事实证明，允祥也确实不是只会享乐的草包皇子，在工作中展现了十足的智慧。首次清理康熙王朝时的遗留旧案，由于数量颇大，允祥决定打破以往常规，采取规定限期和奖励勤勉相结合的办法，数十日内即将几千宗旧案都理出头绪。为雍正长了脸面，被处分的人当中也少不了牵连到八爷党的人，即使有八爷撑腰，也没能幸免，着实打击了八爷党的气焰。雍正初年清政府新设会考府，允祥负责审核财政出纳，办理清查亏空、收缴积欠的事务。雍正对此要求很严格，谕示允祥：此事必须办好，不能虎头蛇尾、半途而废。允祥深知此事至关重要，遂尽职尽责，认真办理。在不到三年的时间里稽核、驳回不符合规定的奏销项目近百起，有效地防止了营私舞弊的浪费现象。同时，又查出户部亏空银250万两，经奏请皇帝，采取令有关官员赔缴和逐年偿补的办法加以解决。对一些与造成财政亏空有直接关系的王公亲贵也毫不留情，连敦郡王允、履郡王允裪等人都被勒令变卖家产清还亏欠。允祥不怕被人指骂，心甘情愿地扮黑脸、做实事，有人因此责怪允祥过于苛刻无情，然而也正是凭着这种不徇情姑息的认真态度，他才较好地贯彻了雍正皇帝旨意，使亏补欠还，整顿财政取得显着成效，令雍正的皇位日渐稳固。
治河患、兴水利，是历代皇帝都十分重视同时也十分头痛的国家大计之一。康熙非常注重水利的修建，允祥青少年时期也曾多次随父皇巡视河工，对此并不陌生。雍正王朝也同样没有得到上天的更多眷顾，水灾同样泛滥成灾，损失十分严重，解决水利问题成为了雍正首要解决的头等大事。在治理水利的人选上，允祥自然当仁不让，受命总理水利营田事务，主管营田水利府和下辖的四个营田局，首要任务便是在直隶地区修治河道，开垦水田，变水害为水利。允祥领命后“建议兴修、疏浚河渠，筑堤置闸，区分疆亩，经画沟塍，躬亲巡视，往返辄经旬月，栉风沐雨，寒暑靡间，务成万世永赖之利”。允祥开拓创新，在实地勘察的基础上亲自绘制出水域图进呈御览，雍正帝颇感满意，称赞允祥等人亲至水患地区，不畏劳苦艰辛，无论大河巨川还是小渠细流，都作出详细调查，细心筹画，大大造福了人民。
雍正几乎将难办之事都交给了心腹允祥去办理，只有允祥出马，雍正才放心。
从上述内容可以看出，允祥并没有被自己的功绩冲昏了头脑，也并不是冲着赏赐才肯为雍正全心全意地办事，其中的原因只是出于和雍正二人的兄弟情谊。也能看出允祥其人颇为聪明，懂得身为“臣弟”怎样使君王感到满意和放心。不贪恋某些过分例外的恩赐，以免引起猜疑嫉妒而不利于已，这样也就能在宠极人臣之际确保平安，又能更多、更久地博得恩遇。
雍正也并没有卸磨杀驴，虽然此人多疑成性，但是对允祥却也真正是百分之百的信任，做到了真正的“用人不疑”。
雍正自己是在康熙王朝中的皇权争夺之中经历过来的，皇子与大臣官员私结党羽，互相倾轧，甚至觊觎皇位、威胁君权的戏码，胤禛也曾亲眼所见，深知其危害。在他继位后，严禁王公官员结党，并御制《朋党论》以申其害。但对于十三弟则多有例外。
允祥最终死于肺病，但也不排除劳累过度所致。他死后，雍正悲痛万分，食不下咽、寝不安睡。还因为三阿哥没有表现出悲痛之意而治他的罪，可见四哥对十三弟的情谊是何等深厚！
整顿吏治，高薪养廉
清查亏空
由于康熙在位61年，作为一个久掌大权的皇帝，康熙非常佩服汉文帝施惠于民、尽量不扰民的统治方针。于是，晚年的康熙不免要恩泽天下，来博得为政宽仁的美名。但社会的发展并不依赖个人的想法，一味地宽容，给社会带来了很多负面影响，在此方针指导下，康熙末年的社会积弊十分多。
