哲赫林耶从18世纪中叶产生，到20世纪50年代末，共传了马明心、穆宪章和马达天“两姓三家”八代人，计200多年的时间。在哲赫林耶第三代教主马达天之前，道统是传贤继承，以后变为子孙世袭制。清末以后，哲赫林耶分化为马明心后裔掌教的，包括沙沟、北山、新店子的三个门宦在内的官川系统，和马达天后裔掌教的，包括板桥、南川两门宦的灵州系统。创始人马明心史书中亦称马明清，经名伊布拉欣，又名穆罕默德·召裴，道号维尕耶·屯拉（意为“维护真主之道的人”），教众尊称其为官川·阿即孜（尊贵的官川老人家），殁后教下追尊为“束海达依”（“为主道牺牲的人”），祖籍是今甘肃武都，其父辈迁居陇西县城，后又迁榆中县马坡。马明心出生后，随母亲迁居今临夏市大西关街。据传，马明心在清雍正年间曾去也门沙孜林耶道堂求学，受教于也门道堂的教主穆罕默德·伊本·载尼门下，得其真传，回国后传教于河湟地区，乾隆四十六年（17）81年）古历三月被清官府杀害于兰州城头。有一种研究观点认为，哲赫林耶的真正来源是新疆的伊斯哈克耶教团。该教团是16世纪后期，由乃格什板顶耶第五代教主玛哈图木·阿杂木之子哈兹拉特伊斯哈克吾力所创，哲赫林耶是经伊斯哈克耶变革创新、发展演变而来，即源于新疆伊斯兰教黑山派（或称“黑帽派”、“黑帽回”）。新疆回族哲赫林耶历史资料专集中，通过调查得到的文字和口碑资料，记载了一些哲赫林耶的源流情况，其中在鄯善县的调查资料中说:“这个门宦（指哲赫林耶——引者）是道祖马明心从也门引进的……当时称哲赫林耶为新教，称哲赫林耶教民为‘黑帽回’”。也有学者认为:“马明心始学于哈拉黑山派，后学于阿拉伯半岛的也门。他创建的哲赫林耶，渊源于也门大筛海穆罕默德·伊·载尼道堂，他的老师是也门扎比德的阿布杜·阿·哈里格·阿则孜·阿，米斯介吉。他在留学期间，接触了不少苏非派学者。他兼收并蓄各种不同学派和学者的三乘主张，结合本国的思想、文化和穆斯林的实际情况，创建了哲赫林耶学派。”该派的宗教学说，大致可分为马明心至马化龙时期，马元章以后两个阶段，主要表现为:
（一）早期苦行主义的传教思想
哲赫林耶初创时期，表现出浓厚的苏非派敬畏、虔信、顺从、坚忍、克己、守贫等苦行主义和禁欲主义的特征。创始人马明心“一生没有一亩土地，在他传教20多年的过程中，家无分文的积存，过着布衣粗食的生活，全家六口人躬耕自给，一生贫困，连一头磨面的毛驴也没有。”互在他的传教生涯中，一直伴随着清贫与忍耐，视钱财如草芥，并反对利用宗教谋取私利。在他的言传身教下，其弟子们——如云南古城太爷、新疆伊犁的苏阿洪、宁夏灵武的马达天、甘肃平凉的穆宪章等，都以苦行主义的精神学习和传播哲赫林耶的宗教教理。“维尕耶（指马明心——引者）的弟子在拜功后闲暇时，都带上绳子、镰刀到山上打柴，以维持生活，他们穿着破旧的衣服，但是富贵不能迷惑腐蚀他们，挨饿受冻仍守正道。”正是因为马明心及其弟子们早期苦行主义指导下的传教思想和行动，使河湟地区广大穆斯林贫苦农民纷纷尊信哲赫林耶，并不断发展壮大。官方史书记道:“穷民愿归新教者较多。”这从一个方面反映了早期哲赫林耶苦行主义的思想，在穆斯林中间的影响和受欢迎的程度。
（二）主张从教乘到道乘的修道思想
