道武帝好读佛经，特别注意礼敬僧人。僧人法果为了弘扬佛法，大谈道武帝乃当世如来，要沙门向道武帝行大礼。道武帝大喜，让法果担任沙门统，掌管天下僧人。过去，沙门不向皇帝行大礼，法果说，道武皇帝乃当今如来，沙门礼敬他，乃是礼敬如来。这是一种既坚持原则又具有灵活性的让步，为佛教继续发展开辟了道路。
北魏道武帝下诏在京城建寺修塔，使佛教信徒和出家僧人有了活动和居住的场所。
北魏道武帝死后，其子拓跋嗣继位，为北魏明元帝。明元帝继承父亲遗志，崇黄老，敬佛法，不仅广建佛寺和佛塔，还要求沙门帮助他引导民俗，以佛教作为统治工具。对于高僧法果，明元帝更是优礼有加，多次下诏授法果为辅国宜城子、忠信侯、安成公等爵号。这是中国历史上由封建皇帝加封僧人爵号之始。
北魏道武、明元二帝对佛教的尊崇，使北方佛教势力大增。
424年，北魏太武帝拓跋焘继位后，经常与高僧谈佛论法，并于四月八日佛诞日用车载佛像游行，自己则亲登门楼散花致敬。
北魏占领了广大地区，为了巩固统治，必须要有足够的人服兵役、徭役和缴纳租税。而沙门免兵役、徭役和租税，严重影响了国家的兵源和财力。因此，北魏太武帝于太延四年（438年）让沙门五十岁以下者还俗。
太武帝注重儒学，崇信道教，想用中原地区先进的文化传统和政治制度巩固政权，争取汉人的支持。道士寇谦之通过太武帝宠臣崔浩将有关道书上献朝廷，说太武帝是太平真君转世，应登坛受符，使天下进入太平盛世。太武帝大喜，改年号为“太平真君”，并亲登道坛受符。在寇谦之等人的煽动下，太武帝开始排斥佛教了。
太平真君六年（445年），卢水胡人盖吴在陕西率众起义，陕、甘地区的汉、胡人民纷纷响应。次年，北魏太武帝御驾亲征，进驻长安。一天，太武帝发现长安一座佛寺里藏有兵器，又在该寺中发现了大量的酿酒器具及富人寄存的许多财物，该寺地下还藏匿许多美女。太武帝大怒，在崔浩的建议下，下令诛杀沙门，焚毁佛像。佛教沙门无论少长，全部坑杀，绝不留情。这样，北魏境内再也见不到沙门的影子了。
北魏太武帝此次灭佛，是佛教传入中国后所遭受的首次灭顶之灾。
北魏正平二年（452年）太武帝被太监所杀，其子即位后又被太监所杀。其孙文成帝拓跋浚即位后，下诏恢复佛教。他在复兴佛法诏书中赞扬佛教助王政、益仁智、斥邪僻、开正觉，并把太武帝灭佛之举说成是各级官吏错误理解皇帝圣旨所致。
文成帝命令各州郡县广建佛寺，允许百姓出家，出家人数规定大州五十人，小州四十人。
文成帝在恢复佛法的同时，还为佛教的发展提供了经济来源。他于和平初年（460年—465年）任命高僧昙曜为沙门统，主管全国佛教事务。昙曜奏请文成帝，允许那些被掳来从事耕地的民户每年向朝廷管辖僧寺的机构上缴六十斛粟，供作僧曹费用，文成帝准奏。
昙曜在任沙门统期间，在平城主持开凿了五所石窟，每个石窟中雕造一座佛像，高的七十尺，低的六十尺。这是大同云岗石窟营造之始。
北魏文成帝死后，献文帝、孝文帝、宣武帝、孝明帝等人都信佛。他们大建佛寺，举行法会，营造石窟。北魏末年，境内计有僧尼二百万人，佛寺三万余所。北魏佛教虽遭到太武帝的禁毁，但恢复速度之快出乎人们的意料，说明佛教已经具备了扎实的社会基础。
北周武帝时，北周境内有佛寺一万多所，和尚、尼姑二百多万人。这些人不劳而食，还享受不纳税、不服徭役的特权，成了社会的寄生虫。掌管寺院的和尚成了大地主，许多农民受不了苛捐杂税的盘剥，往往带着土地投靠佛寺，受着寺院的残酷剥削。
