公元1644年3月17日深夜，大明崇祯皇帝下旨把三个儿子叫到跟前，先命宫女取来一些破旧的百姓衣服，然后亲自给他们换上，接着告诫他们说：“现在你们还是太子、亲王，城破以后，你们肯定难逃一死。现在趁着夜色，各自逃生去吧！不必挂念我，我决意要为社稷而死，否则无颜见祖宗于九泉之下。出城后你们千万要小心，遇到做官的人叫老爷，平民叫老兄，文人叫先生，军人叫长官。如果能够保全性命的话，将来不要忘了报父母之仇，不要忘了我今日的告诫……”说罢，崇祯再也忍不住了，无所顾忌地大哭起来。一旁的侍从们也被感动得失声痛哭。最后，三个皇子依依不舍地离开自幼生活的皇宫，趁着夜色的掩护，逃出紫禁城。第二天一早，得知农民军已经进入内城的崇祯自知无力回天，把皇后、公主等人叫来，挥剑乱砍，然后带着自己的心腹太监王承恩来到皇宫后面的煤山，在寿星亭附近的一颗大树下以发覆面、上吊自杀。临死之前，还在自己的衣服上写下血书，要求各地官员协力辅佐外逃的太子，重新振兴大明帝国。
通过崇祯的临死留书，我们不难看出，崇祯寄希望于自己的几个儿子能够在乱世中生存下来，并希望他们能够在忠贞之士的辅佐之下卷土重来，重振大明。我们知道，即便是普通人在那个战火纷飞的年代都是九死一生，更何况他们还是大明帝国的“余孽”。尤其是太子朱慈，更是各种势力高度关注和争夺的对象。可以说，在那个信奉忠君思想的年代，作为一个国家的继承人，太子朱慈完全有可能召集到一批忠贞之士重建大明。因此可以肯定地说，朱慈三兄弟要想在乱世中生存下来，真的比登天还难。那么，朱慈的归宿到底如何呢？
对于太子等人的下落，民间和学术界观点很多。一种说法认为，太子兄弟没能逃出北京。三兄弟逃出紫禁城外后，北京城中已是战火四起，到外都是乱民，如果直接出城的话很可能被查出身份。兄弟三人商量之后决定先到周皇后的父亲，也就是他们的外公周奎家中暂避风头，等城中平静之后再设法出城。令他们没有想到的是，他们的外公是个贪生怕死之徒，见他们三个“炸药包”前来避难，生怕引火烧身，根本不肯开门。无奈之下，三人只能流落街头，后来就被破城而入的农民军抓来献给李自成。三人本以为难逃一死，谁知李自成认为他们“奇货可居”，认为他们还有利用的价值，三人不但幸免于难，而且太子朱慈还被封为宋王，其他二人也被封爵。不久后，冲冠一怒的吴三桂打开山海关，投降清朝。李自成誓杀****，决定亲自带兵讨伐吴三桂。李自成认为，如果利用李慈等人说服吴三桂，可能吴三桂会回心转意，投降自己，便把李慈等人带在身边。后来的事情大家都知道，农民军在清军与吴三桂的夹击下几乎全军覆没，李自成率一小部分人落荒而逃，李慈等人不知下落。
持这一观点的学者认为，他们很可能死于乱军之中。《明史纪事本末》所载与此观点大同小异：李自成攻破北京城后，太子朱慈等人被擒。李自成本想杀之，但有谋士认为此二人可作为政治筹码，杀之未免可惜。李自成便将其暂时囚禁，后来吴三桂冲冠一怒投降清军，李自成亲自率军与吴三桂决战，当时太子等人也在军中。据说，战局不利之际，李自成曾挟持太子等人一起登高观战。后来，李自成不敌吴三桂与清军夹攻，为保实力就与吴三桂议和。吴三桂提出归还太子三人并离开北京城的条件，李自成只得应允，太子等人落入吴三桂手中。后来情况如何，没有交待。根据常理，落入清军手中的太子等人应该难逃一死。
