荣禄揣摩慈禧的态度将有转变，为了留一条后路，他串通敌人，暗中助之。北京抗击战正激战不已时，荣禄出任大帅，他不但不指挥战斗，反而对积极参加战斗的董福祥大加约束，不给董军大炮地雷，借口是若用大炮地雷，宗庙宫阙内廷恐为震动，并且密嘱诸将不可武力攻取东交民巷，恐伤和好之意，力保中国大局，所以“东交民巷攻占不下，皆因荣相不准诸将力攻之故”。
慈禧在这个问题上虽未明确支持荣禄，但却事事不问，并对董福祥的积极参战表示不同意，这些事实充分证明慈禧的态度开始转变，由积极支持义和团逐渐转为阻挠镇压。这样，义和团的行动受到限制，像荣禄这样的人在暗中阻挠与其洋人作战。而就在此时，八国联军陆续派兵，再次进犯北京，终于打败了义和团。八国联军遂在北京肆意横行。
光绪二十六年（1900年）的夏末，八国联军逼近北京，清王朝的统治者顶着烈日出逃。
据后来慈禧自己说，她原是不想跑的，这么一大把年纪了，早已无所谓了。这也是实情。可是无奈载漪、载澜这两个推动慈禧对外国宣战的祸首，唯恐外国人追究他们，所以极力劝诱慈禧逃跑。开始慈禧还犹豫不决，后来终于同意了。她心中已实在不知洋人会怎样处理自己。
联军未入城时，庆亲王奕请派李鸿章入京与各使议和，各国大使纷纷应允，定于七月十七日会晤。届期，总署大臣相顾畏首畏尾，只得作罢。
李鸿章奉命北上，到达江南时，听说情况紧急，密奏“请勿迁都，勿攻使馆，则事或可转圜”。这也是比较积极的处理危机的办法，但慈禧没有接受。
当联军炮攻宫城时光绪帝竟要前去以礼相阻，说：“彼军法文明，朕往必无害，且可议款”，表现出英勇无畏的精神。太后认为他疯了，珍妃这时也斗胆求情于太后，自陈所见：
“皇上不必西去，应该留在京城处理大事。”珍妃能与皇上相互应和，也有缘由。光绪帝在瀛台囚禁时，曾冲破重重障碍，会见珍妃。此次如能留京主持和议，或能获得出头露面之一日。慈禧当然不会给光绪这个机会，结果皇帝被“挟之俱西”，而珍妃被推坠于井。据说当珍妃临危时皇上曾替珍妃求情，反遭慈禧斥骂。
《辛丑条约》的签订
八国联军对北京进行了更加疯狂的洗劫和残暴的屠杀。他们集中兵力包围各坛口，屠杀义和团民众，仅在庄王府一处，侵略者就枪杀和烧死了团民1700多人。他们见人就杀，许多地方“尸横满地，弃物塞途，人皆踏尸而行”，有的地区甚至尸首堆积如山，很多家庭“虚无一人，而遗尸未敛，蛆出户外”，境况惨然。联军统帅在京特许军队公开抢劫三天，他们疯狂而贪婪地洗劫了堆满金银翡翠、珍奇异宝的皇宫，颐和园，三海，抢劫各官衙的库款多达6000万两白银。另外，他们还抢劫和毁坏了皇宫、颐和园、翰林院收藏的大量图书文物。明代的《永乐大典》被抢走300余册，其他各种珍本图书被抢劫和损毁达4.6万余册。他们还抢走北京天文台的四分仪、六分仪、天球等古铜天文仪器。这次洗劫把中国“自元明以来之积蓄，上自典章文物，下至国家奇珍，一扫而光”，损失之大已无法统计。
八月，瓦德西指挥联军进一步扩大侵略，陆续占领了山海关、张家口、保定、秦皇岛，并向山西进犯。同一时期，沙俄除参加八国联军侵犯津京，镇压义和团之外，还出兵10余万，霸占了东北三省，并于六月二十日到二十一日，制造了“海兰泡惨案”和“江东六十四屯血案”，黑龙江以北的中国居民有20余万人不幸被杀。沙俄为实现其独霸中国东北的“黄色俄罗斯”计划，以武力迫使盛京将军增祺派出代表，签订了《奉天交地暂且章程》，妄图使中国东北地区成为俄国独占的殖民地。《章程》签订后，全国各阶层人民纷纷抗俄，迫使清廷未敢承认这一条约，并将增祺革职。
