基督教在以拉卜楞为中心的甘南西部藏区传播是从19世纪末期开始的。1891年，美国传教士索得生一行男女3人，在循化厅候补知府派遣的7名士兵护送下，由青海同仁所属的保安堡到夏河县的拉卜楞进行传教考察。英裔美籍传教士克省悟、斐文光（有的资料记作德文华，实属一个人）、席汝珍、孙守成等也在1898年3月由临潭到拉卜楞传教，他们遭到藏区僧俗民众的强烈反对，只是在当地官府的调解和保护下，反对洋人传教的社会风波才得以平息。从此以后，外国传教士在拉卜楞逐步立足，得到当地官方的允许，设立教会，修建教堂。同年，德国传教士赫尔德乐由贵州经四川到达今碌曲县拉仁关、西仓一带进行传教活动，也被当地藏族驱逐出境。玛曲县没有基督教传教士活动的文字记载和口头传说资料。
二、基督教在甘南地区的发展
甘南地区先后传人基督教的四个派别，其中最重要的是宣道会和神召会。
（一）宣道会
宣道会于1888年由美国传入我国，美国人赖普在湖北的武汉设立宣道会中国总会，甘肃分会的负责人是克省悟。1891年传教士到达临潭后住在旅店里就开始传教，临潭旧城绅士周肇南、居民袁鼎三等首先接受了基督教信仰，周肇南把外籍传教士安置在自己经营的周家店（旅店）里，将自己的房屋作为临时礼拜堂，并为传教提供各种方便。时隔不久，甘南宣道会在旧城成立．接着在旧城西城壕购买了一块坟地．随后又购置了一处房基地，两者连成一片。1894年在买来的地皮上建起了礼拜堂、宿舍、讲堂、灶房、马厩等设施，教堂及其附属建筑物既有西式楼房，又有中国大屋顶式建筑，颇具规模。当时还在教堂门口贴上了一副“饥渴慕义者来饮生命水．劳苦负重者快登福音门”的中国传统对联，以此来增加传教的效果。1909年传教士孙守成等人又在临潭新城南门河桥头占用公地修建了六间西式楼房，接着购买西街方姓人家的房基地一处．建起了一座5间瓦房大小的福音堂（教堂）进行聚会传教活动。至1910年前后宣道会在临潭的信徒达到50余人，奠定了发展的初步基础。
周肇南信仰基督教后不久举家从临潭旧城移居卓尼阳坝村．并以录巴寺、阳坝等地为基地。开始发展信徒。1902年吕成章、德文华等传教士从临潭的旧城和新城来到卓尼传教，开始传教时阻力很大，后来说服杨土司同意后．购买了下城门原藏王房宅地，创建了卓尼县的第一座福音堂。接着在1916年购买附近房屋和土地，扩建了福音堂和附属建筑物。
夏河自从1898年传人基督教后一直没有太大的发展。1922年，德裔美国传教士季维善等人向五世嘉木样活佛多次申请建立教堂，最后终于在河南村要了一块地皮（今夏河县卫生防疫站地址），马上破土动工，于年底基本建成。建筑规模宏伟壮观，布局结构独具特色，主体建筑教堂高两层，为西式结构的洋楼，雕梁画栋，极尽豪华，前面两院房屋百余间。教堂建成后正式宣告夏河宣道会成立，开始加大力度传教。后来由英国牧师海映光接替在夏河传教，1936年季维善重新来到夏河负责传教。他精通藏语，与藏民交往密切，并且经常深入牧区传教。季牧师除了在拉卜楞传播基督教外，又在夏河的阿木去乎和合作、碌曲的郎木寺等地发展了教会组织。
宣道会后期的发展比前期有所逊色。1917年，克省悟夫妇到临洮负责教务工作，后来回国。1927年，苟希天（临洮人）等人成立“中华基督教宣道会”，自任会长。1933年，美国教会派遣英国人莫天佑来到甘肃，召开筹委会，成立“华西部中国基督教宣道会”，委任苟希天为部长，设置委员6人，会后在各地分别成立“中国基督教宣道会”。继续拓展在各地的传教业务，但是发展势头明显减缓。
（二）神召会
1912年5月，传教士席汝珍在旧城宣道会与克省悟因传教方针不合发生分歧，1913年离开宣道会回国。1914年席汝珍又易名新普送（意思是重新将福音传给世人），携带长婿杰姆森、次婿陈维德及其眷属共4人．第二次返回临潭旧城。在周肇南的协助下在卓尼的阳坝（卓尼、临潭未分治前此地属于洮州，即今天临潭的辖地）成立了洮州境内的第一个“自立神召会”。1914年周肇南把自己在阳坝滩的部分家产捐献给教会，又率先在自己庄园内修建礼拜房5间，周肇南后来成为神召会的第一个中国牧师。随着临潭旧城、新城、业路等地信徒人数的增加，后来相继在这几个地方建立了神召会的传教机构和教堂。
