各类作物制种的病虫害防治一直是各制种公司高度重视的问题，由于制种作物种类多，基地连年制种，许多作物重茬严重，使得病虫害不同程度的发生。随着国内、国际交流合作日益加强，一些危险性病虫害侵入，使病虫害防治难度加大。在制种工作中，病虫害防治工作的好坏可以作为衡量制种水平高低的标准之一。在不同作物上，都有一些顽固性病虫害，如玉米的玉米螟、玉米红蜘蛛，玉米顶腐病、瘤黑粉病等；辣椒的疫病、苍痂病，番茄早疫病、溃疡病，瓜类枯萎病、白粉病、果腐病，瓜蚜、美洲斑潜蝇等，一些顽固性病虫害没有理想的防治方法。许多病害随着发病环境的改变，交叉侵染现象严重，如瓜类白粉病一般在蔬菜、杂草之间相互侵染，现在可以在林木、蔬菜、花卉等作物之间交叉感染，可能是生理小种变异造成的。由于强调连片种植，制种作物病害蔓延速度快。制种区生态环境恶化也是病虫危害严重的原因，大量的秸秆、残茬、枝叶、果汁等废弃物，农户随意在沟渠、河流中洗种，为病虫害传播危害提供了便利。农作物制种的病虫害防治仍然要遵循“预防为主，综合防治”的植物保护工作方针。
1.加强植物检疫严格检疫，从源头上减少危险性病虫输入。制种时发现危险性病虫，立即拔除病虫株销毁，对发病区全面消毒预防，不在疫区制种或调进种子。
2.重视农业防治坚持轮作倒茬，预防土传性病害。瓜类、棉花、亚麻等作物轮作5~6年，十字花科作物轮作3~4年，牧草、草坪草等换茬种植。大宗作物如玉米、水稻、小麦等连作不超过3年。重视有机肥和各种化学肥料使用，培育壮苗，提高抗病性。改进栽培方法，变平作为垄作、小畦或高畦栽培，蔬菜、花卉等作物推广地膜覆盖栽培，控制栽培密度，采取合理整枝方式等。通过这些措施改善植物生长条件和田间小气候，降低发病率。
3.准确诊断，合理用药病害的准确诊断是药剂防治的基础，要求技术人员有丰富的生产经验和扎实的专业知识。通过对病害的危害特点、症状、病原、发病规律等的认识，对照比较，必要时进行病原鉴定，做出准确诊断，提出综合防治措施。如瓜类果腐病是近年来在一些制种区新发生的病害，苗期症状与霜霉病、炭疽病相似，很容易误作为这些病害防治。而果腐病病原为细菌，霜霉病、炭疽病病原为真菌，防治方法和药剂选择是不同的。病虫害防治过程中，许多技术员、农户过分依赖药剂防治，忽视其他措施的综合应用，造成防治效果不理想。
如西瓜果腐病的防治就是要利用种子处理（药剂浸种或高温处理）、垄作栽培、苗期拔除病株、铜制剂与硫酸链霉素交替喷雾、病果清除、盐酸洗种等综合措施，提高防治效果。
4.保护制种环境通过广泛宣传、技术培训、组织管理规定等提高农民素质，创造良好的制种生态环境。不随意丢弃清理出的病株、枝、叶，远离制种区深埋或烧毁。杂交授粉严格执行隔离、消毒程序，降低人为的病害传播。洗种作业固定地方操作，不得在制种田、沟渠中倾倒废弃物，减少污染源。作物秸秆集中堆放，及时使用，减少病虫害中间宿主。
植株调整有多种方法，蔬菜、花卉等作物移栽或出苗后植株培土是一项基本田间作业，有防风、促进根系生长作用。在生长期通过整枝（蔓），清除不需要的枝蔓，集中养分，改善田间通风透光条件，提高坐果率。不同作物分枝和侧蔓发生特点不同，整枝方式也不同；制种栽培与商品栽培的整枝方式也不尽相同。如商品西瓜栽培，一般保苗数667m2%800~1700株，多采用双蔓整枝；制种西瓜栽培，保苗数667m2%3000~4000株，多采用单蔓整枝。采取何种整枝方式要根据品种分枝特性、栽培方式、栽培密度、出苗情况、营养条件、坐果数量要求等进行。缠绕性或纤细易倒伏作物，如豆类、番茄等，需要搭架栽培或拉线防护。
