马良骏在伊犁掌教时历经了杨增新、金树仁、盛世才军阀统治新疆时代，他们为了自己的统治需要，对各族人民挑拨离间、制造纠纷。1933年11月，伊犁发生动乱。在动乱之先，马良骏闻风在礼拜寺劝大家勿参与闹事，痛斥个别参与者;在事变之初，马良骏及弟子苏东成、李生辉阿洪在回族小寺内护救了不少华侨及汉族同胞;当回族同胞遇难时，汉族同胞又出面保护了马良骏及众多回族群众;当事变平息后，马良骏又向教民做善后宣传工作，申明这是少数坏人挑拨离间的结果，与各族人民无关，各族人民应和睦相处，相互尊重，奉公守法，公平贸易，过和平安居的生活。
（四）博学多才，传世多种著述
马良骏在伊犁虽已“名益远扬”，但他不自得于已有成就，深知学无止境，终日孜孜求知，永不懈怠。他通过讲学，潜心研究各种伊斯兰教重要典籍;他长期钻研汉语，阅读了中国古代思想大家的许多著作;他礼贤下士，经常向维吾尔、乌兹别克等民族毛拉、伊玛目求教;他求知若渴，重视关于天文、地理和物理等自然科学的认知;他不仅博览众书，而且善于通过研究问题扩展和深化自己的知识。他有一个习惯，每日除了礼拜、授课和必要的会客之外，即埋头于多种文字的经书之中。经不离口，笔不离手，不断地思考、分析、归纳、解疑，不时写下自己的感触和体会。据其家人回忆，晚年时为著述方便，他睡觉不脱衣服，不用被子，随时起身写作。即使在生活遭遇艰难、离家避难时，他也从不辍止撰述著作。由于他焚膏继晷，夜以继日，呕心沥血，勤奋著作，“在他的一生中，由他著述、摘编、翻译、撰著的经典著作多达三十多部”。
“仅在伊犁期间就有12部。他的著作有阿拉伯文、波斯文文学类，语法修辞，历史类，天文地理类，以及伊斯兰教原理、教义、教法等。其著述容量之大，范围之广，确为世人所叹！”例如阿拉伯文的有《塔勒克》（历史）、《伊斯兰简史》、《教法要义录》（买足白图卡米里）、《保全要义录》、《信仰学疑难注解》、《论〈明理居正〉》、《简明教法摘要》、《希腊哲学与伊斯兰哲学》等;阿汉合璧的有《阿汉合璧天文地理志》（《天文地理略述总论》）、《清真最要志》和《清真万年历》等，他还出于爱国热情，仔细研读伊犁历史和地理，并进行实地考察，以伊犁的山川河流、风土人情以及行政区划等为主要内容写出了《伊犁图考》一书，书中绘有地图并配以文字说明，具有很高的史料价值。这些著作的排版、印刷，不知包含着多少艰辛！他的著作对回族社会产生了广泛影响，至今仍被穆斯林大众广泛传诵，并不断地被学术机构、民间学人校勘、再版。
五、再到迪化后的经历
民国26年（19）37年），迪化宽巷寺公议选出代表专赴伊犁搬请马良骏，历时半年的协商，年逾古稀的马良骏离开了伊犁。到省城后，他同时主持宽巷清真寺和陕西清真大寺的教务，其影响也进一步扩大。
（一）支持抗日
马良骏由伊犁到迪化之际，正值日寇全面侵华、中国的抗日战争全面爆发之时。马良骏为祖国的命运忧心忡忡。“爱国是正信的一部分”，对于为主道奋斗终生的马良骏来说，爱国主义的精神在他身上体现得极为突出。在中华民族危难之际，他挺身而出，带领新疆回族穆斯林大众，共赴国难。他以自己在回民中的威望，积极开展各种抗日救亡活动，揭露日本帝国主义侵略我国的罪行。在1938年9月30日到10月11日召开的全疆第三次民众代表大会上，马良骏作了慷慨激昂的发言，表达要团结一切可以团结的人、坚决进行抗日的心愿，号召人们全力支持抗日。每逢聚礼、节日，马良骏都协助回族文化促进会支援抗战委员会在回族中开展各种形式的支前捐献活动。在他带领下，全疆回族捐献包括一架飞机在内的大量抗战物资。他积极支持回文会出壁报，亲自参加街头抗战演讲。他结合教义，以高度的热情宣传抗日主张，旗帜鲜明地宣传抵御日寇、保卫祖国的道理，号召穆斯林大众以实际行动支持抗日。
