革命军”，并当了半年的兵。
他就是中国革命的先行者——孙中山！
孙中山的思想理论，即三民主义，在中国革命史上发挥过重要的作用。毛泽东一生以极大的热情研究与宣传孙中山的思想理论，对于青年毛泽东革命意识的培养和革命思想的成熟，对于促进第一次国共合作，对于土地革命时期党的生存和发展，对于促成第二次国共合作，对于赢取抗日战争的胜利，对于赢取解放战争的胜利，以及中华人民共和国成立以后的社会主义建议都产生了重要影响。
孙中山对年青毛泽东的影响
1911年春，18岁的毛泽东第一次来到省城长沙，考入湘乡驻省中学读书。
这期间，青年毛泽东第一次读到报纸，这份报纸是同盟会办的《民立报》，在这份民族主义革命的报纸上，毛泽东读到了反抗满清的广州起义的消息，还有在湖南人黄兴领导下的七十二烈士就难的情形。
毛泽东后来说：“宣统三年三月十九日（即1911年4月27日）黄兴在广州起事，全国震动。消息到湘，学生界中之抱革命主义者，已跃跃欲试。”
毛泽东就是这“跃跃欲试”的学生界中的一分子。毛泽东发现里面充满了刺激性的材料，从这份报纸上，毛泽东知道了孙中山的名字和同盟会的纲领。激动异常的毛泽东，第一次写了一篇政论，并贴在学校的墙壁上。此时的毛泽东还没有放弃对于康有为和梁启超的崇拜，也不了解康有为、梁启超和孙中山的区别。所以，在毛泽东的这篇政论中，他主张应将孙中山从日本召回就任新政府的总统，让康有为任总理，梁启超任外交部长。
当时，“反对外资”建筑川汉铁路的运动开始，成立议会制度的要求也普遍地展开，但结果清廷只是下诏组织“咨议会”。于是毛泽东的同学们越来越激动了。他们以反对留辫的方式来表示他们的反满的情绪。
毛泽东和他的一个朋友毅然剪去了发辫，可是，那些约好也剪去头发的人却不履行他们的诺言。毛泽东和他的这位朋友就在暗中攻击他们，并强力剪去了他们的发辫，结果有十个人做了他们剪刀下的“牺牲者”。
先前，毛泽东曾经嘲笑“假洋鬼子”的假发辫，现在，却进步到要求普遍地剪发了。这都是因为受了孙中山的革命党的影响。
毛泽东曾经就蓄辫问题和一个法律学校的朋友发生争论，这位法科学生引用经书上的话说：“身体发肤，受之父母，不敢毁伤”。毛泽东就从反满的政治立场上用相反的理论去驳斥他，最后使这位朋友开口不得。