天聪八年，皇太极发动入口之战，饱掠而归。他建立大清国政权之后，加紧了对明朝关内的侵袭。崇德元年，皇太极命多罗郡王阿济格等率军入关，凡56战皆捷，克16城，俘获人畜17万。崇德三年（1638年），皇太极派多尔衮率军入关，在长达半年的时间里，转战2000余里，攻克济南府城暨3州55县，获人畜46万；崇德七年（1642年），皇太极派阿巴泰率军入关，横扫山东，俘获人口36万、牲畜32万余头。清军这几次对关内入侵，都是势如破竹，疾似飙风。皇太极命令他们：“凡遇人口，即行俘之……凡物，见则取之。”清军蹂躏了明朝广大地区，掳掠了大批人畜和财物，使明朝一次又一次地大伤元气。
汉军八旗的组建
努尔哈赤所建的八旗，其成员绝大多数是满洲人，又称满洲八旗，各旗也有少数蒙古人和汉人。皇太极即位后，一方面积极从事扩张政策，另一方面仍然注意缓和民族和社会矛盾，他命令臣下做好“养人”的事情，尤其是对新掠取或来降的蒙古、汉人做好安置。归附皇太极的蒙古人和汉人官兵日益增多，以至满洲八旗无法容纳，于是皇太极在满洲八旗的基础上，于天聪九年（1635年）建立蒙古八旗（2万5千人），此后又于崇德七年（1642年）建立汉军八旗（3万3千人）。加上原有的满洲八旗，合满、蒙、汉共二十四旗。
这就使八旗制度臻于完备，武装力量不断扩大。
汉军八旗的始创，须从恭顺王孔有德、怀顺王耿仲明、智顺王尚可喜先后率众航海来归谈起。“三顺王”降后金是当时具有重大意义的事件，极大地壮大了皇太极的军事力量，与皇太极编制汉军八旗有着十分密切的联系。
孔有德（1602～1652年）、耿仲明（1604～1649年），均为辽东人。努尔哈赤攻克辽东，孔、耿二人奔皮岛（辽宁南大海中）明总兵毛文龙麾下。由于毛文龙屡为后金所败，又骄纵不受节制，为袁崇焕所杀。孔、耿二人走投登州巡抚孙元化，孔有德任参将，耿仲明任游击。天聪五年（1631年），皇太极率兵围大凌河城，孙元化派遣孔有德率兵3000渡海增援，在海中遭遇飓风，孔有德几乎丧命。渡海不成，十一月，孙元化又派孔有德率800骑兵从陆上赴援。孔有德心中愤恨，行到邹平县（山东邹平）滞留月余。后来又到吴桥县（河北吴桥），遭遇大雪，没有吃的，军心混乱，士兵们便掠夺百姓财物。这时，正好遇到孙元化派遣去塞外购买马匹的参将李九成，两人密议，宣布叛明。孔有德率军回师，连陷临邑、陵县、商河、青城诸县（均在山东济南市北）。第二年正月，孔有德等挥师登州城下，耿仲明为内应，内外夹攻，迅速攻克登州。孙元化自杀未遂，孔有德念及旧情，没有杀他，让他乘船离开。孙元化航海到天津，崇祯得报，下令就地处决。
不久，又有驻旅顺的明朝参将陈有时、广鹿岛副将毛承录等率部分官兵造反，渡海到登州，加入孔有德部队。孔部兵势大盛，共推孔有德为王。孔有德谦让不受，自称都元帅，李九成为副元帅，耿仲明为总兵官。从此，他们率军在山东一带攻城略地，明朝调集大批兵马前来镇压，孔有德等退守登州。明将祖大弼率兵数万将登州包围，双方相持五月有余，李九成战死。孔、耿军队终因众寡悬殊，无法打破明军的围攻。两人感到力不能支，决计突围投奔后金。
五月，孔、耿率众抵镇江，遣人向皇太极报告起程赴沈阳日期。太宗马上传令济尔哈朗、阿济格、杜度率兵速往镇江迎接，并带去2000匹马，供孔有德部众上岸乘骑。与此同时，宁远、登州、旅顺口明兵乘船从海上尾追而来，朝鲜也出兵助威。正好济尔哈朗等率军也赶到镇江，与明兵夹江立营。明兵与朝鲜兵见后金兵强盛，不敢开战，便悄悄撤走了。
