历来株连也不过是灭三族，诛九族已经很恐怖，燕王还要灭十族，其野蛮、残暴由此可见。以至于清初史家谷应泰这样叹道：“嗟乎！暴秦之法，罪止三族；强汉之律，不过五宗……世谓天道好还，而人命至重，遂可灭绝至此乎！”
故事还需从头说起。方孝孺（1357-1402），出生于浙江台州宁海，他父亲方克勤任宁海县学训导（即县学校的老师）。方孝孺自幼聪慧，读书过目不忘，善作诗作文，人奇其才，被称为“小韩子”。洪武四年（1371年），方克勤出任山东济宁知府，于是方孝孺随父北上济宁。
方孝孺拜着名学者宋濂为师。宋濂为明代开国元勋，是江南第一大儒，以“仁政”为理想，主张恢复古代的礼乐，以德治国，反对嗜杀。当时宋濂门下，学子如云，如胡翰、苏伯衡等，皆为学界名流，但与方孝孺相比，则相形见绌，都自愧不如。宋濂也非常器重孝孺，曾把他比作“百鸟中之孤凤”。
洪武九年（1376年），“空印案”起，方克勤虽一向清廉守法，蜚声政绩，也牵连被诛。洪武十三年，胡惟庸案起，宋濂也受牵连而不能幸免。父亲、老师均惨遭变故，对方孝孺产生极大影响，使他逐渐形成一套以提倡仁政、反对暴政为核心的政治主张。
洪武十五年（1382年），经东阁大学士吴沉等人推荐，二十六岁的方孝孺来到南京，受到明太祖朱元璋的召见。明太祖见他举止端庄、学问深厚，称赞他是个不可多得的人才。但由于他力主施行仁政，志存教化，与朱元璋重典治国的政治主张相差甚远，太祖并未启用他，只是对皇太子说，“现在还不是用他的时候”，于是厚礼相待，遣返归乡。
对于方孝孺而言，身怀匡世之才而无用武之地，实在是件憾事。此后十年，他只得隐居在家，把心血都放在着书立说上，着有《周易考次》、《宋史要言》等。他虽然生活清苦，贫病交加，甚至连日断炊，仍然奋笔不辍。一直到洪武二十五年（1392年），经人再次推荐，朱元璋才让他担任陕西汉中府学教授。
洪武三十一年，朱元璋病逝，朱允炆即位。怀抱“明王道、致太平”志向的方孝孺，终于在年轻皇帝朱允炆那里寻找到了实现理想的机遇。
前面我们说过，建文帝崇尚儒家仁政之说，有意结束其祖父尚武的政风，确定新年号为“建文”，与祖父“洪武”刚好形成鲜明的对照。
当时，齐泰、黄子澄、方孝孺等饱读诗书的才子都受到重用。建文帝的治国措施与方孝孺的仁政主张相投合，方孝孺更是受到建文帝的青睐，先任翰林侍讲，后迁文学博士，日侍建文帝左右。据《明通鉴》记载，建文帝读书每有疑问，便立即召方孝孺为他讲解；临朝奏事时，遇到需商议的地方，也命方孝孺前来批答；宫中纂修《太祖实录》及《类要》等史书，也由方孝孺担任总裁。当时朝廷的诏书、往来的檄文大都出自他的手。建文帝对方孝孺，可谓言听计从，非常倚重，君臣关系十分契合。方孝孺对这种“知遇”之恩十分欣喜，“风软彤庭尚薄寒，御炉香绕玉阑干。黄门忽报文渊阁，天子看书召讲官”，在建文帝身上，寄托着方孝孺的政治理想——提倡仁政，反对暴政。
在方孝孺的辅佐下，建文帝大力着手改革，史称“建文新政”。他们崇尚礼教，锐意文治；废除严刑峻法，大赦疑狱。同时又采取重农桑，兴学校，赈济灾民，蠲荒田租等与民休养生息的措施，使国家呈现一派祥和的景象。时人赞叹，建文时，法网疏阔，道不拾遗，士风朴茂，尚义者多。
然而，建文帝在安定的生活中成长，接受的是儒家学说的熏陶，缺少对现实的了解，而且他所重用的大臣也多是读书人，因此改革中难免有理想主义色彩。
