刑部主事孙朝肃、徐世仪、御史宋宗周等乘势而起，上书方从哲，指斥他误用崔文升，说朱常洛大病不起，是由于服用泻药的缘故，斗争的目标，随着郑贵妃的移宫和停封，而转移到方从哲身上。方从哲，字中涵，祖籍浙江德清，家于京师，人称其为“浙党”。他是万历十一年进士，官至礼部尚书兼东阁大学士。自万历四十三年迄泰昌元年十二月，连任内阁首辅。他的性情柔弱，温柔不敢断，为相期间，无所建树，声名狼藉，是当时东林党的主要政敌之一。朱常洛刚继位时，遵从万历皇帝的遗诏，命方从哲封郑贵妃为皇太后，廷臣群起反对，而方从哲则时刻想促成这件事，引起东林派大臣及其他大臣的极大不满。现在，朱常洛同意收回封郑的诏令，这在方从哲看来，自然也是自己的失败。他凭借多年的政治斗争经验，十分敏感地意识到自己的处境不妙。从此，方从哲更加小心翼翼地讨好朱常洛。
在大臣们的压力之下，郑贵妃感觉势单力孤，生怕大祸临头，只得搬出乾清宫，移居慈宁宫。这样，这位已经即位了好多天的新天子朱常洛，才得以住进了中宫乾清宫。
郑贵妃搬出乾清宫，意味着郑贵妃时代的终结。这样，郑贵妃要求封皇后进而晋身皇太后的愿望落空了。这个变化对李选侍也很不利，使她开始感到孤立。因为她们二人是皇宫中的政治同盟者。但是，郑贵妃在移宫之时，竟把心腹太监李进忠留给皇帝之宠妃李选侍，有意安下一颗钉子。她这步棋下得非常阴毒，竟让明朝江山被李进忠（进宫时叫李进忠，本姓魏，天启皇帝朱由校即位后改名魏忠贤，也就是后来一手遮天的九千岁）搅得濒临灭亡！
11、红丸案
八月二十一日，朱常洛再次召太医院内官诊病，赐银六十两。当时京师流行一则民谣，叫“翰林院文章，武库司刀枪，光禄寺茶汤，太医院药方”——全都是废物。朱常洛服了太医院医官开的药以后，病情也没见好转。
这时，鸿胪寺丞李可灼来到内阁门外，向阁臣说，自己有仙丹及其用法的奏章要进献给皇上。
这一天，方从哲因一贯主张移宫可从缓而请假未入宫问安。八月二十二日一大早，方从哲便上疏说：“臣已询问医宫，得知圣体膳食减少，兼有痰喘，恳请圣上一意调养，不要过分劳累。服药尤需慎重。以往有人说治病以服药有效为上策，以不服药保养为中策。一旦欲寡心清，则元气自固。若用药不当，其害将不可言。惟望圣明留览。”方从哲一再奏请朱常洛寡欲清心，本意是为依阿自守，保持禄位。但是，他是有针对的，因为倒在病床上的皇帝，此时仍然没有停止纵欲。即使病入膏肓，还照样服用春药，尽可能地寻欢作乐。
朱常洛召见方从哲时问：“广召名医的事办得怎么样了？”方从哲说：“鸿胪寺丞李可灼曾上本说他有仙方可治万岁病症，但臣与内阁诸臣商量了一下，觉得不可轻信，所以已将他斥退了。”
朱常洛嗔怪地说：“太医没用，仙方又不能信，难道叫朕等死？”原来，从嘉靖皇帝起，明朝的皇帝大都信奉道教，以求长生不老。如今，朱常洛病入膏肓，更加求助于仙方仙丹。
“微臣怎敢？只是李可灼的话实在是不可信，请皇上三思。”朱常洛听到这里，害怕用不好反被其害，只好作罢。
八月二十三日，朱常洛传示锦衣卫官校入内，于乾清宫暖阁御榻前亲自召见首辅方从哲等大臣，包括在朝勋爵、内阁、部院大臣及吏科、河南道御史，六品的给事中杨涟也在召见之列。
群臣问安论药以后，朱常洛又特别召出皇长子朱由校（即明熹宗）与群臣见面。显然这是为自己的后事做准备。暗示群臣将来要好生辅弼这个皇嗣。
