11月9日，当黄兴尚在汉阳保卫战中，黎元洪则署衔向各省致电，请各省派代表到武昌商讨组织临时中央政府。除了赣、粤、桂等省区代表到了武昌，其他省如浙、苏、闽、湘、直、鲁、豫等省区代表都汇集到上海开会去了。
原来，这个通电传递有误，据说在27日才到上海，而上海的张謇、赵凤昌、江苏都督程德全、浙江都督汤寿潜、上海都督陈其美等已在25日将各省独立的代表召集到上海开会，名为“各省都督府代表联合会”。
会议援引美国独立战争时召开“十州会议总机关”，“卒收最后成功”之范例，倡议各省旧时谘议局和现时都督府各派一名代表常驻上海，“设立临时会议机关，磋商对内、对外妥善之方法”。在举行第一次会议时，亮出了名为“各省都督府代表联合会”的牌子。
当代表们获悉后，经集议，都联名致电黎元洪、黄兴，要他们会议在上海举行，并议决“承认武昌军政府为民国中央军政府，以鄂军都督执行中央政务”，并推伍廷芳、温宗尧为民国外交代表。黎元洪等不接受上海的电请，派代表居正、陶凤集赴上海劝说，经讨论，至11月30日，各省代表才由沪抵汉，在汉口英租界开会，举湖南代表谭人凤为议长，并公举湖北军政府为中央政府。
而汉口，却是革命军易手敌军的伤心之地，且两天前，黄兴已因汉阳战败，被迫离开武昌远走上海了。
在他就任战时总司令的第六日，也就当黎元洪通电各省商讨在武昌组织临时中央政府时，他是曾向出任钦差大臣的袁世凯写过信。在《致袁世凯书》上，黄兴有告袁“人才原有高下之分，起义断无先后之别，……出而建拿破仑、华盛顿之事功，直捣黄龙，灭此虏而朝食”等语。
看得出来，黄兴对黎这个通电“组织临时中央政府”并不感兴趣，或认为为时尚早。
他写此信给袁世凯际，正值袁世凯不仅以钦差大臣的名义取代荫昌督战，而且受命出任清廷内阁总理大臣之时。
本来，武昌起义之后，清廷请袁出任湖广总督（时瑞潋已逃遁，袁不就任，改派王士珍），但袁以“足疾未痊”为由婉拒。
有史家称他“感到不满足”，故“决定借拖延以索取更大的权力”。
袁世凯，人谓其“老谋深算”，当他原属下的北洋将领段祺瑞与冯国璋南下打革命军时，皆嘱他们“慢慢走，等等看”。
荫昌在河南信阳、湖北孝感之间奔来跑去，指挥不灵，急得他惶惶然六神无主，“日夜盼袁世凯出山”。
此时，在北京的老外也说：“如果不起用袁世凯，局面将无法收拾”，而那些“亲袁的官员们说，只有起用袁世凯，镇压革命才‘略有把握’。载沣吓得没了主意，只好向袁世凯求救。”
上月（10月）27日，载沣下令召回荫昌，派袁为钦差大臣，统率水陆各军，并派冯国璋为第一军军统，段祺瑞为第二军军统。
这样，袁世凯又重掌北洋军权。
对袁掌握镇压民军军权，不独黄兴欲动员他反正，就是黎元洪也唯他马首是瞻，以为可资利用。
先是由武昌军政府的名义发给袁世凯一信，信中称，“汉族之华盛顿，惟阁下之是望。嗟乎！阁下非汉人乎？一身祸福，系之毫芒；千古勋名，争在顷刻。时乎时乎不再来，承阁下三思之”！到了11月1日，袁世凯派与黎元洪有旧谊的刘承恩向黎说项，“现今皇族不问国政”了，不如“趁此机会，暂且和平了结”，如政府仍无作为，再“策以谋之，未为不可也”。黎元洪因此亲向袁氏修书：“清君主徒拥虚名，与共和无异，意欲罢兵”。
袁世凯大喜过望，声言对黎造反之事，“不独不咎既往，尚可定必重任，相助办理朝政”。
黎元洪求和心切，深表赞同。因为这个时候，已经光复的“各省都督府代表联合会”会议，在立宪党人张謇的运动下，拟在上海召开。
黎元洪心里着急，而他发出的通电至今无人问津。