1918年新普送在岷县县城大南门外成立神召会总会，临潭的神召会随即改为分会，新普送自任总监督，周肇南担任副总监督，在30多个县建立了分会。后来因为教务的扩大，改称“西北神召会”，教务活动向全国扩展，一直发展到青海的西宁、同仁、湟源、保安、贵德和宁夏银川、四川江油、河南新乡、山东青岛以及沈阳、广州、上海等地。1929年周肇南去世，不久新普送调离，岷县人周珍接任西北神召会总监督．临潭县业路的李攀云继任副总监督。1930年，临潭、岷县等地神召会为了纪念周肇南牧师去世一周年以及创建“自立神召会”16周年，在卓尼的阳坝举行了大型的聚会，捐资铸造一座铜质纪念碑置于礼拜堂前．铜碑两侧的对联是：“召宾客会风云葡萄名园历代叠山洮水：圣山川产乳蜜橄榄福地唯求灵雨恩膏。”横批是“召会圣产”，上面镌刻中外40多个教牧负责人姓名。
1921年由新普送的儿子新振华和夏维新（临潭人）两个牧师经向拉卜楞寺嘉木样活佛申请．在河南村要了一块地皮，在施主云丹（萨易昂藏族）的资助下打了院墙。1923年正式成立了“夏河神召会”。同年夏季在岷县神召会总会大力资助的基础上，夏维新牧师捐献八百两白银．聘请了洮州以冯牧师为首的十余名工匠，经过半年时间的修建，在当年秋末竣工。建筑物由三个院子组成，房屋有一百多间，主体建筑教堂高两层。均系汉式结构。最初参加聚会活动的有10余人，后期在夏河的合作、碌曲的郎木寺等地设立了分会，发展到最多有数百人参加活动。夏河县神召会自从成立后一直由神召会创始人新普送之子新振华主持，他熟悉藏文，能说一口流利的藏语，经常身着藏族服装深入到拉卜楞寺周围、碌曲草原宣传教义。1932年新振华路过定西境内的华家岭时遭到土匪抢劫而殒命。教徒闻讯捐款铸一个铁牌就地掩埋（后来迁葬到卓尼录巴寺教堂后面的神召会公墓）。夏河的教务由张佰英、杜克成和宁希荣等人主持了四年。从1936年开始由美国牧师魏亚哥主持，直到1952年他经香港回国。
1926年美国牧师陈维德和岷县传教士孟明世、蒋得明等人在舟曲县正式成立了神召会分支机构，开始发展信徒。1928年，美国人麦约翰来到舟曲．在巴藏成立了神召会传教组织——藏族会。1930年临洮县基督教信徒马文彬迁居到舟曲下巴藏．并在当地发展基督教“神召会”，到1936年，已经在城关、巴藏、大峪、瓜咱、丰迭等地相继建起了神召会的福音堂。
甘南地区除了基督教的宣道会和神召会两个比较大的派别外，1921年又有“基督复临安息日会”传人卓尼。1929年，基督复临安息日会德国牧师舒雅哥在卓尼土司杨积庆的许可下，在卓尼木耳桥附近创建了教堂。1932年他与杨土司订立合同，杨土司派赵国璋、雷兆祥、罗琦等人协助办理，建起了小型的装机500瓦的磨坝水电站．用来加工木材和安装电灯照明。这是甘南用电的开始。不过，“基督复临安息日会”在卓尼发展范围不大。直到解放初期才有23人。另外，1949年以前，舟曲县的官亭曾经设立过基督教“内地会”的传教机构，发展的信徒人数不多，后来经过沈定海等人的组织动员，在1949年改组为中华基督教的支会。
三、基督教在甘南举办的社会公益事业
基督教各派在甘南传教时，为了传教工作的顺利展开，同时也是为了教会的长期稳定发展，在甘南各地举办了一些学校、诊疗所和慈善事业。
（一）学校
