朱由检得知这些丑恶之事后，感到客氏志向不小，顿时大怒，立即命人赶赴浣衣局，将客氏用乱棍打死，随即拉到净乐堂焚化。同时，客氏的儿子侯国兴也被处死，并暴尸街头。客氏的弟弟客光先和客光先的女婿杨六奇都被发往烟瘴地充军，同时还抄了他们的家。
这样，朱由检才觉得稍稍解除了对客氏的仇恨！
3、“站着的皇帝”倒下了！
天启七年（1627年）十月二十六日，海盐县贡生钱嘉征上疏历数魏忠贤十大罪状：一、并帝，二、蔑后，三、弄兵，四、无二祖列宗，五、克削藩封，六、无圣，七、滥爵，八、掩边攻，九、伤民财，十、亵名器。
钱嘉征此疏中的十条罪名大都可以坐实。
奏疏呈上后，朱由检觉得人心已经凝聚得差不多了，阉党也开始分化，不再抱成一团，处置魏忠贤的时机已经成熟。于是，朱由检立即开始行动，召见魏忠贤，命令内官当着魏忠贤的面宣读了钱嘉征的奏疏。
“钱嘉征这是信口雌黄，诬陷于我！请陛下为我做主！”魏忠贤吓得魂不附体。退下后立即去找了他的赌友——原信王府太监徐应元，讨教对策。
“你都这么大岁数了，还要这么多职位做什么，干脆回家养老去吧。这倒是一个自保的办法。”徐应元告诉魏忠贤。
“臣疾病在身，恳求陛下准我辞职养病。”魏忠贤的确是没有别的办法了，在次日请求引疾辞职。
“既然如何，那就安排公公到旧都凤阳祖陵司香，你看如何？”朱由检心中暗自冷笑。魏忠贤的请求正是他想要的。“谢主隆恩！”魏忠贤庆幸自己逃过一劫。心想，我已经退位，总不至于再打我这个落水狗吧。
阉党一看魏忠贤去位，一时树倒猢狲散，再无抱团造反之意。“火速前往凤阳将魏忠贤押回京师审问！”朱由检见时机已经成熟，马上改变了主意。“不让魏忠贤仔细审问处死，怎么能解朝野公愤？”
魏忠贤行到阜城时，听到了后一项命令。
十一月初六日，在阜城县南关的旅舍中，亲兵散尽的魏忠贤孤零零地躺倒在旅馆的床铺上，听着隔壁房间里一位书生在唱《桂枝儿》的小曲。只听他唱道：“势去时衰，零落如飘草……似这般荒凉也，真个不如死”。
魏忠贤只听得心乱如麻，起身在旅馆中绕房快速地走来走去，最后与李朝钦一起上吊自杀。
朱由校觉得还不解恨，又诏令将魏忠贤的尸体肢解，将他的头颅悬挂于魏忠贤的老家河间府肃宁县的城门之上。
魏忠贤的亲属魏良卿等都被处死，并暴尸街头，还抄了他们的家。
4、阉党受到了应有的惩罚
“皇兄在位期间，以魏忠贤为首的阉党胡作非为，残害忠良，如不及时将阉党清除干净，隐患无穷，同时也众怒难平，人心难归。”崇祯二年（1629年）二月，朱由检命令大学士韩爌、李标、钱龙锡审定逆案，将魏忠贤的党羽尽数清除。
“天启皇帝即位后，众正盈朝，后来，却阉党一步步把持了朝268政。鉴于天启皇帝即位后的教训，我们对阉党还是不要广泛搜查，以免将来阉党翻案，树怨太多。”大学士韩爌对一同参与定谋逆的阉党名单的李标、钱龙锡说。
“我看，我们列出四五十个人也就行了吧。”“那好，我们就此上报吧。”
于是，大学士韩爌、李标、钱龙锡仅提出了四五十个人的阉党名单。
“你们定的阉党名单也太少了，如此如何谢罪天下，使人心归服？请你们再议！”崇祯下旨。
于是，韩爌等人又提出了几十个人的阉党名单。
“还是太少！请你们按照‘出谋划策’、‘拥戴’、‘颂美’、‘奉承依附’这四项来搜寻逆党，还有，一起为恶的宦官也应当列入。”崇祯显得非常不高兴。
“其实，臣等并不熟悉宦官的情况。”韩爌推脱道。
“你们怎么可能都不知道？我看你们不过是害怕被人怨恨、报复而已。你们放心，我在位期间决不会再用阉党！”崇祯一针见血地指出了他们内心的忧虑，并给他们吃了定心丸。过了几天，皇上将韩爌、李标、钱龙锡召入便殿。三人见桌子上放着一个布袋，里面装着很多奏疏。
朱由检指着袋子对他们说：“这些都是奸党歌功颂德的奏疏，你们可找出他们的姓名，全部列入逆党！”
“臣等的职责是起草圣旨，对法律臣等并不熟悉。”韩爌知道崇祯清除阉党的心意已不可改变，但这样做似乎又过分了。不过，在皇上面前又不好辩解，只好这样应付道。
于是，崇祯便招吏部尚书王永光来问。“臣也不熟悉刑法。”王永光推脱道。
于是，生气的崇祯又令刑部尚书乔允升、左都御史曹于汴一起办理，于是他们按照那些奏疏上的姓名罗列，没有一个人能够脱漏。
