蒙哥马利的第一件“实干”工作，还是要算整顿指挥系统和对“朽木”们的处理了。他的无情是出了名的。他将精明能干的德·甘冈准将提为他的参谋长，并且当众宣称，参谋长将代表他本人。参谋长的命令就是集团军司令的命令。他还挑选了第11轻骑兵师的青年军官约翰·波斯顿为他的副官。科贝特和多尔曼——史密斯等一批不称职的军官被撤职了，第7装甲师师长伦顿将军已被迫离开了岗位。约翰·哈丁接替了他的职务。剑桥大学的青年教师E·T·威廉斯也被蒙哥马利“挖”来了，出任他的情报处长。
更为大胆的是，蒙哥马利几乎将军一级的指挥官作了一个翻天覆地的调整。老实却无能的拉姆斯登将军被撤职了，从遥远的英国本土赶来的奥利夫·利斯将军接管了他的第30军；霍罗克斯将军充任了第13军军长，优秀的炮兵指挥官柯克曼准将担任了集团军的炮兵司令。蒙哥马利甚至还打算把迈尔斯·登普西将军调来担任新成立的装甲军第10军的军长，只是由于亚历山大将军的阻止，他才不得已让刚刚被解职的沙漠老手拉姆斯登将军出任此职。
通过这些调整，蒙哥马利大大加强了对整个集团军的控制。德·甘冈将军领导的参谋班子，更为蒙哥马利的计划的实现，提供了充分的保障。
蒙哥马利调整参谋班子的一个总体意图是，让参谋们办一切日常事务，让指挥官从琐事中腾出手来，考虑事关全局的一些大的计划。他们保证自己每天的睡眠的作法，就是一个生动的例证。
在上任的第一天，劳顿一昼后，他早早地入睡了。第二天一早，他就被一名军官很有礼貌地叫醒了。蒙哥马利当即发了火：
“是谁给了你打搅集团军司令休息的权利？”
军官只好如实相告。他告知，奥钦莱克总司令每天都是这个时候被叫醒起来阅读当天的“情况报告”的。
“我不是奥钦莱克。去告诉所有参谋，有什么事请找参谋长德·甘冈将军，他会向我报告的。”
蒙哥马利还对指挥系统作了一项标新立异的革新。根据他的计划，蒙哥马利在战场上依靠一个小型的“作战司令部”来进行指挥。这个“作战司令部”设在离“主司令部”很远的前沿地域，所有的详细计划和行政管理工作都在这里进行。在作战司令部里，蒙哥马利只保留了极少量的参谋、通信、机要人员和联络官。他的原则是，他的作战司令部在编制等级上与下一级即军一级的司令部同级。这样，他不仅能摆脱琐事频繁的主司令部，还能与实际指挥战斗的将军们保持密切的接触。每当同一个部属发布命令时，他总是要给更下一级的师司令部打电话，以检查他的命令的执行情况。与隆美尔身先士卒、冲锋在前的指挥方式相反，蒙哥马利喜欢把具体的战斗交给下级去完成，他自己则坐镇司令部，实施战略指挥。
同隆美尔的一场近在眼前的战斗看来是不可避免的了。隆美尔在七月份同奥钦莱克的争斗中，显然吃了亏。但他不会就此罢休。蒙哥马利研究过隆美尔，认为他是一个进攻型的典型将领。
尽管德军在挺进到了阿拉曼战线后，其战线的长度远远超出了它自己的实力承受程度，它的补给线有着致命的危险；尽管德军在人员和物资方面十分短缺，整个装甲军团总共缺员16000多人，运输工具有85%是缺少备件的缴获车辆，其战斗装备的数量比编制规定的少210辆坦克和175辆装甲运兵车；尽管德军弹药缺乏，士兵的食品质量极差，士兵们的体力已到了消耗的极限……但蒙哥马利断定，隆美尔百分之百地会主动发起进攻。隆美尔的空中保护没了，马耳他的机场再次为盟军使用了，大批德军飞机转到了东部苏联战场上了，非洲军团的燃料已山穷水尽了，但隆美尔逃不过一个铁的事实，希特勒决不会允许隆美尔后撤。希特勒已将非洲军团的存在同苏联方向的大量德军将经过小亚细亚南下的整体战略联系了起来。对隆美尔来说，除了进攻别无选择。
