清初政治的发展虽然成就了昆曲的极大繁盛，但也埋下了昆曲走向没落的主因。我们知道，相较于明代，清代中央集权表现得更为强烈，文字狱的设立使士大夫阶层的思想受到钳制，这使他们要么迫于压力转为御用文人，为清朝的统治歌功颂德；要么远离政治，创作一些寄托个人情感的剧本，以表达个人的亡国之恨。然而，对于一般百姓来说，和平年代，关心的只是个人的命运起伏。歌功颂德的清宫大戏规模宏大，但剧本结构离奇荒诞，角色性格单一。文人的创作受制于政治的限制，往往晦涩难懂，寓意脱离百姓生活。两者都不能吸引观众，无法形成稳定的观众群以维持自身生命的运转，只能寄生于政治的躯壳之上。
就这样，从明代隆庆、万历之交开始，到清代嘉庆初年，昆剧在文人大量地参与创作、对其他剧目兼收并蓄、艺人精益求精等因素下，创造了二百三十年艺术的辉煌，产生了中国文学史上最为出色的作品，如《牡丹亭》、《长生殿》、《桃花扇》等。但随着清初政治环境的变化，对于昆曲发展极为重要的士大夫阶层开始在思想受控制的年代中生活，使昆曲创作的源泉慢慢枯竭，此时正处于极度繁盛的昆曲虽然借着皇家的支持，披着歌唱盛世的外衣，在扬州、北京、苏州、广州、江北、西北等地区呈现出了举世瞩目的演出盛况，但自康熙末年经雍正朝到乾隆年间，再也没有出现清初的苏州派剧作家群体和康熙年间的“南洪北孔”昆曲传奇的创作高潮，实际上从康熙中叶开始，传奇创作已经在走下坡路了，随后就在花部与雅部的争斗中落败。如同烟花一般，炫目的美丽之后就是沉寂，再怎样的如花美眷，也抵不过这似水流年。
“花部”指各地的地方声腔，其名称是昆曲被称为雅部后形成的。实际上，在昆曲的发展过程中，这些声腔一直存在着，如弋阳腔、秦腔等等各地方剧种。康熙年间，作为“花部”的各地方剧种有了发展的势头，这种发展到了乾隆年间特别兴旺，才构成了对昆曲的竞争态势。自清初昆曲被称为“雅部”起，“花部”诸腔已慢慢形成与昆曲的抗衡之势。“花雅之争”的过程，实际是昆曲与“花部”诸腔互相交流、吸收的过程，昆曲之失，在于它失去了独尊的地位，出现了“纯粹昆班”与“昆乱同班”并存的局面，昆曲的地位在降低，昆曲的影响在消衰。同时，“花部”诸腔之间也存在着竞争与消长的关系。
乾隆年间，“花雅之争”在扬州与北京存在着明显的较量。清代李斗在《扬州画舫录》一书中记载，乾隆南巡到扬州，“两淮盐务例蓄花雅两部以备大戏。雅部即昆山腔；花部为京腔、秦腔、弋阳腔、梆子腔、罗罗腔、二簧调，统谓之乱弹”。可以看出，花部与雅部已一并排列，虽然此时雅部只有昆曲，而花部则由河北梆子、陕西秦腔等等各地流行的戏曲组成，并称乱弹。但之后，乱弹慢慢超越昆曲，成为京剧，将昆曲吞并。
扬州的昆曲艺人基本上都是从苏州来的，那时扬州的昆班有势力很大的“七大内班”与“太平班”，而“花部”被称为“外江班”，尽管有春台、丰乐、朝元、永和等班，以及乾隆后期来的四喜班等，但势力还是难敌昆班。而在北京情况就不同了，早在乾隆九年（1744年），就有市民“所好唯秦声、罗、弋，厌听吴骚”的现象。乾隆四十九年（1784年），檀萃写《杂吟》诗云：“丝弦竞发杂敲梆，西曲二黄纷乱 。酒馆旗亭都走遍，更无人肯听昆腔。”在乾隆中后期，花部崛起，昆曲将衰，已成趋势。在北京，昆曲与京腔、秦腔，昆曲与徽班，这前后两次最有代表性的较量，就决定了作为“雅部”的昆曲的最后败局。
在北京的弋阳腔早已被称做“高腔”，后来形成京腔，乾隆年间已出现“六大名班，九门轮转”的极盛状况，与昆曲抗衡，削弱了昆曲的势力。乾隆中叶，已经强盛起来的秦腔流布全国，各地秦腔艺人集结北京，成为京腔与昆曲的强劲对手。乾隆四十四年（1779年）四川秦腔艺人魏长生入京，以《滚楼》一出，“大开蜀伶之风，歌楼一盛”，色艺俱胜京腔，京腔六大班遂无人问津，京腔艺人不得不附入秦班，一时“京、秦不分”，秦班压倒京班，成为北京最有影响的剧种，再一次动摇了昆曲在北京的地位。这时候的北京昆曲除了“纯粹昆班”外，已经有了京、秦、昆的同台演出，如宜庆、萃庆等京腔班有昆曲折子戏的演出，魏长生的秦腔永庆部也有昆旦锡龄官和李秀官。是“纯粹昆班”保和班，在乾隆末年分为文班和武班，武班已杂有许多花部剧目，多唱吹腔、拨子。
