其次是矛盾丛生。比如琦善与慧成、舒兴阿与和春、向荣与福兴，吴文诪与崇纶，僧格林沁与胜保，都互相不服，不甘居下。比如其中前二人，咸丰三年（1853年）一起进攻扬州，却各发各的奏报，甚至在战场上各顾各，败不相救。一般将领也同样如此，如咸丰四年冬长江下游水师统领吴全美与叶长春，因意见不和，互相猜疑，而互相观望，拖延不相救；向荣在派员调解督催无效后，最后只好将叶调走，另派李某接任。一般兵弁之间，不仅兵与勇由于待遇、生活经历等多方面的差异，经常有矛盾，且经制兵，由于来自不同省县的营汛，也往往有很大矛盾。即所谓“兵与勇不和，楚兵与黔兵不和”，甚至同为湖南的“镇兵又与常德兵不和”。这种不和常常导致平时械斗、临阵不能一致对敌，“此军大败奔北，流血成渊，彼军袖手旁观，哆口而微笑”。
再次是纪律败坏。如浙江咸丰四年、五年（1854年、1855年）间之台勇，在皖南“肆行抢掠，以至郡城（徽州）又为之一空”；在本省“处处台勇皆闹事，甚至动百姓公忿，齐心杀之”，“前在上海者尤与盗贼无异，子女玉帛满载而归”。当时人们公认，为害甚大、甚广的兵士的兽行罄竹难书。八旗绿营经制兵也同他们差不多。比如胜保、僧格林沁两军纪律败坏，被村民抓住责打，胜保竟令大员带骑兵三百前去报复，焚烧房屋，抢掳衣物。有些卫道士也不得不承认：“官军尾贼之后，随路淫掠，民之走避者，畏官军，非畏贼也。”
面对如此种种暴行，清军所到之处，人们纷纷逃走躲避；有的被迫反抗，则招致清军更肆无忌惮的抢掠屠杀；有的更愤而加入反叛者的行列。比如咸丰四年湖广总督吴文军在黄州堵城，将“把数十里内的房屋全部毁坏，于是“民镕兵勇之毁其庐舍也，群起助贼为大围，死伤甚众，吴公薨于行阵”。
清廷对以上严重情况，虽然采取种种措施，加以挽救，但这些措施无一不是头痛医头式简单应急反应。比如在将帅方面，将领临阵退缩。咸丰帝或者是特赐赛尚阿遏必隆刀，准许他对副将及其以下将弁就地处置，或者是命令徐广缙严加惩处。但徐却以人数太多，不能全部都上奏皇帝为理由回奏，赛也没有杀一个逃将，自言“不忍杀人”。这除了是因为赛、徐没有战争经历，以及庸懦不愿被人埋怨外，他们还不能不考虑，“宽纵既久，一旦驭之以严，难期帖服”。鉴于李星沅时将帅不和，号令难行，咸丰帝特命赛尚阿督师，以为这样就可以“事权归一自必节制严明，信赏必罚，力矫前此恶习”。但结果，除了赛因权位太高，没有人敢同他公开对抗之外，其他矛盾依旧。向荣与乌兰泰更闹到几乎水火不相容。
对不断出现的失地丧师将帅，咸丰帝也只知道不断地更换钦差大臣，先以文职大员为钦差大臣，他们相继被罢斥拿问之后，又转而任命向荣、托明阿、和春等武职大员，但他们也支持不长时间，便一样败下阵来。
清廷的第二个措施就是募调兵勇，大办团练。兵勇方面的问题，既表现在战斗力不强，也表现在兵力不足。八旗虽有20万，但早已没有战斗力，特别是野战或攻坚。绿营总共有兵士60万，由于吃空额等弊端，实际名额已大为减少，且其中还有老弱病残。咸丰帝在三年（1853年）三月宣布，已征调了20余万兵士，再加上各地尚须留兵镇守的兵士，能续调的人不会超过10万人。为了补充兵力不足，清廷一是调东北和察哈尔等处满蒙兵（这不在关内八旗编制之内）入关作战。到咸丰七年（1857年）夏天，黑龙江兵入关兵额已达1.3万人。但不仅汉员周天爵、王茂荫对他们的战斗力持怀疑态度，或者要求他们撤走，或者不允许他们入关；旗员英桂也多次诉说他们水土不服，以及他们的马匹大量地死亡，走失。
