到这时义律才发觉自己是自投罗网，倘有再大的本领也难出境。他想理直气壮地提出抗议。可是，他也感到真正理直气壮、语气坚决，态度强硬的不再是他，而是清朝的禁烟领袖钦差大臣林则徐。林则徐正义凛然，有理有利有节，刚柔并济，毫不妥协，经过几个回合的较量，义律及其外国鸦片贩子全部败下阵来。他们理屈词穷，再想抵赖拖延可已经无计可施。在正义的力量的威力下，义律已是走投无路了，不得不宣布缴出全部鸦片。义律一败，其他英国鸦片贩子们也个个灰溜溜的，他们只得报出自己贮存鸦片的数目。这一次义律老老实实地将全部英商所有鸦片数目报呈林则徐。义律说：愿意严格地负责，忠诚而迅速地呈缴英商所有鸦片20283箱。其中，查顿洋行7000箱，颠地洋行1700箱。这总计20283箱鸦片的价值为63266英磅。
林则徐接到英商呈报趸船存烟的实数后，立刻下令派人给他们送去食品和200只牛羊，给这些断绝了五天供应的洋人以犒赏。同时，他又照会其他国家的领事，要他们和义律一样赶快把本国商人所藏烟土如数呈报并呀候处理。为了检验英商所报数字是否真实，他又找了一些知情人核实情况，并与邓廷桢商议收缴鸦片的具体办法及时间等事宜。
虽说事已如此，可英商们仍不甘心失败，更不甘心白白损失6万多英磅。义律又生事端：如果清朝不撤掉包围我们住所的军队，停泊在外海的趸船就不会顺从缴出鸦片。如果他们全部开走，我们不负责任，因为他知道一旦鸦片贩子逃出境外，对缴烟的保证就可以赖账。林则徐识破了义律的伎俩，派人驳回了他的无理要求，并继续封锁商馆，商馆周围有四条对外通道，堵塞了三条。另外除商馆正门以外，所有后门用砖砌死，每天派人给他们送食物和饮用水，继续实行“不恶而严”的办法。
林则徐一边继续派人与义律交涉缴烟事项，一边与其他官员一起研究缴烟办法。那些装有鸦片的船只东漂西泊，四处躲藏，不容易将其归拢。而且将2万多箱鸦片一齐收缴的确不是一件易事，需要制定一个周密的计划。林则徐经过与众人反复商议后，制定了《收缴趸船烟土章程》。《章程》对缴烟的各个环节都做了具体的规定。如：在请点烟箱时，在每个箱面上必须盖上船主的印章，同时要查看是不是有开启的痕迹。经查没有开启的盖上“原箱”印迹，开启过的烟箱要查点鸦片数目，数目不足要补齐，贴上封条，然后装上船运回陆上。又如：拆开箱验数时，需要一文一武两个人同时负责，并且逐一标上号码，画押后封上封条，封条上写上负责人的姓名，再送到看守人手里。如果日后查验封条有破损之处则拿看守人是问。《章程》中对存放收缴鸦片地点也作了规定。经过勘查，定在镇上村的广东水师提署。《章程》中写明，署内房间装不下时，在院子里搭上大棚子，上面铺上瓦或者厚重的席子，地面铺上木板，四周有栅栏，并挖有排水沟，只留一个出入的通口派兵把守。
负责办理此事的是水师提督关天培，他按照林则徐的指令在虎门做了详细妥善的安排。由于提署地方狭小，装不下这2万多箱鸦片，就在附近又找了一些庙宇和民房，并一律按照《章程》规定的要求安排。
林则徐还亲临虎门，来到沙角，登上沙角炮台，亲自调度缴烟之事。根据实际情况，随时调整缴烟的步骤，以求加快速度并不出纰漏。
4月11日，一部分外商的鸦片趸船按命令驶到龙穴附近。缴烟开始了，士兵们紧张有序地清点、验明、记录、搬运。林则徐站在沙角炮台上向远处眺望，看着人们紧张收缴鸦片的情景，他心潮起伏，浮想联翩：这毒害了中国人民几十年的鸦片终于被收缴了，用鸦片来毒害中国人民的英国侵略者不得不听从清廷官员缴烟的命令，终于失去了往日的威风。这大快人心的壮举，令所有鸦片贩子们胆寒。中华民族有希望了。
