东北的纳哈出是元朝世将，先前被明军俘获过，获释后仍与明作对。据金山（今内蒙古哲里木盟东境西辽河南岸）一带屯兵蓄锐，伺机南下，对明在东北方面构成威胁。洪武二十年（1387年）正月，蓝玉为右副将军，和大将军冯胜、左副将军傅友德率兵出击。之前朱元璋曾向他们授意，大军先驻通州，探明纳哈出虚实后再作行动。驻通州后，探知庆州（治所在今巴林右旗西北察罕木伦河源之白塔子）有纳哈出部驻守，蓝玉带领轻骑兵冒大雪奇袭，取得胜利。明大军出长城松亭关，筑大宁、宽河、会州、富峪四城，在大宁驻兵，备足粮草，欲进击金山。夏六月，冯胜留兵五万守大宁，率大军直趋前进，一路胜利，势力到了金山以西。同时，明派去劝降的人见到纳哈出，把明廷的厚意都说给他听。纳哈出见自己无法再撑下去，派人到大将军冯胜处请降，冯胜派蓝玉前往受降。蓝玉设酒宴款待纳哈出，纳哈出斟酒谢蓝玉。蓝玉不喝，一定让纳哈出先穿上他的衣服，之后再喝他的酒，意思是纳哈出必须先降明称臣。纳哈出不肯，双方争执不下，局面僵冷。纳哈出将酒浇在地上，同随从悄悄谈了一些话后，企图溜掉。在场有人明白纳哈出话的意思，告诉了常茂（常遇春子，冯胜婿，蓝玉外甥），常茂急上前拦阻，将纳哈出砍伤。纳哈出被拥至冯胜处，冯胜虽然十分周到地招待他，但纳哈出部众人听说纳哈出受伤了，四处惊散，冯胜派人花了很大气力才收复了他的大部分军士。回军路上，埋伏起来的纳哈出部人出其不意伏击明军，明军损失惨重，三千殿后骑兵全部覆没。冯胜让常茂揽下这个责任，到朱元璋面前去说明。朱元璋听常茂说明了情况以后说“如尔言，胜亦不得无罪”，收回了冯胜的总兵印，命蓝玉行总兵官事，不久又在军中拜蓝玉为大将军，使其成了明朝最高的统兵将领。
纳哈出随冯胜等一起南来，被封为海西侯。从此解除了元残余势力由东北方面对明的威胁，且廓清了明廷统一白山黑水的道路。
纳哈出在扩廓帖木儿死后被明招降，虽经明军打击元势力一再减弱却仍没完全灭亡，仍然对明构成威胁。击败纳哈出的当年冬十一月，蓝玉报告：“元丞相哈剌章、乃儿不花遁入和林，乞进步剿灭。”蓝玉的计划得到了朱元璋的同意。
洪武二十一年（1388年）夏四月，蓝玉率兵出发，自大宁进至庆州，听说元主脱古思帖木儿在捕鱼儿海（今贝尔湖），遂抄近路日夜兼程而进。行至距捕鱼儿海还有四十里的百眼井处，侦察不到元军行迹，蓝玉想引兵退还。部将王弼不同意，说我们领兵十万，深入漠北，没有见到敌人就返回，向上面怎么交待。蓝玉亦觉得有道理，乃命诸军继续前进，并采用王弼计谋，秘密前进，穴地而炊，不叫敌人见到烟火。到达海南，仍然没有见到敌人。后侦知元主营在捕鱼儿海东北八十里处。蓝玉命王弼为前锋，疾驰直击其营。元军大意轻敌，以为明军不会深入，没有防备，再加上当时狂风大作，风沙弥漫，元军竟然没有察觉明军的到来。明军突然到达营前，元军仓促应战，伤亡惨重。元主脱古思帖木儿与太子天保奴等数十人向北逃去，蓝玉率精骑追赶没追上，俘获其次子地保奴及妃、公主等数万人和大量牲畜，并得其传国玺、宝玉、金银印章等物，获取巨大胜利。向北逃跑的元主后被人杀死，北元不久灭亡。蓝玉胜利班师，途中又破哈刺章营。
朱元璋听说后以卫青、李靖比喻蓝玉，封赏很多，回来后封凉国公。蓝玉的政治生涯、军事武功达到巅峰。
蓝玉被封为凉国公后，又奉命到西部地区进行过一些军事活动，还奉命到陕西练兵，这些是他军事活动的尾声了。
蓝玉居功自傲，行为骄横。早在征云南梁王胜利后，他就私搞盐引（食盐运销专利凭证），派人到云南贩盐，牟取暴利。打败元主脱古思帖木儿后，他不光私自掠获了大量珍宝、驼马，还占有了元妃。朱元璋大怒，说：“玉无礼如此，岂大将军为哉！”入夜时分蓝玉班师到了喜峰关，守关人没及时放行，蓝玉怒不可遏，纵兵破关而入，朱元璋知道后很不高兴。蓝玉领兵在外，诏令有所不从，经常擅自升降将校，进止自专，甚至违诏出师。在朱元璋面前，无视君臣礼节，举止不恭，语言傲慢。更严重的是，蓝玉蓄庄奴、假子数千人，横行霸道，胡作非为；他还强占民田，鱼肉百姓，又将上告他的百姓、御史官打伤而且逐出城去。
洪武二十六年（1393年），蓝玉被锦衣卫官员告同景川侯曹震等谋反，蓝玉被杀，夷三族，坐党论死者15000人，史称“蓝狱”，是继胡惟庸案后的又一次大案，连称“胡蓝之狱”。
名家回眸
