经过一个世纪的研究和探索，在今日，我们不难看出弗洛伊德的理论中存在的缺欠和荣格理论中的进步性。然而，我们也不能忽略一点，那便是荣格的成就是站在巨人的肩膀上取得的；荣格的理论是基于弗洛伊德的欲望实现理论基础上形成的。
两种理论都赞同把梦看做是在人的潜意识中产生的某种东西，并且可以把意识与潜意识沟通、联系起来。荣格的突出贡献就在于，他把弗洛伊德的理论进行了扩展的同时还剔除了在弗洛伊德理论中存在的糟粕，并采用了建设性、前瞻性的研究方法，运用现代科学的方法研究出了一套解释梦的理论。
对“艾玛注射”的解释，之所以引起了荣格学派安妮·史蒂文斯的质疑，是因为史蒂文斯认为对于一个支持神经病和做梦都源于性冲动的学者来说，弗洛伊德在“艾玛注射”的梦中刻意隐瞒了性欲成分。史蒂文斯还说，弗洛伊德也没有论及艾玛以前钟情于他的事情。在艾玛的潜意识中强烈地感到与弗洛伊德的关系很亲密，而艾玛不愿意接受弗洛伊德的“治疗方案”，是不是因为弗洛伊德没有像她所期望的那样，满足她渴望与他的关系有更亲密的发展。而弗洛伊德也可能一直在有意识地寻找控制这段感情的方法。当人们想在这方面深究下去时，弗洛伊德曾正色地说道：“我不想更深入地在这个问题上研究下去。”弗洛伊德在这方面并不想多加讨论，这是否暴露了在弗洛伊德的内心深处还另有隐情？那么这个隐情又是什么呢？想来是弗洛伊德不想深究，那么必定是他不情愿让它公开的那部分，甚至那部分可能是让他感到难堪和有背于道德的。那么史蒂文斯到底认为弗洛伊德隐瞒了些什么呢？一是可能激起了弗洛伊德占有艾玛的欲望与道德约束之间的心灵冲突；二是弗洛伊德可能有着一旦艾玛治疗痊愈后就不会再以病人的身份与自己接触的思想斗争；三是史蒂文斯甚至怀疑是否弗洛伊德对于奥托长时间在乡村陪伴艾玛而感到嫉妒？他是否在潜意识中认为奥托可能给了艾玛一些比治疗失误更坏的东西？
然而在1985年德国出版了一本关于弗洛伊德和威廉·弗莱斯之间的完整通信记录，所有的事情似乎有了一个较好的答案。事实上，并不全像史蒂文斯一类学者们所猜测的那样。另一方面，史蒂文斯又不得不认可这一事实：“虽然在弗洛伊德写的很多分析文章中，他提出的问题更是多于解决的问题。然而，弗洛伊德的沉默是可以理解的，在那种环境里：在那个时代里，他无话可说。毫不奇怪，他主要通过解析自己的梦来演示梦的各种功能，他在揭露如此之多的个人精神生活中的隐私时会感到一种‘自然的犹豫’，因此他的勇敢行为在整个著作中都会大打折扣。”另外，弗洛伊德也承认在分析艾玛的梦例时“没有能够更深入地”研究这个梦对自己的意义，他辩解说：“如果有人觉得有必要来批评我对这方面的缄默，我就会建议他做一个比我还坦白的试验。现在，我已经对目前所取得的一点儿成果感到满意了。”诚然，由于弗洛伊德有着“自然的犹豫”，因而给史蒂文斯带来“故意掩盖了一些暧昧关系”的口实。
5．弗洛伊德把“性”放在上帝的位置上
荣格与弗洛伊德的友谊绝裂，最终是因为他们在“性理论”方面的不同见解。如果说弗洛伊德在用他个人性格力量支持着自己的理论，那么同样作为一代著名心理学家的荣格也并不能摆脱同样的在主观意识里存在的狭隘。就连在上述提到的荣格学派的史蒂文斯最终也不得不声称：“他们俩人的理论都是建立在个人心理和创始人职业野心的基础上的。”他甚至还说，“在这两个心理学分支中，荣格事实上更具有经验主义倾向。”
自l876年此后的六年间，弗洛伊德一直在维也纳跟随布鲁克进行生理研究工作。布鲁克认为所有复杂的生理现象最后都能通过物理的和化学的方法进行解构。这一理论无疑是打破了以往人们对灵魂、梦幻、精神和生命力的那些虚幻的和不着边际的解释。弗洛伊德深深地折服于布鲁克的这一深邃的见解，并对他日后成为坚定的精神分析论者产生了深远的影响。对于那些神奇的现象，诸如内驱力想法、梦境、图象、幻想，弗洛伊德认为它们都遵循着某种因果关系，并且这种根源和内在规律都可以从过去发生的事件中找到。