缴烟工作持续了一个多月，直到 5月18日才收缴完毕。在收缴期间，义律等人又几出花招，阻碍缴烟，林则徐则遇事不慌，并且计高一筹。林则徐表示：“若鸦片一日未绝，本大臣一日不回，誓与此事相始终，断无中止之理。”义律等人害怕再拖延缴烟会带来更大的损失，只好眼睁睁看着鸦片一箱箱地被收缴干净。
5月23日，英国的鸦片贩子颠地等人奉林则徐之命，写下保证书后被驱逐出境。义律则带领所有商馆内的英国人离开广州。缴烟的斗争以英国侵略者的失败而告结束。此次收缴鸦片共计19187箱零2119袋，每袋的重量都相当于一箱的重量，折合计算共收缴21306箱鸦片。
在收缴趸船鸦片、堵塞鸦片来源的同时，林则徐又采取了一系列措施，全面扫荡广东鸦片流毒。他总结了自己以前在湖广禁烟时的经验，制定了《禁烟章程十条》。《章程》中，具体规定了查禁鸦片的途径和办法。这是广东禁烟运动的纲领性文件。其主要内容是将吸毒用的烟枪等烟具及烟土一概缴官，知情者要揭发检举；有过者自己改之；官员中有吸食者一经查明定当革职治罪；兵丁中要互相担保；对进出港口的船只严加盘查，严禁夹带鸦片；寺庙、旅馆等要登记寄宿人的姓名。这十条中对吸食、贩卖、贪污、私藏、借机栽赃陷害等人都定有罪名。这一系列的措施深受广东人民的支持，很快缴烟、缴烟枪的人纷纷前往官府，形成了“一人之瘾，众人断之”的局面。
从3月15日起到5月12日止，两个月的时间捕获吸毒，贩毒罪犯1600名，收缴烟土烟膏461526两，烟枪42741杆，烟锅212口。禁烟运动初步告捷。
收缴了这么多的鸦片，没有严密的防范是不行的。林则徐命令在每一处存放鸦片的地方，内派文职人员正副12名分别看守，外派武职10名，并带领弁兵100名，昼夜巡逻，不得有一点闪失。可是有些亡命之徒利气智昏乘夜里人静之时，以为自己行动诡密，可以躲过看守人员的耳目，便翻墙越檐，凿箱偷取鸦片。看守人员，先后共抓获10余名偷盗者送入官府，立即给予严办。
缴获了这么多烟，如何处理呢？林则徐上奏朝廷，请示皇上是否应派人押送到北京，待派文武大臣验明后再行烧毁。在等待皇上的批示时，林则徐又做了第二手准备，即就地销烟。
林则徐广泛争求意见和建议，找到了不少好办法。以前在湖广禁烟时用的是焚烧法，但是用火烧过后，残渣或是余膏渗入土里以后，那些被烟瘾熬得耐不住的吸毒者竟然挖土取烟来满足吸毒的需要。所以用焚烧的办法是不行的。用什么办法处理鸦片之后，可以使鸦片不留痕迹，达到全部、干净、彻底销灭的目的呢？林则徐等人经过广泛听取意见后，了解到鸦片的克星是盐卤和石灰。把鸦片放入石灰和盐卤中煮化，鸦片就会变成渣沫，再也不能形成膏状，从而也就无法再吸食了。可是，2万多箱鸦片得建多少个炉灶和使用多少口大铁锅来进行煮化呢？如果建千百个灶台，那既费时费工又耗人耗物，还不易管理。在短时间内也很难处理这么多鸦片。林则徐和关天培每日磋商，终于想出了一个最佳办法：挖池浸化。这就是挖大水池子，用水池子代替铁锅，在水中撒放盐卤，然后把鸦片放进卤水之中，泡上半天之后，再把整块烧透的石灰抛进池中进行搅拌，这样，就达到彻底销烟的目的了。
林则徐的奏折送到北京后，道光皇帝与众臣商议，认为将鸦片押送进京，路途遥远，费人费时，且沿途中免不了有人抢劫和偷盗，不如就地销毁比较妥当。于是，派人传旨就地销毁。
接到皇上的圣旨，林则徐立即派人在镇口村码头旁的高地上按计划好的方法挖水池子。为了提高销烟的速度，林则徐命人挖了两个大池子，准备轮流浸化。水池子长宽各15丈多，池底铺上石板，防止鸦片渗入泥土里。水池子的前边有一个涵洞，是用来排放鸦片渣沫的。水池子后边有一条水沟，是用来往水池里注水的。水池四周钉上栅栏，盖上几座棚子，这几座棚子是专供官员监督检查销烟的。