孔、耿部众这才靠岸，将携带的大量兵器枪炮全部搬运上岸。
孔、耿这支庞大的队伍历经艰险，顺利来归，这对后金是个巨大的鼓舞，皇太极隆礼相待，关怀备至。六月十三日，皇太极按孔、耿原来的自封号，正式宣布封孔有德为都元帅，耿仲明为总兵官，赐给敕印。其他各官也视功劳分别封赏。不久，孔、耿率军协同八旗满洲攻克了旅顺城。
天聪八年，明朝广鹿岛副将尚可喜率数千名官兵和百姓叛明来归。尚可喜，辽东人，崇祯时为明东江总兵官（驻皮岛）黄龙部下。孔有德登州叛变后，黄龙提升他为广鹿岛副将。孔有德、耿仲明引后金兵攻旅顺，黄龙兵败自杀。明以沈世奎代黄龙为总兵，部校王廷瑞、袁安帮构陷尚可喜，尚可喜还据广鹿岛。尚与孔、耿都曾是毛文龙的部下，彼此交往很密切。不久他即效法孔、耿的行动，投降了皇太极。
孔有德、耿仲明、尚可喜相继叛明，明朝用以牵制后金的辽东沿海防线土崩瓦解，而且人心大乱，造成了严重的政治影响。
孔、耿、尚归附后，皇太极对三人极为优待，为他们营建府第，同时保持他们军队的编制，让他们继续统帅，旗下汉兵没有遭受满人歧视之感。这一措施得到广大汉兵的拥护，“故其将卒皆用命”。对后金来说，这比将汉兵分散到满洲各旗管辖更有利。另外，皇太极发现三人的军队“谙水战，习地利”，在这些方面均非满族骑兵可比，确是一支不可忽视的力量。努尔哈赤时代，采取的做法是“俘掠辽沈之民，悉为满臣奴隶”，到了皇太极的时候，随着军事规模的不断扩大，皇太极意识到单征满洲兵的局限性，开始打破民族界限，着手将他统治下的辽人及归顺的明兵武装起来，创建汉军编制。
崇德元年，皇太极接受尊号为皇帝，封孔有德为恭顺王，耿仲明为怀顺王，尚可喜为智顺王，将汉人组成的部队特许三人独立分管，使他们获得类同八旗旗主一样的权力。因此，孔、耿、尚等人来归，成为皇太极编制汉军旗的最好契机。不久，即天聪七年七月一日，皇太极令分隶满洲各旗所属汉人壮丁，每10名抽1丁披甲入伍，共得1580人，组成一旗汉兵，由汉官马光远统领，旗帜用黑色。这是正式建汉军旗之始。
崇德二年（1637年）七月，太宗又把一旗汉军分作左右翼两旗，以汉官石廷柱为左翼固山额真，马光远为右翼固山额真，都按照满洲八旗的样式编壮丁为牛录。崇德四年（1639年）六月，再分二旗为四旗，合计7000人左右。
崇德七年（1642年）六月，也就是皇太极去世的前一年，他将原四旗改编为八旗，称为八旗汉军，旗色、名称、官员设置一如八旗满洲之制，所不同的，前者的旗主可以由皇帝随时撤换任命，后者则是世袭。同年八月，孔有德、耿仲明、尚可喜、沈志祥奏请“以所部兵随汉军旗下行走，上允其请”。他们虽然没有编入八旗，但应属于八旗汉军的一部分。至此，皇太极完成了对八旗汉军的创建。皇太极说：“我国出则为兵，入则为民，耕战二事，未尝偏废。”
皇太极创建汉军与蒙古八旗，既增强了清朝的武装力量，也对满、蒙、汉的广大人民实行了深一层的控制，同时给予汉族、蒙古族的历史地位以某种肯定，缓解了满、蒙、汉三族之间的矛盾。蒙、汉与八旗满洲并立，这就从法律和制度上把这种联合的关系进一步确定下来，标志着以满族贵族为核心的，与汉、蒙封建地主阶级联合统治的基础更广泛了。
皇太极创立的汉军八旗，对后来清朝夺取全中国的统治权具有重要意义。
皇太极晚年，他的子侄们在他面前发牢骚说太祖时诛戮汉人，而今汉人有为王者矣，有为昂邦章京者矣，而满洲宗室却有为官者，有为民者，“时势颠倒，一至于此！”但这位远见卓识的大清帝并未因此动摇其满、蒙、汉并立的国策。这一国策也为后代的顺治、康熙等帝王所继承，为清朝260多年的统治打下了牢固的根基。
