2005年8月，王湛生领导完成了百度的纳斯达克上市工作，他任职期间百度业务增长数十倍，IPO当天公司市值达到40亿美金，百度也成为首家进入纳斯达克百强成分股的中国公司。
2007年12月27日，百度股价上涨9.53美元，涨幅为2.38%，首次突破400美元。而这一天，在海南三亚休假的王湛生潜水时意外溺亡，时年40岁。噩耗传来，整个公司都陷入了无比悲痛之中。作为为百度立下汗马功劳的老员工，王湛生的个人能力是有口皆碑的，在公司也拥有着很高的地位，他的离去不能不说是公司的重大损失，以至于事情过去了很久，在被问及“创业8年多以来，你最大的遗憾是什么”这个问题时，李彦宏不假思索地回答：“王湛生的突然去世。”
高管缺位，李彦宏独撑大局
上市后，无论影响力还是资金实力等各方面，百度都与创业初期以及上市前不可同日而语。百度不仅在国内成为家喻户晓的搜索引擎公司，在美国纳斯达克，也成为一颗耀眼闪亮的新星。
然而，在风光无限的背后，却是令人莫名的伤感。百度上市之后，梁冬出版了一本名为《相信中国·寻找百度》的记录李彦宏和百度成长的传记。传记封面上的人物是创百度上市神话的“五驾马车”：李彦宏、刘建国、王湛生、朱洪波、梁冬。到年年底，这本传记封面上的5个公司高管只剩下李彦宏一人。这5个公司高管中，首席技术官刘建国于2006年2月第一个离开百度。
2007年3月，梁冬辞职，6月，公司首席运营官朱洪波辞职。
2007年12月，百度首席财务官王湛生在海南度假时意外去世。这一年，百度高管严重缺位，李彦宏一人独撑大局。
高管团队接连发生变动后，李彦宏一开始感到很不理解，从感情上也很难接受。在网上，有位知名记者写下了这样一段文字：
“李彦宏有些伤感，他想起了徐勇、刘建国以及离开百度的其他员工。他一会儿想得开，一会儿想不开。‘他们都有了钱，钱对他们已经不重要了，他们当然可能有更多的选择……’‘要是还能在一起干该有多好。’‘毕竟人各有志，人家做那么长时间，做了应该做的，走也是合理的。’”
李彦宏很快又发现，其他互联网公司，甚至是其他行业的公司，在快速发展的过程中，基本上都是这样，有的公司高管甚至接二连三地更换。也许这是高速发展的公司的共性。公司需要与时俱进，需要抓住机会快速发展，而在中国这样一个快速变化的市场里，在不同阶段，需要不同的高管团队组合才能做得更好，才能够发展得更健康。后来他也就接受了这个事实。不过，高管的离职，客观上使百度又有了重新挑选高管团队人选的机会。
上市后，百度的选择范围比以前大了很多，能够在全球范围内选择高管团队。
李彦宏选择高管人才有自己的标准。他认为判断力和试错力是人的重要能力。判断力是不仅能就所负责领域的各种问题做出准确的判断，而且能够做出正确的决策。而一个人能够判断的领域越广，就越有前途。试错力就是一个人是否敢于对自己所判断的事情付诸于实践，并且用有效的手段推进其达到想象中的结果。
除了判断力和试错力，李彦宏认为品德、激情、管理技巧和相关经验，都是优秀的人才不可或缺的。李彦宏正是用这样的标准组建百度高水平的管理团队。
为了寻找业内顶尖人物，李彦宏大概有1/3时间在找人。找到最优秀的人是不容易的，李彦宏宁愿让有些重要岗位空置着，也不愿降低标准。随着第一代高管的离任，空置近两年后，才找到了新的继任者。
2008年3月21日，通用前高管李昕晢出任百度CFO；4月2日，前苹果公司中国区总经理叶朋出任百度COO；10月6日，前华为副总裁李一男出任CTO，百度的第二代高管团队首次齐备了。
