现存于大英博物馆里的一幅钢笔、油墨和涂层素描，开始通过介绍红衣主教的一个新的重要因素，来发起素描发展的第二阶段，因为它改变了壁画底层部分的那些巨大动作。宗教教派的圣杯和圣餐，被停放在楼梯旁边的圣坛上。圣坛单独位于素描的中心，它也是从所有角度进行观察的集合点。最初的画已经被更改了，事实上，是通过三位一体与圣餐变体和圣礼间的神秘联系，加强了画的效果。
拉斐尔为达到壁画上明显的构成结构所做的努力，就基于这种新的主题方法。一旦得到认可，拉斐尔就可以开始辨别单个姿势和不同人物脸上的虔诚特征了，这些人物现在被放置在阶梯的不同层次上，从而抬高了圣坛的位置。一幅穿孔的方形钢笔和油墨画，现在存放在法兰克福（Frankfurt）的国家美术馆，它通过观察裸体有效地捕获了自然运动和人物手势。在保存于维也纳阿尔贝提博物馆的一个对开本里，拉斐尔使用画笔和白色强光部分，去实现对壁画左边部分人物形象的研究。在他们中间，人们可以确定（除了在不同的环境中）一个有温莎原始素描特征的年轻人，正用手指向天空。
对单个人物形象和特殊组成部分的习作，可以在关于《圣礼的辩论》发展阶段的几个对开本中找到，它们其中的一些，也包括诗歌的片段。那些描绘了一些人物的素描已经被取消了，其他人物为了给新的组成物腾出空间，逐渐被无情地用来形成一种整体协调的结构。这是由对圣昂布罗斯（St. Ambrose）的一个习作描绘出来的（现存放于慕尼黑的形象艺术博物馆），他在壁画中以一种明显的顺序和厚重胡须的形象出现，举起一只手好像是为了强调那双看向天堂的眼睛。
拉斐尔密切注视着画中空间和光线的感觉，寻找态度和表情最清晰的描绘方式。这在一幅用画笔和白色强光所描绘的即将被处死的基督的习作（现在作为维卡的遗物存放于里尔的联合国万国宫）中清晰可见。这幅画采用的是黑色粉笔和白色蜡笔，和《圣母玛利亚》（现存放于米兰的安博图书馆）一样使用白色强光。从壁画顶端的那些圣人素描中也可以看到这些，它们现在分别被保存于乌菲兹博物馆和阿什莫林博物馆。
其他的两个对开本，都在彼利埃尔山（Montpellier）的法布雷博物馆（MuseeFabre），它们决定了前面左边人物的姿势是靠在阳台扶手上。左边人物的面部表情在强度上和达·芬奇的手法相同。右边的年轻人被画成背对着光，使人觉得他为下边的人物营造出了有节奏的舒缓感觉。在所有的可能性中，壁画自身的准备阶段包括一系列对大窗帘的习作，这也是用画笔或金属笔在准备的纸上作画。
对《圣礼的辩论》广阔复杂的研究，使我们能再创一个有创造力的过程，它从对壁画的基础理解开始，贯穿了随之而来的调和阶段，最终达成了一个在组合和绘制阶段都让人满意的结论。整个过程在接下来为阿特兰塔?白林格尼所描绘的《基督下葬》中让人回味。在这两个例子中，那些做出的改变（在得到所有赞助人同意的情况下）代表了原始主题逐渐得到的丰富和完善，尤其是署名室的壁画。因此，在一场严肃的教堂仪式中，教堂胜利者和教堂激进者庆贺了形象具体化和神圣三位一体的神秘，也庆祝了艺术家最初的出发点。最为引人注目的是，逐渐发展的形式、精确度和创新之间的相互作用，正是依靠这些描绘出了素描内容。正是这持续的辩论推动了一些壁画的表现水平。
拉斐尔的作品有一个特征，就是画像和“创造物”是从对其他素描的习作中衍生的。由马克托尼奥·莱蒙迪刻画的《屠杀无辜者》就是这种方式下的一个完美素描。对裸体运动的经典素描，引出了与米开朗基罗的《卡希纳之战》的比较，间接地也与安东尼奥?波拉约罗的《裸体战争》进行了比较。初期的形式就是现保存于阿什莫林博物馆的由拉斐尔绘制的战争场面。但最初的动力能从他为署名室的金库天顶绘制的《所罗门的审判》中看出。在维也纳的阿尔贝提有一个关于行刑者的习作（没有作为梵蒂冈的壁画），直接揭示《屠杀无辜者》的一个士兵形象，能在大英博物馆和布达佩斯博物馆（钢笔画）的习作中找到（钢笔、油墨和红粉笔所描绘的外形准备改变的轮廓）。
在大英博物馆的素描中，画作左侧的人群中展现了一个士兵、一个母亲，还有一个从士兵手中逃离的幼儿。这与右侧的第二组人物形象相同，右侧描绘的是一个母亲试图挡开士兵的剑，以此来保护自己年轻的儿子。画的中央，在中间空地上，一个母亲把婴儿紧紧抱在怀中，恐惧地跑向围观者。构图中最主要的因素是位置适当，但是在别处这幅画还是不平衡的，就圆柱关系来说也没有界定好，尽管如此，有房顶的瓦片所创造的景象与落在左侧的光线所形成的鲜明证据，还是很不错的。
