直肠大部分时间是空的，当结肠的粪便进入直肠后，直肠才被粪便扩张，刺激直肠的压力感受器，通过排便反射传入神经传到大脑皮层，产生便意，排便指令通过传出神经传到参与排便的效应器官，于是直肠收缩，肛门括约肌松弛，膈肌和囊肌收缩，憋气，腹压增加，将粪便排出体外，这是正常排便过程。肠的蠕动常由胃-结肠反射引起，故排便常发生于进食之后。
因影响排便的过程而发生便秘的因素很多，但总的来说不外乎以下五个方面：
1.不合理的饮食习惯和不良排便习惯
(1)没有养成定时排便的习惯：忽视正常的便意，排便反射受到抑制，日久易引起便秘。
(2)饮食过于精细少渣，缺乏食物纤维：由于纤维缺乏，粪便体积减小，黏滞度增加，在肠内运动缓慢，水分过量被吸收而导致便秘。
(3)液体量摄入不足：粪便得不到水分的湿润而变得干燥。
(4)肥胖、不活动：特别是因病卧床或乘坐轮椅者，缺乏运动性刺激以推动粪便的运行;摄食本身不能使粪便向前推进，必须依赖医护人员的帮助实施排便，在病人有便意时，不能提供排便的机会，排便冲动消失，就不容易排便。
2.结肠、直肠功能性障碍及器质性病变
(1)先天性疾病：如先天性巨结肠，其肠神经系统的正常发育停滞并有一段长度不等的结肠缺少神经细胞，阻碍了结肠的正常蠕动和肛门内括约肌对直肠扩张的反射性松弛。
(2)肠腔狭窄：如炎性肠病、外伤后期及肠吻合术后的狭窄、肿瘤及其转移所致肠狭窄。
(3)出口性梗阻：如盆底失弛缓症、直肠内套叠、会阴下降、直肠前突等。
(4)肛管及肛周疾病：如肛裂、痔等。疼痛性病变如肛裂、栓塞性内痔、黏膜脱垂、溃疡性直肠炎等都是便秘的原因。
(5)其他：如肠易激综合征。
3.肠外病变
(1)神经系统疾病：如脑梗死、脑萎缩、截瘫等。中枢神经系统疾病与便秘关系最密切，神经调节的中断是引起便秘的原因。
(2)内分泌与代谢性疾病：一些内分泌和代谢性疾病，如糖尿病、高钙血症、低钾血症、卟啉病、甲状腺功能减低、垂体功能减退、甲状旁腺功能亢进、假性甲状旁腺功能减退、嗜铬细胞瘤、胰高血糖素瘤，可影响平滑肌功能而引起继发性便秘。
(3)盆腔疾病：如子宫内膜异位症等。
(4)药源性疾病：①含钙、铝制剂：氢氧化铝制剂如氢氧化铝凝胶、吉胃乐、氢氧化铝片。胃舒平等，钙制剂如碳酸钙等，在肠道不易被吸收，并延缓肠道运动，长期或大量应用这些药物则可引起便秘。②镇痛剂：部分镇痛剂如盐酸吗啡、镇痛新、盐酸美沙酮等有平滑肌兴奋作用，兴奋胃肠道平滑肌而使其张力提高，减弱肠管推进性蠕动面引起大便秘结。③抗胆碱能药物：抗胆碱能药物如阿托品、颠茄酊、山莨菪碱、普鲁本辛等，河解除平滑肌痉挛，抑制胃肠运动，导致大便秘结。④铋制剂：临床常用的有德诺、果胶铋，因其所含的铋在肠道不易被吸收，并延缓肠道运动，长期或大量应用这些药物则可引起便秘。⑤利尿剂：利尿剂如速尿、双氢克尿噻、丁尿胺等可以引起便秘。其机制有二：一是大量利尿后，体内水分减少，肠道干涩，大便排出艰涩;二是利尿剂可引起低血钾，使肠道蠕动减弱了结果导致便秘。⑥长期滥用泻剂：长期使用刺激性排便药，会引起直肠对刺激的敏感性降低，从而形成对泻药的依赖性。
(5)肌病：平滑肌病变如平滑肌孤病、强直性肌营养不良和进行性系统性硬化症，则由于改变了结肠排空和直肠、肛门内外括约肌的功能而引起便秘。
4.社会心理因素
(1)工作紧张、久坐、运动不足。
(2)人际关系紧张、家庭不和、心情长期处于压抑状态，都可使自主神经紊乱，引起肠蠕动抑制或亢进。
(3)生活规律改变，如外出旅游、住院、突发事件影响，都可导致排便规律的改变。
5.其他原发性或继发性脱水、铅中毒、老年营养不良等。便秘的发生与年龄增长有关，随着年龄的增长肠道发生以下变化：①消化液分泌减少：唾液腺、胃肠和胰腺的消化酶分泌随年龄增长而减少，导致消化不良及肠液减少，大便干结而难于排出。②排便辅助功能减低：老年人及妇女多次孕产之后，腹部和骨盆肌肉无力，形成的腹压及肠道推动力不足，大便难以排出。③结肠运动减弱：老年人结肠肌层变性，肠平滑肌张力减弱，肠反射降低，蠕动减弱，均可导致便秘。
目前在慢性便秘的发病机制方面有很多研究，如测压研究、肠电活动研究、肠壁内血管活性肽和P物质的研究等，为其诊断和治疗提供了理论依据。但慢性便秘的病理生理学尚有待于更深入研究，以最终阐明慢性便秘的发病机制，为患者提供更有效的治疗措施。