再加上这种兵的数量有限，因而在质与量两方面都存在严重的局限性，对全局起不了多大作用。
关于募勇。早在永安围城战斗中，仅乡勇就已达2万余人。咸丰三年（1853年）八月，当时有人估计各省总共招募的乡勇多达30多万。有的战区，已是勇多于兵。但是将帅募勇一般是救急，匆忙之中，调兵会耽误时间，募勇却可以立即获得。他们还有另一种考虑，即认为“多募一勇，即少添一贼”。在这样认识指导下，自然来者不拒，以致“应募者大抵市井负贩之徒，乞丐无籍之辈，甚且盗魁恃为逋薮，奸民藉以寄食”。有的在奖赏多的情况下，虽然非常勇敢，但临阵不听号令，平时恣意抢掠，军中情形不好时就一哄而散。有的甚至与太平军暗中往来。所以有的将帅们主张不募或少募勇，或因屡次出问题而裁勇。如向荣在咸丰三年统帅八千乡勇，裁去七千。可是，在兵少不足用这一基本情况下，又不得不再去招募，以致形成这里裁勇、那里募勇，今年裁勇、明年募勇的局面。这就是说，募勇这一补救办法，也同样陷入无效又不能弃用的怪圈之中。
关于办团练。清廷委派现任官员回籍，更多的是委任赋闲在籍的官员，担任各省团练大臣。如山东就委派前山西巡抚萼涵等十余人，江苏委派前闽浙总督季芝昌等十余人，湖南委派前兵部侍郎曾国藩，并规定“或筑寨浚壕，联村为堡；或严守险隘，密拿奸宄。无事则各安生业，有事则互卫身家。一切经费均归绅耆掌管，不假吏胥之手。所有团练壮丁，亦不得远行征调”。这就使团练起不了战略作用。更何况只有少数地方，如皖北的六安、合肥、桐城，皖南宣城的金宝圩，湖北的随州、麻城，浙江诸暨的包村，认真举办，并对太平军进行了顽固抵抗，除此以外，一般都“苟且涂饰，未经实力讲求，或募勇以充数，徒取外观；或藉端以营私，转成欲壑。无事则恃以为威，吓扰乡间；有警则首先遁逃，流为盗贼”。不少地方团练甚至拒不交粮，如山西、河南“因粤寇之乱，兴联庄会，凡山西接壤州县，均藉以抗粮”。其实山东、直隶也存在拒不交粮。比如时任山东布政使的吴某就说：
“自钦使督办团练，尽侵官权，酿成骄横，民不知有上，抗漕抗粮，几于比比皆是。”其他各省也有藉团闹事，与官府对抗的事。比如皖北的苗沛霖刚开始时拥众观望，后来就发展到公开对抗，成为皖豫一带清廷的大祸害。团练大臣与督抚不和，互相掣肘，互相参劾，因而妨碍大局者，也时有所闻。如浙江团练大臣邵衔与大吏不和，被参了一本遭到革职；继任的王履谦不仅与大吏互相参劾，而且团勇与官府兵勇也因此发生矛盾，甚至冲突，致使绍兴轻易被太平军攻占。
以上的传统措施，对解决兵力不足固然起了较大的作用，但带来的问题也十分严重，可以说是得不偿失。而且清军不仅量不足，更主要的是素质太差，战斗力低下。上面的这些措施不仅没有触及到这一难题，而且因为新募勇营素质太差，而加重了它的严重性和复杂性。与此不同的是，曾国藩认为照搬老办法于事无补，问题关键在于“今日营伍之习气，与今日调遣之成法，虽圣者不能使之一心一气。自非别树一帜，改弦更张，断不能办此贼”。这就是说，当时绿营的腐败，是长期形成的，已严重到无可挽救的地步。同时，制度上也存在严重问题。如绿营平时分散驻扎各地，遇到战事就成百成千地从各地抽调来聚合成军。这样，就会因为素不相识，语言不通，造成士兵之间以及兵将之间不能同心同德。