社会吏治日益败坏，官吏贪污成风；在“反正不是自己的”心理支配之下，政府高官们、皇子们大量地从国库中借支，造成国家钱粮空虚，国库不足；地方绅衿鱼肉百姓，贫富差距十分大；从战略角度考虑，按照康熙末年的财政状况，如果国家发生灾荒，或者是边疆告急引发战争的话，那么国家财政严重不足，国库空虚到无银用兵赈灾的地步，用雍正的话就是“关系匪浅”了，后果让人担心。
此外，地方绅衿扩张势力，对欲集中皇权的雍正来说，无异是眼中之钉。
雍正十分清楚各种状况。雍正掌权后的一个月，就给户部下达了全面清查钱粮亏空的总动员令，细致而具体地部署了各地清查的方针，政策和注意事项：
“各省督抚将所属钱粮严行稽查，凡有亏空，无论已经参出及未参出者，三年之内务期如数补足，毋得苛派民间，毋得借端遮饰，如限期不完，定行从重治罪。三年补完之后，若再有亏空，决不宽贷……”
就是说：你们各省的总督、巡抚要严格检查辖区内的钱粮亏空问题。一旦发现亏空，不管是否报告给中央，都必须在3年之内，把亏空的数目补齐。在补亏过程中，不得以补亏为借口，再向民间增加苛捐杂税。比如山东省，以前查明亏空数十万两，虽然现在名义上使用官员的俸禄补足了，朝廷对其中的巧取豪夺乱收费、乱摊派十分清楚，其他省大概也是如此。另外，也不得乘机掩饰亏空，或者寻找借口不全力执行。没有补完亏空，朝中会加以严罚。在3年补完亏空以后，如果再发生亏空的事，朝廷也不会饶恕你们。
雍正还规定了如果地方官员贪污挪移钱粮，而督府为其包庇隐瞒，要对督抚治“连坐”
之法。假如有谁在清查中徇私舞弊，包庇纵容，一旦被查访到或被监察官员举报后证实的，将连同该省的总督，巡抚一同处罚。
雍正这个办法使诸官心惊肉跳，再也不敢怠慢。
雍正即位时已是45岁，面临着一个难以收拾的烂摊子局面：吏治腐败、国库空虚、税收短缺。雍正对这些是有着清醒认识的。在即位之后雍正说：“历年户部库银亏空数百万两，朕在藩邸，知之甚悉。”意思是说，当我还是皇子的时候，就知道历年中央的户部有数百万银两亏空，底下的府厅州县亏欠的数量就更不知有多少了。我十分清楚，怎能骗得了我。各地出现亏空钱粮问题的，一定是受到上司勒索，不得不从国库中拿来上供，要不就是自己贪污侵渔、中饱私囊了。无论哪种情况，都是非法的。
长期当皇子辅助执政的经历，使雍正积累了充分的行政经验。加上他即位前就曾协助康熙在户部清理亏空，曾遇到过一些麻烦。因此对中央及地方的财政十分明白；对下面官僚的贪污手段、心理状况十分清楚。
雍正上台，首先指向的是吏治，实在是因为吏治腐败是康熙晚年最大的弊政之一。整顿吏治的最好突破口就是清查亏空。
全国大小官吏那么多，对于新君还不熟悉。雍正除了隆科多、年羹尧等几个可信任的人外，无所依靠。正好可以借助清查亏空这个运动，撒下大网，借势观人，激浊扬清，杀一儆百。用这个运动来打击异己势力树立威望。正如前述，康熙末年的储位之争十分激烈，雍正的登基即位又难于辩解，使人心不服，基础不稳。雍正发动清查，正可以借机名正言顺地打击诸王的朋党势力，进一步加强自己的地位和权力。
清查亏空的第三个好处是有助于对家底更加清楚，真正掌握财政状况。
雍正在清查亏空过程中，经常派遣特派员来解决一些难于应付的问题。
