在实证主义的影响之下，史学家们往往只对孤立的、零星的事实感兴趣，而对历史的总体进程及其内在联系十分冷漠。与此相反，不论是德意志类型的历史主义，还是克罗齐的“绝对的历史主义”，都认为历史在本质上就是人类精神的发展史。作为特殊的、具体的个体，他的所作所为，都是客观精神无限多样性和各种可能性的体现或展示。同样，历史上的个体之所以能够被理解，原因就在于他们都统一于、决定于人类的这种客观精神。因此，所谓历史研究，就不是孤立地确定个别事实的问题，而是要从人类历史的整个行程之中来揭示这一客观精神。在历史主义的影响之下，何炳松、朱谦之和钱穆等人都毫无例外地把历史视作为一个有机的整体，并从理论上论证了贯通式研究和溯源方法的重要性。何炳松就认为，“吾辈研究历史，志在求通”。在他看来，要求得历史的真相，最切实可行的手段，就是采用“溯源”的方法，即通过梳理历史的渊源流变，探明历史演进过程中的种种联系。所以，他认为：“史家抉择事实，旨在求异。所取方法，重在溯源。”钱穆也认为：“凡治史有两端：一曰求其‘异’，二曰求其‘同’。何谓求其异？凡某一时代之‘状态’，有与其先后时代突然不同者，此即所由划分一时代之‘特性’。从两‘状态’之相异，即两个‘特性’之衔接，而划分为两时代。从两时代之划分，而看出历史之‘变’。从‘变’之倾向，而看出其整个文化之动态。从其动态之畅遂与夭阏，而衡论其文化之为进退。此一法也。何谓求其同？从各不同之状态中，求出其‘基相’。其各基相相衔接、相连贯而成一整面，此为全史之动态。以各段之‘变’，形成一全程之‘动’。即以一整体之‘动’，而显出各分部之‘变’。于诸异中见一同，即于一同中出诸异。”钱氏所说的“异”与“同”、“变”与“动”，都是建立在对历史全程的整体研究基础之上的。换句话说，只有通过对历史全过程的研究，通过对历史与文化渊源流变的梳理，才能揭示出历史演变过程中的“异”和“同”、“变”与“动”。他认为，只有通过这种通体式的研究，才能“融贯空间诸相，通透时间诸相，而综合一视之”，“而后于史学真有得”。直到晚年，钱氏在给学生的论学书简中还一再强调：“穆平常持论，为学须从源头处循流而下，则事半功倍”，研究中国的历史与文化，如果仅仅“截取一节”，上不知源头，下不明流变，则“下语自然见病”。再如陈寅恪，尽管他很少将自己的治学原则与方法形诸文字，但从其治史实践来看，对于“溯源”的方法显然烂熟于心。陈氏终生以中古史为研究对象，颇有钱穆所谓只“截取一节”之嫌，但是，从其具体研究过程来看，也时常采取追本溯源的方法。其《隋唐制度渊源略论稿》和《唐代政治史述论稿》二书，都是运用这种方法而研究历史的代表性著作。在这两本著作中，陈氏依凭自己渊博的学识，对唐代政治史和制度史的渊源流变上溯下推，故而他所“提出的关于唐代政治和制度的一个观点，远比以往发表的任何观点（都要）扎实、严谨和令人信服”。他的学生在疏解《隋唐制度渊源略论稿》一书时就认为，“明一代学术文化之系统，首先要究其所出，即确知其渊源，其次要穷其所变，即完全了解其变化。有此二者，则此种学术文化发展（亦即损益）的具体迹象，始可得知，始可确定其系统所在也”，并一再点明“先生（即陈氏）重视渊源系统可知也”、“可见先生对渊源系统之重视也”。正是在这种贯通式和溯源式的研究过程中，中国近代的史学家们开始从理论上冲破实证主义史学的樊篱，把“史学便是史料学”转而变成为史学乃“人群活动特异演化之学”（何炳松）、史学乃“精神科学或文化科学”（朱谦之），并力求从总体的进程之中来理解和把握历史发展的脉搏。随着研究的不断深入，钱穆看到了贯穿中国历史进程之中的“独特精神”，陈寅恪则发现了贯穿中古时代的“种族与文化”的两大线索。作为一种学术观点，钱、陈两人的创见也许还有这样或那样的不足，但是，从比较的角度来看，他们对历史的这种理解与把握，无论是在深度上还是在广度上，都是实证主义史学所无法企及的。
