当农民工和用人单位发生劳动争议以后，就可以选择劳动纠纷调解的方式来解决矛盾和纠纷。
劳动纠纷调解是由第三方居中，在查明事实、分清是非的基础上，通过宣传法律、法规、政策，采用沟通、疏导和说服的办法，使用人单位和农民工之间消除矛盾，从而解决纠纷的方法。
我国的劳动纠纷调解分为两种：一种是由劳动争议调解委员会的调解，一种是劳动争议仲裁委员会的先行调解。
根据《企业劳动争议处理条例》第六条的规定，劳动争议发生后，当事人应当协商解决；不愿协商或者协商不成的，可以向本企业劳动争议调解委员会申请调解；调解不成的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。当事人也可以直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以向人民法院起诉。
劳动争议处理过程中，当事人不得有激化矛盾的行为。
同时，该条例第二十七条规定：仲裁庭处理劳动争议应当先行调解，在查明事实的基础上促使当事人双方自愿达成协议。
所以，在发生劳动纠纷时，农民工既可以向本企业的劳动争议调解委员会申请调解，也可以不经这一程序，直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，在仲裁时首先接受调解。