雍正四年（1726年），大规模清查江西省的钱粮亏空。当时的巡抚裴度明明知道各府州县仓谷亏空很多，他却不上报，极力包庇下面的贪官污吏，雍正对此十分愤怒。
雍正命把已调任的裴度留于任所，将前任布政使张楷、陈安策派往江西审讯。雍正又觉得现任巡抚都督，他们太软弱，只是喜欢自己的官名而已，不能完成清查亏空这么重大的任务。因此决定特派吏部侍郎迈柱到江西，真正检查全省钱粮多年的亏空问题。与此同时，雍正命令从别的州县挑选出几十名官吏，迅速前往江西。一旦发现有亏空问题的官员，迅速查办，让候补官员作好顶替的准备。
迈柱到任后，清查积极认真，但是受到江西按察使积善的反对，雍正坚决支持迈柱，称赞他“到任以来，不避嫌怨，为地方生民计，实心效力”。清理的结果一出来，雍正立即命令裴度及历任藩司补偿仓谷的亏空。
特派官员到其他地方清查亏空情况，让他们相互监督，这是雍正常用的一种办法，十分有用。
雍正五年（1727年），福建布政使沈延玉报告说，福建省的仓谷出现亏空。雍正认定是巡抚毛文铨隐瞒上面欺压百姓造成的，马上特派广东巡抚杨文乾和许容为钦差大臣前往清查。
上次清查江西钱粮，雍正调动了大批的候补官员，让他们为上岗作好准备。这次清查福建的仓谷亏空，与候补官员调动同时进行。此外他还作了舆论的准备。
雍正发布公告告诫福建的老百姓：因为马上就要进行清查，有些贪官们可能已知道此事，会临时借调有钱人家的粮食来充实库存。如果你们有人把粮食出借给他们的话，那出借的粮食就归官府所有，发觉后也不再归还。
上谕还说：我已经选拔了一批候补府州县官员和钦差一起到福建，如果“现任府州县内之钱粮稍有不清者，即令更换”。
摆出候补官员，查出问题立即换人，这破釜沉舟的姿态，表明了雍正彻底清查的决心。
地方清查亏空的责任落实到总督巡抚，限期为3年。北京等盘根错节之地，展开清查工作十分艰难，因此他更注重清查技巧，加大力度清查。
设立会考府
雍正元年（1723年）正月十四日，雍正下令设立了一个独立的清查机构——会考府，主要对中央各部、院的钱粮奏销（就是各省每年将钱粮征收解拨的实数报部奏闻）工作稽查核实。
本来，各部院的钱粮运用、收入支出，都是由各部院自行奏销，因此官员营私舞弊、账目混乱的现象十分多。
为了从制度上解决这个问题，雍正规定会考府负责稽查审计各部门的收支，凡是钱粮的奏销，不管来自于哪个部门，都应该由新设立的会考府清厘“出入之数”，这样就把奏销大权由原先的各部院收归中央。
这样，官员即使想做手脚也难了，政府也有希望能补上奏销这个大窟窿。
雍正说，当日康熙对其中的弊端也十分清楚，只不过不欲深究罢了，“朕今不能如皇考宽容”——我决不会像父皇那样宽容——雍正说到这点。
雍正显然十分了解下情。他说，钱粮奏销中有大的弊病，主要是看有无“部费”（即所谓好处），假使没有部费，就是正常开支，计算也清楚，但也就不准户部奏销，要是有部费的话，即便是浪费百万的也可以奏销。
雍正委任他的兄弟怡亲王允祥、舅舅隆科多、大学士白潢、尚书朱轼等四人共同负责，提高会考府的权力，并谕令允祥说：你如果不能清查，我再派人，实在不行我亲自去。可见雍正决心很大。
会考府成立了两年多，办理了各部院奏销事件550余件，其中被驳回的就有96件，效果十分显着。
