顺天乡试案还没有结束，九年（1859年），又发生了户部钞票局案。清廷为支付日益庞大的军费，在加强税收、铸造大钱的同时，还印行5种面值的户部官票和8种面值的大清宝钞，并招商设立乾字官号4个，宇字官号5个。官僚于是趁机与商人勾结，采取各种手法，大肆贪污。咸丰七年御史张某就指出：“宇字官号，积弊丛生。”接任户部尚书不久的肃顺，也觉察到“宇字五号欠款与官钱总局存档不符，奏请究治”。结果查出贪污巨额赃款，先后抄没官吏商人各数十家，株连数百人，其中还有仓场侍郎崇纶这样的大官僚。
八年、九年（1858年、1859年）中，连续发生三大案，前两案严惩包括两个大学士在内的大小官僚，后一案虽只有个别大官僚受到惩处，但涉及的人又非常多。这对长期腐败又被姑息的官僚，甚至于对于一般士大夫，不能不是极大的震动。赞赏拥护者当然有许多人，但认为太严的人，害怕出现第四、第五……大案，因而力图加以阻止者更大有人在。
御史朱梦元就上奏说：“陛下求治太锐，不免操之已蹙；除弊太急，不无过为已甚。”咸丰帝立即反驳：“朕执两用中，毫无偏倚。”近来诸事苟且，即如现办户部钞票局一案，如对大官僚副主考程庭桂，咸丰帝因其子在同案被处死，就免死发军台。更没有株连柏葰等人家属，抄没其家产。同顺治帝时此类案件相比，惩罚是较轻的。
议论纷起的另一原因是肃顺在三案中的作用及其为人。当时，以至于到清末，发表议论的人夸大肃顺的作用，有的甚至说柏葰被判了死刑，“上意犹未决，肃顺即夺朱笔代书之”，这是有违当时常理的编造。在三大案中，特别是前两案中，肃顺不过是在迎合皇帝。
但肃顺不仅并不廉谨守法，在科举考试中也有舞弊行为，而且，确有借案树威、打击同僚的私心。他因与柏葰有隙，一定要置之死地的传闻，虽然缺乏证据，但对翁心存一而再、再而三地紧追不放，却有据可查。肃顺由于以亲贵骤掌大权，再加上粗疏不学，遇事不免张扬，“恶常熟（翁心存）之异己，至众诟于署庭”。其实他对彭蕴章、周祖培也有类似情况，甚至对参加殿试的士人，也如对待奴婢般颐指气使。
翁、彭、周三人是咸丰后期位高望重的大臣，其中彭为会试正考官两次，周则早在道光二十五（1845年）年就为会试副考官，咸丰二年（1852年）又为主考官，所谓“衡文最久，门生遍天下”。翁试差虽不及二人，但声望并不逊色，“尤粹然儒者，进退可观”，有众心所归的“人望”。而肃顺竟施以连续露骨的打击，这不能不引起官僚的不安和议论，把本来有利于封建统治的吏治整顿，变为统治集团争夺权力的斗争，从而使咸丰帝心情更糟。
同时，这样的整顿，虽然对吏治有所补救，如惩处柏葰等人之后，科举考试舞弊现象就大为减少。但由于起步较晚，咸丰十年（1860年）有英法联军入侵的干扰，吏治的整顿既没有能在京内坚持下去，更没有能在全国大力推行，以致咸丰末年的吏治，除了湘军集团大员为督抚的两湖、四川、安徽等有较大好转外，其他各省依然如故。
火烧圆明园
咸丰十年（1860年），清王朝内忧外患，危机不断。
从三月起，太平天国一路攻克杭州，回援天京，捣毁江南大营，接着又东征常州、苏州，至五月又占领了松江府城，随时准备进攻上海。各地反清起义也接连不断。
国际方面，英法联军陆续抵达中国沿海，其中英军有军舰79艘，陆军约2万余人，雇运输船126艘；法军有军舰40艘，陆军7600余人。在西方殖民主义扩张史上，集中如此庞大规模的兵力亦属罕见。英、法公使及海陆军司令在上海制订了详细的军事行动计划，侵略军先后占领舟山、大连、芝罘，并霸占上海、舟山为转运兵站；他们以大连、芝罘为前进的根据地，对渤海湾进行封锁。至五月，英法联军集结完毕：英军把700艘军舰开入渤海，在大连驻扎陆军1.1万余人；法国军舰已大部进入渤海，在芝罘驻扎6700余名陆军。
