其次，列举《周易》、《道德经》、《庄周》、《老子河上公注》、《上清经》、《洞玄灵宝自然九天生神章经》、《养生服气经》、《阴阳二气黄精经》等道教典籍的理论，以及道士陆简寂、藏矜、顾欢、诸揉、孟智周等人的言论，得出“检道所宗，以气为本”的理念。比如：
《庄周》云：人之生也气之聚，聚则为生，散则为死。
《上清经》云：太元变化三气明焉，一气清，一气白，一气黄。故云：“一生二，二生三。”
《洞玄灵宝自然九天生神章经》云：老予以元始三气合而为一，是至人法体。
《养生服气经》云：“道者气也，保气则得道。”
南朝道士曾假托张融之名作《三破论》，提出“道以气为宗”的说法，但并未就此论证。法琳延续此说，在《辩正论》中独立《气为道本篇》，通过详尽的论证来确立“气为道本”的理论，从而否定道教中对“道”的崇高性。这在当时的道教界引起了一阵波澜，并且对后来的道教经典与哲学思潮起到了深远的影响。比如，成书于唐宋之间的道经《太玄宝典修真符圣门·气定气章》中就明确说到：“盖以气为道本，道从气生。”北宋之后盛行的儒家气学学派，也多提倡、发扬此说，如张载《正蒙·太和篇》：“散殊而可象为气，清通而不可象为神，语道者知此，谓之知道”。
第八，《信毁交报篇》。历代反佛者皆以“报应无征”的论点来抨击佛教的因果说。对此，法琳指出：“夫感在精诚，道由恳苦。意不专道，何以克心，不至感无以通”，强调佛法的灵验与否与人们的“诚心”息息相关。《信毁交报篇》中，法琳据《感应传》、《齐竟陵王内传》、《晋录》、《宣验记》、《冥祥记》、《灵鬼志》、《幽明录》、《续搜神记》、《建康别记》、《崔皓传》、《搜神记》、《梁后记》、《冤魂记》、《颜氏家训》、《颜氏家语》等书的记载，列举了信佛及毁佛的报应故实五十余例，以论证佛法感应的征验。
值得一提的是，历代佛教护法者皆有对佛教“因果论”的论辩，却多以“三世说”的观点加以辩证，所举事例的数量也十分有限。如东晋慧远的《三报论》就曾提出“现报、生报、后报”的理论，来解释“善恶无现验”的问题。这些辩辞虽然是依据佛教教义而来，但针对毫无佛法体验并且强调“眼见为凭”的诸多外道而言，并没有太强的说服力。而在此篇中，法琳所引五十余例的“信毁交报”事例，皆是可“耳闻与目验”的现世故实，更加凸显了佛教报应的真实性。
第九，《品藻众书篇》。首先假设“开士”与“野老”之间的问答，详细列举古代各家众书，指出以《孝经》最为重要，凸显“孝治”的观念，将论点立足于中国传统伦理道德之上。接着引用《孝经·开宗明义章》中“夫孝，始于事亲，中于事君，终于立身”的一段话，指出沙门割爱辞亲、行佛道以立身，正是“大孝”的一种表现。以儒家的观点，侧面驳斥了反佛者有关“沙门不忠不孝”的言论。
最后，法琳将佛教典籍与各家众书做了比较，指出后者的不足，并大胆提出被誉为众书之最的《孝经》也犹未尽善。如法琳言：
难解难入，称诸佛任理之经；随类随宜，号至人权化之典，自雒水纡玺书之颂，芳园立华盖之祠，朱士行之，高流饮耨池之八味；郄嘉宾之，世族佩伽陀之一丸。莫不同悟己身，等有佛性；体兹烦恼，即是菩提，假令疏通知远之书，玉洞金章之字，子房授履之术，文喜问道之篇，语未涉于空空，事终沦于有有。
在明末高僧蕅益智旭所著《阅藏知津》卷四十四中，针对《辩正论·品藻众书篇》的注释只有“儒推孝经、佛备众典”八个字。而这八个字，正是对此篇文意的明确概括。
第十，《出道伪谬篇》。历代反佛者均从忠孝伦理和夷夏之辩的问题来论证自己的观点，到傅奕之时，强调佛教与王权的冲突，则成为反佛论的重点所在。《十异九迷论》中，李仲卿虽然将历来儒、道两家排佛的主要命题囊括在内，却也没有提出更加新颖的观点。然而，关于佛道两家经典的优劣，一直是这些反佛者避谈的问题，或许，在他们的内心深处，就这一问题上，是承认自己趋于劣势的。这在诸多佛教护法者的著述中却凸显出来，大家纷纷论证了佛道经典的优劣之处，指出了道经中众多谬误的地方。而对于曾经假披黄巾、洞悉道典的法琳来说，似乎更有发言权。