清查中涉及到贵族和高级官僚，决不放宽。在这一次清查亏空的行动中，一大批达官显贵、王公贵族都牵涉进去了。比如雍正的十二弟履郡王允祹因为曾主管过内务府事务，在追索亏空中，被逼无奈将家中的器物当街变卖。雍正的十弟允也因此赔银数万两，数量还是不够，最后被雍正抄家罚没。
其中户部库存白银查出亏空250万两，雍正责令户部历任的尚书、侍郎、郎中、主事等官吏均摊赔偿共150万两，另外100万两由户部一年一年地偿还。
按照常规，清查亏空，应当先抓贪污腐败，然后解决挪移问题。而雍正帝正好相反。
他规定在清查中，无论是侵欺还是挪移都要据实清查，而在追补赔偿之中，不管哪种在前，都要把挪移的那部分补足，然后再赔偿。
先抓挪移，看似在抓次要矛盾，实则是避实击虚的方法。
这只是非常情况下的非常策略，事实上，在雍正后期打击贪官清查亏空的工作取得显着的成绩之后，就逐渐恢复了往日先查侵欺再追挪移的成法了。
亏空一旦被清查出来，赃官就被革职拘禁。雍正迫使他们吐出赃银，保证如数归还国库，严厉抄家就是通常的手段之一。
抄家罢官
雍正元年（1723年）八月，通政司右通政钱以锴提出一套查抄补追的方法，主要原则是：凡亏空官员被查验核实之后，一方面严格搜查办公地点，一方面发文件到他原籍的地方官，命令当地查封其家产，控制其家人。而后再追回各种财物，杜绝赃银有转移藏匿的可能。
雍正对此建议非常赞同，并明确表示：查没来的财产，将用于公事及查没中的有功人员。
重赏严罚，同时实行。
雍正元年（1723年）六月，原山西巡抚苏克济被山西潞州知府加璋揭发：在任职期间敲诈各府州厅县银两，共计450万两。
雍正查验核实之后，籍没他的家产，并责令其家人赵七赔偿20万两。
这一年官员下台并被抄家者层出不穷。如湖广布政使张圣弼，粮储道许大完，江苏巡抚吴存礼，布政使李世仁，江南粮道王舜，前江南粮道李玉堂，湖南按察使张安世，原直隶巡道宋师曾，广西按察使李继谟等。
大小官员对抄家恐惧不安，有人悄悄地送了雍正一个外号：抄家皇帝。
雍正为贪官们所憎恨的理由，即雍正惩治贪污成果显着的重要原因，是把贪官及其家属“捆绑”起来查没，用株连的办法来对付贪官。
历史传说中雍正狠毒的恶名，大多由此而来。据说，当时官员们在一起打牌时，把其中的私牌也戏称为“抄家私”，可见雍正反腐败是有一定力度的。
倒霉的赃官们于是无路可走。即使如年羹尧之狡诈多端，见事不妙，开始向各地转移藏匿财物，也被雍正访了个清清楚楚，抄了个一干二净。
雍正对于那些畏罪自杀的官员也不放过，从中更可以看出他严厉之极。雍正四年（1726年），广东巡抚杨文乾参劾本省一个道员李滨贪污受贿，亏空钱粮。李滨得知此事吓得自杀了。
闽浙总督高其倬、福建巡抚毛文铨参劾兴泉道道员陶范，撤了他的职。还没有追查，陶范也自杀了。雍正对此说：这些贪官估计官职和家财都难保了，便想一死了之，妄想牺牲自己的性命保住财产，留给子孙后代们享用，哪有这种好事？
他下令督抚，遇到这样的情况，一定要拘禁这些赃官的家属和亲信的家人，严行审讯，把所有赃款全部追回，还要补偿。
雍正大约是深得其中的三昧：不放过死人。因为这可以使百官感到害怕。这样的“抄家皇帝”，确实让人有些害怕。此外，雍正还三令五申，严禁下属和当地士民代替赃官赔偿或者垫付，把板子直接打到赃官身上雍正的理由是，如果允许代赔或垫付的话，会出现不法绅衿与贪官狼狈勾结，以求留任的情况。或者，这些祸害又会趁机搜刮百姓。
雍正对官僚们的心理十分清楚。