积弊如此之深，又是临时拼凑成的军队，当然不能团结对敌，勇敢赴战。正因为从历史上、制度上看到绿营已病入膏肓，所以曾国藩就断然同它彻底决裂，组建了同它完全不同的湘军，并且取得愈来愈多的战功，从而找到了解决危机的根本对策。而清廷却在祖宗之法不容怀疑、不予变更的传统禁锢下，看不到这个趋势，就势必不能解决这个问题。
整顿吏治
吏治败坏，到乾隆帝时已日趋严重，但当时对不法官吏的打击也很严厉，曾因兵败、贪污等罪，处死不少官员。比如甘肃捐赈的案子，就处死督抚及其以下官员20余人。而嘉道50多年中，除和珅一案外，一二品大员因不法而被处死的大案，几乎没有听说过。官官相护、姑息养奸的风气，愈来愈严重。有的虽被揭发，但很快就被掩盖，从轻处置了事。
比如道光二十八年（1848年），前山西巡抚梁萼涵被人告发收受王姓贿银5万两，后来虽然经查复说没有此事，但又以梁萼涵没有发现他弟弟行骗之事，被发配军营。第二年，现任巡抚王兆琛的案子与此类似。至于说到因循守旧，敷衍了事，上下相蒙蔽，经过曹振镛等人的示范，也变本加厉。正如道光帝在朱批中所说：“当今之弊，总在蒙蔽不实，处处皆然。”士大夫中的有志者对此很是忧虑，道光末年官至汀漳龙道的桂某就说：“余莅任闽南不两年而引疾归，何以疾，忧也；何以忧，忧吏治民风不能变易，不知何所终极。”
金田起义后，这样严重腐败的吏治自然成了十分尖锐的问题。“当兹时而求安民殄寇，拨乱返治之方，舍察吏选将之外，无可期必效者”。有的更认为军事镇压是治标，整顿吏治才是治本。咸丰帝也说官吏腐败风气能否扭转，关系到清王朝的生死存亡。正是基于这一认识，咸丰帝在有关诏旨中，反复告诫。同时，又针对一些弊端，提出具体要求。比如长期以来，大的官吏在任命下属时，大多收受贿赂，使得州县官多一年一换，甚至数月一换，以致“司牧之官，视职守为传舍，置地方利弊于不问”。为了杜绝这类事情，咸丰帝严禁频繁更换，如“抚驭有方，着有实效”，还应延长任期，奖给高的衔位，“数年之后，政成报最，朕必破格施恩”。
但所有这一切，大官吏都无视它们的存在。如七年江苏州县“缺出，而府委随之，道委随之，司又委随之，有数月而三易牧令者矣”。而新上任州县官，不仅遇事敷衍，将事情推委给后任，而且既快又多地大肆贪污。比如山西，“下吏引疾，府经奉檄而来，仅四十余日，而攫四千金去。民间怨恨之声，至不忍闻，且有聚众闹堂之事”。这就是说官吏勒索，引起新的动乱，这类事在整个咸丰朝可以说是屡见不鲜。比如在四川，由于贿赂成风，百姓们对此深恶痛绝，因而聚合起来同官府抵抗，广安、达县、营山、东乡、南江、巴州等州县相继爆发“围城大哄，数日始解”的严重事件。州县官这么贪污敛财，很大程度是由于大吏向他们进行种种勒索。四川学政何某曾向州县作过调查，他们“无不以上司到任及节寿陋规为苦”,送得多的县令“年送一万数千，中下者依次递减”。前面所引资料的作者龙汝霖也说：
山西各县这种陋规，每年每个月至少万金。其实收受陋规相沿已久，并不是太出格的贪污。
其他通过各种渠道的勒索的名目还很多。总之，靠贿赂谋得官位，这种情况自然要严重影响政令的贯彻。如当时为了筹集军饷，解决财政困难，普遍推行捐输、厘金、乃至发行大钱票钞，但经办的人却趁机贪污。如山西有富裕的想捐五百两的人，一定会强令他捐一千两；而一旦他捐了一千两，则又会让他只写五百两，其他的五百两就中饱私囊。又如河南、直隶、顺天府，征收田赋，只收现银，上交税款，却以大钱票钞上缴。在这种改变之中，就能利用大钱钞票严重贬值，而大发其财；而大钱票钞的流通更加困难，“故近京百里以外，大钱不能行使”,“外省钱票不甚通行”。而那样的强令捐钱，也会严重干扰捐输的推行。这样军饷筹措就不能不更加困难。