庚子事变和八国联军入侵，使国家空前蒙难。
八国联军攻占北京后，各帝国主义国家对如何处置中国，难以取得统一的意见，矛盾不断激化。此后，英、俄、美、法、德、日、意、奥八国，加上比利时、西班牙、荷兰，在“惩办凶手”和索要战争赔款问题上，不断争吵。这时，美国第二次提出“门户开放”
政策，在重申第一次“门户开放”政策的原则之后，又以“保持中国的领土和行政完整”
作为借口，建议各帝国主义国家共同维护以慈禧为首的傀儡政权作为统治中国的工具。光绪二十六年（1900年）十一月初三，十一国共同提出《议和大纲》12条，强迫清政府全部接受。慈禧太后见到李鸿章送来的《议和大纲》中没有把自己作为凶手加以惩办，十分高兴，立即命令奕、李鸿章全部答应。
慈禧西行之时，就准备投降八国联军。还在逃跑的路途中，也即七月二十六日，慈禧命令李鸿章与徐桐、荣禄、崇绮立刻与八国议和。八国首先提出应该惩罚凶手，但惩罚凶手也即惩罚慈禧，所以他们经过反复掂量，准备饶过慈禧，只要她屈服就行。慈禧对此十分感激。她这样说道：“洋人本来打算惩罚祸首，今天幸亏没有提出，不能不感谢祖宗的佑护。”
慈禧虽未受惩罚，但必须有人替她受过。为了议和，也为了排斥异己势力，她宣布的第一批替罪羊有载漪、载勋、刚毅、赵舒翘等。他们有的被处死，有的被流放，有的被撤职，有的被降级，处罚十分严厉。
经过反复谈判，加之慈禧等也完全遵照帝国主义列强提出的条件，严惩了抗击联军的官员，同意了他们的要求，最后和议终算成了。
光绪二十七年（1901年）七月二十五日，列强代表同清政府的全权代表奕、李鸿章在和约上签字，因这一年是农历辛丑年，故称《辛丑条约》。这个条约共十二款，另有19个附件，主要内容是：
第一，清政府向各国赔款白银4.5亿两，以关税、盐税和常关税作担保，分39年还清，年息四厘，本息共计9.8亿多两百银。
第二，各国在北京东交民巷设立使馆区，中国人不准在界内居住，允许各国驻兵以“保护使馆”。
第三，清政府必须拆除大沽炮台及北京到大沽沿途所有炮台。在天津周围二十里内，不准驻扎中国军队。允许各国在北京到山海关铁路沿线的12个战略要地驻兵。
第四，清政府要惩办支持和赞助过义和团运动的官吏，永远禁止中国人成立或加入任何反帝组织，违者处死。清朝各省官吏必须保护外国人的安全，镇压人民的反抗斗争，否则“即行革职，永不叙用”。
第五，总理衙门改为外务部，班列六部之前，以办理今后与各国交涉事宜。
《辛丑条约》是帝国主义在镇压了义和团运动之后，强迫清政府签订的又一个不平等条约。这个条约的签订使列强在政治、经济、军事等方面对中国的侵略大大加深。此外，侵略者还重新确立了以慈禧太后为首的清政府充当它们掠夺中国的帮凶，实际上使中国成为各国侵略者共管之下的半殖民地国家，清政府已成为帝国主义势力控制中国的工具。中国已完全成为半殖民地半封建社会。
声势浩大的义和团运动虽然被中外反动势力联合扼杀了，但是这场反帝爱国运动带来了深远的影响。
义和团运动使帝国主义瓜分中国的愿望落空，大大阻碍了他们的侵略步伐。
义和团运动使人民群众更加认清了清政府的反动本质，促进了人民群众的觉醒，为资产阶级民主革命的发展奠定了基础。