但此时，黄兴却又持反对意见，认为那些都督们，乏善可陈。对此，上海《申报》在1911年11月17日时，是这么披露的：
又闻袁世凯主张议和，黎元洪、黄兴等本有允意，免致渔人得利，然因官军焚杀汉民，惨无人道，现已一反前意，不愿与政府协商，且其部下亦复不可再以讲和之说进矣。如北军者，非所谓灭亡者耶？
袁世凯“侦悉革党内情”，于是一面发动和平攻势，分化革命党人，一面指使清军进攻汉阳，打击总司令黄兴的威性。
袁世凯总算达到目的。
黄兴终于败退武昌，便立即受到指责和排挤，尤其是当他“主张暂时放弃武昌，转攻南京，待攻克之后再训练精兵收复武昌”时，更遭到“武昌地区革命党人反对”，遂不得不“辞职赴上海”。
黄兴出走，蒋翊武任战时总司令。从汉阳血战退守武昌的第5协协统熊秉坤向军务部部长孙武报告：本协第10标标统杨传连在汉阳临战时，私卸武装，准备逃跑。军务部据此将杨免职。杨是文学社社员，蒋翊武获悉后，致函军务部及熊秉坤，声称要撤熊秉坤的职。孙武以军务部部长名义召开会议，第7协统领邓玉麟在会上发言：“今军事紧急，各军皆布列江岸战线内，而蒋代总司令乃欲撤熊协统，殊属糊涂。”
军务部副部长张振武未置可否。但孙武为此撤销了“战时总司令”这一职，认为黄兴既走，已无必要，况且他已知道南北议和已经悄悄进行，于是转而请出谭人凤出任武昌防御史兼北方招讨使，而派蒋翊武出任驻汉口招抚使。
设在洪山的司令部只剩两武，这仗还打不打？
幸而仗没怎么打了。
虽然，清军架在龟山上的大炮连续向武昌城内猛轰击三天；但在三天之后，袁世凯通过英公使朱尔典电令驻汉英领事葛福向黎元洪建议双方停战议和事宜。
12月1日，汉口万国商会会长、英人盘恩受葛福之命，过江递交停战协议公文：
停战时各守现据界限，彼此不得稍有侵犯窥探；停战期限，定于10月12日（公历12月2日）早8点钟起至15日（12月5日）早8点停止。计5日，两军不得在期内开战；军舰不得借停战之期泊近武汉南北岸，以占领优胜地位。须至青山以下停泊，至停战期满为止；停战期两军不得添兵修垒及一补助战力等事；停战之约须有领事馆画押为中证人，庶免彼此违背条约，以重公决。
此停战协议得到蒋翊武、孙武及吴兆麟认可，以为“可以接受”。
黎元洪也自然欣喜之至，据《辛亥革命始末记》说，黎元洪接受了停战建议后，立即通电全国，并说明自己同意袁世凯停战的原因：“探索全国之意见，是否仍主战局，抑俟共和党人开会筹议君主立宪，以作归束”，而“元洪个人之意见则以为……徒牺牲生命亦属无益”。
黎元洪还通过英国记者埃德温在报上发表自己的当下立场：
敝人切望停战，俾联络共和各省，确定继续交战或与立宪人士协商解事宜。
敝人始终期望了结自相残杀、流血痛苦、毁坏财产之局面，以免遭致列强干涉。
为此，特声明愿作出任何让步，以确保停止残杀。窃以为应由共和党人与朝廷双方宣布休战，使双方代表得以洽商。
倘各省议决继续交战，敝人甘冒矢石，作战到底。
武昌起义后的武汉战事，至此结束。
12月4日，江浙联军已攻克南京，各省驻上海代表则议决黄兴为大元帅，黎元洪为副元帅，由大元帅负责筹临时政府。
12月5日，汉口仍在召开各省都督代表会议，与会代表同意了袁世凯的议和建议：
推翻清政府；主张共和政体；礼遇旧皇室：
以人道主义待满人。
会议还议决：
以汉口为议和地点；伍廷芳为议和代表；因武昌军情紧急，会议由汉口迁往南京续开。
12月8日，袁世凯派老友唐绍仪率团到武昌与黎元洪议和。
代表团的成员有汪精卫、杨度、杨士琦、魏宸组，另指定旅京人士各省1名。
唐、汪、魏三人是赞成民主共和的，两杨是倾心君主立宪的。