一是提出经验主义是主观主义的一种表现形态。王稼祥在9月11日的发言中说过，实际工作经验多的人，不易做教条主义者，而容易成为狭隘经验主义者。任弼时在9月12日的发言中检讨了到中央苏区后毫无军事知识，却不尊重毛主席的意见而指挥打仗的事。他说：在赣南会议上，毛主席反对本来主义(书本子主义)即是反对教条主义，我们当时把毛主席的思想当做狭隘经验论加以反对是错误的。任弼时检讨说，从党的20年来的历史看，作为主观主义的思想统治，其中有些是经验的主观主义。做过许多实际工作的狭隘经验者，便是狭隘经验的主观主义。9月12日会议以后休会近3个星期，在9月29日会议上，张闻天在检讨主观主义错误时对狭隘经验主义的问题从理论上作了些分析，第一次明确指出：教条主义常与经验主义结合而互相为用，教条主义无经验主义者不能统治全党，经验主义者常作教条主义者的俘虏。经验主义者也是一种主观主义，故能与教条主义者合作，只有理论与实际一致才能克服教条主义与经验主义的错误。后来毛泽东在《整顿党的作风》中讲主观主义的两种形态吸收了张闻天的观点。教条主义与经验主义关系的思想也写进了后来的《关于若干历史问题的决议》中。
二是指出刘少奇是白区工作正确路线的代表。陈云在9月11日的发言中说，过去10年白区工作中的主观主义，在刘少奇、刘晓到白区工作后才开始改变。刘少奇批评过立三路线在白区的工作路线是错误的，现在检查起来，他是代表了过去10年来的白区工作的正确路线。据此，陈云提出，有些干部位置摆得不适当，要正位，如刘少奇将来的地位要提高。第二天，任弼时说：主观主义在认识论上是唯心论，在政治上的具体表现就是“左”或右的机会主义。我党的毛主席、刘少奇同志能根据实际情形来工作，所以犯主观主义少些。康生在29日的发言中检讨了在白区工作时政策上与刘少奇的分歧，承认今天看起来是少奇的对。他当时反对少奇，一是由于自己的主观，二是听国际说少奇是机会主义，三是受了1931年12月的中央告同志书的影响，把少奇完全看成机会主义者。主观主义的错误路线把白区工作弄光了。如果那时中央是刘少奇负责，情况将是另一样。九月会议上陈云等人对刘少奇在白区工作的评价，后来也成为历史决议的一个重要内容。
在九月会议上，发言者对1932年至1935年间的中央路线的认识趋于一致，都承认是路线错误，但是涉及到评价六届四中全会，中央领导层的认识差距则较大。除王明肯定四中全会的路线是正确的外，还有一些同志认为四中全全决议基本正确。比较多的发言是没有完全否定四中全会，但持明显批评态度。有的说，四中全会时的中央主要负责人，多数是从莫斯科回来的，用马列主义的金字招牌压服实际工作者。有的说，四中全会的中央是书生式的领导。有的则说：四中全会虽然反对了立三路线，克服了某些明显的“左”倾错误，但从根本上说尚未克服，以致使白区工作完全垮台。有的还认为，四中全会反对立三路线在党的历史上有其意义，如停止了暴动方针，恢复了中共与共产国际的正常关系等，都是正确方面；但有些问题没有解决，特别是在思想上以主观主义、教条主义反对另一种主观主义、教条主义，造成以后既反立三路线，又与立三路线合作的基础。对这个问题，在会上是各谈各的，没有统一思想。只是在经过两年以后，到了1943年的九月会议才解决了对这个问题的认识。
在九月会议上，王明的表现使与会者普遍感到不快。尽管他发言两次，但未作丝毫的自我批评。他表示同意毛泽东的报告，承认1932年-1935年的错误是路线错误，但是强调四中全会的路线是正确的，他对博、张在中央苏区的政策和做法是不同意的；还说博古是苏维埃运动后期最主要的错误负责者，与他没有关系。他还抓住李维汉的一句话(在检查和认识了错误之后感到“轻松愉快”)作文章，说“轻松愉快”就会检讨“不诚恳”、“不彻底”、想“马虎过去”，“这是不能改正错误的”云云。谁都听得出，这是恣意歪曲，节外生枝。他在发言中谈论了到会的与未到会的、担任中央领导的与未任中央领导的、活着的与去世的约20人的这样那样的“错误”，唯独未说他自己有什么政治性错误。这无疑是在转移目标，把水搅浑来保护自己。
3、同王明的争论