一切准备工作就绪，6月1日这天，林则徐在海边设立香案祭告海神。他在祭文中说道：“以日内消化鸦片，放出大洋，令水族先期暂徙，以避其毒。”以当代人的眼光来看，会让人觉得林则徐此举幼稚可笑，但是从另一个侧面来看，我们会感到林则徐热爱怜惜生灵之心情，他深知鸦片之毒流入大海后，会污染海水而殃及鱼虾，以一片赤诚之心祷告海神令水族先期避祸，“本除害马，岂任殃鱼！比诸毒失强弓，会须暂徙；庶使纤鳞凡介，勿损滋生。”林则徐纯洁善良之心，如若水族有灵，也当感激至深。林则徐在祭文中又说道：“有汾浍以流其毒，况茫乎碧澥沧溟；虽蛮貂之邦可行，勿污我黄图赤县！”在此，林则徐再次庄重告知天下，中华民族禁毒、销毒的决心不移。
6月3日，古老的虎门寨下，前来观看销烟的群众人山人海，房上树上只见人群不见了青山绿树，大家都要一睹销烟的盛况。在山脚中央搭着一座礼台，上面挂着麒麟帐，铺上红地毯。山前山后布满哨兵。写着“钦差大臣奉旨查办广东海口事务大臣节制水陆各营总督部堂林”的黄绫长幅，高高地迎风飘舞，气氛非常庄严肃穆。
午后二时许，林则徐在怡良等官员的陪同下，登上了礼台。在轰鸣的礼炮声中，震动世界的虎门销烟开始了。只见一群民工把木板横搭在水池上，然后站立其上，向水池中撒下盐巴。另一群民工先将鸦片箱辟开，将鸦片取出过秤，并切成四瓣，抛进池中。浸泡一会儿后又把一担担烧透的石灰倒进盐水池里，再用锄头，木耙反复翻搅戳动。少时，销烟池便如同沸腾的汤锅，鸦片被煮化，渐成渣沫，池子上面烟雾冲天、股股臭气熏腾着飘散开来，令人难忍。只见群众立刻欢声雷动，群情激昂，无不拍手称快。渐渐地池水停止了沸腾，烟雾消逝了。一池鸦片销毁后，立即打开涵洞，把渣沫冲入了大海。然后注入新水，开始又一池的浸化。太阳快要落山时，170箱鸦片全部化为渣沫冲刷入海，当海水退潮时，这些污秽之物便随着海水流向大洋。
为了让外国人也能见到这一壮举，林则徐发出告示，准许外国人前来参观。当开始收缴鸦片时，许多外国人就不相信林则徐会真的销烟。他们对钦差大臣如何处理已缴的鸦片揣测颇多，有人预言这些鸦片将为林大人等官吏们私吞，有人断言中国人是不会销毁一斤鸦片的，也有些人认为，一定会被偷去许多，而实际烧不了多少。他们带着各种猜疑，怀着各种心情，都想亲眼看看销毁鸦片的情形。现在，他们亲临现场，并得到林则徐特许可以走近池前仔细观察销烟的全过程。这些外国人在事实面前，不得不佩服林则徐的魄力，为他禁烟如此彻底和廉洁而赞叹，同时又为他销烟现场布置得如此严密有序而叹服。
这场销烟运动从6月3日始，用了23天才全部销毁完毕共销毁鸦片19179箱，另外还有2119袋，总重量达2376254斤，仅留下8箱准备押送回京作为样品呈交皇上，道光皇帝下令无需送京，就地销毁。
6月25日，销烟结束后林则徐、邓廷桢满怀胜利的喜悦离开虎门，回到广州。
虎门销烟结束了，但这一壮举在中国近代史和世界近代史上产生的历史作用和重要意义远远超出查禁鸦片本身。作为清政府抗英禁烟标志的虎门销烟，不仅把禁烟运动抵制外国鸦片侵略推到了“顶点”，而且，也成了中国人民反帝反封建的资产阶级民主革命战争的伟大的起点。林则徐为中华民族立下了名垂千古的功勋，他是中国近代第一位杰出的民族英雄。他不仅为中国人民所敬仰，而为世界人民所钦佩。英国伦敦世界名人伟人蜡像馆中矗立着林则徐的蜡像以及中英文对照的“禁烟条约”，就是最好的证明。