以廖承志等为首的中共华南工作委员会根据党中央的指示，决定邹韬奋、茅盾、胡绳、戈宝权等人由广东人民抗日游击队港九支队派员护送，从香港秘密转移到游击总队司令部驻地——宝安县白石垅村。从香港到白石垅相距百余里，沿途既有日军关卡，又有士匪出没，营救任务十分艰巨。第一道难关是从香港偷渡到九龙。为了保证途中安全，游击总部特地选派了几名机智能干又熟悉情况的交通员。参加营救工作的交通员到港后，很快与邹韬奋等人联系上了，并帮助他们化装成客商、海员、医生、太太、工人、小贩，以避开敌特耳目，摆脱监视跟踪。经过几天几夜的长途跋涉，邹韬奋等人于1月13日安全到达了东江游击区的前哨基地——白石垅。
邹韬奋先是住在白石垅游击队队部，后遵照游击队总部决定转移到龙华的阳台山。此时他的夫人和子女也从香港来到此地与韬奋团聚。在阳台山，邹韬奋还热情地参加了游击队的宣传教育工作。他与戈宝权、沈志远等人，经常为游击队写传单、标语，给战士上文化课，讲故事，促膝交谈。邹韬奋出于一个职业记者、出版家的本能，非常关心游击队机关报《新百姓报》和《团结报》的编辑工作。每当空闲时，总爱到简陋编辑部，认真翻阅报纸。
3月间，中共中央南方局来电，说国民党当局秘密下令通缉韬奋，指令敌特机关发现时“就地惩办”。韬奋夫人和孩子们先离开东江前往桂林，韬奋本人则继续留在东江生活了一段时间。
4月初，党组织决定将邹韬奋等人转到龙川老隆。临别时，为表达对白石垅游击总队指战员的感激之情，邹韬奋特题写了一幅“保卫祖国，为民先锋”的条幅留作纪念。
8月底，国民党加紧了搜捕行动，开始注意山乡小村生疏人。为防不测，陈炳传反复交待邹韬奋如何在晚上辩别狗叫声，如何在不同条件下跑往隐蔽地等，并请当地党组织派人送来了一支左轮枪，一支驳壳枪，以便武装自卫。这时，龙川地下党组织派了一个通讯员，与原在生活书店工作的职员冯舒之一起来到江头村，准备接送邹韬奋到苏北解放区。临行前的一天，正值中秋节。邹韬奋为表达对村民的感激之情，特在老学堂内设下便宴，与村民们一一话别。
第二天，邹韬奋早早起床，找来笔墨为陈炳传留下4幅墨迹，并深情地说：“我不会忘记江头村，不会忘记你们全家和全村百姓。”江头村是韬奋第一次深入接触的祖国农村，也是他第一次和祖国劳动人民交往的场所。
9月25日，邹韬奋、冯舒之等人离开了江头村。几经曲折，他们来到湘、鄂两省交界处的藕池口，进入了敌占区。邹韬奋在藕池口特意买了一批湖南土碗装在船上，继续装扮成商人以便通过敌占区。可是船行不久，因河水枯浅被迫离船登岸。邹韬奋只好就地把那批碗处理掉。
后来，他们在当地雇了一个挑夫帮助送行李并想找个饭馆吃点东西。刚到路边的一个小饭馆坐定，忽见一伙伪军骂骂咧咧地朝他们这边走来。挑夫见状，忙把放在门外的行李搬进房内。这一举动立刻引起这伙伪军的怀疑。在一个小队长的吆喝下，七八个伪军蜂涌而上，不容分说地将邹韬奋与冯舒之拉到两个房间，严加盘问：“干什么的？”邹韬奋按照事先编好的“口供”，对伪军小队长说：“我是香港商人，跟我在一起的是伙计。日本人占领香港后生意不好做了。我只好回上海老家去。”冯舒之也用同样的话回答伪军的审问，伪军小队长见两人答话没露什么破绽，又见邹韬奋随身带有通行证，检查行李也没发现什么可疑东西，便快快地走了。
邹韬奋、冯舒之离开饭馆后，马不停蹄连夜赶赴汉口。10月初邹韬奋、冯舒之安全抵达上海。在与冯舒之分别时，邹韬奋激动地说：“如果没有你，我真没有能力平安到达上海！”在上海，韬奋曾找医生治耳病，初步诊断为中耳炎。
因邹韬奋在上海的熟人很多，为了安全，他只好整天呆在房间里。当时上海的形势很紧张，公共租界和法租界都被日军接管，爱国进步人士被逮捕，遭暗害的事件时有发生，这时的邹韬奋更急切盼望能早日赴苏北解放区。在上海地下党组织和中共中央华中局的周密安排下，苏北解放区大众书店女青年王兰芳，受组织委派专程来到上海负责接邹韬奋，协助转移的还有一位40岁的华太太。
11月间的一天，扮作女儿的王兰芳，陪伴着夫妻打扮的邹韬奋和华太太，在两个交通员的带领下，早早上了路。邹韬奋穿着一件古铜色的呢袍，戴着一顶黑色毛皮筒帽，摘下那付高度近视眼镜，倒也很像商人模样。他们“一家”老少互相关照，时紧时慢地赶着路，碰上关卡检查时，邹韬奋因没戴眼镜看不清，只得装作重病在身的样子，由华太太和王兰芬左右搀扶着。交涉之事，全由从小在苏北长大、对这一带情况了如指掌的王兰芳出面应付。
经过10多个月的辗转奔波，进入苏北解放区。不几日，新四军第一师师长栗裕获悉邹韬奋已抵清江，当即派人将邹韬奋接到师部所在地——东台县三仓。在这里，邹韬奋见到了敬慕已久的粟裕、陈丕显等人，并受到了新四军指战员的热烈欢迎。当时陈毅军长曾来电要求保证韬奋的安全，并希望在盐城地区新四军军部会见韬奋，共同商量如何在华东广大解放区开展文化出版事业。
11月下旬开始，韬奋到苏中解放区三仓地区进行社会考察，了解根据地的形势；参观民兵、妇救会、儿童团的活动；参加一些干部、群众和各阶层人士的座谈会，并作了详细笔记。11月底后，他又随苏中行政公署转移到南通县骑岸镇，继续进行社会调查。他不顾耳病复发，到机关、学校，甚至到敌占边沿地区向群众讲演。他曾多次与苏中行政公署文教处处长刘季平畅说观感，并郑重地向他提出入党要求。他将周恩来在几年前关于这问题的答复告诉刘季平，然后说：“现在我已经不能在国民党统治区公开露面，这样的时期已经过去。我希望同意我入党。”刘随后向苏中区党委和华中局作了汇报。
12月上旬，韬奋到盐阜区考察。他在阜宁县新四军三师师部见到了黄克诚师长，并在师部住了约半个月，进行社会调查。他为解放区报纸写文章，计划帮助当地创办一个刊物。12月间，他与陈毅军长通过几次信。这时，韬奋耳病恶化，经医生诊断为癌症，需要回上海治疗。临走时，他曾对一位同志说：敌后抗日民主根据地是全国最理想的地方，真正的民主自由在共产党领导下的抗日根据地实现了。他“希望病快快好，好了立即就回来”。