章太炎的《驳康有为论革命书》为章太炎赢来了空前的声誉，但也为他带来了囹圄之苦。在那个黑暗的时代，要唤醒沉睡的民众，没有一点牺牲的精神是难以办到的。章太炎正是样。他的文章唤醒了民众，搅起了革命的新高潮，但他本人却被关进了黑暗的监狱。
事情的始末还得从《苏报》谈起。
《苏报》本是一家刊载市井俚俗杂事的极不起眼的小报。1896年，湖南人陈范出资买下了这家报纸。陈范本是一知县，因教案而丢官，“愤官场之腐败，思清议救天下”。由于抱着这样的办报宗旨，使得他的思想倾向逐渐由改良维新转向革命。尤其是1902年以后，《苏报》与爱国学社达成了协议，由爱国学社的教员轮流给《苏报》写稿，这样，《苏报》就成为了爱国学社师生发表言论的一个主要的阵地。自然，《苏报》的思想倾向就深受爱国学社的影响而日趋革命。尤其是1903年 5月以后，陆续发表了邹容的《革命军》自序、章太炎和章士钊推荐和介绍《革命军》的文章，以及摘要发表了章太炎的《驳康有为论革命书》，一时间，报纸的版面上充斥了“革命”、“民主”、“排满”等醒目的字眼，掀起了一个宣传革命的高潮。
《苏报》的极力鼓吹革命早就引起了清政府的注意，随着宣传革命的力度的增强，自然引起了清朝统治者的极大的恐慌。由于爱国学社和《苏报》馆皆属于上海租界范围内，清朝统治者不敢明目张胆地去镇压，而是加紧了与帝国主义的勾结，企图通过租界当局来达到逮捕革命派、镇压革命的目的。
6月29日，也就是《苏报》发表章太炎《驳康有为论革命书》摘要的当天，清政府的上海道台经过了再三的交涉，终于与上海租界的殖民机构工部局勾结成功，派出了外国巡捕和中国警探到苏报馆，指名抓陈范、蔡元培、章太炎和邹容等。陈、蔡由于事先得到了消息，早已避开了，正好章太炎与邹容也不在，巡捕和警探只抓走了报馆的帐房。
当晚，有人向章太炎通报巡捕前来抓人的消息，章太炎却一点也不在乎，只说“小事扰扰”，随即就钻进被窝呼呼睡大觉，根本没有一点要避开的打算。
第二天，巡捕和警探又来报馆抓人，邹容闻讯躲到一位传教士家中，正在爱国学社帐房的章太炎不仅不躲开，反而迈着方步迎了上去，用手指着自己的鼻子高声说：“别的人都不在！你们要抓的章炳麟，就是我！”对于这样主动送上门来的犯人，巡捕还真是头一回见到，真是喜不自胜，当即拿出手铐，将章太炎套住，立刻带走。连章太炎想带点生活日用品，也被断然拒绝。
章太炎被逮捕后，邹容不愿让老大哥独自承担责任，主动投案。
自章太炎被逮捕后，前后只7天的时间内，苏报馆就有6人被抓，《苏报》和爱国学社也被查封，财产全部被没收。这就是中国近代史上著名的“苏报案”。
也许有人会问，为什么章太炎知道巡捕要抓自己，不但不躲，反而要送上门？其动机是什么呀？是不是有点太愚了？实际上这样的疑问当年就有人提出过。在章太炎刚被捕之后，上海《新闻报》有记者登出文章，嘲笑章太炎“不去为愚”。
关于这一点，章太炎自己有过明确的回答。他看过《新闻报》后，当即就写了一篇文章，题为《狱中答新闻报》，刊登在最后一期《苏报》上。
在这篇文章中，章太炎坦然地阐述了自己这么做的动机和意图。他认为在当今的时代，必须实行革命，而“吾辈书生，未有寸刃尺匕足之抗衡，相延入狱，志在流血，性分所定，上可以质皇天后土，下可以对四万万人矣！”这些字句足以表明，章太炎见难不避，反而主动送上门来，这样做是经过充分考虑的，他已经抱定了牺牲，准备用自己的鲜血来唤醒仍在沉睡的人们。章太炎相信自己所献身的事业是正义的，自己是全国四万万同胞的代表。最后，章太炎极为嘲讽地对《新闻报》的记者说：“斥鹌井蛙，安足与知鲲鹏之志哉！”他坚定地宣言：“滚开吧！新闻记者。请看50年后，巍巍矗立于云表的铜像到底是我？还是你？坐以待之，用不着多说什么了！”