（二）被陷入狱
1940年，新疆军阀盛世才炮制了旨在打击苏联和中共在新疆的力量，而以“杜重远案”为主的一系列所谓的“阴谋暴动案”。当抗日战争正处于最艰苦的时刻，盛世才撕下进步的伪装，对共产党员和各族人民进行残酷的镇压和迫害，将在新疆的许多共产党员和各族各界进步人士以各种名目的“罪名”逮捕入狱，进行大规模的屠杀。德高望重的马良骏也于1940年2月被捕监禁。
马良骏被关狱中3年有余。对外，盛世才及其匪徒给马良骏定的罪名是“勾结马步芳、马鸿逵企图成立伊斯兰政府”;秘密成立“阴谋组织”，并“利用个人宗教地位各处吸收党羽，秘密扩大组织并与日本帝国主义走狗及汉奸”勾结“进行颠覆政府的活动”。在此次所谓的“阴谋暴动案”中，因马良骏而受株连者百余人，其中许多阿洪被逼供刑死狱中，其长子马德新便是其中一人。
在狱中，马良骏以顽强的精神不为淫威所屈，并以其坚韧的毅力持之以恒地学习。在入狱时，他年已古稀，在与强权作无畏斗争的同时，也在不断地超越着自我。除每天坚持做五番礼拜外，还着手对《考证回教历史》进行修改，并译著《清真五联诗》等伊斯兰经典。
（三）出狱后的活动
1944年10月，马良骏得以释放。在静养了一段时间后，即在固原寺、陕西寺、东坊寺、宽巷寺、青海寺同时开学执教，时人美誉为“连五坊”。
1946年5月29日，马良骏当选为国民党新疆省执行委员会副主任委员。1947年3月，再次当选。同年被迪化回族二十三坊推举为新疆回族总教长。作为新疆的回族精神领袖，对于化解民族矛盾、稳定社会的工作，马良骏都非常主动地去做，态度认真，极具说服力和亲和力。西北行辕主任张治中通过与马良骏的接触和交流，为了加强新疆的民族团结和社会秩序的安定，向南京政府推荐马良骏为新疆监察使。1947年8月1日，马良骏得到任命，与此同时他还担任新疆省宣慰委员一职。就任后的他更是意气风发，四处宣传张治中的“和平、统一、民主、团结”的主张，积极活跃在政治舞台上。
20世纪上半期新疆境内民族分裂主义活动猖獗，除有其深刻的国际背景和思想基础之外，还与当时新疆的社会环境及国民党政策有一定关系。麦斯武德、艾沙等民族分裂主义骨干被重用，出任国民党中央及新疆省政府的要职，甚至委派麦斯武德担任新疆省政府主席，在客观上使这些人的分裂活动得到了保护和鼓励。面对麦斯武德、艾沙、伊敏之流的分裂活动，新疆爱国进步人士、国民党有识之士与之进行了坚决的斗争。马良骏正是在这样一个民族分裂主义势力猖獗，民族分裂分子打着宗教旗号，制造宗教狂热，煽动民族分裂情绪，制造穆斯林与非穆斯林之间的对立和矛盾，诋毁和贬低其他民族，制造民族间的矛盾和隔阂，引起民族间的对立和仇视的特殊时期坚定地站了出来，利用自己新疆监察署监察使、新疆回族总教长的特殊地位，为解除各族人民之间的误解，摈弃歧视，消除敌对，为新疆和平、为民族团结四处奔走，摇旗呐喊，作出了特殊的贡献。
马良骏在狱中亲身感受了盛氏之残暴，更加向往公正、和平和民族之间的团结、社会的稳定。他苦思民族的出路、新疆的出路、中国的出路，“期求世界永久和平”。其代表作《考证回教历史》就是在这种动荡不安和各族人民日益渴望和平的年代中问世的。《考证回教历史》出版后，在新疆社会引起很大反响。在社会各界的要求下，《新疆日报》于当年连续刊发了全文。