随着移动梦网业务的展开，创始人们对腾讯的组织架构进行了第一次改造，整个公司被划分成三大部门，分别是市场部门（M线，Marketing）、研发部门（R线，Research）和职能部门。各项任命中，马化腾为首席执行官，曾李青为首席运营官，张志东为首席技术官，陈一丹为首席行政官，负责所有职能行政及政府、法律事务，许晨晔则为首席信息官，负责公关及新闻媒体事务并兼管门户网站。其他，财务经理是王齐，行政部经理是律师出身的郭凯天，首席财务官是曾振国，罗硕瀚为财务总监。
R线下设三个部门，基础开发部，经理吴宵光，负责QQ的研发运营、公共技术研发、IDC系统维护；增值开发部，经理任宇昕，负责Web社区和广告系统研发运营；移动开发部，经理邓延，负责移动增值业务研发运营。李海翔是副CTO，协助张志东做技术线的日常管理，重点管理公共技术研发、IDC系统运维、广告和移动业务研发和运营。
M线下设综合市场部和移动通信部，前者负责全国销售队伍的建设及管理，后者负责与三大电信运营商的业务对接，经理分别为邹小旻和唐欣。
在公司决策上，腾讯形成了总办会议的制度，每两周召开一次，参加者为5位创始人、各业务部经理及法务、财务及人力资源等职能部门主管，人数约为10到12人。这个人数规模一直没有被突破，一直到2013年，腾讯的总员工人数已超过2万人，总办会的参与者也不过是16人。
总办会是腾讯最为核心的决策会议，马化腾要求所有与会者无论日常工作多么繁忙，都务必前来参加。每次会议都是在上午10点准时开始，一般都要延续到凌晨2到3点，因此是一次考验体力的马拉松会议。
“Pony喜欢开长会，每一个议题提出后，他都不会先表态，而是想要听到每一个人的态度和意见，所以会议往往开得很漫长。”好几位与会者对我透露过开会的情景，“在总办会上，几乎所有重要的决议都是在午夜12点以后才做出的，因为到那个时候，大家都太疲劳了，常常有人大喊‘太困了，太困了，快点定下来吧’，然后就把一些事情定了下来。”
一个比较特殊的惯例是，腾讯的总办会没有表决制度。
根据陈一丹和奚丹等人的记忆，“十来年里，没有一次决策是靠表决产生的。”在部门业务事项上，相关责任主管的意见很受重视，“谁主管，谁提出，谁负责”。在关系到公司整体战略的事务上，以达成共识为决策前提，若反对的人多，便会被搁置，而一旦为大多数人所赞同，反对者可以保留自己的意见。在这一过程中，马化腾并没有被授予“一票赞同”或“一票否决”的权力，他看上去更像是一位折衷者。
在访谈中，许晨晔对这一机制的理解是：“我觉得腾讯的集体决策机制是创始人多年磨合出来的，因为都是股东又彼此信任，因此探讨主要以事情为主，探讨到事情清楚或较为清楚为止。这样，决策相对会慢一些，但各种情况的预见性和决策的成功率会高很多。”