初八，英、法两国政府向欧美各国发出通告，宣布开始对中国宣战。
英法联军强大的阵营吓坏了清政府。管理对外事务的钦差大臣、两江总督何桂清，于是坚持反对对外开战，多次上奏请和。太平军进常州时，他吓得赶紧逃往上海，并联络英、法等国，欲借英法联军兵力帮助围剿太平军。他上奏称：如今东南要害均被太平军占据，苏省无一兵一卒，全境空虚。要求咸丰帝赶快和英、法签订和议，以借他们的兵力平定叛乱。尽管何桂清因兵败而被革职，何桂清的请求亦被咸丰帝驳回，但其继任者薛焕仍奉行何桂清的政策，苏淞太道吴煦更是多方打探，进行求和求援。在这批官员的要求下，英、法公使抛开与清政府开战的事实，竟单方面宣布保卫上海，维护商业，并从部队中抽调英军1030人、法军600余人，驻扎在上海。由此就出现了一种奇特现象，英、法两国已同清政府开战，但在上海地区却与清朝地方政府进行军事合作，为了不同的利益，他们却走到了一起。
在这种情况下，咸丰帝的态度也为之一变。他见英法联军兵势太盛，恐清军抵抗不住，又怕英法联军与太平军合作，那样，大清朝百年基业就会毁于一旦。于是，他先是频频下令，让何桂清、薛焕对英、法进行试探，希望能有转机，但未能奏效；接着他又下令驻守大沽的僧格林沁不得首先开炮，并吩咐直隶总督恒福，若英、法使节前来换约，就对其表示既往不咎，令他们前往北京进行和谈。他已经不再要求废除《天津条约》了。
六月十五日，英法联军率领舰船200余艘、陆军1.7万余人，分别从大连、芝罘出发，中途躲开防守严密的大沽，在清军未设防的北塘登陆。直隶总督恒福奉旨对英、法使节一再照会，希望他们按照美国先例，进京换约，而英、法两方气势汹汹，对此根本不理。僧格林沁已奉旨不得首先开战，因此也未能乘登陆之敌立足未稳，就对他们予以打击。英法联军在没有任何障碍的情况下，登陆行动进行了整整十天。二十六日，英法联军首先攻占大沽西北的新河，二十八日，又占领了大沽西侧的塘沽。至此，大沽炮台正面虽防守严密，但却无济于事，而防守薄弱的侧背，却完全陷入敌军魔掌。僧格林沁见形势不好，便准备在大沽与敌军决一死战，奏请咸丰帝善保津、京。得知此讯，咸丰帝大为惊恐。僧格林沁是咸丰帝最为信赖的，骁勇善战，所辖之军是清军在北方之精锐，若失去此将此兵，清王朝将无人统兵，无人打仗。于是，他亲颁朱谕：“天下根本，不在海口，实在京师”，让僧格林沁如果受挫，立即率部回守天津，以防英法联军的进军，此处可“另择可靠大员，代为防守”大沽炮台。他还不顾英、法当时决计开战的态度，自欺欺人，下发了一道谕旨，派大臣前往北塘，“伴送英、佛（法）两国使臣，进京换约”。
英法联军于七月初五开始进攻位于大沽北岸主炮台西侧的石疑炮台，守军奋力迎击，支持两小时最终抵挡不住，大多战死，指挥作战的直隶提督乐善亦阵亡。僧格林沁见大势已去，急忙统兵撤离大沽，中途避开天津，直奔通州。大沽南北炮台经营三载，耗资数十万，安炮数百位，但却未能在战斗中发挥应有的作用。英法联军在占领大沽后，于初七朝无兵防守的天津全面出击。
咸丰帝此时只得再派出大学士桂良和恒福同任钦差大臣，在天津与英法联军进行新一轮谈判。英、法提出的条件是：增加赔款；把天津辟为通商口岸；承认《天津条约》；公使驻京与否由英方自行决定。英、法漫天要价，大大超过开战之初。桂良等人根据咸丰帝的谕旨想进行辩解，但却遭英、法拒绝，英、法只许签字，不容商议。桂良等人要求宽限几日以便他们奏请圣旨，而英、法又以桂良无“全权”为由，中止谈判。二十三日，英法联军由天津开始进逼北京。