大英博物馆习作的人物部分，在其他素描中再现，出现在温莎的皇家图书馆。尽管那些素描不是很完整，但要比大英博物馆里的版本清晰。在这个版本中，画中注意力的焦点更清楚地决定了两个士兵身体的运动，因此右边一个士兵的运动也就更加突出。通过再造一些人物形象（尤其是一个在温莎对开本中走失的母亲，用早期的红粉笔绘制的，现存于阿尔贝提），拉斐尔开始与对布达佩斯的最后版本的习作变得亲近。尽管这些最后印本还包括一些在温莎素描中遗失的建筑里—— 包含在桥梁和建筑物中延伸到后面的低处拱形—— 但是很明显，这些构成也拥有了一些悲剧音符。几年以后，它们注定要被拉斐尔用来精心为西斯廷教堂的挂毯画谱曲。
达·芬奇的影响“如果拉斐尔的作品没有被人在强光下进行观察那也是他应得的，单是他的素描就能证明他那令人艳羡的天赋。当其他人还在掩饰那些突然想起的未完成的想法时，即便是在过多想象中的第一次，拉斐尔的制图术却已经如此出众，使得他能够马上在素描中决断地捕捉自己的思想，而且不需要在上面添加任何事物，这幅画就已经很完整了。”这些嘉奖来自于19世纪中期的皮埃尔?简?玛丽埃特，它反映了在面对那些流露出画家创造过程的素描时，这些拉斐尔专家的痴迷。这种痴迷部分是因为他在自发性和能力之间所营造的一种平衡态势，这和他看似无果的实践和描绘形象完整性的表达是紧密相连的。这些素描代表了能够开阔观者的想象的创造性过程中的模糊阶段。
当拉斐尔开始完全理解和欣赏由达·芬奇完善的素描技巧时，他在那个时期的事业已经开始加强了。达·芬奇惊人地改革绘图方式的深远影响，在他对《安吉亚里战役》的习作中表现得尤为突出，这也促使厄内斯特?冈布里奇（ErnstGombrich）评论了达·芬奇抛弃传统那种线条和形式清晰风格的行为。冈布里奇把达·芬奇那种卷曲的、通常是模糊的“潦草字迹”，与一个诗人改编后的草稿相比较、稍作修改之后，就又把那些草稿当做突然想到的新点子和新灵感来使用。仅是依靠这种方式，一个艺术家就可以完全放任自己的精神思考，他的思想被刺激了，而不是被那些不明确、模糊的东西束缚住了，并因此延伸向那些“被迷惑孕育的创造性和发明性。”冈布里奇进一步指出，达·芬奇完全颠覆了传统规则：在达·芬奇的工作室里，素描不仅不能代表一个特殊作品的草图，相反，它成为艺术家思想继续进化的辅助物。素描不是限制了想象力，反而是延续了想象力。
在很短的时间内，拉斐尔就开始理解吸收达·芬奇发展过程中的重要事物，而且根据创造力确定了它所能提供的潜力。尽管在描绘轮廓进而创造和确定特殊的关系方面，拉斐尔已经技艺臻熟了，但仍是从达·芬奇“强有力”的素描技巧中，第一次学到了要在绘制图画的基本组成要素时使用粗线条，进而在变化的宽广领域中再次思考，再次创作。因为对那些不确定、相互交织、有层次的形式的迷惑不解，拉斐尔将逐渐呈现出对空间关系的清晰感知。
这一将产生特别结果的作品，已成为拉斐尔早年所拥护的技巧的一部分，尤其是那些确定线条走向时对尖笔快速自由地使用，也被更加传统（不太自然）的素描方式阐述，在整体上重新创作。在佛罗伦萨时期对圣母像的习作，已经展现出重叠的踪迹，它显示了如何绘制单个人物的头与眼睛，以及已定的明确关系的新的解决办法。素描也因此成为创新的促进因素，每一个看似建立在先前想法上（或在同样的素描中，或在不同的素描中）的新想法，都是形式和主题关系相互作用的结果。拉斐尔的同辈承认了这些。洛多维科·多尔斯在《关于绘画的对话》中写道：“在他的首次素描中，当这位艺术家试着去捕捉想象的第一次波动时，他肯定不满足于只发现一种解决办法。他必须在众多办法中选择最成功的那个，分别在整体和单个因素方面考虑这幅作品。对拉斐尔而言确实如此，他如此有创造力，是因为他经常以四种或六种不同的方法，来重新考虑同一个叙述方式，他的每一种方法都包含着优雅和技巧。”然而，他的同辈人羡慕的那种“发明的丰富性和多样性”，经常与拉斐尔作品中的基本元素一致—— 他不知疲倦地在构图中创造和谐，在叙述中实现了最大的“自然性”，还有用细节和深刻的见解来描绘一群或一个反映“灵魂运动”的人物形象。