（1）、疣孢霉褐腐病：又称白腐病或湿孢病，病原菌为半知菌类的菌盖疣孢霉。是双孢菇栽培中普遍发生为害较重的一种子实体病害，主要为害菇蕾及子实体，对产量和品质影响较大。其为害症状特点是：双孢菇幼菇受病菌侵染后，不能正常生长发育，不形成菌盖和菌柄，而形成不规则菌块组织。表面布满白色毛装菌丝，后渐变褐，并渗出褐色汁液而腐烂，散发出特殊臭味，故又称湿泡病。子实体生长中后期感染后，在菌盖或菌柄上出现褐色病斑，病斑较大，下面的菌肉组织变色腐烂。潮湿时病斑表面长出灰白色霉状物。该菌主要是通过覆土带入菇房，孢子借喷水，采菇工具接触传播，多在高温高湿，通风不良条件下发生，从感染到发病约10天。如有此病发生，除降低温度、湿度，加强通风外，应及时用0.15%的百菌清水溶液或1/1000的50%可湿性粉剂多菌灵喷洒于患病处菇床料面上及周围。
（2）、轮枝霉褐斑病：又称干泡病或干腐病。是双孢菇栽培中常见病害。症状特点是：子实体感染后，菇体表面表现许多不规则针头大小褐色斑点，以后逐渐扩大而形成凹陷，灰白色，里面充满轮枝霉的分生孢子。病菇不腐烂，不产生汁液，无特殊臭味，最后干枯死亡。该病主要是通过害虫传播。药物治疗同褐腐病。
（3）、指孢霉软腐病：又称霉菌病。是双孢菇栽培中发生在料面及子实体上的一种病害。症状特点是：发病初期，在料面上长出一层白色棉絮状菌丝，子实体发病时，在菌柄和菌褶相连处长出一层白絮状菌丝。病菌从子实体菌柄基部侵入，菌柄以基部向上呈现淡褐色软腐症状。患病子实体用手稍触即倒，但无臭味。发病较轻时，子实体外表没有生机，呈污黄白色。发病原因同褐腐病。药物治疗也相同。
（4）、镰孢霉萎缩病：常侵染双孢菇子实体。特别是生长瘦弱的子实体最易发生此病，致使幼菇枯萎。
症状特点：双孢菇被感染后，子实体发育受阻，颜色淡黄或成“僵菌”，生长停滞，髓部变褐、萎缩或柄干瘪呈棕色至亮褐色。发病原因同上。药物治疗也相同。
上述病害大多是由于培养料消毒灭菌不彻底、周围环境不清洁、覆土与接种工具消毒不严格、无菌操作不规范以及发菌与出菇条件不合适或有害动物为害等原因所致。一旦发生，很难控制，而且有迅速扩大蔓延的特点。对此类病害应以防为主，综合治理。
（3）生理性病害：是指因某些生理条件发生变化而导致食用菌子实体产生的病害。常见病主要有以下几种类型：
（1）、硬开伞：未成熟幼菇，发生菌褶与菌柄脱离的现象。原因是出菇期昼夜温差大，土层与空气温差过大而引起。
（2）、薄皮菇：子实体生长快，成熟早，柄细盖薄。原因是培养料过生、过薄、过干，覆土过薄或出菇期遇到高温高湿，通气不良等。
（3）、空心白根菇：当空气温度高于适温，湿度低于90%，覆土层缺水时，菌柄中间因缺水出现白心或空心。
（4）、粗柄型：子实体柄粗盖小。原因是温度低于12℃或因药害引起。
（5）、小盖形：子实体柄长盖小。原因是菇房温度过高，通风不良，室内co2浓度过高所致。
（6）、死菇：幼小菇蕾或小子实体在无病虫害情况下，出现发黄、萎缩、停止生长直到死亡的现象。主要原因一是温度过高或过低，导致养份倒流缺乏营养而枯萎死亡。为防止死菇，应保持温度稳定；二是培养料或覆土层缺水或空气相对湿度过低，导致幼菇失水而死亡；三是用水方法不当，水温过低或直接向幼菇喷水，或是在高温下喷水以后关闭门窗，会使大批菇蕾闷死；四是滥用药物，出菇期间若过量在菇床上喷施尿素、敌敌畏等，会使基质渗透压升高或菇体中毒，从而发生药害而死菇；五是出菇过密，若出菇过密，部分菇蕾因得不到养份而死亡。
2、双孢菇生产过程中常见害虫种粪及防治措施：
（1）尖眼菇蚊：（1）形态特征——幼虫蛆状，乳白色，初期体长0.6mm，后期5—7mm，头部黑色，为害菌丝体和子实体。成虫黑褐色，体长2—3mm，体表生毛，触角丝状，胸部翅一对，足三对，细长。成虫有趋光性，13—20℃温度下能正常生活。（2）为害情况——幼虫喜欢蛀食菇蕾和幼菇，常从子实体基部开始钻蛀，直至菌盖。幼菇被蛀后呈海绵状。成虫不为害子实体，但会携带病原菌等。
