石达开是太平天国出类拔萃、才华出众的农民军事家、政治家。后来陈玉成在囚中，当问及太平天国人物时，他说：“皆非将才，唯冯云山、石达开差可耳。”李秀成被俘时也曾表示太平天国军政首领多属“中中，而独服翼王，言其谋略甚深。”因此敌对阵营诸帅，如曾国藩说“逆首石达开狡悍为诸贼之冠”，左宗棠说，“石逆狡悍着闻，素得群贼之心，其才智出诸贼之上。”
而且石达开也很有器识。杨秀清欺凌洪秀全、侮辱韦昌辉及其他高层干部，但对石达开却比较信任、尊重，对他也放得开。尽管石达开比杨秀清要年轻六七岁，是小阿弟。今存太平天国文书、包括所谓天父圣旨等记载中，也无有石达开挨整的文字。韦昌辉比石达开多一千岁，但两人关系也还可以。石达开左右逢源，他的高层人际关系是不错的。
1856年11下旬，天京内乱平息，石达开由安徽宁国回到天京。他以天国安危、大局为重，没有诛杀任何一个有悖与他的异己分子。
他受到欢迎。
当石达开风尘仆仆来到天王府议事大厅时，在那儿聚集的朝臣把他环绕起来，大家寄以很大的希望，尊称他为“义王”。中华几千年的儒家文化和伦理道德，使太平天国当家的农民群体很注视和讲究若干包含美好意思的文字，其中一个就是“义”，它是维系农耕社会人际第一道德要素。因而尊称石达开为“义王”，也是对他的行为崇高评估。
太平天国全朝同举石达开提理政务，辅佐洪秀全，主持朝政，总理军国大事。
石达开没有接受“义王”。
但天王是被动的。石达开有这么高的威望，这是他未能料到的，也是为他不高兴的。囿于群臣推举，才同意改封他为“义王”的。在这年编印的太平天国戊午八年天历，石达开所系爵号即是义王；后来太平天国创设六爵最高级时，始也定名为“天翼”；“天翼”还没有公布几个月，因石达开坚持不接受“义王”，仍称翼王，于是改“天翼”为“天义”。
天京内讧后，金田时期所封的四位军师中仅存的两位军师（杨秀清、韦昌辉）都死了。洪秀全再也不肯大权旁落，乃自兼军师，所谓“主是朕做，军师也是联做”。集决策和行政大权于一身。他封石达开为通军主将，通军，全军也，石达开原是左军主将，是在杨秀清等四人升了军师后所剩下的唯一的左军主将。
由左军主将到全军主将，都是位列天王之下，万人之上的。他仍是原地踏步。
权归天王。但石达开在天京半年，以自己的行为，安定人心，团结臣民，逐渐淡化和消除天京内讧带来的负面因素。太平天国是马上争天下的，在无日不战的大江南北几个战场，石达开又以高明的以守为攻的战略方针，重振军威，粉碎了湘军主力对九江等重镇的围攻，强化了拱卫天京的句容、溧水和镇江等卫星城镇的防御，特别是积极支持陈玉成、李秀成在两淮团结、联络十万捻军主力部队，使他们接受太平天国领导和封爵，联合作战。这年夏天，陈玉成还与张洛行、龚得树的捻军部队合军深入鄂东腹地，在蕲州大败清军，为保卫天京上游的重镇安庆作出贡献。
太平天国因内讧所损伤的元气在恢复。
共患难易，同富贵难。
洪秀全的家天下思维和设计是不愿意不允许石达开和他并肩而坐的。
按照拜上帝会时期所编造的所谓天父诸子婿，现在只剩下老二洪秀全和第七子石达开了。他的资格、功勋、才德、威望等软硬件都堪称首屈一指，深孚众望，而且若干软件要超过内讧后的洪秀全。这是深为洪秀全所忌的。
重重生疑忌。洪秀全以他从古史中所学到的帝王学权术，对石达开下手了。
一是改革官制。在天国中枢的天王府，增设了掌率（总司令官），并取消了六官二十四个正副丞相，改为天王府主持吏户礼兵刑工等六部的六个侯爵级丞相，他把亲信尽量超擢，放在这些重要位置上，如正掌率是弄臣蒙得恩，副掌率是姐夫钟芳礼。钟芳礼原是织匠，管理天京织造和杂匠行。他们名义上在石达开之下，但有职有权，不像石达开位高望重却无名义，名不正则言不顺，难在天京发号施令。