义和团运动推动了亚洲各国民族解放运动。在义和团运动期间，亚洲民族解放运动空前高涨。朝鲜、印度、波斯、土耳其、菲律宾等国出现了形式不同的反帝爱国斗争。义和团运动支援、影响了亚洲各国人民的民族解放运动，成为亚洲各国人民民族解放运动的一面旗帜。
和约签订之后，两宫立即准备回京。为了减轻地方驿站的负担，因此他们决定分三批回京，即第一批先行者为在陕没有重要工者，第二批继行者为两宫及随行侍卫人员，第三批为在京中没有重要事务的人。
光绪二十七年（1901年）八月二十四日，两宫从西安出发。这次回京，跟出逃时相比自然是大不相同。光慈禧一人就有三千辆车，装运金、银、绸缎、古董、玩器等名贵物品。
慈禧回京师的消息传开之后，京中王公大臣暨文武大小官吏，都聚集在马家堡车站准备迎接慈禧。各国男女，都想见中国三次垂帘听政者和囚禁的皇帝，因此在车站人们蜂拥而至。
下午3时，火车到站，慈禧走在最前面，光绪紧跟其后，洋人见状，纷纷向前，争相一睹为快。使慈禧不悦的是，竟有外国人手持摄影机摄她的影，真乃“大不敬”。幸好不一会儿走出了站，进入八抬大轿，两宫历尽劫难后终于回到了久违的京都。
清末“新政”
成立督办政务处
光绪二十六年（1900年）七月二十六日，慈禧太后带着光绪帝惊慌向西逃的途中，在内外压力下，于宣化鸡鸣驿，下诏承认自己有罪，承认“负罪实甚”，表示“涤虑洗心”。
二十八日，于宣化府（今河北宣化）下诏求敢于直言之士，要求臣属“随时献替，直陈无隐”。十月初十，皇室到了西安，在此许诺要改变当前的政治状况，对“酿此大衅”，再次表示“痛自刻责”。十一月初六，向奕、李鸿章发了电报，答应德、俄、日、美、英、法、意、奥等十一国公使提出的议和大纲十二条以换取列强对其继续柄政的认可。
经过义和团运动和八国联军之役，不但全国被剥削、被压迫的下层群众无法生活下去，统治者也难以维持统治。在戊戌政变中，慈禧夺取了光绪帝的权力，铲除了维新派。到了此时此刻，她也必须实行新政，走上已被她废弃的老路。光绪二十六年（1900年）十二月初十日下诏说：“世有万古不易之常经，无一成不变之治法……盖不易者三纲五常……而可变者令甲令乙，不妨如琴瑟之改弦……要归于强国利民而已。”取他人之长补己之短。此诏又称：康有为谈新法，实际上是乱法，而不是变法；命军机大臣、大学士、九卿、六部、出使各国大臣、各省督抚根据现有情况，参酌中西政要，包括朝章国故、吏治民生、军政、学校科举、财政，有所承袭，有所改革，省并结合，各抒所见，限两个月之内，详细条议奏闻，以备采纳。
光绪二十七年（1901年）三月初三，清政府为了推进变法，下令成立督办政务处。这道上谕说：上年十二月初十，因变通政治，通饬京外各大臣，各抒所见，以待甄择。近来陆续条奏已复不少，唯各疆臣、使臣，多未奏到。此举事体重大，条件繁多，奏牍纷繁，务在体察时势，抉择精当，分别可行不可行，并考察其行之力与不力，非有统汇之区，不足以专责成而挈纲领。着成立督办政务处，派庆亲王奕、大学士李鸿章、荣禄、昆冈、王文韶、户部尚书鹿传霖为督办政务大臣，刘坤一、张之洞亦着遥为参预。上谕要求“未经陈奏者，着迅速条议具奏，勿再迁延观望”。
这道上谕把当年军机大臣的3/4、内阁大学士的2/3加入到督办政务处，参与大臣为地方疆臣中最有影响的刘坤一、张之洞，政务处的规格极为崇隆。上谕规定督办政务处全权负责新政一事，这种规格使手续简化，办事迅速。
清廷在下诏设立督办政务处的同时，还公布了政务处开办条议。