至于为汉军八旗的创建立下大功的“三顺王”，最后的结局却都悲惨。
孔有德入关后随多尔衮进攻李自成起义军，又下江南镇压南明政权，顺治三年封定南王，九年为李定国围于桂林，自杀。
耿仲明入关后，跟随孔有德进攻李自成，下江南镇压南明政权。顺治六年改封靖南王，领兵入广东，以匿逃人罪自杀于吉安。
尚可喜于顺治元年随阿济格西追击李自成，三年又随孔有德南下。顺治六年改封平南王，驻广东。康熙十二年，乞归海城。三藩起事，他仍然忠于朝廷，封平南亲王。十五年因子尚之信叛，忧而死。
松锦之战
皇太极称帝之后，一方面不断派遣大军入关，深入明朝腹地，沉重打击明朝的有生力量；一方面，又在关外宁锦一线与明朝展开激烈的争夺。
锦州是明朝设置在辽西的军事重镇之一，广宁中屯卫、广宁左屯卫设在这里。自从明清（后金）交战以来，锦州的战略地位日益显得重要。明朝派遣重兵驻守，加固城池，力图使锦州成为阻止清兵西进的一座坚固堡垒。
皇太极知道“以大军屡入塞，不得明尺寸之地，皆由山海关阻隔；而欲取关，非先取关外四城不可”。而锦州则首当其冲。皇太极很清楚，只有先打下锦州，然后从山海关进攻北京，才能给明朝致命一击。
明崇祯十三年（清崇德五年，1640年）三月，皇太极鉴于漠南蒙古归附，朝鲜称臣，后顾之忧已解除，经多次绕道入关作战，消耗明廷实力后，决计以10万兵力攻取锦州，打通辽西入关通道。皇太极命令郑亲王济尔哈朗为右翼主帅，多罗贝勒多铎为左翼主帅，各统兵开赴义州驻守，筑城屯田，筹措攻城器具，对锦州形成合围之势。规模巨大、震惊全国的松锦决战很快拉开了序幕。这是继萨尔浒激战之后，明清兴亡史上又一次战略性的大决战，它把皇太极的军事实践推向了一个新的高峰。
实行围困，是对付明军的较为有效的措施。明朝对辽东的作战方略屡有变化。实践证明，袁崇焕提出的唯有凭坚城、用大炮一策，守为正，战为奇，最为有效，它迫使清兵舍长取短，很少成功。袁虽冤死，但他的这一方针却继续下来，明兵就是坚守城池，不肯轻易出城与清兵较量。十几年来，清兵无可奈何。现在，皇太极进兵义州屯种，目的也是为长期围困锦州提供后勤支持。
当时，辽东名将祖大寿镇守锦州城。他本来在天聪五年（1631年）大凌河之战中已投降后金，当时他诡称妻子在锦州，要求迎取妻小，同时作为内应，智取锦州。太宗放他回去，结果他一去不返，还当上了锦州的守将，祖大寿之甥吴三桂为副将。祖、吴在辽东拥有强大实力，是明朝倚重的军事集团。崇德三年，清军发动入口之战，皇太极亲自领兵攻向宁远、锦州，祖大寿打败多铎的军队，皇太极要求祖大寿来见，祖大寿推辞不见。第二年，皇太极又领兵围攻松山，旁及连山、塔山、杏山，崇祯召祖大寿救援，皇太极却要他来投降，也没有成功。祖大寿坚守锦州，清军屡攻不克。
从崇德六年起，济尔哈朗开始令诸军包围锦州。祖大寿向明廷告急。四月，皇太极亲往义州、锦州察看地形和明军态势，决定对锦州采取长期围困之策。这一年，清军攻锦州，东关守将吴巴什降清，清军轻松地取得了锦州的外城。
此前，明朝已调洪承畴（1593～1665年）入卫京师。洪承畴是福建南安人，明万历进士，历任延绥巡抚，陕西三边总督，是明朝晚期不可多得的一位帅才。此时由于受到清兵的极大威胁，崇祯帝正式任命洪承畴为兵部尚书兼副都御史总督蓟辽军务，这是准备决战的重要一步。