蒙哥马利还分析了英军向德军作战的许多具体的战术问题。比如，德军的坦克的炮火射程不如英军坦克，但机动灵活的多，适宜于近战，而英军坦克甲厚笨重，灵活性不够，只适合于远战。为此，他下了一条严格的命令：不允许坦克从事近战。
与此同时，蒙哥马利加紧了针对隆美尔的军事部署。他向中东司令部申请了上千门远距离的大炮，盖上伪装网，矗立在隐蔽的阵地上。他还以新西兰师箱形阵地的封闭的南侧翼为基础，在箱形阵地与哈勒法山之间的缺口内部署了第22装甲旅。该旅的全部坦克都在隐蔽的阵地上掘壕固守。他把新近到达的第44师的两个旅配置在哈勒法山脊。这个师是蒙哥马利向亚历山大提出紧急请求，刚刚从尼罗河三角洲的后方调来的。第23装甲旅作为预备队配置在第22装甲旅后面。因此，蒙哥马利为隆美尔布置了一个极好的陷阱。这个陷阱的北缘又是坚固的。第8装甲旅部署在哈勒法山脊以南一个靠后的阵地上，而第7装甲师的机动分队则担负小规模的战斗任务，以保卫地雷场和向南的开放侧翼。
蒙哥马利的部署的科学性是不言而喻的，那就是，不管隆美尔采取什么样的进攻方法，这样的部署都能将他堵住。如果德军朝正东方向进攻，英军的第8装甲旅将迎上前去，将它堵住，而第22装甲旅和两个师的炮兵将从其左侧猛击。如果他突破地雷场后向左侧出击，那么他就不能不面对处于隐蔽状态的第22装甲旅的突然打击，他的右面还有第8装甲旅严阵以待。只要隆美尔敢于进犯哈勒法山口，他就不得不身陷重围而不能脱身。而一旦他被英军困住，英军的沙漠空军将以密集的队形对其实行地毯式轰炸。
英军投入这次战斗的大炮亦是令人兴奋的，它们大都是从英格兰刚刚运来的可用无线电同时指挥的最新一代大炮。这种大炮一直到战争结束都可算得上是先进的。蒙哥马利对炮兵的重视，胜过了第8集团军的任何前任。
蒙哥马利的这种周密的战前部署，给了第8集团军一种十分镇定自若的感觉。将士们感到，英军的一切准备活动，都是在不慌不忙、时间充裕的情况下完成的，因而，对胜利的必然信念胜过以往任何时候。
为了以防万一，英军还举行了两次战前演习，他们把即将到来的这场战斗的每一个细节都演练了一遍。
“如果你们在战斗过程中会遇到什么疑难，请查找演习记录！”
蒙哥马利古里古怪的观点，既让官兵们新奇，也让他们自信。
蒙哥马利的对手隆美尔的日子却十分艰难。他的最为明智的决择是迅速组织撤退，因为德军的燃料已经到了濒临绝境的边缘，打下去的结果是在意料之中的。可是，希特勒的命令不容违抗，元首的全球大战略的宏伟计划不容干扰。隆美尔没有任何选择地作出了一个一生中他最为困难的决定：进攻。
他已下达，非洲军团第一步是突破英军的卜雷区，然后连夜在7小时之内通过未经勘查的土地，推进30英里。隆美尔十分清楚，一旦德军得手，就要迅速扩大战果，长驱直入英军后方，
决不能打一场阵地战，因为英军的补给状况决定了他的现实：德军根本无力打一场旷日持久的消耗战。
1942年8月31日凌晨，隆美尔在蒙哥马利料定的地域哈勒法山口开始了他的攻势。不出蒙哥马利所料，他很快就走进了英军为他布设好了的陷阱。非洲军团在英军的卜雷区来回奔走了两个小时，仍未取得丝毫进展。德军情报部门提供的情报显然误了大事，因为英军的地雷场比他们设想的要宽得多。
皇家空军的“威灵顿”式飞机早在8月30日黄昏就主动出击，对德军的装甲停车场进行了偷袭。现在，它们又一次发挥了空中优势的作用，对德军阵地进行了无情的狂轰滥炸。
8月31日早晨8点，德军在进攻后长达数小时尚未走出英军的卜雷区。这真是一片死亡之海。隆美尔的干将、德军第21装甲师指挥官冯·俾斯麦将军被一颗地雷炸死了，非洲军指挥官奈宁将军亦受重伤。