（2）蚤蝇：（1）形态特征——幼虫白色，半透明，蛆形，无明显头部。成虫小，背呈方形，触角短，头小，复眼大。（2）为害情况——幼虫喜欢聚集在潮湿培养料上吞食菌丝，也可取食子实体，使盖、柄上出现许多小孔。还可分泌有毒物质，抑制菌丝生长。成虫不为害子实体，多聚集在烂菇上。
（3）跳虫（俗称烟灰虫）：（1）形态特征——虫卵为白色球形，透明，产于培养料内或覆土层上。幼虫色较白，体形和成虫相似，色泽逐渐变深。成虫体长仅1mm，带有短触须，无翅。常在培养料和子实体上爬行，受惊时可弹跳较远。20—28℃时大量产生。（2）为害情况——取食菌丝体或子实体，严重时菌盖出现凹陷，斑纹，形状不规则。
（4）螨类（俗称菌虱、红蜘蛛）：螨类是一种体形微小的（0.1—0.6mm）蜘形害虫。为害菌丝体和子实体。一是咬食菌丝体；二是蛀食子实体，使菇体萎缩枯死；三是被害子实体出现褐色病斑，降低质量；四是传播病菌。螨类危害严重时，覆土或菌盖上完全被浅灰色“活动尘埃”所覆盖。
（5）线虫：形状为无色透明的小蠕虫，长1mm。为害菌丝体后，菌丝萎缩或消失，培养料下陷有湿斑，具有一股特别的药味。子实体受害时，菌盖常为褐色，发出一股腥臭味。严重时，肉眼可见到腐烂的子实体内线虫的活动。
上述害虫的防治应以防为主，以治为辅。预防措施主要有以下几方面：
一是保持栽培场所周围卫生清洁，减少虫源；培养室及菇房应安装防虫窗纱和门帘以阻止害虫侵入。
二是培养料在堆制过程中或进菇房前应进行灭虫处理，如高温发酵或喷洒药物杀虫。
三是在培养料进菇房前，应首先用药物对菇房进行熏蒸或喷洒灭虫。
如在发菌或出菇期间，一旦发生了上述虫害，应适时采用合适的杀虫药正确杀虫。出菇期最好选择双孢菇转潮期杀虫，以免影响双孢菇正常生长。上述害虫的治疗药物及方法分别是：
尖眼菇蚊——用2.5乳油降虫菊2000—3000倍雾喷于菇床上下，或用3%的保菇粉喷洒于菇床上下。
蚤蝇——用0.5%的敌敌畏喷洒于菇床上下。
跳虫——用0.1%的鱼藤精水溶液喷洒于菇床上下。
螨类——用1/800—1/1000的三氯杀螨砜或杀螨砜水溶液喷洒于菇床上下。或用对二氯苯每10m3500克熏蒸。
线虫——用0.1%的碘化钾药液或0.5%的二甲醇药液喷洒菇床上下。
在双孢菇生产过程中，病虫害的防治是一项非常重要的工作，而且也是一项难度较大的工作。有时在同一间菇房中会同时发生几种病害或虫害，甚至病虫害同时产生，这就给防治带来了很大的难度，因为在治疗过程中，常常发生许多矛盾，解决了这个问题，就加重了另一个方面的问题，甚至造成严重的减产或影响产品质量。所以，在病虫害的防治过程中，一定要辨证的看问题，既要考虑到矛盾的这一方面，又要顾及到矛盾的另一个方面，从而达到病虫害防治的预期目的。总之，在双孢菇生产过程中，一定要做到科学种植，不可盲目从事。
7、合理追肥：一般二茬菇后，培养料中养分已被基本消耗，菌丝所需养分已不能满足，因而产量明显下降。为了提高产量，一般在二茬菇后追使一次固体肥料。其配方为牛粪粉25公斤，黄豆粉2.5公斤，尿素0.25公斤，石膏0.5公斤，多菌灵50克。将这些材料混合，多菌灵溶于水，均匀的拌入料中，使其含水量为60%。用直径为2—3厘米的棒在菇床上打洞，洞距6—10厘米，呈梅花形排列，深至培养料的一半。将固体肥料填满洞，稍压实，盖好细土即可。采用此法可增产30%—40%。另外，也可用1‰的尿素溶液喷洒于床面。
（十）采收
一般子实体生长至八成熟时应及时采取，此时采取，双孢菇质量最好，且易保鲜，易运输。如果子实体开伞后再采收，一则双孢菇质量下降，二则不易保鲜难运输，三则易引起采菇人员因吸入大量孢子而产生咳嗽和发烧等症状，影响身体健康。
另外，应根据不同用途来选择采取的时期，如果是制罐头，就要按照制罐标准及时采收。如果是加工干菇片，就要按照干菇片的标准及时采收。总之，何时采收应根据其用途要求来选择。
采菇方法：前三茬菇采用旋菇法，即用拇指、食指和中指轻轻捏住菌柄，慢慢旋转采下，以免伤了周围的小菇或提松了菌丝和培养料而影响产量。丛生在一起的，应用小刀小心削下大菇，不要搬动其它小菇，否则未长成的小菇就会死亡而影响产量。三茬菇后就可采用拔菇法采菇。采收的鲜菇要轻拿轻放，以防损伤而影响品质。