哲赫林耶主张在宗教修持中，由教乘到道乘，循序渐进，特别是对伊斯兰教的基础——教乘的功修非常重视。哲赫林耶的历任教主“认为教乘、道乘、真乘是互相掺杂而又平等的，甚至在他们看来，教乘更为重要。为了指望教乘，并使它完美，教主们把教乘隐匿在道乘之中。例如五番拜功，除了教乘的条件以外，他们还在其中增加了若干道乘的条件，尤其是主麻拜……为了使道乘上升，他们规定要保持五番拜和其他的天命。至于真乘呢？在寻道者看来，它隐藏在教乘和道乘之中，并为教乘和道乘所包含。因此，他们就专心致志虔诚敬意地努力修炼。”哲赫林耶第四任教主马以德，在谈到教乘与道乘的关系时说:“教乘、道乘、真乘好比一个鸡蛋，如果你用一根小针扎破蛋皮，显然蛋黄还是完整的组织，你还可以吃它，但不会孵出小鸡了。如果教乘中有一点损坏，那么就不可能指望道乘的成功，更谈不上真乘了。”第七任教主马元章也曾说:“修士，如果他举行了主麻拜，他的功便是完全的七日，否则就是短欠不全。”有学者在评述马明心的宗教改革活动时也认为:“马明心的宗教主张是‘敬主赞圣’、‘遵经从训’。他主张先教而后道，没有教作基础，道也就不复存在。厉行教乘，是进行道乘的根本条件。他认为，真乘隐藏在教乘之中，为教乘和道乘所包含。”哲赫林耶的宗教教理中还主张一般信徒只要履行了教乘的要求就算完美，并不要求教众都去进行道乘的修持，只有传教继承人及极少数确属有条件者才进行道乘的功课。哲赫林耶这种重视教乘为一切宗教功修的基础和准则，进而才能修持道乘的主张，从马明心创建该门宦起延续至今。
（三）尊奉与崇拜教主及其宗教权力
哲赫林耶的历辈教主在教徒中享有崇高的威望，教徒对教主的宗教权力唯命是从，不得违抗和不满。有人在叙述哲赫林耶各代教主的奇迹懿行时，特别使用了“人类和精灵领袖的继承者，替安拉行道的革新者”；“导师的旗手，筛海的骄傲”；“正道者的明证，静修者的依靠”；“宗教的结晶，所有敬畏者的领袖”；“先知的贵人，高尚的后人”；“穷人的晨曦，朋友的明灯”；“导师与完人的精华，善人的本源”等赞誉之词。对各辈教主的助手、卧里也给予高度的评价，说他们是“巳时的太阳，黑夜的明月，正道的本源，幸福的城市，行道者的保镖，清廉者的前卫，开启后世的钥匙，心灵的明灯，拜主者的旗帜，正道者的领袖，精通的敬畏者，纯洁者的朋友。”由此也形成了哲赫林耶“人必须寻求一个教主来指导和消除他接近真主的障碍。没有教主的指导一切全无”的教主中心思想。哲赫林耶中认为教主能够随时地创造和显示各种“克拉麦提”（奇迹），能知往逝和未来之事，能给人以以幸福和安宁，并在人世间有不同凡人的功修和行为。凡属教主的言行都是正确的，不允许有任何的怀疑，且成为教众学习和实践的榜样。也正是这种尊奉与崇拜教主及其权力的影响，哲赫林耶在历次重大的劫难之中，能够团结一致，与教主同心同德，面对血与火的洗礼，而能够共赴苦难。在日常的世俗生活中，讨取教主的“口唤”，成为教众自愿履行的程序。教主及其行使的宗教权力，渗透到教众精神到物质的各个方面，构成了哲赫林耶宗教学说中，尊奉与崇拜教主及其宗教权力的一个重要方面。
（四）“舍西德”思想的传统与实践
“舍西德”一词是阿拉伯语中“烈士”的意思，专指为伊斯兰教而牺牲的穆斯林，源于伊斯兰教早期的“知哈德”（圣战）思想。哲赫林耶宗教教理中受“舍西德”思想的影响很深，这与该门宦自清乾隆以来至民国时期近200年的悲壮历程有不可分离的关系。也可以说是与哲赫林耶反抗统治者压迫与歧视的斗争紧密相连。哲赫林耶接受“舍西德”思想并辈辈实践，并不是他们自愿的索取，而是客观环境逼迫他们不得不采取这种方式来生存和发展。早在马明心也门求学期间，据传就向道堂“老人家”求得“辈辈举红旗”（流血牺牲）的“舍西德”口唤，从而奠定了哲赫林耶“舍西德”思想的基础，但“舍西德”思想的实践与发展，却是在哲赫林耶创建时期，经受巨大的灾难后才得以宏扬和发展的。