弋腔在各地皆有变种，京腔原是弋阳腔在北京的变种，所以也被统称“弋腔”。据《钦定大清会典事例》，乾隆五十年（1785年）议准禁止秦腔戏班演出，本班艺人，概令“改归昆、弋两腔”，或者“另谋生理”。后来，魏长生南下，不久回四川去了。据胡忌考，在昆、弋、秦三腔同台演出中，所谓的“乱弹腔”是一种非昆非梆、亦昆亦梆的声腔，这在清《百戏竹枝词》中被称为“昆梆”，是以筝笛伴奏的一种新声腔。它不是梆子腔，也不是昆腔，而是昆曲传统中名之为“吹腔”的声腔。在《缀白裘》中题名为“乱弹腔”的《阴送》、《挡马》，前者唱[急板乱弹腔]，后者唱[披子]（或谓[批子]）。在长期的“昆调乱弹”戏的声腔混合中，形成了乾嘉时期的吹腔系统，于是在昆曲中也就出现了吹腔或吹腔剧目。这是一个很重要的变化，当然也会影响到南方的昆曲。
事隔两年之后，徽班进京又揭开了北京“花雅之争”新的一页，竞争更为激烈。那是乾隆五十五年（1790年）皇帝八十寿辰，由高朗亭率领的第一个徽班三庆班从扬州晋京祝寿。三庆班以唱二黄调为主，兼唱昆曲、吹腔、四平调、拨子，诸腔并奏。三庆班入京，很快压倒秦腔，秦腔艺人大多投入徽班谋生，形成了徽、秦二腔合流。
继三庆班之后，又有四喜、春台、和春各徽班进京，改变了北京剧坛的面貌。这就是著名的“四大徽班进京”。“四大徽班进京”是京剧发展的第一步，也是昆曲走向没落的开始。因秦腔又名甘肃调，甘肃调一名“西皮调”，这次的“徽秦合流”在声腔上初步形成以二黄、西皮为主的诸腔同台并奏的局面。徽班中的昆曲也不在少数，如春台班能演《拾画》、《冥判》、《见娘》、《孙诈》、《惠明》、《小逼》、《扫秦》、《弹词》、《闻铃》等昆曲折子戏，而四喜班本以唱昆曲为主，清《梦华琐簿》云：“四喜曰曲子，先辈风流，饩羊尚存。”据嘉庆中期《听春新咏》，记录了徽班能演昆曲三十三出，基本上是昆班常演剧目，如《藏舟》、《刺梁》、《佳期》、《拷红》、《偷诗》、《茶叙》、《裁衣》、《戏叔》、《相约》、《讨钗》、《楼会》、《水斗》、《断桥》、《思凡》等，估计能演的还有不少。
清道光初年，北京专唱昆曲的仅“集芳”一部，不少昆曲戏已在徽班之中了。徽班在扬州待了较长时间，其中艺人籍贯为江苏的占了三分之一，也有苏州人，嘉庆以后安徽人增多。比如当时规模最大的春台班，嘉庆时江苏与安徽籍的艺人已大体相等。到道光年间，安徽籍艺人总数就已超江苏籍，后来又因为湖北楚调的融进，与徽班的二黄调相融合，湖北籍艺人也开始增加。湖北楚调与徽班二黄调的融合是京剧发展史上重要的一步，史称“徽汉合流”。“徽汉合流”再一次削弱了昆曲，使昆曲成了“花部”的附庸。到了咸丰年后，皮黄腔在北京已经兴旺发达，完全取代了昆曲的地位，结束了昆曲独尊数百年的局面。
正所谓，你方唱罢我登场，人生如戏，戏亦如人生。昆曲在走过百年的辉煌之后最终也只能是转身离去，亦如它所取代的元杂剧一般，将那片曾赋予它光荣与梦想的舞台交给京剧，数年后，京剧的命运也亦然。失去舞台的昆曲艺人们除了偶而感叹命运的不济和回忆曾经的美好之外，更多的时间是要去思考生存的问题。咸丰之后，迫于生计的压力，很多昆曲艺人只能搭入徽班进行演出，或者依附于个别对昆曲有着浓厚兴趣的权贵。如同治十二年（1873年）恭亲王奕因为酷爱昆曲，就出资命昆旦杜步云成立全福昆腔科班，俗称“小学堂”。后来成为京剧先辈的钱金福、陈德霖等就是由该班启蒙的。可是一年后，同治死，全国停止任何娱乐演出，“小学堂”也就散了。同治年间，仍留在京的徽班的演出也不如乾隆末年，每场演出也不过带一两出昆曲。“雏伶昆剧，唯四喜最多，三庆次之”，四喜班有汪桂林、王桂官、赵桂云、薛桂芝等，三庆班有陈桂亭、乔蕙兰、沈芷秋等。而声誉卓著的艺人却是“昆乱兼擅”的名伶，如著名的“同光十三绝”，其中大多昆乱俱精，身怀绝技。如徐小香，是小生全才，擅昆小生戏极多；梅巧玲，是旦角全才；时小福，擅演昆正旦，人称“第一青衣”；朱莲芬，人称“第一昆旦”；余紫云、程长庚也是昆乱全才；尤其是杨鸣玉，即昆丑杨三，在北京极为著名，演昆丑“五毒戏”，无不精妙绝伦。光绪以后，南方昆曲艺人北上已经大为减少，留京的昆曲艺人不是改唱二黄，就是渐渐老去。据清《菊台集秀录》著录艺人八十二人，其中唱昆曲的仅十四人，兼擅的也只有六人。光绪二十四年（1898年）以后的《新刊菊台集秀录》著录艺人一百零八人，昆乱兼擅的仅有七人，著名的有陈德霖、时小福、章铭坡。章铭坡，就是苏州大雅昆班后期的著名六旦“小金虎”，北上搭秦腔玉成班。据冯小隐《顾曲随笔》，庚子年（1900年）以前，小金虎是玉成班的昆旦，其演《刺虎》、《思凡》、《下山》、《荡湖船》，皆名著一时。庚子以后，小金虎离京南下，北京的昆曲大为逊色。