李昕晢1990年毕业于清华大学，1994年获英属哥伦比亚大学工商管理硕士学位，同年加入美国通用汽车公司任财务经理、司库、财务总监。
2004年担任中国通用汽车的首席财务官。李昕晢在财务领域有13年的工作经验，工作地点遍布中国、新加坡、美国和加拿大等世界各国，对中国市场投资和财务分析有深度的理解。尽管她对互联网并不精通，但她可以在短短一个月里对百度的故事了如指掌，能够同投资者进行有效的沟通，对媒体的“围攻”也能对答如流。这让李彦宏多少减轻了些痛失前CFO王湛生的痛楚。
叶朋本科毕业于南京邮电大学，在中国国防科技大学获得工学硕士学位，在英国阿尔斯特大学获信息及软件工程专业博士学位，并在中欧国际工商学院获高级工商管理硕士学位。加入百度之前，叶朋曾担任苹果公司的中国区总经理，负责苹果公司在中国所有运营相关事务。更早之前，叶朋担任过摩托罗拉个人事业部副总经理等职，在摩托罗拉公司，他曾带领销售团队，将摩托罗拉手机的市场占有率提高到了比较大的份额。李彦宏选择叶朋作为百度的COO，一是看重他的海外工作背景；二是看中他的工科背景；三是看中他的销售背景。种种因素结合在一起，使他成为百度COO的最佳选择。
李一男，华中理工大学少年班毕业，1992年，研究生第二年的时候在华为实习。在华为工作期间，两天时间升任为工程师、半个月升任主任工程师、半年升任中央研究部副总经理、两年被提拔为总工程师/中央研究部总裁、27岁时坐上了华为公司的副总裁宝座。李一男在华为管理过5000人的研发团队，具有领导数千人研发团队的经验。尽管李一男没有互联网从业经历，但李彦宏看中李一男的技术研发能力，他认为李一男具有管理好百度日益庞大的技术团队的能力。百度这个空置了两年的CTO职位，李彦宏曾想过其他人选，但最终还是选定了李一男。
新一任百度高管团队
2008年11月15日和16日，《新闻30分》连续两天报道了有人借百度的竞价排名散布一些不实的消息导致消费者上当受骗的消息，这是李彦宏遭到创业以来最大的一场信任危机。
当时正在出差的李彦宏接到同事的电话后，赶紧上网查看这条新闻，并指示COO叶朋，先将医疗方面的客户信息全部下线，逐一审核后，没有问题的再上线。
竞价风波未平，百度又被中国互联网违法和不良信息举报中心公告“涉黄”。2008年12月，百度与硅谷动力等网站因涉嫌传播低俗内容被“点名批评”。
然而，一波未平，一波又起。
2010年1月12日上午7时开始，百度遭到史无前例的黑客攻击，长时间无法正常访问。这是自百度创建以来，所遭遇的持续时间最长、影响最严重的黑客攻击。
1月18日，百度正式宣布，李一男因个人原因提出辞职，即日起不再担任首席技术官的职务。李一男离职被认为与此次黑屏事故有关。李一男离开百度后出任中国移动旗下12580平台“无限讯奇”的CEO。有意思的是，2010年1月6日，原12580总裁兼COO龚宇出任百度新建视频公司的CEO。
就在李一男辞职的10天前，即1月10日，百度COO叶朋离任。至此，李彦宏创下了中国互联网史上的史无前例：百度上市5年内，高管团队两度君臣离散。
叶朋离职后的第二天，百度宣布商业产品高级总监王湛晋升为公司副总裁，商业运营副总裁沈皓瑜晋升为高级副总裁。
王湛1999年毕业于北京大学，是李彦宏的校友。
2000年7月加入百度，可以算是百度元老级人物。他积极推进竞价排名商业模式在技术上的完善和创新，并成功实现凤巢系统上线。
