农民工与用人单位发生劳动争议时，根据《劳动法》和国务院《企业劳动争议处理条例》的有关规定，可按照以下几个程序来维护自己的合法权益：
(1)自行协商。双方当事人在自愿的基础上进行协商，达成协议。
(2)调解程序。不愿双方自行协商或达不成协议的，双方可自愿申请企业劳动争议调解委员会调解，对调解达成的协议自觉履行。调解不成的可申请仲裁。当事人也可直接申请仲裁。
(3)仲裁程序。当事人一方或双方都可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。仲裁庭应当先行调解，调解达成协议的，仲裁庭应当根据协议内容制作调解书，调解书自送达之日起具有法律效力。调解未达成协议或者调解书送达前当事人反悔的，仲裁庭应当及时裁决。一方当事人不履行生效的仲裁调解书或裁决书的，另一方当事人可以申请人民法院强制执行。劳动争议仲裁程序是人民法院处理劳动争议的前置程序，也就是说，人民法院不直接受理没有经过仲裁程序的劳动争议案件。
（4）法院审判程序。当事人对仲裁裁决不服的，在规定的期限内，可以向人民法院起诉。人民法院按照民事诉讼程序进行审理，实行两审终审制。法院审判程序是劳动争议处理的最终程序。