督办政务处条议，没能也不可能从中、西政治制度的视角，分析兴衰的成因，不免有些浅薄；在如何处理中、西法关系问题上，重弹洋务派“中学为体，西学为用”的老调。
尽管如此，条议仍不失为清廷的变法宣言和改革纲领，并且对中国政治现状进行分析的时候，也是很深刻的。政务处的设立，使地方督抚观望的现象得以结束，说明清廷要求变法的决心还是有的。
江楚会奏三折
清廷成立督办政务的诏书已下达，三月初七，山东巡抚袁世凯，首先提出新政意见十条。其要点是充实武备、开通民智、改进财政、递减岁科乡试取中名额及派遣游学、增设实学等。
同年五月二十七日、六月初四和六月二十七日，两江总督刘坤一、湖广总督张之洞，联合上奏三份奏折，时称“江楚会奏三折”。
第一折为《变通政治，人才为先，遵旨筹议折》，提出育才兴学四端，上万字。主要内容为：第一，设文武学堂。奏折说，现行取士制度，“皆就已有之人才而甄拔人，未尝就未成之人才而教成之”。现在通过科举制所录用的人，“见闻素狭，讲求无素，即有考求时务者，不过粗知大略”。“不足以佐治安民”。“救时首务，当兴学育才”。主张州县设初、高两级小学，府设中学校，省城设高等中学及农、工、商、矿、武备等专门学校，京师设文武大学校。同时还拟订各类各级学校的课程设置、教学方法、等级年限、考试办法。其特点是突出自然科学知识学习和付诸于实践，并试图通过学校考试取士，最终取代科举取士。第二，酌改文科。办法是：实行三场先后互易，分场发榜，各有去取。头场取博学，二场取通才，三场归纯正。首场是对中国政史进行考试，二场对各国政治、地理、武备、农工、算法进行考试，三场对四书五经经义进行考试，即论说考辩。头场录取数额中的1/10，二场是1/3。按科目减少科举取士之额，为学堂取士之额。上面的两个方面，意在培养实学，将使生员、举人、进士，皆出于学堂，八股与科举自然而然就会被废除。第三，停罢武科。奏折指出，武科中弓箭大刀笨拙，对于作战发挥作用不大，与火器相比逊色得多，至于默写武经，大率皆系代倩，文字且不知，何论韬略？因此自从有军队以来，设立武科来而能使军队提高战斗力的，还没有听说过。奏请将武科小考乡会试等场一切停罢。第四，奖劝游学。奏折认为，不多设学堂，不足以用，想要多设一是经费困难，二是教学困难，唯一的办法就是到外国游学。要求清廷令各省分遣学生出洋游学。学业方向，为文武两途及农工商各专门之学。学成回国，经过考试，完全合乎要求的，即按其等第，作为进士举贡，以辅学堂之不足。在派遣公费生的同时，亦奖劝自费游学，办法与前者相同。
奏折最后强调，设文武学堂、停罢武科、酌改文科、奖劝游学，“此四条为求才图治之首务”。四者互相贯通，取长补短，育才图治，兴学育才，非变通文武两科不能兴学，非游学不能助兴学之所不足。“今日时势幸无可幸,缓无可缓”，希望朝廷能够施行。
刘坤一、张之洞第二折为《遵旨筹议变法，谨拟整顿中法十二条》，内容涉及吏治、司法、军事及八旗生计四个方面，二万余言。主要内容：
第一，崇节俭。奏折从总结历代兴衰成败的规律入手，得出成由勤俭，败由奢的结论，从而提出，“欲挽回天意，激励人心”，必须要节俭。奏折认为，节俭至关重要。官以俭而廉，官场风气，上面实行，下面仿效，上官奢华，糜费无度，诱使下属需索骚扰，官场腐败就不可避免。奏折提出，朝廷果有卧薪尝胆之志，当“力行节俭始自宫廷”“所有宫室舆服，力求朴素，应酬宴会勿得浮糜”“上官岁时之供，一概禁绝”，并明谕大小臣工，“再有营私糜费者，必重惩之”。