在《出道伪谬篇》中，法琳以自己多年研究道教的经验，总结出了八项有关道经谬误的地方，称之为“八谬”。
其一，灵文分散谬。引《太上洞玄灵宝黄录简文威仪经》中记载的“其文在灵仙宫中，旧有八百部，自经龙汉旧文分散，遂至赤明其文改易，多有烦猥”的一段话，指出道经的不合理性，称“改易便为不实，分散即是无灵”。
其二，灵宝太上随劫生死谬。引《灵宝诸天灵书度命妙经》、《太平道经》、《玉清上道三洞神经》、《真文金书玉字灵宝真经》、《灵宝真文度人本行经》等道经中记载相违悖的地方，提出“灵宝太上”随劫生死之说的不合理性。北周时期的数学家甄鸾曾作《笑道论》以驳斥道教之反佛观点，却被崇信道教的武帝宇文邕焚毁，法琳在此篇中的论述，为《笑道论》的观点提供了更加明确的印证。
其三，偷改佛经为道经谬。文中，法琳将道教的《太上仙公请问经》、《太上灵宝五练生尸妙经》、《本相经》、《妙法弥多子经》、《智慧思微定志经》、《太玄真一本际经》、《升玄内教经》、《九转仙经》、《灵宝经》、《仙公请问经》、《不积真人行品》、《元阳经》、《灵宝妙真经》等经典与佛教的《方等经》、《法华经》、《药师经》、《华严经》、《金光明经》等经典相比较，证明道经中有佛经文旬义理之处。比如：
姚秦时期鸠摩罗什三藏所译佛经《妙法莲华经》中云：
又见诸如来，自然成佛道。
身色如金山，端严甚微妙。
如净琉璃中，内现真金像。
世尊在大众，敷演深法义。
而到后来，齐代道士陈显明所造《六十四真步虚品经》也有类似的偈颂：
有见过去尊，自然成真道。
身色如金山，端严甚微妙。
如净琉璃中，内现元始真。
圣尊在大众，敷演化迷强。
可以明显地看出，《六十四真步虚品经》将《妙法莲华经》中的“诸如来”改为“过去尊”，将“佛道”改为“真道”，“真金像”改为“元始真”，“深法义”改为“化迷强”，剽窃之处甚为明显。类似于这样道经偷改佛经的例子很多，法琳在此篇中所举事例，是非常具有代表性的。
其四，偷佛法四果十地谬。举道经《度国王品》、《度身品》、《文始传》、《灵宝智慧罪根品》中所说文义，论述道经中采用佛教“四果、十地、罗汉、五通、如来”等名相的实证。继而驳斥道经虽有“九重天、八十一天、三十二帝、九真天王、九宫天曹”等等的名相，但是对于“服食何草而得往生”以及“因缘次第”等并未阐明，以辨证道教的虚妄之处。
其五，道经未出言出谬。刘宋道士陆修静曾于泰始七年（471）奉敕撰《三洞经书目录》，列举了道家经书并药方、符图一千二百二十八卷，称其中的一千零九十卷已行于世，一百三十八卷“犹在天宫”。而北周天和五年（570）玄都观道士所上《玄都经目》所列举的道经数量远远超过了《三洞经书目录》的记载，唐代时又有所增加。据此，法琳提出，玄都观道士所上经目多属陆修静以后伪作。如法琳言：“从此以来二百许年，不闻天人下降，又不见道士升天，不知此经何因而来？”继而又讲述了道士张陵、葛玄、鲍静、寇谦之等人的欺诳事迹以证明道经的“穿凿之端”。
其六，道士合气谬。法琳列举了道教的《真人内朝律》、《真人内礼》、《道家内侍律》、《诣师家行道律》、《道士礼律》等经典所书男女合气之术，认为这种不正当的修法会使“交夫易妇唯色为先，父兄立前不知羞耻”，而今民间道士常行此法，却自称之为“中气真术”。
其七，叙天尊及化迹谬。道教《灵宝智慧定志通微经》、《灵宝度命经》曾叙说天尊成道、应化因缘的故事，然而史籍并未记载，并且违背因果、自相矛盾之处也非常明显。据此，法琳指出它的伪妄，并依道经《智慧罪根经》中“不得轻师慢法，傲诞三宝”与第十二戒中“不得窃取佛经，妄宣道要”的文字，揭露了某些道士的虚伪之处。