他接受方孝孺的建议，在诏行宽政的同时，锐意复古，甚至要恢复西周时期的井田制度。他还使用一些《周礼》中的官名，依古制改革某些官职。复古这些制度是没有任何现实意义的。从这一点我们不难发现，建文集团过重的文人气息，成为他最后失国的一个主要原因。
这种对实现政治理想的渴望与对知遇之恩的感戴，使方孝孺无论从情感还是理念上都把建文帝视为千古一遇的圣主，并将自己的命运与之紧紧地联系在一起。就此一点而言，在后来的靖难之役中，他是决不可能降于成祖朱棣的。
靖难之役中，方孝孺与朱棣势不两立。建文帝讨伐燕王的诏檄大多出自方孝孺之手。朱棣曾经两次试图以罢兵作为缓兵之计，都被方孝孺识破，并力劝建文帝不要被他迷惑，使得朱棣屡屡未能得逞。方孝孺还多次为建文帝出谋划策，甚至使用反间计来离间朱棣父子。朱棣夺取帝位后，方孝孺不肯起草登基诏，受新仇旧恨夹击的朱棣终于没能压住怒火，方孝孺遂惨遭灭“十族”。朱棣如此残酷的报复，也说明两人积怨之深。
况且方孝孺所代表的决非他一个人的志向，他代表的是大多数江南士人的理想。在江南士人眼里，“削藩”与“靖难”之争，绝不仅仅是朱姓内部的皇位之争，而是仁政与暴政之争。“仁政”理想是一种极为普遍的群体意识，江南又是当时最大的文人渊薮，名儒辈出。在洪武政治下，他们所遭受的打击，比之其他地区的士人更为酷烈。当时的着名诗人高启、张羽、杨基诸人均被迫害致死，甚至连开国功臣刘基也最终郁郁而死。正如解缙在为太祖所上封事中所说：“国初至今，将二十载，无几时不变之法，无一日无过之人。”这是一个政治稳定的时代，同时也是一个令人窒息的时代，政治气氛异常凝重，文武大臣人人自危。生活在此一时代的士人，他们所拥有的只能是惴惴不安的畏祸避害心理，而不可能有扭转乾坤的守道抗势壮志。
只有当洪武时代结束而朱允炆登基后，士人们似乎才迎来了转机。从改元“建文”的新年号里，他们不难发现这位建文皇帝想要改变洪武时的恐怖主义政治的决心。这种情况下，文人获得了比以前更高的政治地位，再也不用担心像洪武朝那样动辄以一言获罪，因此他们胆量也大了，对朝政敢于表达自己的意见，对建文帝忠心耿耿。这是江南地区士人支持建文的一个重要原因。自幼饱受儒学熏陶的年轻皇帝所追求的政治理想，似乎意味着一个仁治时代的到来。
然而，朱棣的起兵并取得最后胜利，无情地粉碎了这种理想。方孝孺不顾“灭十族”的惨况，毅然选择赴难，他的殉难，是对建文帝“知遇之恩”的报答，体现着“士为知己者死”的高尚气节，更是对破灭的理想的殉节。建文“秀才朝廷”中的其他士人，如齐泰、黄观、陈迪等，也与方孝孺一同赴难，誓死不屈，这样的例子不胜枚举。可见，方氏与一时死难之江南士大夫，都并非“慷慨于一时”，他们在更大程度上是为了自己的仁政理想，而前赴后继的。
方孝孺在南京政权的影响极大，代表了当时江南民气，如果方孝孺肯归顺朱棣，那么其他官员自然也就会臣服。然而方孝孺始终忠于前帝，那么他的门生派系也就不可信任。朱棣灭方孝孺“十族”，把方孝孺的学生都牵连进来，实际上是要彻底清除那些深受方孝孺思想影响的人。恰如学者方东岭指出，方孝孺之死的意义已经远远超出了事件本身。方孝孺为江南地区士大夫的一个典型。方孝孺的死不能被视为一种个人行为，它是明前期士人儒家政治理想昙花一现后破灭的标志。