方从哲乘机一面极力献媚讨好朱常洛和皇长子朱由校，准备为自己留一条后路。他见到朱由校以后，立即拍马屁说：“皇长子天姿伟岸，这是国家的福气。”朱常洛大喜，朱由校也暗暗得意。方从哲更为自己善于见机行事、阿谀奉承而高兴。
这次召见，破例有锦衣卫人员参加，群臣估计是因杨涟上疏忤旨得罪了朱常洛，肯定要受到廷杖，所以大家都为杨涟捏着一把汗。都主动嘱托内阁首辅方从哲到时代为解救。方从哲听后当面劝杨涟上疏引罪。杨涟感到自己无错，因此顶着方从哲说：“死就死吧，我杨涟有什么罪？”表示自己决不屈从于舆论压力。
等到朱常洛正式接见时，宫中一片肃静，廷臣之间默默互视，屏住气息，认为马上就要宣布廷杖杨涟了。其实朱常洛内心认为杨涟是位忠心耿耿之臣，好几次用眼上下打量他，每次都一直注视着看了好久，并慢声细语地对群臣说：“现在国家事务繁重，你们都要协力齐心，外面所传一些流言都不必相信。”
此后，朱常洛凡是接见大臣都要连同杨涟一齐召见。由此可见，朱常洛同意杨涟的观点：贼臣崔文升不知医。接着，朱常洛接受杨涟建议下令，将崔文升关入司礼监大牢。
八月二十五日，杨涟专疏劾崔文升：“谁实误皇上困顿至此……传闻为内官崔文升也。崔文升如不知医，就不当以国家圣人贵重之身，妄为尝试。如其知医，则医法为有余热则泄之，阳气不足则补之。此事明白易晓。皇上因日理万机，丧事哀痛，精神受到损耗，按医法及宜清补。崔文升却投用相反相伐之药剂。于是圣体动履艰难，睡眠、饮食俱困如此。日前外面传言，说是由于近侍蛊惑，皇上起居没有节制。崔文升借此掩盖其误药之奸，其党还四出煽援流言，企图掩饰外面攻击崔文升之口。崔文升既加重圣上的病情，又损坏圣德美名，割他的肉亦不足以食。听闻崔文升于达官贵人之家调护多年，不闻误用一药。皇上初用崔文升一剂，便泄、补倒置如此，是有心之误，还是无心之误？有心误，则将他碾成粉末，也不足以赎其罪。如无心之误，岂可一误再误。皇上如何将这样的贼臣置于宫廷之内，……恳请将崔文升发往司礼监究问处分，传示中外，使知圣体不安，全是用药差误所致，以解街头纷纷传言之口。”
杨涟这份奏疏，是东林党人投向宦官的一颗炸弹，也是刺向方从哲的一把尖刀。因为方是内阁首辅，朝廷第一大臣，是他不究治崔文升，杨涟才要求把崔文升送法司治罪。
朱常洛得到杨涟的上书，感到了问题的严重性，立即下令第二天在乾清宫召见大臣，并让朱由校也参加召见。
八月二十六日，朱常洛病情沉重，还伴有痰喘诸症。这一天，他强打着精神，再次于乾清宫召见大学士方从哲、刘一燝、韩爌、英国公张维贤、吏部尚周嘉谟、户部尚书李当华、礼部尚书孙如游、兵部尚书黄嘉善、刑部尚书黄克缵、左都御史张问达、给事中范济世、杨涟，御史顾造等人。
朱常洛在东暖阁内御床上，半倚着身子，靠着小几。皇长子朱由校、皇五子朱由检当时也都侍立于前。
大臣们问安后，朱常洛见大家稍微向前移近一些。接着说：
“朕见到你们很高兴。朕在东宫感寒证，调温未愈，值皇考妣相断大丧，典礼殷繁，悲伤劳累。朕不进药已两月余。卿等大臣勿听小臣言。”所谓“小臣言”，是指外面流传的朱常洛病起于女宠。说完，他怕自己的声音太小，各位大臣没有听明白，又叫朱由校重复一遍。
这朱由校虽然一天到晚只知玩乐，不问政事，但为人倒还聪明。他明白父亲让他重复一遍的用意，不仅是怕大臣们没有听明白，更重要的是希望他能记住父亲所说的话。于是他一五一十地重复了一遍。又因为事关重大，他把这些话牢牢地记在了心里。后来，他就一直坚持这么说。