咸丰帝此时矛盾重重，进退两难。他因不能容忍英、法两国的条件，欲背水一战，但前方军情不利，这使之难下决心，七月二十三日，只得再次派出钦差大臣怡亲王载垣带人前往通州谈判；因英法联军兵盛，于是他想尽快逃离危险的北京，但又怕颜面丢失。
二十四日，他下发一道朱谕，称“朕今亲统六军，直抵通州，以伸天讨而大张挞伐”。同时下发僧格林沁请咸丰帝巡幸木兰的折片，想由军机大臣等出面请求移驾，以此来保全自己的威仪。而大臣们经过仔细讨论之后，却既不同意他亲征通州，也不同意他巡幸木兰。
英法联军步步逼近，使谈判的地点从天津转到了通州。至八月初二，钦差大臣载垣等人奉旨,一一接受英法方面的各项要求。初三，英国使团中文秘书巴夏礼，又得寸进尺，提出进京换约时须向咸丰帝亲递国书，这下子刺痛了咸丰帝。自马戛尔尼使华以来，西方使节觐见中国皇帝的礼仪，一直令清王朝极为不满。咸丰帝绝对不能容忍不跪不拜的觐见。
他从历次谈判大臣的奏报中，竟然认定巴夏礼是英方的“谋主”，早就下令载垣等人设法将其及随从“羁留”、“勿令折回”。于是谈判再次宣告破裂，载垣立即通知驻守通州东南张家湾一带的僧格林沁，采取行动，准备向英法联军开战。
八月初四，僧格林沁率部从半路截获由通州返回的巴夏礼等39人以示宣战，并派出2万大军与英法联军正在推进的先头部四千人于张家湾展开激战。结果僧部大败，退往通州以南的八里桥。初七，僧格林沁又率清军约3万人与英法联军5000人，再次于八里桥正面交锋，结果清军再次遭重创而败退。在第二次鸦片战争中，张家湾、八里桥两战是双方投入兵力最多、最为激烈的战斗。清军的马队在英法联军猛烈炮火轰击下冒死冲锋，但终因炮火密集、伤亡惨重而败退，又冲散了跟进的步兵。两战的结果，英法联军先头部队只是耗尽了弹药，但兵员伤亡较小；而僧格林沁等部清军却人员死伤无数，溃不成军，完全丧失了战斗力。偌大的北京城，失去了最起码的抵抗力，完全暴露在英法联军的兵刃之下。
战斗力最强的僧格林沁见败局已定，上奏请求“赶紧议抚”。初八，八里桥之战结束后的第二天，咸丰帝以“秋狝木兰”为名，仓皇从圆明园逃向热河。临行前，他任命其弟恭亲王奕为“钦差便宜行事全权大臣”，全面负责“督办和局”。
英法联军在经历八里桥之战后，稍事休整，继续朝紫禁城步步进逼，初十至通州，十二日至北京朝阳门外。恭亲王奕一再寄书额尔金、葛罗，请求停战议和，而英、法专使要求先释放巴夏礼等人，然后再决定议和之事。二十二日，英法联军在德胜门外再次击败僧格林沁部下的清军，随后闯入圆明园，大肆掠夺、抢劫。在京清政府官员，在英、法的威胁命令下，于二十四日释放巴夏礼等人，二十九日按英法要求，打开北京安定门，英法联军一部进入北京城。而额尔金却借口巴夏礼等人遭受苛暴，疯狂地对清朝皇帝进行“报复”和“惩罚”，竟然下令放火焚毁圆明园。九月初五，英军执行这一命令，火烧圆明园。
圆明园内的烈火冲天而起，熊熊燃烧，三日不灭。北京城的居民抬头就可看到西北方向的浓密的硝烟。这座历经90余年才修建而成的、耗银上亿两的东方名园和艺术殿堂，被侵略者一把火就烧成灰烬。各种珍奇异宝都被抢光了，雕梁画栋的精美建筑也都被烧光了，只剩下那些烧不着、打不烂的石柱，还保存在那里，向世人诉说着侵略者的暴行，并且记录了清朝统治者们丧权辱国，屈服于外敌的耻辱!
