农民工作为一个特殊群体，国家对其享受医疗保险待遇做出了与城镇职工不同的特别规定。
城镇职工患病治疗的，其大病或住院费用由社会统筹基金按规定支付，小病或门诊费用由个人账户按规定支付；而农民工患病治疗的，其各种费用均由个人支付，不过，在一定条件下，农民工可以领取自己个人账户中的储存额，作为医疗保险待遇。
劳动和社会保障部《关于贯彻两个条例扩大社会保障覆盖范围加强基金征缴工作的通知》(劳社部发［1999］10号)规定，城镇异地就业的职工和农民合同制职工参加单位所在地的社会保险，社会保险经办机构为职工建立基本医疗保险个人账户。城镇异地就业的职工在缴费单位所在地按规定享受社会保险待遇。
农民合同制职工在终止或解除劳动合同后，社会保险经办机构可以将基本医疗保险个人账户储存额一次性发给本人。
2003年1月5日，国务院办公厅发出《关于做好农民进城务工就业管理和服务工作的通知》(国办发［2003］1号)，要求有条件的地方可探索农民工参加医疗保险等具体办法，帮助他们解决务工就业期间的医疗等特殊困难。