方从哲请求说：“皇太子已经16岁了，应该让他移居慈庆宫。”
朱常洛非常不放心地说：“不能让他到别处去。”方从哲说：“请圣上审慎用药。”
朱常洛说：“朕十多天都不服药了。”
过了一会儿，朱常洛传旨，要封李选侍为皇贵妃。李选侍立即从后面挽着16岁的皇长子朱由校的胳膊出来，大为不满地将皇长子朱由校推到前面。
李选侍见朱由校没有吭声，就直接对朱常洛大声说：“我要封皇后！”朱常洛没有答应。群臣见状，十分惊讶，立即退出。
由此可见，朱常洛虽然在美女面前不能自持，但他内心对郑贵妃和李选侍还是有清醒的认识的。郑贵妃封后愿望的落空，应该是朱常洛和礼部孙如游的双簧戏。三十九岁，长期在宫廷斗争中成长起来的朱常洛完全具备这个政治能力。他重用曾经支持自己的东林党人，也体现了他的清醒。在崔文升进药后，他干脆不吃药了，除了对医官们医术的不信任，也怕被暗算。不过，他最终没有躲过李可灼这一劫，这也是有病乱投医。
八月二十九日，朱常洛又一次在乾清宫召见内阁首辅方从哲等十三名大臣，此时他已经预感到自己病势沉重，命在旦夕。当朱常洛伸出有些颤抖的手握住方从哲的手，说：“朕这几日头目眩晕，身体软弱，不能临朝，一切大事都麻烦先生操劳了。”
方从哲赶紧道：“万岁天恩浩荡，从哲岂敢不竭尽全力报效国家？”
朱常洛说：“朝中政事先生可代朕批阅，太子生性懦弱，也望先生扶持，后宫妻妾尚未来得及册封，先生可依旧例拟定名分。”这几句话无疑是交代后事了。
方从哲：“原定颁旨册立太子之日期应移到近期，早日办完此吉祥大典使皇上心中得到安慰。”
朱常洛因此回头看太子，训示道：“你们辅佐他成为尧舜之君。”方从哲忙安慰说：“万岁春秋正富，偶染小疾，原无大碍，望安心调养，千万不要误信流言，作践龙体。”
朱常洛摇了摇头突然问道：“寿宫可曾齐备？”
方从哲感到十分为难，思索了一阵才说：“万岁放心，大行皇帝已安葬完毕，天寿山地宫于前天开始复土……”没等他说完，朱常洛打断说：“朕问的是朕之寿宫。”
方从哲慌忙颤声劝道：“太医院御医已禀报，万岁目前不过是体质虚弱而已，哪里会有天崩地裂的事？”
朱常洛厌烦地说：“太医院一帮庸医，朕信不过。”
“万岁若信不过太医院，臣当再次传檄天下，广召名医。”朱常洛问：“听说有个鸿胪寺的官员，自称有仙方进献，可以包治百病。不知爱卿们以为如何？”原来，就在朱常洛病重，亟待名医诊治的时候，宫内鸿胪寺有个寺丞叫李可灼，他声称自己有种仙丹妙药，可以包医百病，不管染有何种轻重疑难疾患，都能药到病除，收到奇效。他还亲自到思善门宣传夸耀，主动要求献药。太监受到李可灼的委托，将此事上奏。朱常洛听说后，心中记着此事。
方从哲说：“鸿胪寺丞李可灼职掌朝祭礼仪，既非御医，又无祖传，不敢轻信。”
朱常洛求生心切，急命太监传令在廷诸臣退出，并命传李可灼前来乾清宫。
李可灼到后与方从哲等人一同到朱常洛病榻前诊视，讲了病由起因与治疗方法，很使朱常洛欣慰高兴，因此命他马上进药。诸大臣都退出乾清宫，叫李可灼与御医官要妥为商量合计，但各自都拿不定主意，心里犹疑不决。
东林官员刘一燝，当时为次辅，他对李可灼进药一事考虑比较周到仔细，而且持十分谨慎态度。他说：“李可灼自己本乡有两人因病同时服用他的这种丸药，结果一人病情稍有好转，而另一人病势因此反而加重。从这两案实际病例分析，表明李可灼所说的‘仙丹’并非是万全灵验之药。”