清代史学家赵翼评价朱元璋说：独至明祖，借诸功臣以取天下，及天下既定，即尽天下之人而杀之，其残忍实千古所未有。盖雄猜好杀，本其天性。
文学家朱东润也曾这样评价这段历史：元末社会危机重重，群雄并起，海内豪杰之士，均有争夺天下的野心。早期的朱元璋与其他草莽英雄并无不同，首先求得安身立命，在此基础上求取富贵。但他开始重用读书人之后，他的胸襟就开阔起来，眼光更加长远了。
中国历代开国帝王大都出身显赫，以平民身份起家的唯有朱元璋跟刘邦二人。他们都因知人善任而夺取天下，后人也常将李善长、徐达、刘基，与汉朝的萧何、韩信、张良相比，称之为明朝“三杰”。
朱元璋本人也将刘邦当作自己学习的榜样。更为重要的是他采纳了朱升“高筑墙、广积粮、缓称王”的策略方针，在群雄混战的年代里韬光养晦，保存实力，在此消彼长的争斗中，所受的冲击最小，由于手中兵粮富裕，为最终的胜利奠定了坚实的基础。这些是张士诚和陈友谅等实力派所不具备的，这也成了朱元璋最终成功的关键因素。
而朱元璋既是中国历史上杰出的政治家之一，又是中国历史上少有的暴君。晚年他猜忌心理极重，大肆屠杀功臣，比刘邦及其妻子吕氏更为疯狂。对于他的一系列暴行，史学家有两种解释：一是“蜕化变质”
论，意思是经过一系列争斗之后，改变了他的性格。二是“政治需要”
论，这个观点的意思是，由于他意识到自己出身低微，没有家族势力，唯恐这些功臣威胁自己的统治。无论出于什么样的目的，这种做法让大部分有能力的人丧失决策的资格，极大地削弱了当时明朝统治的力量，给燕王朱棣篡夺建文帝朱允炆的江山埋下了隐患。
摧残文人志士
明初洪武年间，中国封建文化专制主义发展迅速，明太祖朱元璋利用手中的政治权力，对思想文化进行粗暴的干预，对当时和后世的社会发展产生了严重的消极影响。明初面临的社会矛盾很多，而在统治阶级内部矛盾中，一部分旧地主阶级文人拒绝与新的王朝合作，由此引发朱元璋制造文字狱。这些文人仇视造反起家的朱元璋，如贵溪儒士夏伯叔侄，斩断手指，立誓不做官，在明太祖面前骂他“红寇”，后被送回原籍处死。
有的文人谢绝新朝的征召，实在无法推脱的，即使勉强来到南京仍不接受官职。如浙江山阴人杨维桢、江阴王逢就是如此。也有一些曾经在元朝或东吴做官的文人，却坚决不做明朝的官，如回族诗人丁鹤年、山阴的张宪、长乐的陈亮、庐陵的张昱等。一些封建文人对朱元璋的统治不满，朱元璋则在文字上找毛病，牵强附会，吹毛求疵，兴起文字狱，以打击这部分不合作者，树立他专制君主的权威，强化刚建立的王朝统治。
朱元璋出身寒微，当过和尚，于是“光”“秃”这类字词是最忌讳的，甚至也不能讲“僧”字。再加以推广，连同“僧”的同音字“生”也犯了忌。早年朱元璋参加了红巾军起义，当时元朝官吏及地主均称红巾军为“红贼”“红寇”，被骂作“贼”“寇”是朱元璋最痛恨的了。于是与“贼”字形相同、音相近的“则”字，也不许再提。
逢年过节或朱元璋的寿辰及其他皇家喜庆的日子，地方三司官和知府、知县、卫所官员，都要上表祝贺。学校的先生一般会代作祝文，满是歌功颂德之辞，朱元璋很喜欢读。从渡江到开国，文人起了很大作用，所以太祖认为要治国就要重用文人，世乱用武，世治宜文。有人指出：文人好挖苦毁谤。例如张士诚宠信文人，文人在他当王爷后，用“士诚”唤他，孟子云：诚小人也，可读成：
“士诚，小人也。”朱元璋还真相信了这些话，开始怀疑有些人用“僧”“贼”
等字在骂他。随着统治阶级内部矛盾的发展，朱元璋对文人运用文字攻击他更加猜忌，于是便挑剔文字，将所谓犯忌的文人治罪或杀戮，洪武朝的文字狱便愈演愈烈。如浙江府学教授林元亮在为海门卫官作《谢增俸表》中有“作则垂宪”的话；北平府学赵伯宁给都司作的《贺万寿表》中有“垂子而作则”一语，福州府学训导林伯璟为按察使撰《贺冬至学》的“议则天下”；澧州学正孟清为本府作《贺冬至表》的“圣德作则”；桂林府学训导蒋质为布按二使作《正旦贺表》的“建中作则”，朱元璋把其中所有的“则”都念成“贼”，将他们一一治罪处死。常州府学训导蒋镇为本府作《正旦贺表》，内有“睿性生知”，朱元璋又将“生”字念作“僧”；怀庆府学训导吕睿为本府作《谢赐马表》中有“遥瞻帝扉”，将“帝扉”又读成“帝非”。这两个人也被处死。祥符县学教谕贾翥为本县作《正旦贺表》中有“取法象魏”，“取法”被朱元璋读作“去发”，亳州训导林云在为本州作《谢东宫赐宴笺》中有“式君父以班爵禄”一句，“式君父”