但是，卡尔的决定却造成了后来的困境。贝多芬很爱小卡尔，能为他做更多的事，但他不可能比小卡尔的母亲更亲近孩子。而这个女人在他眼中是很不负责的，甚至是卑鄙的，贝多芬甚至称她为“母夜叉”。如果让贝多芬与她和睦相处，那简直就是奇迹了。
而事实上，小卡尔对他的伯伯贝多芬也不是很信任。在卡尔死后8天，贝多芬就请求奥皇承认他对小卡尔的完全保护权，因为这个母亲太不适合了，而且还信奉邪教。次年1月9日，贝多芬的请求被批准了。
然而拿到了小卡尔的监护权后，贝多芬又能为他做什么呢？他的居所并不适合小卡尔住，于是，贝多芬便带着小卡尔去拜访了城外私立学校的契阿纳达西奥。
契阿纳达西奥的妻子和两个女儿都是贝多芬的音乐爱好者，贝多芬也很热爱这个家庭以及他们所建立的这所学校，所以在2月2日，小卡尔从就公立学校转入了这所私立学校上学。
当生活逐渐步入到正常轨道后，贝多芬又开始了创作，并且连续完成了第101号钢琴奏鸣曲和《致远方的情人》。晚上，他还要忙里偷闲到契阿纳达西奥家中做客，请他们向他汇报一下小卡尔的情况。
但麻烦事也随之而来，小卡尔的母亲约翰娜并不甘心儿子被贝多芬夺走，因此经常到学校来看望卡尔。为了更好地保护小卡尔，贝多芬请求不准约翰娜来看望他。但根据有关条例，约翰娜在保护人所指定的第三人在场时，是有权看望孩子的。因此，贝多芬便与契阿纳达西奥商量，希望能够有办法让她不要再来看望小卡尔。
见不到小卡尔，约翰娜便找到贝多芬的住所，向他抗议。于是，双方展开了一场几近白热化的争执。
这年5月，贝多芬写信给埃杜特伯爵夫人，希望能够获得帮助。他在信中说：
我弟弟的死对我来说是一个极大的打击。我从弟媳妇手中挽救出我那可爱的侄子，的确是一个很重的负担。我成功了，但现在我对他所要做的最主要工作，就是将他送入一所合适的学校中去，在我的管理之下。怎样的学校才适合他呢？为此事，我不停地思索着，我的脑中盘旋着一个又一个计划，设法让这个可爱的孩子能够接近我，如此我在他的印象中才会加速好起来，但要做到这一点，却不是一件容易的事。
伯爵夫人很清楚，贝多芬要安置这个刚刚10岁、生气勃勃的孩子是肯定会遇到困难的，因为贝多芬花去整个夏天的时间来布置自己的家庭。卡尔的到来，也让他深深地体会到了日常生活中的一切问题都变得不容易解决。
贝多芬想找一个佣人来帮忙，可是，没有一个佣人能够忍受得了贝多芬那种不规则的生活状态：辛辛苦苦地为他预备了饭菜而不吃，或是很凶猛地回绝，或是索性不在家。如此折腾一番，厨师就不再正常地为他供应饭菜了。
而且，贝多芬还经常长时间睡在自己的房间里不起来，这也令他房间的空气污浊不堪。
幸好有自愿服务的异性朋友，如史达利切，能够经常帮他收拾一下，从而使他的房间变得有秩序和清洁起来，她还替贝多芬将肮脏的室内和污秽的衣物清洗干净，让他感到家庭的舒适。
9月，贝多芬从巴登写信给契阿纳达西奥和他的家人，请他们光临自己的“新家庭”，并且带小卡尔一起过来。
于是，契阿纳达西奥一家人带着小卡尔一起来到巴登。范娜·契阿纳达西奥描述当时他们被招待的情形：
贝多芬并没有为他们准备食物，而是请他们到一个酒店里去进餐。他从侍者手中接过每一份菜单，因为此时他的听觉早已损坏，侍者需要大声地在他的耳边呼叫着。
好不容易吃完了晚餐，回到家中，当客人即将就寝时，贝多芬却说还没有为客人准备休息的用品……
贝多芬其实还没有做好接待小卡尔的准备，契阿纳达西奥对此并不感到惊奇。
但是，贝多芬却将这一切都归罪于佣人。“我的家庭就像一只破碎的船，有关我侄子的所有计划与安排全都被这些人延误了。”
契阿纳达西奥听完，只能无奈地笑笑，不知道该说些什么。
（四）
1817年的下半年，贝多芬就静静地呆在自己的住所里，为侄子小卡尔的监护权进行着艰难而长时间的努力。