北周武帝的父亲宇文泰和两个哥哥都是佛教信徒，他本人因受家庭影响，小时候也信佛。
北周武帝即位后，关中大旱，出家后还俗的卫元嵩上书周武帝，提出灭佛的主张。他说：“唐尧虞舜时，没有佛教和寺庙，国家很太平，被称为太平盛世；而南朝的齐、梁两朝寺庙很多，却很快就亡了国，这是值得引以为戒的。陛下要想使国家强盛起来，对那些拥有巨额财富的和尚不能和穷人一样看待。穷人交纳赋税，可以不服兵役；那些有钱的和尚必须向国家交纳赋税，服兵役，不服兵役就要增交免役费。这符合佛教的平等思想。周武帝看了卫元嵩的信，高兴地说：“卫元嵩说得好，正合朕意。”于是，他采纳了卫元嵩的建议，叫各地寺院除了留足自己吃的粮食以外，多余的都要拿出来赈灾。
不料，有钱有势的僧侣地主不肯把粮食拿出来救灾，反倒乘机放高利贷，兼并土地，大发横财。
周武帝见和尚横行不法，便下令禁佛，没收关、陇、梁、益、荆、襄等州僧侣地主的土地和寺院财产，充作军费；销毁铜佛像和铜钟、铜磬等，用以铸造铜钱和武器。将近百万的僧侣和受寺院剥削的农户编为均田户，去开荒种地。将那些适龄的征去当兵，扩充军队。
周武帝宣布灭佛，有的和尚威胁他说：“禁佛是要下地狱的。”周武帝坚定地说：“只要百姓得到快乐，我愿受地狱之苦。”周武帝灭佛，打击了僧侣地主，使国家增加了物质财富，发展了生产，相对地减轻了人民的负担，为消灭北齐、统一中原创造了条件。
周武帝灭佛，一些虔诚的僧人或混迹民间，或逃往山林，或渡江南逃。北僧南逃在客观上促进了南北朝佛教的交流。
晋室南渡后，魏晋玄学的余波波及江南，人们皆喜谈玄论道。在这种文化背景下，佛教在南朝的发展显示出注重理的特征。南朝佛教注重理论的发挥，因而和中国传统思想文化发生了冲突。围绕华夷、因果、形神等问题，佛教与中国传统思想文化展开了争论。东晋恭帝元熙二年（420年），晋王朝被其大将刘裕所取代。刘裕称帝，国号为宋，史称刘宋。在不足二百年的时间内，宋、齐、梁、陈四朝迭相更替，与北魏南北对立，史称南北朝。南朝社会很不稳定，佛教却在南朝得到了较大的发展。
刘裕代晋前，常与僧人交游。有个名叫法称的和尚曾到处散布说：“嵩神告诉我说刘将军乃汉家苗裔，当受天命而君临天下。”这是刘裕借和尚之口为自己篡位制造舆论。刘裕称帝后，特别礼遇僧人，特别尊崇佛教。
刘裕死后，其子刘义隆继位，史称文帝。文帝极重文教，设立四学，一为儒学，命雷次宗主持；一为玄学，命何尚之主持；一为史学，命何承天主持；一为文学，命谢元主持。这四学中虽无佛学，却内含佛学。刘义隆将佛教义学附于玄学，佛教所论的因果、形神、顿悟、渐悟等问题均为玄学的理论主题。这就在客观上给佛教以一定的地位，使佛学的理论得到了发展和普及。
刘宋文帝对大臣说：“我不敢反佛，这是因为一些贤达之士都信佛，他们关于佛学的一些议论和文章充分说明佛教极有利于王化。如果普天之下的人都信佛，那朕就可以坐享太平了。在刘宋文帝的倡导下，晋宋之际名士谢灵运作《佛影铭》《佛赞》《辨宗论》等，称颂佛法高深。他在《辨宗论》中，大力宣扬了佛教的顿悟学说。