当然，历史主义对中国近代史学的影响也并不都是积极的，它的消极方面也同时存在。巴勒克拉夫认为，从消极的影响来看，历史主义对西方史学曾产生五个方面的“实际后果”。这五个方面的“实际后果”，在中国近代史学中也都不同程度地存在。其中，特别值得一提的，还是在历史观方面。不论是新康德主义的历史主义，还是新黑格尔主义的历史主义，在历史观方面都是彻底的唯心主义。在它们的影响之下，不论是梁启超、何炳松，还是朱谦之、钱穆，几乎都毫无例外地把历史变化和发展的终极原因归之于心理或精神文化因素。例如梁启超，在接受李凯尔特的影响之后，便转而从“心力”的角度来讨论历史发展和变化的原因。在《中国历史研究法》一书中，他就认为：“历史为人类心力造成，而人类心力之动乃极自由而不可方物，心力既非物理的或数理的因果律所能完全支配，则其所产物之历史亦与之同一性质。”在《研究文化史的几个重要问题》一文中，他更是把李凯尔特的新康德主义历史观发挥到了极致。他说，“我近来细读立卡尔特（李凯尔特）著作，加之自己深入反复研究”，结果发现以前所主张的历史研究要探讨“因果关系”一说“完全错了”，因为“历史为文化现象的复写品”，而“文化系是自由意志的领土”，当然毫无因果关系可言。再如何炳松，一方面认为导致人类社会演进的原因是多种多样的，但另一方面又认为心理的因素是其中最基本、也是最重要的原因。他说：“吾人果欲说明社会事实之演化，非直溯心理之原因不可”，“演化之最后说明，不能不求援于心理方法。”朱谦之则更是认为，一部历史就是人的本能（欲望与目的）与环境宣战的生机主义史，历史发展的动因就是基于人的种种本能，所谓“历史的法则”就是由人的种种本能构成的。至于钱穆，也是把精神文化视作为历史发展进程中的决定性因素。钱氏最初是以擅长考证而登上史坛的，但是“他从来不掩饰他对于传统文化的尊重，也不讳言他的考证是为了一个更高的目的服务——从历史上去寻找中国文化的精神”。所谓“文化精神”，钱氏有时又称之为“历史精神”。在他看来，文化精神或历史精神，既是历史发展的结果，又是推动历史发展的内在原因。因此，研究历史“所最应注意者，乃为此历史背后所蕴藏而完成之文化。历史乃其外表，文化则是其内容”。他认为，在历史的发展与变化过程中，“宛然有一进程，自其推动向前而言，是谓其民族之精神，为其民族生命之泉源。自其到达前程而言，是谓其民族之文化，为其民族文化发展所积累之成绩”。故而，“治国史之第一任务，在能于国家民族之内部自身，求得其独特精神之所在”。在这几个人中，陈寅恪似乎是个例外。王永兴通过对陈氏许多著作的解读，认为“陈寅恪先生很重视社会经济在我国数千年历史发展中的重大作用”。的确，与何炳松、朱谦之和钱穆等人相比，陈氏在历史研究过程中对经济问题的重视，是独树一帜的。但是，从总体上来看，与经济因素相比较，种族与文化在陈氏心目中所占的地位，无疑要重要得多。而在种族与文化之间，陈氏更为注重的往往又是文化。从这个意义上来讲，陈寅恪的历史观在总体上与钱穆并无二致。这种把历史发展的终极原因仅仅归结为心理或精神文化层面的历史观念，不仅与历史的真相相差甚远，而且也严重地限制了历史研究的范围。
正是历史观方面的这一重大缺陷，导致了历史主义史学在理论上的内在矛盾。巴勒克拉夫认为，在历史主义的影响之下，史学家们往往过分地强调历史的个别性和特殊性，而忽视了“概括或试图发现存在于过去之中的共同因素”。如前所述，历史主义是从区别自然与历史的不同范畴开始而构筑其历史理论的。在历史主义者看来，由于范畴的不同，导致了自然科学和历史学之间的根本分歧，前者以探求一般性和普遍性为目的，而后者则以个别性和特殊性为基本诉求。在它的影响之下，梁启超、何炳松和钱穆等人，差不多都把历史的个别性和特殊性，当作研究的重点，而忽视对历史进程中一般性和共同性的探讨。