此后奕等人完全听命于额尔金、葛罗的行动，进行所谓的交涉。一条不留地答应英、法提出的条件，一字不差地同意英、法拟定的条约。九月十一日，奕与额尔金签订了《中英续增条约》，并互换了《中英天津条约》。第二天，奕又同葛罗签订了《中法续增条约》，并互换了《中法天津条约》。十五日，躲在热河的咸丰帝，批准了上述条约。十九日起，侵略军心满意足地开始从北京撤军。
《中英北京条约》共有九款，其主要内容为：赔款增至银八百万两；割让九龙给英国；增开天津为通商口岸；完全承认《中英天津条约》；由英方决定公使驻否北京。《中法北京条约》共有十款，其主要内容为：赔款增至800万两；增开天津为通商口岸；完全承认《中法天津条约》；清政府禁教期间没收的教产，应原数奉还，并由法国公使转交各处教民。
从以上分析可以看出，中英、中法《北京条约》，连同以前所签订的中英、中法、中美、中俄《天津条约》和中英、中法、中美《通商章程善后条约：海关税则》，是西方列强使用武力强加于中国的又一批不平等条约。再将鸦片战争后的第一批不平等条约合在一起，西方列强从此便肆意欺凌中国人民，侵夺中国利益，这些奠定了所谓“条约体制”的基础。
但是，奕与俄国公使于十月初二签订的《中俄北京条约》却远远超过了这些条约的总和。
显皇后和懿贵妃
显皇后钮祜禄氏
勤俭德高，总理后宫
1852年，十六岁的钮祜禄氏被选秀入宫，入宫即被封为嫔。由于出身高贵，在四个多月之后，她就已经稳坐在皇后的宝座上，速度之快，在整个清代都十分罕见。从此，钮祜禄氏就开始了总理后宫、母仪天下的生涯。后宫集聚了众多上品女人，作为后宫的统领，无风要起三尺浪，平地都会生波澜。历史上被废黜的皇后数不胜数，善始善终者简直凤毛麟角，而钮钴禄氏却能一直笑到最后。
钮祜禄氏很勤俭，不喜欢穿绫罗绸缎，尤其不愿用进口的洋纺织物，她认为中看不中用，偏偏钟爱穿布衣服，还督促宫女绣鞋，而且每年亲手做一双鞋给咸丰穿。她经常和后宫的妃嫔们说：“臣子们送的东西不要收，我们多接受一份礼物，老百姓们就会多一份饥寒。”如果收下了，就是教他们去做贪官。有时，赶上皇后过生日，朝内外大臣官员们为了巴结皇帝和皇后，便纷纷前来献送厚礼，钮祜禄氏一概拒绝，绝没有半点通融。她平时的一举一动，严格遵守各种封建礼法，夏天天气再热，穿衣服也不露出身体来，洗澡时不用宫女和太监伺候，坐不斜倚，行不提速，对待下人比较和善，向来没有疾言厉色，每次面见皇上总是穿着礼服，所以，大家给她起了个雅号叫“女圣人”，咸丰帝对她也很是敬重。
有一次，咸丰为了游乐，下令花巨款整饬圆明园等居处，为劝阻他的这种做法，一向温顺的钮祜禄氏竟拔下头上的簪子，披头散发地对咸丰皇帝进谏，于是，咸丰皇帝对她更加敬重。