原来，佛教传入中国后，基本上主张人们必须经过长期的修习才能悟道。南北朝时，僧人竺道生提出无须长期修习，一旦把握了佛教的真谛，即可突然觉悟。这种觉悟被称为顿悟，而以前那种悟道被称为渐悟。刘宋文帝时，道生的顿悟说刚提出不久佛学界许多人持反对意见。谢灵运乘文帝广开言路之机，大力宣传顿悟说，实际上是要求佛教建立更为世俗化的方便快捷的修行法门。如按渐悟说，须经长期修习才能觉悟，是士人所不容易接受的；若不须经长期修习即可把握真谛，即可觉悟，这是士人所企盼的。谢灵运宣传顿悟是适合中国传统思想文化背景而提出的佛教进一步中国化的妙招。
何承天为四学之一史学的主持人，曾著《达性论》反对佛教的众生论和轮回说。
何承天认为佛说一切有情，包括动物、植物在内称为众生是荒谬的，天地之间以人为贵，不能和动物、植物相提并论。
佛教主张因果业报，大讲六道轮回，人之善恶决定了人要在天、人、阿修罗（魔鬼）、地狱、饿鬼、畜牲六道中轮回。何承天认为这种说教是荒谬绝伦的，凡人有生必有死，人死则神散，和自然界的春荣秋枯一样，哪会有什么六道轮回呢？
何承天的观点在当时颇为新颖，曾引起震动。针对何承天的观点，颜延之著《释达性论》进行反驳。他说佛教所谓众生是庶类的总号，因此人类之外当有众生。另外，人在气数之内无不感应，因果施报之道无有不应，因此此生之外当有来生，应再受形，此为轮回。
何、颜二人的争论最后由刘宋文帝裁定。刘宋文帝认为《达性论》阐明了儒家之教，不失为得力之作；而《释达性论》阐明佛法，尤为至理。宋文帝虽对二者采取了模棱两可的态度，但作为封建帝王，能够广开言路，使思想界十分活跃，确属难能可贵。
沙门慧琳著有《白黑论》，认为儒、释二教殊途同归。佛教界认为慧琳贬黜释氏，要将他逐出僧团。刘宋文帝读过《白黑论》后，十分欣赏，并请慧琳参政，成了宋文帝的黑衣宰相。
慧琳的《白黑论》虚构了白学先生和黑学道士问答，白学先生指儒者，黑学道士指僧人，因为当时僧人一般都穿青色衣服。慧琳认为儒、释各有长处，可以并行齐立，体现了佛教在中国流行的客观要求，此观点不失为真知灼见。但慧琳身为沙门，竟在《白黑论》中称佛教所说的因果报应、生死轮回等观点纯属虚妄，不符合事实。结果，引起了佛教界的不满，被斥为异端，由于刘宋文帝的袒护，慧琳在佛教界并未受到伤害。
当时著名的佛教居士宗炳根据自己的见解，著《明佛论》一文，对《白黑论》作了详细的批驳。他认为儒、释、道三教之中，佛教最高深最精细，佛经包括了儒家的五典之德，包括了老庄的自然之道，因此说佛教是圣人之教，它包容了儒、道的中心内容，又超越了儒、道二教。儒家讲治国安邦之道，道家讲寡欲无为之教，都没有超越人生，而佛教讲的是精神不灭，人可成佛，是儒、道二教无法比拟的。儒、释、道三教对维护封建统治都有利，如果皇帝以儒学治国，以佛教养神，就可以成为明君，死后还可以灵魂超升，经过轮回，世代为王。宗炳系统地驳斥《白黑论》，大肆宣扬精神不灭，鼓舞了人心，给各层次的人都带来了希望。
刘宋文帝在位三十年，允许佛教存在。只要佛教不影响他的统治，他是较为宽容的。元嘉十五年（438年），丹阳尹萧摹之上书说：“佛教传入中国，已历四代，佛像寺塔所在千数，俗人不以精诚为志，而以奢侈为重，所费竹木铜彩无数，有累于人事。因此，今后凡欲铸铜像及造寺塔者，皆应列报官府，不得私自而为。”刘宋文帝见书后，深以为然，因此下诏整饬僧门，使全国范围内超额的僧尼还俗。
当时，江南共有佛寺一千九百余所，僧尼约三万六千余人。刘宋文帝此次整饬僧门，意在佛教的存在与发展不能影响他的政治统治。