与此同时，其他的建文余党也遭到了血腥镇压。事实上，朱棣入南京后立即揭榜（悬赏捉拿）黄子澄、齐泰、方孝孺、铁铉等建文帝臣子数十人。出逃在外的齐泰、黄子澄均被捕获，全家被诛。齐泰本已脱险，他因担心引人注目，将所骑的白马染成黑马，马奔跑出汗，黑墨渐渐脱去，反倒被人起疑拿住。
兵部尚书铁铉，死守济南被俘。他曾经在济南城下用诈降之计，差点杀死朱棣。朱棣亲自审问，铁铉宁死不肯面对朱棣，背向而坐。朱棣让他回头看一眼，终不可得。朱棣盛怒之下命人割去铁铉的耳朵、鼻子，铁铉仍然谩骂不止。朱棣命人将他凌迟碎剐，将其尸投入油锅，炸成焦炭。
御史大夫景清谋刺朱棣未遂，被剥皮填草，挂在城门示众。有一天晚上，朱棣梦见景清披头散发，拿着剑追杀他。第二天，朱棣又让人用铁刷子将景清尸身上的肉一块块刷掉，肉刷光后，还将骨头打碎。朱棣犹不解恨，将景清灭族籍乡，就连景清的街坊邻居都受到株连。这种打击面比“杀十族”还要宽，只要跟景清有这样那样的关系，都可能被株连。例如，青州教谕刘固曾因母亲年迈提出辞职，景清写信给刘固，让他到京城来任职。就因为这样简单的引荐关系，刘固全家被杀，连他的老母都没有放过。
御史高翔在朱棣即位后穿着丧服入见，朱棣大怒，除了诛其族外，还将高翔祖先的坟墓挖开，掺杂上一些牛马的骨头，一起焚成灰扬掉。又将高翔的田产分给附近的百姓，征收特别重的税，目的是为了让乡亲世世代代骂高御史。这种连种高翔田地的普通百姓都受到株连的做法，简直是闻所未闻，几近变态。
这些忠于建文帝的人，其妻女都被发往教坊司，充为官妓。方孝孺女儿流发教坊。铁铉妻杨氏被送往教坊司，随后即亡故了，教坊司按圣旨吩咐，将其尸体抬出门喂狗。铁铉的两个女儿被发往教坊司为娼妓，数日不受辱。铁铉的学生高贤宁与朱棣的亲信锦衣卫纪纲有交情，托他说情。朱棣总算动了恻隐之心，放过了铁铉的两个女儿，两女后来都嫁给高贤宁为妻。
朱棣对建文帝的亲信大臣如齐泰、黄子澄、方孝孺等，展开的一场又一场大屠杀，被人称为“瓜蔓抄”。其残酷的程度不下于其父朱元璋惩处胡惟庸、蓝玉党案。
名家回眸
清初史学家谷应泰对于方孝孺这样叹道：“嗟呼！暴秦之法，罪止三族；强权之律，不过五宗……世谓天道好还，而人命至重，遂可灭绝至止乎！”
方孝孺的殉难，是对建文帝“知遇之恩”的报答，体现着“士为知己者死”的高尚气节，更是对破灭的理想的殉节。
学者方东岭指出，方孝孺之死的意义已经远远超出了事件本身。
他的死不能被视为一种个人行为，它是明前期士人儒家政治理想昙花一现后破灭的标志。
《明史》中有这样一个评价：朱棣对建文旧臣长达十年的杀戮，一方面与其个性有关，但更为本质的原因则是内心的虚弱。他发动靖难之役，说到底是为了夺其侄子建文帝的皇位，在皇位继承的合法性上是要大打折扣的，这一点他自然心知肚明。因此，他希望能够用屠刀堵住人们的非议之口，并想尽办法证明自己是皇位的合法继承人。
方孝孺的死无疑是轰轰烈烈的。《明史》称其“忠愤激发，视刀锯鼎镬甘之若饴，百世而下，凛凛犹有生气”。然而遗憾的是，他面对的并不是一个改朝换代的历史时期，而是皇室内部的自相残杀，这使得他以身殉道的壮举减少了许多悲壮的色彩，因而被人称为过于“迂直”。明代人王廷相就认为他的死不能与文天祥相提并论，认为他实为“忠之过者”，因“自激之甚”而卒招杀身之祸，这种“轻重失宜”的举措，“圣人岂为之”！至清人吴敬梓作《儒林外史》时，还说方孝孺“迂而无当”。方孝孺虽大义凛然，但又显得过于“迂直”，从而带有某种历史的尴尬。