创始人马明心被官府杀害于兰州城头，第三辈教主马达天被清政府发配黑龙江，行至吉林船厂，备受折磨而亡，以哲赫林耶教众为主的两次反清起义又遭血腥镇压，从而使“舍西德”思想在哲赫林耶中深深的扎下根。到了马化龙时期，“舍西德”思想在哲赫林耶中发展到顶峰，并为此付出了惨痛的代价，后人称马化龙是“先行的殉道者”。“舍西德”思想在哲赫林耶中的具体表现是:教民们认为真主用最大的“白俩”（灾难）来考验穆民的心。为信仰不怕灾难，不怕流血，灾难越大越自豪，决不忍受“卡费尔”（外教）的迫害，跟随教主为教献身无尚光荣，“舍西德”是手提血衣进天堂的捷径，进而演变成“杀头风吹帽，舍命不舍教，前辈都是血脖子，我愿染个红胡子”的誓言。到了马元章时期，“舍西德”思想在马元章的引导下被注进新的内容，他在劝化哲赫林耶教民时强调:伊斯兰教是为活人创立的，不是为死人创立的。我们都“舍西德”了，《古兰经》叫谁念？绿旗叫谁举？“舍西德”不是无缘无故的，是最后迫不得已的。自找的死，就不是“舍西德”，教门未成身先死是最大的遗憾！极力引导教民用“舍西德”的精神来进行和平的复兴和振兴哲赫林耶的活动。实际上马元章的这种引导，也达到了哲赫林耶再次复兴的目的，“舍西德”思想的表现形式在马元章之后也有了一定程度的转变，但其主要的宗旨仍然保留。民国以后，哲赫林耶在同统治者的斗争中表现的视死如归的精神，也证明了“舍西德”思想在哲赫林耶中的普遍影响和作用。
三、嘎的林耶门宦的宗教教理
嘎的林耶，在阿拉伯语中原意为大能者。据传，嘎的林耶是在清康、乾年间，由穆罕默德29世后裔华哲·阿布都·董拉希，自中亚三出中原，将嘎的林耶传播于河湟地区的。以后形成河州祁静一和云南马两大系统，大拱北、海门、齐门、阿门、韭菜坪、后子河等支系门宦。其中大拱北门宦是嘎的林耶教理在中国的主要承载者，其所属拱北有:四川阆中县蟠龙山久照亭拱北、陕西西乡县鹿龄寺拱北、甘肃临夏市大拱北，以上三处拱北被称为大拱北门宦的三大圣地。此外，在甘肃临夏地区有大太爷拱北、台子拱北、城角拱北、国拱北、古家拱北、女舍赫拱北、红山拱北、鱼池滩静室、街子静室、小西关静室，在今甘肃东乡族自治县境内有石峡口拱北、叶哈池拱北，在陕西汉中地区有静室寺、山根寺、赵家湾拱北、贯山拱北、滴水崖静室、红崖寺拱北、沙河坎拱北、石马堰拱北，四川广元、青川地区有将军桥拱北、大滩九井拱北（叉名“静觉亭”）、二南山拱北、松潘县拱北（分上拱北“光照亭”和下拱北“悠先亭”两处）、广惠亭拱北、徐龙山后溪拱北、花街河拱北。大拱北与各拱北之间，不仅有看守管理上的相属关系，最主要的是在道统上的一脉相承。各拱北的事务、经济、建筑及生活等，皆自行料理，相互之间亲善往来，遇事则互相帮助。云南马系统的主要拱北有:云南拱北、青海大通后子河拱北、民和马场垣拱北、化隆的龙泉拱北和二塘拱北、兰州莲花池拱北、广河大草滩拱北、宁夏固原韭菜坪拱北、二十里铺拱北、黑窟拱北等。大拱北门宦的宗教教理，从始传者祁静一递传下来，已传到11代的“敬”字辈，300多年来，这种宗教教理的道统传授权，始终在于拱北之内的出家人。拱北内部是师徒传授，也可以由先得道者传于后得道者。传教是耳提面命，口传心授，任何拱北以外的人，没有资格传教。在传授教权时，不论是掌教权的当家人，或是一般出家人，只要是年高德昭，品学俱优，就可以对内外作导师传授教旨。嘎的林耶宗教教理，在中国伊斯兰教门宦教理中既有共同的一面，也具有自己的特色。
（一）当家人的出家思想与实践