二是封两兄为王。他封长兄洪仁发为安王，次兄洪仁达为福王，让他们参政议军，和石达开并起并坐。这是为洪氏亲族当家的起步，也是打破唯所谓天父诸子婿封王的尝试，洪氏兄弟是朝野以至敌国皆知的庸才。据称有年东王府开会，洪仁发迟到，杨秀清有点不高兴。洪秀全知道了，命老兄主动向杨肉袒请罪，并请以打屁股；杨秀清故意不肯，洪仁发连声恳求；在打了屁股后，还很是得意，以为是达到了目的。他也不懂得打仗。1857年秋天。洪秀全提拔老兄为统帅去解救镇江之围。他未到镇江，就被张国梁部清军打得大败，团团围住。后来还亏李秀成军远途前来解围，方才脱身回天京。此后他再也不出征了。躲在府第，饱食终日，花天花地。他的七个儿子，有五个就是在天京出生的。老二洪仁达，似乎比较灵巧些，很懂得操纵朝政、抓实权的要紧。曾经有段时间，天京要积粮备战，他却借机以发粮票大发国难财，所谓“欲实粮者，非我洪之票不能，要票出京者，亦要银买方得票行，无钱不能发票也。得票买粮回者重税”（《李秀成供词》）。
洪仁发、洪仁达没有才情，他们只是天王的影子，抑制石达开，常与他抬杠、推横车。但他们也实在是贪劣、恣横和无能兼而有之，没有群众基础，为人鄙视。每当见兄弟俩在会上阔谈政务国事，无人要听；而当石达开每论时务时，人们全神贯注，环绕面听。于是两人更为嫉恨，以至发展到排挤、打击，有阴图谋害之意。
这也是洪秀全玩弄权术的终结。
石达开的日子很难过。
当时石达开部属张遂谋建议他闹一次宫廷政变，他不同意：同室操戈，不能重蹈旧路；石达开是深知天王老兄心理行为的，他也难以委曲求全；至于所谓解甲归林，那更是幻想，石达开确有些黄老思想，可在四郊多垒、烽火遍野的太平天国，是没有一块能安谧的干净地的。
狡兔死，走狗烹，是马上皇帝夺得天下后的一大措施。洪秀全似乎低能得多，他只占有南京和若干沿江城镇，却已容纳不了与他并肩打天下的石达开。
洪秀全的最终目的，是要建立一个洪氏家族为核心圈的理想国。
合则留，不合则去。石达开的最佳方案，就只能是离开天京。在他看来，这是避免、淡化内祸的唯一可行的途径。
石达开遍贴告示：去岁遭祸乱，狼狈赶回京，自谓此愚衷，定蒙圣鉴明；乃事有不然，诏旨降频仍，重重生疑忌，一笔难尽陈。
1857年5月下旬，石达开决定离京出走。
6月2日。石达开借口赴南门外雨花台太平军驻地“讲道理”，就与曾锦谦、张遂谋等人离开了天京，经铜井镇渡江，取道无为州往安庆，沿途遍贴告示：
为沥剖血陈，谆谕众军民。
自愧无才智，天恩愧荷深。
惟矢忠真志，区区一片心，
上可对皇天，下可质世人。
去岁遭祸乱，狼狈赶回京，
自谓此愚衷，定蒙圣鉴明；
乃事有不然，诏旨降频仍，
重重生疑忌，一笔难尽陈。
疑多将图害，百喙难分清。
惟是用奋勉，出师再表真，
力酬上帝德，勉报主恩仁。
惟期成功后，予志复归林。
为此行谆谕，谆谕众军民，
依然守本分，各自立功名，
或随本主将，亦一样立勋。
一统太平日，各邀天恩荣。
布告用五言韵文，简明扼要，通俗易懂，且语气要扼，词句深沉，表达了继续效忠太平天国的愿望，它有纯朴的感情，富有号召力，以致为天京和各地官员和将士的认同，心向往之。
但它毕竟是石达开和洪秀全不合作的公开亮相。
大清王朝也感到了，咸丰皇帝要曾国藩设法招安，福济、李元度还分别写信予石达开劝降，福济信一千二百字，李元度信竟写了四千五百字，千篇一律，都是以威胁利诱来打动石达开的，但也都流露出对他才华出众的钦佩。
石达开没有理睬它。
洪秀全有石达开，不安，石达开跑了，也不安。朝野还多有议论，两位老兄成事不足，败事有余，主要还是洪氏家族全掌太平天国还未成气候。远在淮南战场的李秀成也甘冒不大韪上表，要求黜安王、福王爵，再启用翼王。而各路清军，尤其是江南大营在石达开离京后卷土重来，先后攻陷了溧水、句容，围困了镇江。天京内外交困。
洪秀全不得不听取众见，削去两位兄长的爵位，将爵号另设新爵，即六爵的天安、天福。并镌刻义王金牌一道及天京朝臣联合签名的求救表送往安庆，请石达开回京主政。石达开不接受封爵义王，也不表示回京。在杨秀清被杀后，他已两次奉天王旨进京的，但两次却又都是逃出来的，前车之鉴，风浪险恶，他是再也不愿第三次进京，和洪秀全合作了。
石达开在安庆的五个月，招聚安徽和天京的各路人马。