1818年1月，小卡尔带着他的衣服到了一度被他称为“破船”的贝多芬的住所。尽管贝多芬已经对这个地方进行了一番改善，但也仅仅是比“破船”的状况稍好一点而已。
这个时期，贝多芬再度深入了音乐的境地，甚至连他的侄子都会遗忘。由于卡尔没有合适的人管教，他便随心所欲地做各种自己喜欢的事。
后来，贝多芬把卡尔交给一个牧师管理，然而6个月后，牧师便将卡尔送了回来，表示对他无能为力。因为宗教上的训告对卡尔毫无作用，他还经常在教堂中扰乱正在进行的礼拜仪式。
同时，邻居们也都开始抗议，抱怨说卡尔带坏了他们的孩子。而最让众人感到惊奇的是，卡尔经常在公开的环境中毫不在乎地诽谤他的母亲，贝多芬却还鼓励他这样做，并且还到牧师那里去帮侄子说情，说他的母亲很坏、很贪心。
于是，贝多芬又把卡尔送入了一所管教严厉的公立学校，并且还特意请了一位教师；到了暑假，他又将卡尔带到城里，经过考试，并于11月6日入了学。
此后的事似乎变得一帆风顺了，卡尔在学习上又显示出了一些良好的素质，是个很好的学生。另外，卡尔还学习钢琴、图画和法文等。
然而，平静的生活还是起了波澜。在12月3日这天，卡尔忽然从学校里逃走了，跑到他的母亲那边去了。贝多芬非常难过，泪水从他的眼中滚下来，朋友们都十分同情和怜悯贝多芬。
于是，这件事又重新在法庭上提了出来。地方长官当然是站在贝多芬一面的，而贝多芬则集中力量攻击弟媳的不贞。
他们最初的假定是：一个不忠实的妻子肯定不会是个可靠的母亲。然而，约翰娜却是深爱着卡尔的。她很高兴地用去了自己的一半金钱，隔一段时间就会去看望一次卡尔。后来，她探视的时间减少到每月一次。
当贝多芬去了缪特林后，约翰娜被完全隔绝开来，不允许她再看望儿子了。于是，约翰娜就急躁的向贝多芬的佣人打听自己儿子的消息，还秘密地去看过儿子几次。
但是，约翰娜也发现，卡尔变得越来越任性，并且对她也变得越来越不信任了。并且她又误听到一个消息，说贝多芬打算把卡尔带到一个相当远的学校去上学。
于是，约翰娜就向法庭提出抗议，说贝多芬要将卡尔完全与自己这个母亲隔绝开。而这时大家认为，最好的办法就是彼此相互和平地相处在一起，这样才能挽救卡尔，让卡尔健康地成长。但这并不是贝多芬和约翰娜的意见，他们两人都希望自己能够获得独自保护这个孩子的权利。
因此，贝多芬与约翰娜又被召集到市政法庭中讨论这件事，听取了他们两人的意见。这个法庭显然没有受到贝多芬的名声和崇高的地位的影响，在调查他身为保护人的条件时，贝多芬表示他十分深爱这个孩子，担心他落入外界不良的影响之中。
但是，贝多芬在请愿书中却大肆攻击约翰娜这个寡妇，约翰娜的保护人霍次契夫对此反驳说：
“贝多芬身为一名副保护人，却要将卡尔与他的母亲完全隔离。怎么能把这个年仅11岁的孩子交给一个耳聋、暴躁、溺爱和半疯的人去管理？”
经过数几个月的讨论，双方的矛盾仍然不能调解。于是，判决书在1819年11月17日发下来了。结果似乎对卡尔母亲的一方有利一些，她在1811年的罪错被判为不成立；而贝多芬却准备将卡尔送到远离此地的学校读书，以便让他的母亲找不到他，这一点法庭没有支持。
地方长官不知道，约翰娜最近又有了一个私生子。于是，法庭决议让卡尔的母亲与市政府的长官利奥波特·纽斯波克共同管理这个孩子。
在这场官司中，贝多芬失去了卡尔。
为了能够拿到卡尔的监护权，贝多芬试图用自己全部的力量去夺回他所失去的。他请约翰·巴赫博士担任他的辩护律师，再度起诉。
又经过一冬一春的努力，无论是巴赫律师还是法官，都被这件事折磨得精疲力尽。而在这段时间里，贝多芬的《弥撒祭曲》也正处于创作阶段。
最后，贝多芬终于胜诉了。1820年7月24日，上诉法庭裁定：贝多芬和他的朋友彼得也享有对卡尔的保护权。
这场官司前后共打了5年，这时的卡尔已经是个13岁的少年了，贝多芬将他带在身边，生活才渐渐平静下来。