章太炎的举动绝非是什么一时冲动或愚昧，而是充满了自我牺牲精神的英雄行为，在当时特定的历史背景下，的确有着强烈的发聋振聩的作用。
对于章太炎、邹容这样两位积极宣传资产阶级民主革命思想的反清志士，满清政府当然是恨之入骨，置之死地而后快。固然，反动的清政府可以不顾一切舆论的压力而将这两人处死，但他们对租界内的人还不能为所欲为。因为这里是他们的主子帝国主义的势力范围。因此清政府在苏报案一发生，立刻千方百计地想将章太炎、邹容两人引渡到自己控制的范围之内，一旦成功，就准备“一日逮上海，二日发苏州，三日解南京，四日处极刑”。为了达到杀害革命志士的罪恶目的，满清政府派出了大批人员，绞尽脑汁地大肆活动。为了达到引渡的目的，可以说是已经到了不择手段的地步，甚至不惜出卖国家的主权和利益。在上海和北京，满清政府曾向帝国主义许下了沪宁铁路的特权，白银10万两，这还不包括另外送给巡捕房的酬劳费。目的就是要将章太炎、邹容引渡给清政府。
但是，帝国主义对于引渡章太炎、邹容这两位著名文人还是颇费思量的。为顾及自己的面子，再加上害怕引渡章太炎、邹容之后引起全中国人民的反帝浪潮，最终只得表示：“租界事，应当在租界处理。”拒绝了清政府要求引渡章太炎、邹容的要求。
无奈之下，清政府转而求其次，要求审判章太炎与邹容两人。经过多次交涉，最终达成了协议，由租界会审公廨组织额外公堂，对章太炎与邹容等人进行审判。
额外公堂自7月15日开始，对章太炎与邹容多次开庭会审。审判员名义上是由公廨谳员孙建臣、上海知县汪懋琨及英国副领事迪比男共同组成，但实际上是操纵在英国副领事迪比男一个之手，其它的两人只不过是个陪衬而已。由于当时中国还没有自己的律师，满清政府出面聘请了西人古柏、哈华托作为己方律师，狱外的革命同志为章太炎与邹容请了西人博易、琼司为辩方律师。
说来也是令人感到十分奇怪，这样的额外公堂被告自然是章太炎与邹容两人，但究竟谁是原告，却并非是开始就十分清楚的。因此，被告的律师博易在发问时，首先就抓住这个问题问到底此案的原告是谁，是北京政府呢？还是江苏巡抚？上海道台？要求审判员明确无误地予以答复。一时间，审判员是张口结舌，无言以对。在辩护律师的一再追问下，公廨谳（yàn，审判定案）员孙建臣只得窘困地承认，他是奉满清政府的指令担任原告的。孙建臣说：“章太炎与邹容是江苏巡抚奉上谕饬令拘拿的，我作为分府只有遵奉上宪札谕来行事。”并且当堂出示了满清政府的札文。
这样，明确了原告与被告双方，即以章太炎与邹容为被告、满清政府为原告，双方皆聘请西方人为律师，而且最后由外国人裁定的特殊现象，这种内容和形式的打官司可以说是千古怪事，怪就怪在一个国家在自己的领土之上，竟然要由外国人来裁定政府与私人的官司，岂非是咄咄怪事！当然，这事我们现在看来是怪事，但在当时却是平常得很，原因就在于当时的中国是处于半殖民地、半封建状态，惯常于产生这样的特产！这样的千古怪事！这是我们中国人民的奇耻大辱！更是清政府自打耳光的绝妙之作！
在这样的官司中，章太炎与邹容大义凛然地与满清政府及支持它的帝国主义展开了顽强、坚决的斗争。