四、调节父母本花期
杂交制种父母本花期相遇良好是制种成败的关键。在常规管理的前提下，如果花期预测发现父母本花期不能良好相遇，需要通过一些技术措施，促进和保障父母本花期相遇。
判断花期是否相遇需要做好花期预测。花期预测的方法很多，主要方法有叶龄指数法（又叫查叶片法）、生长锥比较法、幼穗比较法等。叶龄指数法（叶龄指数=已出叶片数/主茎总叶数百分率）是各种作物基本的预测方法，是玉米、小麦、水稻等作物最主要的预测方法。预测花期的前提是必须知道双亲主茎各自的总叶片数。在制种田内选代表性的植株定点，定期检查父母本已经出现的叶片数。如果双亲总叶片数相近，父本叶片数比母本少1~2片为花期相遇良好的标志。生长锥比较法、幼穗比较法等方法适应于玉米、小麦、水稻等作物，具体方法参见玉米制种。
虽然可以采用各种方法预测花期，但是，由于作物生长环境、生长发育特性、栽培方式等因素也会影响花期预测的准确性。在蔬菜作物中，特别是瓜类蔬菜，雌雄花形成、发育受温度、营养条件等因素影响，在低温下植株雌花形成早，基部雄花经常败育或发育迟缓，即使按父母本叶片数相差花期准确相遇，也会因父本花发育慢或无效雄花造成花期不育。许多绿体春化作物（如胡萝卜、萝卜、白菜、甘蓝、莴笋等），培养的种株过小，营养体小，贮藏养分少，移栽后会出现较长时间的营养生长，抽薹慢，父母本花期也容易出错。作物宽幅地膜覆盖栽培时，父母本处于边行、中间行的变化也会影响预算好的花期。所以，花期预测必须结合这些因素综合考察。
在做好父母本错期播种的前提下，出苗后要经常检查，根据双亲生长状况，判断花期能否相遇。经预测花期不能良好相遇的情况下，要积极采取补救措施，如对生长慢的亲本，采取早间苗、早定苗、留大苗、偏肥、偏水等办法来调节生长发育；对生长快的亲本，采用控制肥水、深中耕、断根等办法来抑制生长；蔬菜的打尖、去杈等技术也可以达到抑制开花目的，使用化学药剂也可以抑制或促进生长。
五、清杂去劣
清杂是提高种子质量、保证种子纯度的一项重要措施，经去杂去劣后，才能获得较高纯度的亲本种子及整齐一致的杂交种子。清杂工作要细致、耐心，勤检查、早清除，从严、彻底，贯穿于制种全过程。根据品种、组合的特征特性，从种子形态、植株形态、长势、细部特征（叶形、叶色、株高、分枝性、花形、花色、果实形态等）清除异作物植株、杂株、病劣株，以及雄性不育系中的可育株，标记性状中的非标记植株，雌性（株）系中的有雄株等。清杂一般在苗期、拔节期（抽蔓期）、抽穗开花期、种子（果实）收获期分别进行。
苗期。播种时一些大粒种子可以根据种子形状、色泽进行去杂。出苗后根据幼苗芽鞘颜色、叶片颜色、叶片形状、幼苗的长势长相等特征进行综合鉴定，去掉杂株、劣株和可疑株，苗期去杂一般结合间苗和定苗进行。
拔节期（抽蔓期）。结合叶形、株型、长势，去掉明显的优势株、蔓生或不抽蔓植株、有侧枝或无侧枝植株等。
抽穗开花期。抽穗开花期是去杂去劣、保证种子纯度的关键阶段，务必做到干净、彻底、及时，避免杂株散粉造成生物学混杂。杂交制种父本清杂在杂交授粉开始前彻底完成，雄性不育系、雌性（株）系清杂在显蕾、开花期分几次完成，去杂时间在早晨6~8时，昆虫没有活动之前。杂交授粉结束后及时清理父本，防止混杂。
种子（果实）收获期。种子收获期是清杂工作的最后一关，采收时剔除病、劣果、无标记或标记不清果实、杂果、落地果实，晾晒、脱粒时检查清除杂果、杂穗等。取籽、精选时挑除颜色、形状等特征不符合标准的种子，防止混杂，提高种子质量。
六、杂交授粉