他传檄各地。
天京确是有一些官员、兵将跑了出来，志愿跟他去。有的说有六七万，有的说二十万。李秀成说石达开“将合朝文武将兵带去”。但按实证，却不会很多。原因是在后来跟随石达开远征、源白天京高官有姓有名的，仅是夏官丞相蔡次贤一人而已；1855年太平天国已允许男女娶嫁、恢复家庭生活，盖多人已安居乐业，不可能甘冒险境，浪迹江湖了的。况且天京内讧已死了成千上万的将士。
安庆周边太平军将士很多没有跟他走。
当时李秀成驻军淮南，联合捻军在六安、舒城一带作战；陈玉成正挺进鄂东黄梅、蕲州对抗湘军东犯，九江守将林启容、湖口守将黄文金都分别与兵临城下的湘军主力鏖战，剑拔弩张，寸步难行。他们当然不可能有暇前往安庆赴会的，更不会放弃阵地，脱身随石达开出走的。
就连安庆守将张朝爵、陈得才也坚守岗位，没有随他行动。
他失望了。
在战火正红的日日夜夜，他不可能也不会在安庆或在某地再召开高干会议，做动员报告，然后让诸将就去留的路线问题作政治表态。当然，这时还没有这种格调的会。
石达开是通过传檄和率军会合的方式，聚集队伍的。他的主力部队有两支：一支是原先屯扎在天京上游，由石氏家族控制的部队，如石镇吉、石镇常、石镇仑等。汪海洋就是石镇仑部的军官。一支屯扎在江西各府县，也是他的亲友、同乡挂帅的，如他的丈人、名为翼贵丈的黄玉昆、剃头匠傅忠信。
1857年10月，石达开离开安庆南下江西。他的既定方针是经营江西。
当时湘军已攻陷瑞州（高安），包围临江、吉安和九江等地。石达开在抚州（临川）设立司令部，这时不甘寂寞的翼王已组建了新家庭，他同时拥有十六个妻子，都称王娘，也是按数目字编号的。
可是他组织的几次战役，都因缺乏统一的战略部署，挡不住湘军两栖部队的阻击，都失败了。
在援吉安的一次不大的战役中，连翼贵丈黄玉昆也战死了。据称黄玉昆是身着绣花龙袍、戴红缎绣龙凤帽，着红绣鞋，乘黄呢大轿，在后督战时，正遭前面打了败仗，轿夫和护卫都跑散了，他却毫不知晓，而被湘军乱矛刺杀了的。
石达开只得放弃江西基地，进军浙江、福建，长时期在穷山僻角中运作，孤军奋斗，给养困难。他越走越远，越走越走进更为封闭的南方腹地里去了。此后，他和他的部队，流动作战，很少打过好仗，而是屡打败仗，尤其是围攻浙江衢州和湖南宝庆（邵阳）的两次攻坚战，屯兵城下，冗日持久，以致损失巨大，显示了他的指挥失误和无能，一筹莫展。
石达开的威信降温了。
在他转战福建、湖南和广西等地时，麾下先后就有九批人马卷起了翼殿大旗，分道扬镳。
其中一路人马是杨辅清率领的，杨辅清是天京内讧前两个月，出天京到江西。内讧发生，他害怕天王罗织罪名，引军人福建，后来加入石达开的部队编制。1858年，他率先脱离石达开，折回江西、皖南，上奏洪秀全表示拥护。洪秀全这时正在为杨秀清恢复名誉，大为欢喜，立即授他为中军主将，替代不出国门的蒙得恩。但杨辅清不是帅才，也不会较好处理同僚关系，由于杀兄之怨与韦志俊交恶，这也是加速韦志俊叛降的一个因素。这是后话了。
还有一路人马乃是1860年秋天从广西脱离石达开的。这是翼王部的精锐部队。它分两支：一支是张志公、郑忠林和汪海洋等分别率领的，由柳州、桂林东走，有六七万众。张志公等在灵川投降，只有汪海洋坚贞不屈，率部由灵川攻占兴安，人湖南、江西，并人李秀成部；另支是彭大顺、吉庆元、董容海和朱衣点率领的部队，也有四五万众，在辗转年余后，由福建至江西，并人李秀成部。这时它已扩展到二十万人众了。洪秀全大为高兴，将这支人马，赐以“扶朝天军”番号。
石达开众叛亲离，兵势衰竭。他的嫡系只剩了赖裕新等几万人众，幸得有广西天地会和广东天地会陈开余部投奔前来，否则是很难落脚下去的。
但石达开仍对太平天国事业忠贞不渝，他打的是太平天国通军主将翼王旗号，从不逾越，别树一帜。他和他的部众敬仰上帝、遥奉天王。洪秀全也没有排斥石达开于领导圈外，他每次下诏，仍列“达胞”；在重设军师职后，遥封石为公忠军师。
石达开出走与否，诸说不一，至今仍供后来者评说。