宋末齐初，顾欢作《夷夏论》，认为佛道同本共源，说老子出关后，至天竺降生为佛。佛道二教虽然同本共源，也有差异与优劣，道教最适合华夏民族，而佛教则是夷狄之教，因此要辨华夷而施教，在中国推广道教比扶植佛教对维护封建纲常更为有力。同时，因二教同本共源，所以不主张彻底否定和排斥佛教。《夷夏论》在宋末齐初曾引起了巨大的反响，遭到佛教徒的强烈反对。
南朝齐末，有道士著《三破论》批评佛教，认为佛教入国而破国，入家而破家，入身而破身。他说佛教一派胡言，耗财害民，使国空民穷，于国于民，无益有害，此谓入国而破国；佛教要求人离家为僧，抛弃父母，不孝不悌，于纲常人伦无益有害，此谓入家破家；佛教让人出家为僧，有剃发之苦，有断子绝孙之罪，此谓入身而破身。《三破论》在当时引起了较大的反响。我国古代著名文学理论家刘勰曾著《文心雕龙》五篇而闻名于世，晚年却出家为僧，法名慧地，还针对《三破论》写了一篇《灭惑论》，对《三破论》的主要观点进行了批驳。
整个南朝，围绕佛教的一些争论从未停止过。齐、梁间范缜著有《神灭论》，批判佛教精神不灭、因果报应、生死轮回等理论，深入人心，发人深省。这是佛教传入中国后，与中国传统思想文化冲突的必然表现。
梁武帝萧衍大力提倡佛教，规定佛教为国教。佛教宣扬说：只要规规矩矩，虔诚地吃斋念佛，死后就可以进极乐世界；如果不遵守国家法律，犯上作乱，死后就要下地狱，遭受无穷之苦。
梁武帝认为佛教有利于他的统治，因而让国人都信佛，他自己对佛也十分虔诚。他经常手里捻着念珠，嘴里诵经念佛。
梁武帝在建康建了一所同泰寺，每天早晚到寺里去拜佛念经。为了方便往来，他特地在宫城开了一座城门，可以直通寺门。
在梁武帝的提倡下，国内大建佛寺，大批的人出家当了和尚、尼姑。仅建康一地就有七百所佛寺，十多万和尚、尼姑。
梁武帝曾几次表示不愿意做皇帝，要出家去当和尚，把帝位传给儿子。他先后四次斋戒沐浴，到同泰寺去舍身，即把身体施舍给佛。他每次舍身之后，大臣都要拿一大笔钱把他赎回来。他舍身四次，大臣们把他赎回四次，总共耗资四万万钱。
在梁武帝最后赎身回宫的那天晚上，同泰寺突然发生火灾，佛塔被烧毁了。梁武帝说：“这是魔鬼干的坏事，应该做法事来镇压魔鬼。”于是，他下诏说：“道越高，魔也越盛，行善事一定会遇到障碍。应该重建佛塔，把新塔修得比旧塔高一倍，才能镇住魔鬼。”他召来大批和尚、尼姑做法事，给他们吃上等的素斋，消耗了上万斤香烛，念了好几天经，又叫大臣跟他一起烧香磕头。然后，他派出大批工匠，上山采石伐木，花了无数钱财，用了好几年时间，建起了一座十二层的佛塔。
尽管梁武帝把佛塔修得高而又高，礼佛也极其虔诚，但他并没有好下场。不久，发生了侯景之乱。侯景率军攻入建康，把梁武帝软禁起来，将他活活饿死了。
梁武帝在位四十八年，不仅能按照在家佛教信徒的戒律修行，如吃斋，不饮酒，不听音乐，断房事等，还从事佛学著述。他的佛学著作主要是一些经注和忏文，共计有十六种之多。
佛教徒吃素，是从梁武帝开始的。佛教传入中国后，出家僧人可以吃荤，只不过吃的是三净肉。三净肉有两种说法：一，不是自己杀的、不是别人为自己杀的、不杀自死的牲畜肉；二，没看见杀、没听到杀、不是别人为自己杀的牲畜肉。梁武帝皈依佛教后，以皇帝命令的形式强令佛教徒吃素，如果偷偷吃荤，是要问罪的。而东南亚各国、日本和西藏的佛教徒仍然是吃荤的。