洪承畴十月出山海关，调集曹变蛟、王廷臣、自广恩、马科、吴三桂、杨国柱、王朴、唐通八总兵，13万步骑，4万马匹，东来解锦州之围。祖大寿驻锦州，以松山、杏山、塔山三城为犄角。清朝也把孔、耿、尚的军队调来助围锦州。
洪承畴采取“步步为营，且战且守，待敌自困，一战解围”的战略，于崇德六年即崇祯十四年（1641年）七月，率兵进驻松山与锦州间的乳峰山，两军初战，“清人兵马，死伤甚多”，清军失利，几乎就要溃败了。失败的消息传到盛京，皇太极见形势危急，事关重大，于崇德六年八月亲自领兵进战。史书上记载：“上行急，鼻衄不止，承以椀”，鼻子流血不止，用椀（碗）接着，昼夜兼行500余里。有人建议“徐行”，皇太极说：“朕如有翼可飞，当即飞去，何可徐行也！”经过6天急行军到了松山。
皇太极亲征，大大鼓舞了清军的士气。他部署清军自乌忻河南至海，横截大路，绵亘驻营，再在高桥设伏，围追堵截，处处有备。明兵虽号称13万，能战者只有白、马、吴三总兵所部。洪承畴不愿急战，但崇祯及朝中不少大臣皆轻躁促战，洪氏被迫进兵，初获小胜。
皇太极作出部署，命令埋下伏兵，断去敌人的退路；袭劫明军的积粟，使明军的粮道丧失；清军在高桥设埋伏，袭击明军的逃兵；在大路列阵，截击明军的援兵。皇太极采取大包围的攻势，挖深濠困住了明军，洪承畴正欲决一胜负，而诸将以无饷为由，商议回宁远取粮。洪承畴看出：“战亦死，不战亦死；若战，或可冀幸万一。”但部将各怀异志。还没等下令出击，王朴等总兵得悉皇太极亲征，慑于其声威，纷纷乘夜率领本部兵马撤退，遭到清军的伏击，明13万兵被斩的就有5万。经过激战，皇太极获得大胜。洪承畴只剩下1万余人退守在松山城内。曹变蛟、王廷臣突围入松山城，与洪承畴与巡抚邱民仰在松山坚守。松山城内缺粮草，外失救援，处于孤立绝望的境地。洪承畴几次欲突围而出，都遭遇失败。
清崇德七年（1642年）二月，明朝松山副将夏承德暗地里投降清朝，密约清军为内应，二月十八日清军入松山，生擒洪承畴、辽东巡抚邱民仰等重要将领。皇太极马上下令就地杀掉邱民仰、曹变蛟、王廷臣，押解洪承畴到都城沈阳。三月初八日，锦州城内的祖大寿因孤立无援，率领锦州守军降清。四月，清军又攻克塔山、杏山，并毁二城。至此，持续两年的松锦之战结束。
自万历四十六年即天命三年（1618年），在抚顺明朝与后金的第一次交锋开始，至崇祯十七年即顺治元年（1644年）清军入关，在近30年间，有三大战役对明清兴亡产生了极其深远的影响，它们是萨尔浒之战、沈辽之战和松锦之战。萨尔浒之战，明朝在辽东从有利转为被动；沈辽之战，明朝在辽东的势力几乎终结，后金在辽东确立统治；松锦之战，明朝失去关外的所有一切。清朝人说，萨尔浒之战是“王基开”，而松锦之战是“帝业定”。
皇太极为定鼎燕京、入主中原奠定了基础，做好了准备。
松锦之战还有一大意义是明蓟辽总督洪承畴的归顺。皇太极俘虏洪承畴回沈阳，想尽办法劝说他投降。洪承畴开始大义凛然，不肯屈服。皇太极派范文程劝降他，发现他爱惜衣服，梁上掉下一点灰尘，撒在他的衣服上，他拍了又拍，由此可见他更爱惜生命。听了这个报告，皇太极便亲自去看洪承畴，将身上的御衣解下披在洪承畴身上。洪承畴睁大眼睛感激地看着皇太极，叹息说：“真命世之主也！”便归顺了清朝（《清史稿·洪承畴传》）。
后来，洪承畴隶属汉军镶黄旗，顺治二年到南京总督军务，经略湖广、广西、贵州。顺治亲政后，他积极贯彻顺治的怀柔政策，成绩显着。由于他的诱降，永历政权中很多官员投降了清朝，这对于瓦解西南抗清力量起了很大作用。