1891年宣道会在临潭旧城教堂内附设一所圣经学校．临潭的周肇南、临洮的苟希天（后来成为临洮基督教负责人）等人就毕业于该校，他们成为第一批传教骨干力量。1911年宣道会又在旧城教堂内增设高等女学堂一所，校长由美籍传教士吕成章兼任，王汝器、周石泉、侯克卿等人为教员．1912年高等女学堂迁往岷县。1914年，在卓尼录巴寺教堂内附设高等小学校一所，校长是张露天，教员有陈维新、张得福等人，学生有赵海山、石克林等20多人。学校除按照当时教育部颁发的统一教材教学外，还规定无论是否信教，每周必须听两小时的“圣经”讲解，逢礼拜日还要求学生做礼拜、祷告。1919年高等小学班迁往临洮，录巴寺只留下一所初级男校。1922年，神召会也在卓尼阳坝建立了一所小学，历任教员有李攀云、李维俊、周石泉、周炳志等，1945年前后该校停办。另外，卓尼的“基督复临安息日会”在木耳桥教堂内也开办过教会学校。
（二）诊疗所
1929年，卓尼的“基督复临安息日会”在木耳桥教堂内附设诊疗所一处，由毕业于兰州中山医院的陈自新大夫坐堂诊病，教会负责人舒雅哥夫妇也经常出诊。这个诊疗所曾经治愈过土司杨积庆父亲的重病，对穷人和信徒一概不收医药费。1938年陈自新调往青海西宁市“警世堂”当大夫。岷县神召会派来杨春和、高慧乐夫妇为大夫，接管诊所医务。1946年，舒雅哥回国，诊所停办。其他各个教堂一般由牧师随身备有常用药品，平时在教堂或者在传教过程中免费发放药品并治疗常见疾病。
（三）兴办慈善救济事业
基督教各个教会在甘南传教过程中，遇到天灾人祸的时候经常搞社会救济。1929年，临潭因发生马尕西顺之乱，教会就在次年发给当地藏族和汉族生活特别困难的家庭每人一块银元的救济费，前后总共发放了4000多块银元。
四、基督教在甘南的传教方式和教派竞争
基督教在甘南地区传教时面对的是藏、汉、回各族民众，为了开展教务工作，除了办学校、建诊疗所和兴办慈善救济事业外．采取了各种各样的方法，宣道会和神召会为了争夺信徒展开了激烈的竞争。
（一）传教方式
为了传播基督教教义，传教士在汉族聚居区立足之后，开始设法进入藏族牧区。他们吸取在汉族聚居区传教的经验和教训，采取入乡随俗的办法，在藏区学说藏语，身穿藏族传统服装，每人起一个藏族名字。新振华的藏名是“希日仁青”，魏雅哥是“希日多杰”．季维善是“希日丹彭”．季维善的妻子藏名是“得吉草”，他的长子藏名是“贡去乎金巴”（汉名“神保存”），次子藏名是“贡去乎金排”（汉名“神保全”）。传教士经常深入草原用藏语宣讲基督教教义，还将《圣经》的部分章节翻译成藏文，印刷成彩色画片、小册子，并把这些宣传品赠送给藏族群众。1938年6月顾颉刚先生在夏河的考察日记证明外国传教士藏文水平很高，“我辈宿藏民之家，不见文字痕迹，独有藏文之《新旧约圣经》散粘窗壁间，而教士之藏文程度又甚高”。王树民也在同年6月的考察日记中记载了外国牧师方言的熟练程度，“斐牧师之居此较卓尼孙牧师（孙已居当地16年）为尤早，洮州话亦极纯熟，观此不能不为之暗自心惊也”。
神召会的创始人新普送的儿子新振华，16岁就来到中国，“舍名区即赴番地，至拉卜楞有大佛租地，得以建筑，而召会成立”。他精通藏语和藏文，经常打扮成普通藏民的样子到牧区传教。夏河教会的美国牧师季维善能说一口流利的藏语，常常深入草原传教。他在教会的院子里专门设有招待藏民的房屋，平时储藏充足的草料，以备过往藏民歇脚，深得藏民的喜欢与信任。他还办了一个藏族文化图书室．展览藏族生活照片和藏区自然风光照片。
基督教在甘南藏区最初传播时，常常遭到各地僧俗民众的激烈反对，部分传教士被驱逐出境。后来他们改变策略，每到一地，首先和当地政教上层人物建立良好的关系，然后在他们的支持或者默许下，开展传教工作。1921年宣道会的季维善到达拉卜楞地区传教，他首先拜见当地宗教上层人士，在他们的支持下，以每年向拉卜楞寺上缴510串铜钱作为房租的条件．由拉卜楞寺提供木料和劳力，在拉卜楞镇的河南村修建了宣道会的一座教堂，从此以后，基督教才开始在拉卜楞地区站稳脚跟。后来传教士采取同样的办法．在藏族的聚居区合作、阿木去乎和碌曲县的郎木寺等地相继建起了教堂。