礼部尚书孙如游也赞成刘一燝的意见，他说：“臣也以为李可灼要献的这种丸药疗效大有疑问，决不能轻易相信。”然而，朱常洛一直催着进药，群臣这才一齐进入殿内侍候。李可灼将药调好后献至御榻前。李可灼所献仙丹是一粒豆大的红丸，它以红铅为主，配上参茸而成，具有提气升阳的功能。当时朱常洛虚弱已极，服药前有些气喘，上气不接下气，服红丸后，病情稍缓，喘的症状逐渐消失，暖润舒畅，精神为之一振，感觉好了127许多，连续几次夸奖李可灼，“忠臣！忠臣！”
守候诸臣见朱常洛神态这样，都退到乾清宫门外，再等候看看有无什么变化。
过了不久，太监冲出来，报说：“圣上服了药后，身体感觉暖润舒畅，胃口也有好转，想进饮食。”
群臣听到这些，绷紧的心情一下轻松不少。他们站了一天，又饥又累。听到皇上病情转好，如释重负，满脸忧愁一扫而光，感到没有必要再一直在御前守候了，于是都陆续告退。
朱常洛病榻前，仅留下李可灼及御医几位官员。
诸臣退出时，是二十九日中午。又过了几个钟头，到当天下午四点钟左右，李可灼从朱常洛身边出来，大学士方从哲询问：“圣上病情怎么样了？”
李可灼说：“圣上怕药力减退，想再服一丸。”在旁的御医纷纷言道：“这种药不宜接连服用啊。”
因为朱常洛传催得非常着急，所以李可灼又让朱常洛服下一丸。
据李可灼说，第二丸药服下之后，仍旧平静如初，一切都是正常的。这或许是当晚的情况。
没想到，到了第二天——九月一日五更时，宫中传出急旨，召群臣火速进宫。大臣们半路上就听见宫中举哀，原来是朱常洛暴毙，在位仅30天，史称“一月天子”。
朱常洛一死，京城上下闹得沸沸扬扬，不可开交。东林党人和一些朝臣借“红丸案”掀起轩然大波。他们指责郑贵妃包藏祸心，指使崔文升、李可灼陷害朱常洛，必须严惩“医药奸党”，才能平息臣民之愤。最后李可灼被流放充军，崔文升被贬谪至南京。到了天启朝（天启皇帝为朱常洛的长子朱由校）魏忠贤专权时期，又召崔文升总督漕运兼管河道。当时朱由校年龄小，魏忠贤专权，而魏忠贤也曾是李选侍身边的人，郑贵妃、朱常洛、魏忠贤串通一气，将崔文升开罪，以掩盖郑贵妃之罪，这应该符合逻辑。朱常洛的五儿子崇祯皇帝朱由检即位后，崔文升被充孝陵（明开国皇帝朱元璋和皇后马氏合葬墓）净军（由太监组成的军队）。从当事人崇祯的处治中可以看出。崔文升绝没安什么好心。所以，才会受到处罚。他之所以没有被处死，不过是为了维护皇家的面子。如果崔文升被处死，那么就会现出了背后的郑贵妃。皇家的面子将会非常不好看。这正是崔文升未被处死的原因。
12移宫案中险被处死
移宫一案是三案中的最后一案，它有前后两起：前一起发生红丸案之前，是前奏，前一起的主角是郑贵妃；后一起则发生在红丸案之后，是正案，后一起的主角是李选侍，幕后的指使者仍然是郑贵妃，主角是李选侍。
所谓“移宫”是指，老皇帝去世后，老皇帝的皇后或亲近后妃应该搬出乾清宫，给新皇帝腾位置，好让新皇帝登基居住，以正名分。但是，为了争夺个人的名位，一些不应该占据乾清宫的后妃占据了那里，不愿迁出，为了争夺乾清宫，这便成了移宫案。关于乾清宫的政治地位，当时左光斗概括得非常好，他说：“内廷的乾清宫，就好像外廷的皇极殿，只有天子才能居住，只有皇后才能陪伴皇帝共同居住，其他妃嫔虽然在皇后缺位、伺候皇帝的情况下可以进入居住，但是，不能长久居住，这主要是为了区别尊卑。”乾清宫既有如此显重的政治地位，所以是后宫妃嫔们一心向往的所在，入宫之后，最大的愿望便是入住乾清宫。