平定高昌之后，西突厥吃了个大亏，不甘心失败的西突厥立刻把主意打到了西域剩下的几个大国身上，首先西突厥重臣屈利啜（啜是突厥官位）将焉耆（qi）国王龙·突骑支的女儿娶为弟媳，使得焉耆与西突厥有了联姻的关系。接着西突厥乙毗咄陆可汗的继任者乙毗射匮可汗则把自己的女儿嫁给了龟兹的国王诃黎布失毕。因而将二国牢牢地绑到了西突厥的战车之上。而原本亲唐的西域两国政治态度由此急剧转变为反唐。
如此强烈的政治转变自然导致了焉耆国内亲唐势力的不满，于是在贞观十八年（公元644年）发生了内乱，亲唐派首领王弟颉鼻叶护与粟婆准等人因为遭受国王龙·突骑支的迫害不得不逃往唐朝。因此身为安西都护的郭孝恪于贞观十八年8月正式被任命为西州道行军总管，以粟婆准为向导，出南道，攻焉耆。以阿史那忠（此人就是在唐军威压之下率兵抓住颉利的苏尼失的儿子）为西州道抚慰使，以屯卫将军苏农·泥孰为检校（官名），出北道，安抚西突厥治下的处月、处密二部。郭孝恪接到任务之后便于8月11日出兵，率数千安西唐军倍道兼行急行军至城下。
此时已是夜晚，焉耆四面环水，易守难攻，因此防卫便较为松懈。郭孝恪暗中遣将士浮水过河，埋伏在城墙下，于拂晓之时攀爬至城墙之上，消灭掉城楼上的哨兵之后打开城门，并在城中四处敲锣打鼓，搅乱人心。郭孝恪趁机率城外主力一举杀入，这一下子打得焉耆措手不及，城中兵将还未能组织起有效的抵抗就稀里糊涂地做了刀下之鬼。这一役郭孝恪8月11日出兵，8月22日便攻破焉耆，仅用了十一天的时间便取得了斩首七千级、活捉焉耆国王的战绩，上演了一场中国古代特种部队突袭的经典战役。此役后因为粟婆准为向导有功，所以郭孝恪留他统摄焉耆国政，便率军返回安西都护府。
西突厥得知此消息后自然不能善罢甘休，屈利啜于三天后亲率大军杀奔焉耆国，将位子还未坐热的粟婆准囚禁，并以劲骑五千追击唐军。突厥骑兵风驰电掣，又熟悉地形，很快便在银山脚下将郭孝恪追上，两军会战，唐军虽然是被追击的一方，可是丝毫没有一丝死守的思想，他们在郭孝恪的率领下率先向突厥军发起了逆攻。两军锋锐相交，汉家士卒勇猛无敌，突厥军大溃，唐军追杀数十里而还。北路唐将阿史那忠闻听焉耆又被西突厥侵占，便率军再攻焉耆国，击破留守的屈利啜，胜利夺回了焉耆国。可是好景不长，唐大军刚退，西突厥的鼠尼施、处般啜又领兵前来，以自己的吐屯（官职）统领焉耆国政，还将被俘虏的粟婆准杀于龟兹国中。此次战役，虽然唐军取得了辉煌的胜利，但是碍于地理国情，并没能达成最终的战略目标，因此在数年的准备后唐军又发起了龟（qiu）兹（ci）战役，与西突厥的势力进行全面的较量。