其八，诸子为道书谬。法琳仔细检阅《三洞经书目录》与《玄都经目》，罗列两书中存在的谬误之处，并指出道士所列二千零四十卷的道经中，有八百八十四卷为杂集《汉书·艺文志》中诸子书目，并妄自加以注释而成。对此，法琳强烈驳斥道：
何者指如韩子、孟子、淮南之徒，并言道事？又复八老黄白之方，陶朱变化之术，翻天倒地之符，辟兵杀鬼之法，及药方咒厌，并得为道书者？其《连山》，《归藏》、《周林》、《太玄》、《黄帝金匮》，《太公阴符》、《阴阳书》、《五姓宅图》、《七十二葬书》等，亦得为道书乎？
第十一，历代相承篇。此一篇中，法琳从九个方面对道教从佛教中引进或是受到启发而仿立的天神、节日、法器、仪式、经义进行了抨击。这九个方面分别是：
其一，道家无金刚密迹师子。法琳广引史籍以及道家《曹氏太一戒经》、《道家玄妙内篇》、《大真科九天生神章》等二十八部经典，说明道士改佛教“金刚”为“天冈”的故实，并印证后代所谓“天罡神”本名“天冈”。
其二，释老形服异。举古来通儒以气为道，无别道神的观点说明唐代道士别立‘道神老子’之像以跟佛像立异是错误的。
其三，道家节日。引道家《金录》、《玉录》、《黄录》等斋仪和《洞神》、《自然》等八斋法中只有上元节（正月五日）、中元节（七月五日）和下元节（十月五日）的记载，证明唐代道士借鉴佛教盂兰盆节，别立七月十五日一节为无据。
其四，道家钟幡不同。将道家斋仪以及《诸天内音》、《明真科》等经典与佛家《仁王经》、《药师经》等经典相比较，证明打钟悬幡是佛教行法，而道家则有剽窃佛家的嫌疑。
其五，器名不同。依佛教经律证明澡罐、咒愿、唱供等仪轨以及檀越、优婆夷等名相都是出于佛典，而道家亦有，则是引用而来。
其六，不合行城。依据《太子瑞应经》等佛典来证明“行城”是佛教行法。
其七，依法朝拜。论证佛教中“僧不拜俗”规矩的由来，指出道士与僧人有别，应当依本师之法朝拜君王。
其八，请立经目。为防止道教继续伪造经典或者剽窃佛经，请朝廷令大德、名僧、儒生、道士以及宰辅朝臣，详检内外经史，刊定是非，定立道经目录，令慕道之侣得以依宗楷学。
其九，玄都东华非观。以“天子所居日都宫，诸侯所居日宅第，止客日馆，集贤日观”的观点来论证“太玄”其实是都城，“东华”其实为皇宫，而将其称之为道观则不合理。
第十二，归心有地篇。引天监三年（504）梁武帝萧衍《舍道勅文》以及天监四年邵陵王萧纶《舍老子受菩萨戒启》两篇文章，以证明佛教的教义是“归心之地”，与道教的“道为气本”
是截然不同的。如《梁武皇帝舍道敕文》中言：
发菩提心者即是佛心，其余诸善不得为喻。能使众生出三界之苦门，入无为之胜路。
在本论的末尾还附录了法琳法师为敦请唐初名相杜如晦做“弘护檀越”，并希望他能够提供藏书以重修《辩正论》的书信，称为《与尚书右仆射蔡国公书》。
唐初的佛道论衡，可以说是从傅奕的上疏排佛为始，以武德七年高祖所设三教论衡为高潮，最终却以法琳法师《辩正论》的问世而告终。后来虽有太子中舍人辛谓与沙门慧净等人的问答，论锋已趋平和，影响范围也非常有限。
法琳法师曾对唐太宗说：“琳所著正论，爰与书史伦同，一句参差，任从斧钺。”事实也正是如此，法琳在《辩正论》中所引论据均从史籍与经典中来，不仅明确地印证了论点，更使得反佛者毫无回辩的余地，就连太宗本人也是心悦诚服。事实上，从贞观十四年（640）法琳获罪遭刑之后，唐太宗虽然继续着“道先佛后”的宗教政策，但也着实为佛教的弘传提供了很大帮助。
正如现代佛教著名学者郭元兴教授在《中华佛教百科全书》中所言：“《辩正论》的制作和它所起的影响，可以说是开启了唐代佛法昌隆的光芒之端。”