基于王明的恶劣态度，为了对他进行帮助，10月7日，毛泽东偕同王稼祥、任弼时找王明谈话。没想到王明不仅拒不认错，反而批评中央的方针政策。他说：我党已处于孤立，与日蒋两面战争，无同盟者，国共对立。原因何在？党的方针太左，新民主主义论太左。新民主主义是将来实行的，现在不行，吓着了蒋介石。他主张反帝、反封和搞社会主义是三个阶段，目前只能反帝，对日一面战争，避免同蒋磨擦；我们与蒋的关系应当是大同小异，以国民党为主，我党跟从之。他认为，我党的黄金时代是抗战之初的武汉时期，1937年12月会议前和1938年10月六届六中全会以后这两头的政策皆是错误的。他建议中央发表声明不实行新民主主义，与蒋介石设法妥协。最后表示决心与中央争论到底，到共产国际去打官司。
10月8日，召开中央书记处工作会议。毛泽东同王明、任弼时、王稼祥、张闻天、康生、陈云、凯丰等参加了会议。李富春、王首道和胡乔木列席会议。王明重申了他与毛泽东等人谈话的一些看法，有些观点讲得更加明确。他说：我们党与国民党发展关系是必要的，也是可能的。我们有些地方政策过左，妨碍统一战线。毛着《新民主主义论》说中国革命要完成反帝反封建，我认为，目前统一战线时期，国共双方都要避免两面战争，要把反帝反封建加以区别，含混并举是不妥的。新民主主义只是我们的奋斗目标，今天主要是共同打日本，还不希望国民党实行彻底的民主共和国。这个问题要向蒋声明，向国民党说清楚。王明还继续为武汉时期的错误辩解，认为他总的路线是对的，只是个别问题有错误，这些错误也只是在客观上形成的，有的也是别人负责造成的。王明的发言当即受到与会同志的批评。毛泽东发言介绍了7日晚上谈话的情况，批评了王明的错误。
毛泽东说：最近我和王明同志谈过，但还没有谈通，现在又提出对目前时局的原则问题。王明认为我们过去的方针是错误的，认为我们太左了，只是让步是弄不好的。谈到武汉时期的问题时，毛泽东说：王明同志在武汉时期的许多错误，我们是等待了他许久，等待他慢慢的了解。直到现在还没有向共产国际报告过。前几天与他谈话指出了武汉时期有这样几个错误：(一)对形势估计，主要表现是过于乐观；(二)对处理国共关系，没坚持独立性与斗争性；(三)军事战略，助长了反对洛川会议的独立自主的山地游击战的方针；(四)在组织上，长江局与中央关系是不正常的，常用个人名义打电报给中央与前总，有些是带指示性的电报；不得中央同意，用中央名义发表了许多文件。这些都是极不对的。现在王明同志谈了他的看法，大家可以讨论。鉴于王明提出的政治问题关系重大，在会议结束时，毛泽东提出，准备在政治局会议上开展讨论。他说：王明提议检查中央政治路线，我们要提前讨论一次。关于苏维埃运动后期错误问题，停止讨论。希望王明对六中全会以前即武汉时期的错误和对目前政治问题的意见，在政治局会议上说明。
书记处会议结束后，领导同志们筹备三天，拟定12日召开政治局会议。毛泽东准备了较为详细的讲话大纲，介绍7日谈话和8日会议情况，逐项批驳王明的观点，对前些天指出的王明四个方面的错误作了进一步展开。“大纲”认为王明的首要错误是统一战线中的迁就倾向，不分左中右，只分抗日不抗日，“一切经过统一战线”，全无列宁主义原则；否认政治上我党有提高国民党的任务，民主、民生要求不提了，没有了开放民众运动的任务；认为国民党一切都好，要求立即加入政府，全无阶级警惕性，全然忽视它们反共；放弃了阶级立场，只有一个民族立场，混同于国民党，一切迁就国民党，离开共产主义者的原则。这种倾向，说好一点，没有清醒头脑，被民族浪潮冲昏了；说坏一点，实际上是资产阶级思想在无产阶级队伍中的反映，是陈独秀主义、孟什维克主义、张国焘主义。这是严重的原则性问题。(这些重点号是毛泽东自己加的)。
毛泽东认为，王明的其他错误是：在中日战争问题上，不作具体分析，有盲目乐观偏向；军事问题上，只是空谈五个统一与七个统一，以对抗“独立自主的游击战争”，对中央关于发展长江流域游击战争的意见置之不理；在处理党内关系上，坚持要到武汉去，使武汉长江局成为实际上的中央，反对延安用书记处名义，对延安、华北下命令，不印《论持久战》小册子，开六中全会不肯回来，到了西安还想回武汉去，形成“独立自主局面”。“大纲”也指出了王明还有一些“对的地方”，还指出他犯错误的原因是主观主义(唯心形式)宗派主义(个人主义)，这两个病根如不拔去，将来是很危险的。他希望王明把他的意见在政治局会议上加以说明。