崇祯二年（1629年）三月，乔允升、曹于汴呈上了逆党名单，崇祯制成诏书《钦定逆案》，颁示天下，将阉党262人按罪行分为6等，依律处置。
首犯被判凌迟处死的有两人：魏忠贤、客氏。
首犯的同谋、被判随时处决的有六人：崔呈秀和魏良卿，客氏的儿子都督侯国兴，太监李永贞、李乾钦、刘若愚。崔呈秀号称阉党五虎之首。明熹宗朱由校去世时，廷臣们入宫告别遗体。魏忠贤和崔呈秀密谋了很久。有人说魏忠贤想篡位，崔呈秀认为时机不269合，阻止了他。崇祯即位后，魏忠贤的党羽知道他必败，内部产生了分裂。副都御史杨所修首先请崔呈秀守孝，御史杨维垣、贾继春相继极力攻击他，崔呈秀请求辞职。皇上仍安慰挽留他。他上了三封奏章，皇上温语令他乘邮车回家。后来人们弹劾崔呈秀和工部尚书吴淳夫、兵部尚书田吉、太常寺卿倪文焕、副都御史李夔龙，这五人号称“五虎”，宜将他们处死，陈尸于集市。崇祯诏令将他逮捕治罪，将他的财产抄没入官。当时魏忠贤已死，崔呈秀知道不可避免，便排列姬妾，将奇珍异宝都摆出来，狂呼痛饮，喝完一杯便将杯子甩碎，饮完后便上吊自杀。崇祯诏令将崔呈秀戮尸，他的儿子崔铎被除名，弟弟崔凝秀被遣去戍边。后来定逆案，崔呈秀被列为首犯。
交结贴身宦官、被判秋后处决的有十九人：刘志选、梁梦环、倪文焕、田吉、刘诏、薛贞、吴淳夫、李夔龙、曹钦程，大理寺正许志吉，顺天府通判孙如冽，国子监生陆万龄，丰城侯李承祚，都督田尔耕、许显纯、崔应元、杨寰、孙云鹤、张体乾。
交结贴身宦官第二等、被判充军的有十一人：魏广微、周应秋、阎鸣泰、霍维华、徐大化、潘汝祯、李鲁生、杨维垣、张讷，都督郭钦，孝陵卫指挥使李之才。
交结贴身宦官第三等、被判三年徒刑、允许自赎为民的有：大学士顾秉谦、冯铨、张瑞图、来宗道，尚书王绍徽、郭允厚、张我续、曹尔祯、孟绍虞、冯嘉会、李春晔、邵辅忠、吕纯如、徐兆魁、薛风翔、孙杰、杨梦衮、李养德、刘廷元、曹思诚，南京尚书范济世、张朴，总督尚书黄运泰、郭尚友、李从心，巡抚尚书李精白等一百二十九人。
交结贴身宦官、被减刑革职闲住的，有黄立极等四十四人。魏忠贤的亲属以及依从他的宦官，又有五十余人。
定案之后，魏忠贤的党羽每天都图谋翻案，王永光、温体仁暗中主谋，但崇祯态度坚决，他们不敢行动。
后来，张捷推荐吕纯仁，被弹劾而去。唐世济推荐霍维华，福建巡抚应喜臣推荐部内闲住的通政使周维京，都被加罪，遣去戍边。魏忠贤的党羽才不敢言语。
在惩治阉党的同时，崇祯还对遭到阉党打压的东林党官员一一平反，赠官抚恤，一时间大快人心。
5、三案余波
处理完了客氏，魏忠贤及其党羽，对于如何处置《三朝要典》，群臣的意见并不一致。按理，该书颠倒黑白，不实之词充斥其中，应该将之销毁或者是删改。但因该书前有“御制序”，表明该书是先帝钦定，如果销毁，则是“失孝”，对先帝不敬。东林党人、翰林院侍读倪元璐上疏称《三朝要典》是魏忠贤指使人编辑的私书，应该销毁。
崇祯读过此疏，深有同感，决定销毁此书，并降旨：“从今而后，官方不再从这本书中是非依据，使用人才也不再以这本书的定性为依据。”
至此，围绕“三大案”的主要争论已经基本结束。
崇祯嗣位后，有钦定逆案之举，三案是非已经明确，似乎不应该再有反复了。
可事实恰恰相反，三案虽然暂结，而门户之见仍在。
不仅崇祯一朝出现了波澜，甚至到了偏安于一隅的南明，三案之争仍然被人利用。
“三大案”被作为明末党争的题目，一直伴随着明朝走完了最后的年月，直到它彻底寿终正寝。
三案背后是宫廷权力的斗争，影响大，时间久，范围广。三案使明末党争火上浇油，对“三大案”的态度和立场成为辨别忠奸正邪的唯一标准，尽管这个标准在人为操纵下随时更易，而且每次更的克星“”
易都造成不可避免的争斗。站在今天，反思“三大案”，我们不由不惊叹，“三大案”中一些东林党人所表现出的血性和坚韧及展现出来的与奸邪斗争的凛然正气和坦荡胸怀，令人心向往之。另一方面，门户之争又使明朝的君臣们围绕小事，争论不休，睚眦必报，而置国家政局于不顾，牵制了本来就已经奄奄一息的明朝的不少精力，甚至影响到边关战局，加速了明朝的灭亡。