如果此时的隆美尔能悬崖勒马的话，他还能为德军挽回一线生机，然而，这位对希特勒唯命是从的将军还是百折不挠，命令德军继续向东猛冲。一个必然的结果是，德军的坦克纵队在地雷场进展缓慢，而英军的地面部队和空军却以逸待劳，其坦克已开到了指定位置，炮兵也作好了战斗准备。他们正期待着给隆美尔的德军以致命的打击，打破“沙漠之狐”不可战胜的神话。
因燃料所限，担心在松软的洼地上坦克行进耗油太多，隆美尔只得命令其装甲部队向北作左包抄运动。这样，德军就与已等待他们多时的英军第22装甲旅撞了个正着。
英军第22装甲旅旅长罗伯茨准将对这场战斗作了生动的描述：
“现在我能够通过望远镜看见敌人了。他们顺着那排直通我们阵地的电线杆上来。敌人领头的坦克开了几炮，目标可能是我们的轻装甲连队。所以我命令轻装甲连队后撤，并且撤的离我们远一些，以免把我们的阵地给暴露了。
它们开上来了，排成令人难忘的阵势……注视它们是很吓人的，就象注视一条蜷缩起来准备咬人的蛇一样。我发现了一些不寻常的东西：有几辆领头的坦克是马克——4型坦克，这种坦克过去通常装有短炮管的75毫米炮，只用来实施近距离支援和发射杀伤爆破弹，在前线是通常不使用的。但是，这些马克——4型坦克却装有炮管很长的炮，一种很不寻常的炮。这肯定就是‘情报人员’一直在谈论的长炮管的75毫米加强炮。
现在他们全都向左转弯了，面对着我们，开始慢慢地推进。看来，敌人的坦克大部分都集中C.L.Y当面和步兵旅的反坦克炮当面。（这时，在这段防御线正面集中了87辆德国坦克。）我用无线电预先通知了各部队，在敌人的坦克进入1000码距离以前不允许射击，不要多久它们就会进入这个距离了。几秒钟后，C.L.Y的坦克开火了，于是战斗打响了。
你一旦处于战斗中，你就很难判断时间。似乎只过了几分钟，C.L.Y的所有“格伦特”式坦克几乎都开火了。德军新式75毫米炮的坦克给我们造成了很大伤亡。敌人的坦克停止前进了，它们也遭到了伤亡。但情况仍然严重。我们的防御阵地被打开了一个大缺口。我立即命令苏格兰龙骑兵第2团，要他们尽快离开他们的防御阵地来堵住这个缺口。这时，敌人的坦克又开始慢慢前进，已经开到了离步兵旅的反坦克炮很近的地方。当德军坦克进入几百码距离以内时，反坦克炮还保持沉默，接着突然开火，敌人遭到重大伤亡。但由于寡不敌众，一些反坦克炮被敌人碾烂了。
我请求炮兵紧急支援，炮兵立刻就向敌人坦克开炮。由于炮兵的威力，加上敌人已遭受伤亡，进攻被挡住了。但是苏格兰龙骑兵第2团现在在哪里呢？‘快上来，龙骑兵，’我通过无线电喊道。‘把你们的鞭子挥起来。’但一时没有看到他们越过山脊奔驰而来的任何迹象，而到天黑至少还有半个小时。
这时一部分敌人已经开始向我们的左翼迂回，英军第5皇家坦克团已投入了战斗……
敌人又在中央开始慢慢前进。炮兵是我军用以阻止敌人前进的惟一兵器，于是所有大炮就对准敌人轰击，敌人又被挡住了。接着，龙骑兵第2团越过北面的山顶开来了。虽然他们实际上并没有离开战场多久，但我却觉得这段时间很长似的。当他们在战场上出现冲下小山时，我通过无线电把当前的情况告诉了他们。他们对那个需要堵住的缺口很清楚，径直冲向那里去了。”
8月31日夜，迫于燃料短缺，隆美尔只好下令尽量避免使用坦克。这样，就给英军的全线反击提供了一个绝好的机会。皇家空军的飞机在照明弹的指引下，对完全暴露在英军面前的非洲军团进行了整整一个夜晚的狂轰滥炸。英军第13军的炮兵此刻也抖擞起精神，把炮弹准确地倾泻到德军混乱不堪的阵地之间。
第13军军长霍罗克斯将军弄清整个非洲军团都在这里“包饺子”时，果断地要求蒙哥马利允许他使用后备队第23旅。蒙哥马利立即批准了他的要求。于是，这个装备着“瓦伦丁”式坦克的装甲旅就开上来防守第22装甲旅后面的反斜面，从而建立了良好的纵深防御。