弗洛伊德认为诊治一个精神病人的过程，并在这个过程中解决掉所有的难题，这个过程的本身就是一种诱惑。他说，只有精神病人会如此毫无保留地把自己曾经有过的性经历和盘托出。也正因为如此，弗洛伊德才能够把他们列入病人的行列，如果一旦有的病人拒绝他的要求，他便认为他们是神经过敏，而不能被列入病人的行列。遇到这样的病人，弗洛伊德往往会推说，自己对他们无能为力，让他们另寻高就。在这时，病人的反应往往令弗洛伊德感到吃惊，他们会马上向弗洛伊德道歉，并说自己确实隐瞒了有关性方面的实情，因为说出实情他们太难为情和难以启齿，所以他们刻意地隐瞒了它们。弗洛伊德这样的做法似乎有些武断，对此他的解释是，有关病人性方面的情节是他所必须了解的，不然他将无法对他们进行更深一步的治疗。然而，对于这种近乎于强迫而非诱导式的治疗方法实在不能让人恭维。这就好比把病人放进了一个中世纪的宗教法庭，让病人承受着道德与良心的双重煎熬。
然而，就连弗洛伊德自己也没有注意到的一个事实，就是他的这种武断的行为也被他带到了他自己的梦中。在他的“艾玛注射”的梦中，他对待艾玛的方式无疑与他对待其他反抗自己的治疗方案的病人相同。在那个梦中，他因为艾玛没有接受自己的治疗方案而责备她，并说如果艾玛仍旧疼痛，那么只能证明是她自己的错。弗洛伊德坚信，精神分析就是一种公平的怀疑，无论任何人或是任何事如果打断分析工作，那么他们都将是这种分析工作的阻碍。也有人说，“确实，这个梦（艾玛注射之梦）在精神分析学史上占有关键的地位，就是他通过指责别人来展示自己的正确”。弗洛伊德的这种强硬的态度不仅表现在对待自己的病人和自己的梦中，还表现在他对待与他执不同观点的同事身上。他在给荣格的一封信中写道：“别离我太远，你现在真的离我很近，但是一旦你想离开，我们就会反目为仇。”之后他又补充说，“我的倾向是对待那些有抵触情绪的同事与对待病人在态度上是一致的。”
尽管弗洛伊德为维护自己的理论，不惜用一种近乎强硬的态度对待自己的同事和病人，但他的这一做法却并没有导致这门科学走向末路，反而在一定的程度上激励着它的迅猛发展。而这一奇迹，也就是说弗洛伊德理论持续的生命活力，则是完全由他个人的力量所支撑的。所以在人类历史的页页篇章中，有着许多错误造成的成就，也正因如此，在科学史上许多理论是很难在它产生的年代给以对和错的论断的——无论给予它肯定还是否定都可能有所偏差，惟有让历史的车轮继续向前推进，才可能对它做出一个较为公正的判断。然而，弗洛伊德也为他的这种个人的态度付出了代价，那就是在他的梦的精神分析还处于萌芽时期就已然落入了经验主义的传统中。而首先举起这面反对旗帜的不是别人，就是弗洛伊德身边最亲的人——荣格。其实，在最开始荣格与弗洛伊德保持着友谊时，荣格已然对弗洛伊德把自己的性理论提升到神话的程度深感不满。荣格说，每当他们谈论到有关性的理论时，弗洛伊德的语调就骤然地高了八度，一种无限崇敬、深切激动的表情就占据了他的整个脸庞。弗洛伊德是个无神论主义者，而他似乎是把“性”当成他的宗教。用荣格的话来说，弗洛伊德是拒绝了上帝而把“性”放在了原来上帝的位置上。
尽管荣格对弗洛伊德的性理论有着不同的见解并深表怀疑，并且弗洛伊德对荣格最初所提出的异议总是置之不理并以没有试验依据而予以拒绝，但荣格仍是小心地把自己的疑问埋藏在心底，不再与弗洛伊德交流。因为在荣格看来，无论是在年龄上还是在资历上，自己都无法与弗洛伊德相提并论。尽管科学界一直在努力地破除这种权威所造成的某种对于新生力量的压抑，但取得的效果似乎是千百年来并没有什么大的改进。并且这种惯性的势力并不仅仅存在于科学界，它似乎也普遍存在于各个行业。然而，我们也不能全盘否定权威，如果那样绝对有失偏颇。权威和新生力量就如同一对矛盾的对立面，权威是过去成就的标志，是再次发展的基础，而新生力量则是推动权威向前发展的齿轮，要让科学继续向前发展，二者缺一不可。很显然，在这一点上，荣格认识得很清楚。他说：“在弗洛伊德的光环的笼罩下，我尽可能小心翼翼地收藏着我的观点，压抑住我的批评，那是与他合作的前提条件。我告诉自己，弗洛伊德远远比自己更聪明，经验更丰富，现在你必须认认真真地听他所说，学他所做。然后使我自己感到吃惊的是，我发现自己在梦中把他当作是奥地利帝国王室的一位易怒的官员，一个已经死了却还在游荡的海关检查员！”
弗洛伊德对于来自各个方面的关于他的性理论的批判，他毫不动摇。在他给荣格的信中写到，性行为是人类肌体中不可缺少的功能，它不仅仅是人类繁衍生息的需要，它还可以为人们在治疗精神病人时提供有力的依据。由于对达尔文主义的深度崇拜，致使弗洛伊德也不可避免地深受进化论的影响。弗洛伊德认为，人类性的选择就是人类进化的一个重要因素。因此可以说，弗洛伊德的性理论是在健康器官基础上进行的精神分析学。