按《石匮书后集》及《太子本纪》记载，太子等人的归宿则又有不同：李自成战败后，太子趁机逃脱并及时换上一件兵士衣服，不久便被吴三桂的部下俘获，成为战俘。吴三桂的部下不知他是太子，只是命他负责喂马。两个月后，太子趁机逃出军营，先藏身于一户百姓家中，后来投奔外公周奎。周奎担心私藏前朝太子会引火烧身，便狠心将太子献给清廷，后来太子被杀。有学者认为，这种说法极不可信，因为按照常理，太子逃出之后应该逃往南方才对，而周奎家（北京）当时已经是清军的势力范围，太子前去无异于自投死路。
如果说《石匮书后集》等书中的记载是空穴来风的话，也缺少有力证据。除了太子被清军所获外，书中甚至还详细记载了太子被清廷杀害的情节：太子被周奎出卖后，消息被京城很多老百姓得知，很多人纷纷前往探望。当时的清廷统治者摄政王多尔衮担心这样一来会引发明朝官民的反抗，就假称太子可能是假的，并安排前朝诸人进行辨认。当然他事先已经做好准备，包括太子以前的老师谢升在内，很多人迫于压力都作证说太子不是真的，却有一个名叫钱凤览的前朝官员坚称太子是真的。多尔衮一怒之下，将其与太子一起处斩。
另一种说法认为，朱慈不仅成功逃出北京，而且顺利逃到南方。当朱由崧在一些南逃大臣的拥护下建立南明小朝廷后，涉世未深的太子朱慈也几经辗转找到自已的叔叔。他甚至天真地想，叔叔一定会帮助自己重建大明锦绣江山。毫无疑问，当朱由崧听说太子前来投奔的消息，立即打定主意，一定不能承认太子的身份是真的。如果承认太子是真的，按照成例他就得归政于太子，让出皇帝的宝座。虽然一些南逃来的太监作证说太子的身份无疑，朱由崧却始终一口咬定太子乃是假扮的，不由分说把太子关进监狱，几天后将其毒毙。
专家指出，这种说法可能是人们捕风捉影之说，因为南明弘光朝时确实曾经发生过类似事件——王之明假冒太子案。据史料记载，朱由崧登基不久，有大臣真实密报称有人在浙江一带发现了太子行踪。朱由崧听了之后不免担忧，便派人搜寻。几日后，“太子”被带到南京，经过询问，人们发现“太子”好像患了失忆证，对自己曾经经历过的很多重大事件一概不知。很显然，这个太子是假冒的。这下，朱由崧来了劲，下令一定要把事情查个水落石出。严刑拷打之下，假太子承认自己并非太子，而是高阳人王之明。
上述几种说法虽然各有不同，结果却是一致的，即太子最后都被杀而死。更多的人尤其是民间认为，其实太子并没有死，而是出家当了和尚。
据说，一开始太子确实是被李自成手下俘获，并由大将刘宗敏严加看护。后来李自成兵败，刘宗敏身受重伤，太子趁军中混乱打昏看守，潜入山中。大军过去之后，太子辗转南下，在路上巧遇自己的老师李士淳。太子本想去投奔弘光小朝廷，被李劝阻。二人逃到李士淳的老家广东嘉应州，为了避人耳目，二人在人迹罕至的深山中建了一座寺庙，落发为僧。一开始太子还念念不忘恢复明朝，随着清廷的逐渐稳定，加之太子受佛学的影响日深，后来竟成为得道高僧。据说，为了表示自己的身世，建庙时太子将寺庙取名“圣寿寺”，大殿叫“紫极殿”，或多少地显示出了自己的高贵身份。故老相传，自从朱慈死后，庙中除了供奉其他寺庙中屡见不鲜的佛祖、罗汉之外，还多出一尊“太子菩萨”，香火一直没有中断。
那么，太子朱慈的下场究竟是不是真如民间传说中那样出家为僧了呢？我们认为，当时年仅十几岁而又涉世未深的太子很有可能被李自成的农民军俘获后杀死，或者死于乱军之中。太子出家为僧一说，可能是人们同情其不幸身世，受了建文帝出家为僧的传说影响，不足为信。