梁启超在接受新康德主义的历史哲学之后，反复强调的就是历史的个别性和特殊性。在他看来，历史不同于自然，自然是“反复的”、“完成的”，而历史只是“一度的”和“不完成的”，由于历史“纯为个性发挥之制造品，而个性可谓之无一从同”，故而“凡成为历史事实之一单位者，无一不各有其个别之特性。此种个性不惟数量上复杂不可偻指，且性质上亦幻变不可方物”。正因为如此，“史家与自然科学家正相反”，后者专求“共相”，而前者专务求“不共相”，如果史家也像自然科学家一样，“把许多史迹相异的属性剔去，专抽出那相同的属性，结果便将史的精魂剥夺净尽了”。何炳松也认为，历史学之所以不同于自然科学，最主要的原因就在于，“自然科学家之于实质，抱一种通概之眼光研究而组织之”，而史家“于历史之实质，则纯以求异之眼光，研究而组织之”。至于钱穆，强调得最多的也是历史的个别性和特殊性。在他看来，历史的个别性和特殊性体现在横向和纵向两个方面。就横向的方面来看，写历史就如同写一个人的传记，音乐家之所以区别于运动家，网球家之所以区别于足球家，最主要的原因就在于每个人都具有自己的特殊“个性”、特殊“环境”和特殊“事业”。“一人如此，一民族、一国家亦然”，故而，“写国史者，必确切晓了其国家民族文化发展之‘个性’所在，而后能把握其特殊之‘环境’与‘事业’，而写出其‘精神’与‘面相’”。从纵向的方面来看，一个人、一个民族或一个国家在不同的时期，都具有不同的情况。因此，写历史不仅要写出一个人、一个民族或一个国家在总体上区别于另一个人、另一个民族或另一个国家的个别性和特殊性来，而且还要写其在不同历史时期的不同“动态”和“精神”。就国史的写作来讲，就应该“于客观中求实证，通览全史而觅取其动态。若某一时代变动在学术思想，我即著眼于当时学术思想而看其如何为变。若某一时代在政治制度，我即著眼于当时之政治制度而看其如何为变。若某一时代之变动在社会经济，我即着眼于当时之社会经济而看其如何为变。变之所在，即历史精神之所在，亦即民族文化评价之所系”。应该说，比起实证主义史家（如傅斯年）把史学作为一种具有普遍意义的、放之四海而皆准的客观知识来，历史主义史学对历史的个别性和特殊性的发掘，无疑是一个认识论上的重大飞跃。但是，他们毕竟走得太远了。他们只看到了历史的个别性和特殊性，而没有看到人类历史的一般性和共同性。历史如果只有个别性和特殊性，那么历史知识又如何能成为一门有系统的知识呢？晚年的梁启超，就曾深深地为这一问题所苦恼。他说：“（历史学）把许多‘不共相’堆叠起来，怎么能成为一种有组织的学问？我们常说历史是个整体的，又作何解释？……这是历史哲学里头的最大关键。我现在还没有研究成熟，等将来再来发表意见罢。”不仅梁启超在这个问题上未能自圆其说，就是何炳松和钱穆等人，也始终未能解决这个问题。
从世界的范围来看，在导向反对以历史主义为代表的唯心主义史学的各种因素中，“马克思主义思想起了特别重要的作用”。就中国的情况来看，也是如此。中国的马克思主义史学自它诞生的那一天起，就以历史唯物主义为武器，对形形色色的唯心主义历史观展开批判。到了三四十年代，中国马克思主义史学在历史本体论和历史认识论等历史哲学的所有重大领域，都完成了自身的理论建设。到了40年代初期，在整个中国历史学界，马克思主义的历史哲学已逐渐为越来越多的人所熟悉、所接受，盛极一时的实证主义史学和历史主义史学的影响力，则日益萎缩。故而，当年就曾有人作过这样的估计：“唯物史观的科学方法是在不断地发展之中，它已走向独占中国历史园地，击溃一切非科学的历史方法的道途之中。正因为它已成为历史学中的主力，因而起着主导的作用。”至于马克思主义为中国现代历史哲学观念所带来的决定性变革，本书已有专章详加讨论，这里就不再赘述了。