但是，王明逃避会议，到10月12日他突然声称有病，不能参加政治局会议。这样，原定的会议未开成，毛泽东准备的“大纲”没能讲。自此以后，王明一直借口有病，长期不参加中央整风会议。10月13日，毛泽东在中共书记处工作会议上宣布，因为王明生病，政治局会议停止讨论。关于有在武汉时期工作中的错误，依照10月8日书记处工作会议提出的“在武汉时期政治上组织上都有原则的错误，但不是路线的错误”作为定论。
1941年9月的政治局扩大会议，尽管遇到了王明的干扰，但是同1940年底政治局讨论党的历史的那次会议相比，这次会议检讨了历史上和延安工作中的主观主义和宗派主义，初步统一了中央领导层对必须反对主观主义和宗派主义这个根本问题的认识，为下一步整风提供了前提条件。毛泽东曾这样评价：“九月会议是关键，否则我是不敢到党校去报告整风的，我的《农村调查》等书也不能出版”，“整风也整不成”。同时，这次会议还确立了在高级干部中开展整风的组织形式。
九月会议后，毛泽东集中力量领导高级干部的整风学习，他认为“犯思想病最顽固”的是高级干部，“将多数高级及中级干部的思想打通，又能保存党与军的骨干。那我们就算是胜利了。”8月29日的中央书记处工作会议就议定成立思想方法学习小组，以毛泽东为组长，准备编辑马、恩、列、斯反主观主义、形式主义的言论。9月10日，毛泽东讲话建议，思想方法小组除研究马克思主义思想方法外，还要研究“六大”以来的中央文件，提议王稼祥为副组长。
9月26日，中共中央发出经毛泽东修改审定的《关于高级学习组的决定》指出成立高级学习组是“为提高党内高级干部的理论水平”，“以理论与实践统一为方法，第一期半年，研究马恩列斯的思想方法与我党二十年历史两个题目，然后再研究马恩列斯与中国革命的其他问题，以达克服错误思想(主观主义及形式主义)，发展革命理论的目的。”通知规定高级组的设置在军队是到师、军区或纵队一级，在地方是到区党委或省委一级，延安及各地高级学习组统归中央学习组管理和指导，中央学习组即思想方法学习研究组，以中央委员为范围，毛泽东任组长，王稼祥任副组长。
毛泽东修改的关于建立高级学习组的决定。由于参加高级学习组成员的革命经历和文化水平很不一样，11月25日，中共中央又发出《关于高级学习组织条例的规定》，建议各地根据高级组成员的实际情况，把高级学习组组员分成政治组与理论组(延安高级组也如此，10月份扩大到250人，有130多人参加政治组)，前者以研究实践为主，后者以研究思想方法为主。各地在接到中央通知后，即开始积极筹备。譬如，重庆南方局很快建立了以周恩来为组长、董必武为副组长，包括25人的重庆高级学习组，向延安索取材料展开整风学习。
毛泽东十分重视各地高级学习组的活动。在9月政治局扩大会议后，他将很大一部分精力放在对其进行安排和指导上。在他看来，认真教育延安高级学习组的300名干部，是政治局和中宣部的责任，各地举办高级学习组是搞好整风“极重要的关键”。他以“毛、王”名义起草了许多电报指示，及时指定材料，总结经验，解答问题。他一再强调，学习要“以理论联系实际为目的”；学习的内容在实际方面首先阅读六大以来的文件，研究六大以来的政治实践，在理论方面着重研究思想方法论和列宁主义的政治理论。他还亲自开拟了这两方面的书目文件，指导编选了《马恩列斯思想方法论》和《六大以来》等学习文献。对于中央学习组，他强调重点放在中共党史的学习，要求将六大以来的83个文件通读一遍，进一步明确对过去路线的认识。
1942年3月30日，他在中央学习组作了《如何研究中共党史》的报告，不仅阐释了党的历史发展的几个阶段，而且分析了中国近百年来的历史发展总状况；提出研究历史要采用“古今中外法”，所谓“古今”就是历史的发展，所谓“中外”就是中国和外国，就是己方和彼方。因此“古今中外法”即全面的历史的方法，研究中共党史要以中国做中心，“坐在中国的身上研究世界的东西”，不要“机械地生吞活剥地把外国的东西搬到中国来，不研究中国的特点”，应当“把马、恩、列、斯的方法用到中国来，在中国创造出一些新东西”。他还指出：研究党史上的错误，不应该拘泥于个别细节，不应该只恨几个人，如果只恨几个人，那就是把历史看成是少数人创造的。重点是研究路线和政策，“找出历史事件的实质和它的客观原因”，从而使前车之覆成为后车之鉴。在毛泽东的直接领导和布置下，从1941年冬季开始，全国各地党的高级干部的整风学习普遍开展起来，为全党范围开展整风运动准备了条件。