沈皓瑜曾为全球最大的信用卡公司-美国运通公司个人卡发行部副总裁。
2007年6月加入百度，曾领导搜索推广专业版凤巢系统上线并完成全面切换。但根据百度发布的最新消息，沈皓瑜已于2011年7月离开百度。沈皓瑜离职后，百度宣布对销售、商业运营、用户产品与技术、商业产品与技术四大业务体系进行整合，尝试高管轮岗制。
具体调整如下：销售体系由副总裁王湛负责；商业运营体系由副总裁向海龙负责；用户产品与技术体系由副总裁王梦秋负责；商业产品与技术体系由副总裁王劲负责。
向海龙2001年创建上海企浪网络科技有限公司并担任总经理，2002年上海企浪成为竞价排名上海地区总代理。
2005年2月，百度收购上海企浪，向海龙和原企浪团队正式加入百度。
2007年1月向海龙兼任北京分公司总经理，4月出任百度公司销售副总裁。
王梦秋1997年7月毕业于北京大学计算机系，2001年毕业于美国加州大学洛杉矶分校(UCLA)计算机系，获硕士学位。曾在美国加州ABAQOS通信公司担任软件工程师，2002年11月，受邀回国加盟百度，2011年1月，晋升为百度副总裁。
王劲是Google中国工程研究院（原Google大中华区的团队）原副院长。
2010年4月15日加盟百度，出任技术副总裁一职。王劲是Google撤离中国内地市场之后，第一位投奔竞争对手的高管。王劲的加盟在一定程度上弥补了李一男离职之后的管理真空。
构成百度现任高管团队的还有2008年12月30日正式签约百度，成为继梁冬以后的百度市场与公关高级总监兼公司新闻发言人的朱光，以及百度的首席科学家威廉·张。
朱光毕业于西安交通大学，1998年加入联想集团，在联想工作的十年里，他为联想品牌形象的建设不断探索创新。
年，联想品牌标识由Legend向Lenovo的成功切换，就是朱光带领小组完成的。朱光为联想的品牌传播立下了汗马功劳。他带领的联想公关团队曾经连续两年被香港的权威机构评为全亚洲最佳公关团队第一名。他制定联想品牌策略，为联想品牌国际化打下了基础。朱光的前任梁冬曾着有宣传百度及其创始人李彦宏的传记《相信中国·寻找百度》，朱光在此职位上着有相同性质的书籍《壹百度》《壹百度2》。朱光主要负责公司品牌建设、媒体公关、内部沟通及产品推广工作。
威廉·张是李彦宏在美国工作时的老板加导师。当时，威廉·张把在华尔街工作的李彦宏挖到硅谷的Infoseek公司，使李彦宏开始涉足互联网行业。
1999年Infoseek公司被迪斯尼收购后，李彦宏便回国创业，威廉·张继续留在公司工作。
2001年夏天，威廉·张创建了Affini公司。
2006年10月，当百度上市，并且已经成为全球最大的中文搜索引擎后，李彦宏给威廉·张打了个越洋电话，威廉·张给李彦宏出主意说，目前对于百度而言，最重要的是每年能够吸引并培养数百个一流的工程师，而且不是单单招他们来埋头做事，更要给予他们空间，充分发挥他们的潜力，让他们成长为一流的人才。如果百度能够确实做到以上所说，其余的就算不上是问题；如果做不到，那么说什么都是徒劳。几天之后，李彦宏再一次拨通威廉的电话，盛邀威廉·张加盟百度以帮助解决百度长足发展的后劲即人才积累的问题。考虑再三后，威廉·张决定接受李彦宏的邀请。
2006年12月6日，百度正式宣布，任命威廉·张出任公司首席科学家，从2007年1月开始生效。此时，距离威廉·张与李彦宏第一次见面已经10年之久。
10年前，他们并肩开拓一个行业；10年后，他们重新站在了一起。