吏治败坏到如此程度，固然是由于积习已深，但也有当时的特殊原因。客观上，当时盛行的军功保举和捐官，使仕途更加拥挤难走。咸丰四年（1854年）年底，四川就出现“现在牧令中，由科甲出身者，不及一半”的情况。由这两个途径进入官场的人除一部分确有军功外，其他大部分人是为赚钱而来，其中捐官的人尤其严重。如“历任贪鄙，声名甚劣”的王某，先通过捐钱谋得广西知府的职务，后来又通过捐钱升到道员。到陕西后，百般取巧钻营，竟然谋得担任布政使，不仅“终日吸食洋烟，邀同亲友演唱昆曲”，还同他所辖范围内盐道韩某勾结，大肆贪污，“一切支发高下其手”。而这个韩某原来是成都知府，“贪婪成性”，被勒令病休后，又捐钱升到了道员，到陕西就与王一拍即合，“成为川陕着名劣员”。主观上，咸丰帝虽然反复告诫，言语恳切，但是对那些对于他的告诫不以为然的官员，特别是大官僚，却不能严厉地惩罚。前七年中，不仅未揭露一件贪污大案，甚至对丧师失地的大员，也只处死湖北巡抚一人，其他除战死、病死外，如赛尚阿、徐广缙、纳尔经额、胜保、托明阿、西凌阿和杨霈（湖广总督），虽然被革职，甚至判为斩监候，但不久都开释，过了几年，又进入了官场，还有的甚至又重新升为高官。皇帝如此，官僚们自然相率仿效，谁也不愿发难作恶人。这说明，咸丰帝和一部分士大夫，虽然认识到问题的严重性，但新登大位的年轻皇帝不愿也不敢对大臣采取严厉措施，而辅佐的军机大臣祁隽藻等又是平庸之辈。这样，自然不可能改变清廷从嘉庆、道光年间相沿下来的纵容官吏的情形，不能对吏治进行强有力的整顿。
咸丰八年（1858年）英法联军直逼天津，桂良、花沙纳奉命奔赴天津议和，自告奋勇的耆英也随同前往。原定“如果桂良、花沙纳答应的条件，英法联军还不满意的话，就由耆英再适量地答应几条，即桂良等人作出第一次答复，而把耆英留在后面，作为完成此事的人”。但被寄于如此厚望的耆英，却擅自离开职守，回到通州。绵愉等立即奏请，将耆英立即处死。咸丰帝批示：耆英如此，“实属自速其死”。奕等人复议后，将耆英定为绞监候，一般说这不仅不会处死，还可能开释。肃顺不同意，以个人名义上奏要求“即行正法”，否则，今后如果众人都竞相仿效，胆小逃跑，这成什么体统？3天后，咸丰帝最后裁决，令耆英“自尽”，并在长达千言的朱谕中，剖析其罪行，批评奕“声叙获咎之由，殊非诛心之论”，肃顺“亦未为是”,更不应以“盗案内断语”，加于耆英。可见，对于此案，咸丰帝始终自有主见。肃顺的迎合，则反映其敢作敢为又不学粗疏的特点。
同年顺天乡试发榜后不久，御史就上奏揭发新中举人平龄考卷显然有作弊行为，咸丰皇帝马上命令载垣、端华等人查办。结果，不仅在平龄之外又查出有弊端的卷子达55本之多，而且还追究出主考官大学士柏葰听从家人央求，更换试卷，将罗鸿绎取中，副考官左副都御史程庭桂、兵部尚书陈孚恩、工部侍郎潘曾莹、前刑部侍郎李清凤等大员之子，参与舞弊。在定罪过程中，咸丰帝鉴于柏葰“早正揆席，勤慎无咎”，而不忍处他死刑，经“夙憾于柏葰”的肃顺力争，才定下来。咸丰九年（1859年）先后两次，斩决柏葰等五人（另有二人死于狱中）。程庭桂免除死刑，发配军营，副考官户部尚书朱凤标及同考官等7人革职，陈孚恩等也因失察子弟犯法，降一级调用，这个案子总共惩处了91人。