杂交授粉是杂交制种的中心环节，除利用雄性不育系、自交不亲和系、标记性状等配制杂交种时自然授粉外，采用化学杀雄制种、人工去雄制种时，母本去雄工作是保证杂交种质量的关键。去雄工作要做到“及时、彻底、干净”，及时是指母本雄花、雄穗（雌雄异花）、雄蕊（雌雄同花）抽出没有散粉前就去掉，如西瓜摘除母本植株没开放的雄花，雌花在开放前1d去除雄蕊；玉米在雄穗散粉前摸苞带叶抽雄等。彻底是指全田去雄一株不漏。干净是指抽雄不留小穗、残枝；去雄不残留雄蕊、花丝。对雄性不育系、两系法来配制杂交种的，应及时拔除母本行内的可育株。去雄工作每天进行，不得遗漏或拖延。技术员坚持每天、每块制种田，每行检查，对制种农户进行监督管理。
辅助授粉是一项行之有效的提高授粉效果、提高产量的措施。人工去雄、人工授粉作物，授粉好坏直接影响制种产量高低；玉米、高粱、水稻、小麦、禾本科牧草、草坪草等风媒作物，进行多次的人工辅助授粉，可以显著提高结实率。辅助授粉的方法很多，例如，玉米、小麦、水稻、牧草、花卉等作物开花期内人工拉线或用树枝赶花粉，用鼓风机吹风等，每天进行2~3次。玉米剪苞叶、剪花丝，水稻的剥苞、割叶等措施，可以帮助花穗抽出，正常授粉；蔬菜、籼稻等在显蕾期、孕穗期喷施赤霉素，增加父本高度，促进花枝伸长，提早开花；或减轻包颈，解决花薹无法抽出问题。
七、收获留种
作物成熟后要及时收获，但是由于各类作物开花习性，果实、种子成熟特性不同，收获留种各有不同特点。玉米、水稻、小麦、等禾本科作物开花集中，成熟一致，一次性收获；大白菜、萝卜、甘蓝等十字花科作物，甜菜、菠菜等黎科作物，大豆、蚕豆等豆类开花时间长，种子成熟不一致，容易落粒、裂荚，在70%~80%种荚变黄时收割。多数花卉、茄果类蔬菜、胡萝卜、四季豆、豇豆等连续开花，种子成熟不一致，必须分次收获。收获后及时晾晒或后熟，及时脱粒取籽。杂交制种完成授粉后要及时拔除父本，防止混杂。
八、质量控制管理
无论是常规制种、原种繁殖，还是杂交制种，种子质量（高纯度、高杂交率）是制种工作的中心任务，质量控制管理要贯穿于制种的各个环节。亲本质量、制种基地选择是制种的硬件，组织管理、技术力量、农民素质是制种的软件，制种技术的落实程度、执行好坏由上述条件决定。
亲本、原种是制种的物质基础，其各项技术指标（纯度、发芽率、活力、健康程度、数量、千粒重等）影响制种的质量，甚至决定制种成败。播种前要检查掌握亲本、原种的各项指标。
制种实施过程有各种组织管理模式（参见第三章农作物制种基地建设），由公司安排制种任务、制定制种技术方案，必要时提供制种资金，由技术员具体实施，落实基地和管理农户；基地（个人、村、组等）作为联系公司和农户的纽带，协助公司、配合公司组织管理制种农户，落实制种技术要求，协调公司与农户关系等。农户是制种任务的实施者，必须严格按照制种技术要求，规范操作，精细管理，接受技术员的管理监督，保质保量完成制种任务。公司、基地、农户之间以合同形式约定各自的责、权、利，从而保证制种工作的顺利实施。
在制种过程中技术员作为农户的主要管理者进行日常管理，及时解决生产中出现的各种问题，为每个农户建立制种档案，填写质量监督卡，记载作物种类、制种面积、作物生长发育情况、田间管理情况、田检质量等级等内容，作为评价种子质量水平的基本依据。种子质量是否达标，质量控制管理是关键。通过田间检查可以初步确定种子质量（纯度、杂交率）；种子收获入库时，经过水分含量、净度等项目的控制，保证入库质量；入库的种子经过纯度、杂交率、发芽率测定，特殊情况下还要检验病虫、杂草、活力等内容，最终确定种子质量等级。